ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 21, 4, 4, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.019, 0.032, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.017, 0.070, 0.124, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.070 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.019, 0.078, 0.137, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.078 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.104, 0.179, 0.254, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.179 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.086, 0.170, 0.255, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.170 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.072, 0.169, 0.267, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.169 std_dev=0.098
C5' A 0, 0.168, 0.291, 0.415, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.291 std_dev=0.124
O3' A 0, 0.137, 0.265, 0.394, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.265 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.185, 0.321, 0.457, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.321 std_dev=0.136
N3 B 0, 0.089, 0.272, 0.454, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.272 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.079, 0.282, 0.486, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.282 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.111, 0.315, 0.519, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.315 std_dev=0.204
N9 B 0, 0.071, 0.290, 0.510, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.290 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.053, 0.276, 0.498, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.276 std_dev=0.222
O2' B 0, 0.031, 0.262, 0.494, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.262 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.105, 0.344, 0.583, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.344 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.083, 0.324, 0.565, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.324 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.014, 0.262, 0.511, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.262 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.088, 0.343, 0.597, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.343 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.088, 0.349, 0.610, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.349 std_dev=0.261
OP1 A 0, 0.280, 0.552, 0.823, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.552 std_dev=0.272
P A 0, 0.212, 0.487, 0.762, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.487 std_dev=0.275
O4' B 0, 0.063, 0.340, 0.617, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.340 std_dev=0.277
N7 B 0, 0.085, 0.363, 0.640, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.363 std_dev=0.277
N6 B 0, 0.072, 0.378, 0.685, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.378 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.004, 0.346, 0.688, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.346 std_dev=0.342
C4' B 0, 0.023, 0.371, 0.720, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.371 std_dev=0.349
O3' B 0, 0.022, 0.411, 0.800, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.411 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.098, 0.491, 0.885, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.491 std_dev=0.393
C5' B 0, 0.045, 0.451, 0.858, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.451 std_dev=0.406
P B 0, 0.090, 0.550, 1.010, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.550 std_dev=0.460
OP2 B 0, 0.076, 0.550, 1.024, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.550 std_dev=0.474
OP1 B 0, 0.106, 0.608, 1.110, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.608 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.113, 0.650, 1.186, 3.569 max_d=3.569 avg_d=0.650 std_dev=0.537

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.07 0.14 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.10 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.16 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.13 0.28 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.15 0.31 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.09 0.12 0.23 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.10 0.21 0.09
N4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.15 0.33 0.13
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.15 0.05
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.09 0.04 0.00 0.01 0.04 0.15 0.25 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.06 0.09 0.13 0.07 0.15 0.08 0.12 0.07 0.10 0.15 0.06 0.08 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.14 0.10 0.16 0.28 0.13 0.31 0.14 0.23 0.13 0.21 0.33 0.09 0.15 0.25 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.05 0.06 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.07 0.09 0.13 0.07 0.05 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09
C2 0.09 0.13 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.14 0.09 0.09 0.12 0.12 0.10
C2' 0.11 0.13 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.15 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12
C3' 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.10 0.14 0.10 0.10 0.13 0.12 0.11
C4 0.07 0.13 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.11 0.11 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08
C4' 0.08 0.12 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09
C5 0.07 0.14 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.12 0.07 0.14 0.11 0.12 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C5' 0.08 0.12 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.10 0.07 0.07 0.07 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09
C6 0.07 0.13 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.11 0.07 0.13 0.11 0.12 0.07 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07
N1 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08
N3 0.08 0.13 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.13 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09
N4 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.08 0.11 0.13 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09
O2 0.12 0.13 0.15 0.16 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.19 0.11 0.13 0.16 0.17 0.14
O2' 0.13 0.14 0.14 0.16 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.18 0.14 0.14 0.18 0.17 0.15
O3' 0.10 0.12 0.12 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.11 0.15 0.11 0.11 0.15 0.13 0.12
O4' 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09
O5' 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.13 0.10 0.12 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09
OP1 0.13 0.22 0.10 0.10 0.16 0.10 0.17 0.10 0.21 0.13 0.23 0.18 0.22 0.15 0.14 0.08 0.10 0.13 0.09 0.10 0.11 0.09
OP2 0.27 0.37 0.27 0.26 0.33 0.22 0.35 0.22 0.37 0.31 0.39 0.34 0.39 0.33 0.30 0.24 0.24 0.25 0.26 0.24 0.31 0.26
P 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.07 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.12 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.13 0.17 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.11 0.13 0.11
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.11 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.07 0.10 0.08
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.15 0.19 0.15
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.12 0.14 0.17 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.08 0.06 0.11 0.12 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.08 0.04 0.12 0.04 0.13 0.11 0.11 0.07 0.15 0.14 0.07 0.07 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.06 0.07 0.12 0.03 0.16 0.02 0.17 0.13 0.15 0.10 0.19 0.17 0.09 0.06 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.11 0.08 0.15 0.14 0.07 0.04 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00