ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50986

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 7, 4, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.019, 0.051, 0.084, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.051 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.016, 0.050, 0.084, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.050 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.230, 0.394, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.394 std_dev=0.164
O4' A 0, 0.191, 0.361, 0.531, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.361 std_dev=0.170
O2' A 0, 0.274, 0.464, 0.654, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.464 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.260, 0.480, 0.700, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.480 std_dev=0.220
C4' A 0, 0.302, 0.537, 0.772, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.537 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.257, 0.495, 0.734, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.495 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.318, 0.565, 0.813, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.565 std_dev=0.248
C3' A 0, 0.347, 0.603, 0.859, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.603 std_dev=0.256
C2 B 0, 0.389, 0.673, 0.958, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.673 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.416, 0.721, 1.026, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.721 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.504, 0.816, 1.128, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.816 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.419, 0.758, 1.097, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.758 std_dev=0.339
C6 B 0, 0.430, 0.771, 1.113, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.771 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.468, 0.820, 1.172, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.820 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.310, 0.710, 1.109, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.710 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.392, 0.809, 1.227, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.809 std_dev=0.417
N7 B 0, 0.548, 0.972, 1.395, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.972 std_dev=0.424
C5' A 0, 0.609, 1.044, 1.479, 1.568 max_d=1.568 avg_d=1.044 std_dev=0.435
N6 B 0, 0.492, 0.952, 1.412, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.952 std_dev=0.460
P A 0, 0.420, 0.891, 1.362, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.891 std_dev=0.471
C8 B 0, 0.490, 0.989, 1.489, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.989 std_dev=0.499
O2' B 0, 0.231, 0.738, 1.245, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.738 std_dev=0.507
C3' B 0, 0.506, 1.016, 1.527, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.016 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.686, 1.247, 1.807, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.247 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.526, 1.088, 1.649, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.088 std_dev=0.562
OP1 A 0, 0.496, 1.098, 1.700, 1.985 max_d=1.985 avg_d=1.098 std_dev=0.602
O3' B 0, 0.535, 1.161, 1.787, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.161 std_dev=0.626
C4' B 0, 0.596, 1.230, 1.864, 2.478 max_d=2.478 avg_d=1.230 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.829, 1.558, 2.286, 3.025 max_d=3.025 avg_d=1.558 std_dev=0.728
O5' B 0, 0.738, 2.105, 3.473, 5.279 max_d=5.279 avg_d=2.105 std_dev=1.367
P B 0, 0.805, 2.400, 3.995, 5.757 max_d=5.757 avg_d=2.400 std_dev=1.595
OP2 B 0, 0.690, 2.330, 3.969, 5.988 max_d=5.988 avg_d=2.330 std_dev=1.639
OP1 B 0, 0.973, 2.722, 4.470, 6.205 max_d=6.205 avg_d=2.722 std_dev=1.748

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.24 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.22 0.14 0.23 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.01 0.01 0.16 0.22 0.22 0.12
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.11 0.04 0.05 0.07 0.11 0.02 0.01 0.01 0.23 0.29 0.25 0.20
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.32 0.25 0.29 0.25
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.03 0.34 0.27 0.31 0.27
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.15 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.04 0.29 0.21 0.25 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.20 0.13 0.23 0.14
N3 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.27 0.19 0.25 0.20
N4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.10 0.03 0.34 0.29 0.33 0.29
O2 0.05 0.01 0.11 0.11 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.13 0.05 0.17 0.12 0.22 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.02 0.08 0.06 0.14 0.00 0.02 0.05 0.08 0.21 0.23 0.09
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.04 0.13 0.04 0.06 0.10 0.13 0.02 0.00 0.01 0.22 0.40 0.33 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.00 0.08 0.06 0.29 0.13
O5' 0.09 0.22 0.16 0.23 0.32 0.01 0.34 0.01 0.29 0.20 0.27 0.34 0.17 0.08 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.14 0.22 0.29 0.25 0.11 0.27 0.08 0.21 0.13 0.19 0.29 0.12 0.21 0.40 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.23 0.22 0.25 0.29 0.23 0.31 0.23 0.25 0.23 0.25 0.33 0.22 0.23 0.33 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.12 0.20 0.25 0.04 0.27 0.01 0.21 0.14 0.20 0.29 0.10 0.09 0.28 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.23 0.27 0.24 0.25 0.31 0.26 0.32 0.25 0.30 0.24 0.23 0.25 0.28 0.29 0.30 0.21 0.34 0.35 0.35 0.37 0.34
C2 0.30 0.24 0.21 0.16 0.25 0.23 0.25 0.22 0.25 0.28 0.24 0.24 0.25 0.27 0.27 0.24 0.15 0.29 0.32 0.28 0.35 0.32
C2' 0.33 0.24 0.25 0.23 0.27 0.31 0.28 0.35 0.26 0.32 0.25 0.25 0.26 0.30 0.30 0.27 0.25 0.35 0.27 0.44 0.23 0.29
C3' 0.22 0.22 0.18 0.20 0.21 0.27 0.21 0.33 0.22 0.22 0.22 0.20 0.22 0.22 0.21 0.18 0.25 0.24 0.22 0.47 0.18 0.26
C4 0.18 0.19 0.15 0.17 0.15 0.20 0.16 0.19 0.18 0.15 0.19 0.15 0.18 0.15 0.15 0.22 0.21 0.21 0.30 0.30 0.47 0.35
C4' 0.23 0.19 0.19 0.19 0.19 0.26 0.19 0.30 0.19 0.22 0.20 0.18 0.20 0.21 0.21 0.20 0.20 0.26 0.23 0.36 0.27 0.24
C5 0.18 0.17 0.13 0.15 0.14 0.20 0.14 0.19 0.16 0.14 0.18 0.14 0.17 0.14 0.14 0.19 0.18 0.22 0.27 0.27 0.48 0.33
C5' 0.16 0.16 0.13 0.15 0.13 0.22 0.14 0.25 0.15 0.14 0.17 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.17 0.20 0.18 0.35 0.25 0.20
C6 0.17 0.18 0.12 0.13 0.16 0.18 0.17 0.18 0.18 0.16 0.19 0.16 0.18 0.17 0.16 0.13 0.15 0.19 0.25 0.24 0.41 0.28
N1 0.25 0.21 0.19 0.16 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.24 0.22 0.21 0.22 0.23 0.23 0.19 0.16 0.26 0.29 0.27 0.37 0.29
N3 0.22 0.22 0.14 0.14 0.22 0.17 0.22 0.16 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.22 0.14 0.19 0.22 0.31 0.28 0.40 0.33
N4 0.27 0.20 0.26 0.26 0.13 0.29 0.13 0.27 0.16 0.17 0.21 0.12 0.17 0.14 0.18 0.36 0.29 0.30 0.37 0.38 0.57 0.44
O2 0.41 0.27 0.31 0.23 0.30 0.34 0.30 0.31 0.29 0.36 0.28 0.28 0.29 0.33 0.35 0.41 0.20 0.42 0.40 0.34 0.33 0.37
O2' 0.46 0.27 0.36 0.33 0.35 0.45 0.35 0.48 0.31 0.44 0.28 0.30 0.31 0.40 0.41 0.42 0.31 0.50 0.43 0.57 0.39 0.46
O3' 0.23 0.24 0.19 0.24 0.23 0.31 0.24 0.40 0.24 0.24 0.25 0.23 0.25 0.24 0.23 0.19 0.31 0.26 0.32 0.63 0.26 0.39
O4' 0.27 0.21 0.23 0.23 0.21 0.29 0.22 0.30 0.22 0.25 0.23 0.20 0.23 0.24 0.24 0.25 0.23 0.29 0.35 0.36 0.42 0.35
O5' 0.33 0.32 0.30 0.28 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.30 0.27 0.35 0.28 0.35 0.35 0.28
OP1 0.27 0.26 0.22 0.23 0.25 0.33 0.27 0.35 0.28 0.26 0.29 0.25 0.30 0.27 0.25 0.28 0.24 0.31 0.22 0.39 0.23 0.23
OP2 0.35 0.31 0.33 0.32 0.33 0.40 0.34 0.38 0.34 0.34 0.34 0.31 0.36 0.35 0.33 0.40 0.35 0.39 0.28 0.38 0.31 0.27
P 0.26 0.27 0.23 0.22 0.26 0.28 0.28 0.27 0.29 0.26 0.29 0.26 0.31 0.27 0.25 0.27 0.23 0.28 0.18 0.29 0.30 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.25 0.26 0.28
C2 0.03 0.00 0.10 0.19 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.02 0.69 0.77 0.98 0.86
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.08 0.11 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.31 0.27 0.26 0.31
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.03 0.13 0.10 0.17 0.17 0.12 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.41 0.33 0.21 0.34
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.62 0.68 0.78 0.75
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.19 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.02 0.74 0.85 0.95 0.92
C5' 0.04 0.22 0.03 0.03 0.20 0.00 0.25 0.00 0.28 0.20 0.26 0.18 0.30 0.26 0.15 0.04 0.02 0.01 0.01 0.17 0.36 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.13 0.01 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.80 0.96 1.12 1.03
C8 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.56 0.66 0.58 0.69
N1 0.02 0.00 0.08 0.17 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.78 0.91 1.12 0.99
N3 0.03 0.00 0.11 0.17 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.02 0.60 0.63 0.81 0.72
N6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.85 1.07 1.22 1.12
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.70 0.86 0.85 0.90
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.49 0.53 0.53 0.58
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.11 0.10 0.09 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.11 0.14 0.12 0.12
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.02 0.13 0.12 0.18 0.18 0.13 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.35 0.31 0.20 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.16 0.26 0.17
O5' 0.21 0.69 0.31 0.41 0.62 0.01 0.74 0.01 0.80 0.56 0.78 0.60 0.85 0.70 0.49 0.11 0.35 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.77 0.27 0.33 0.68 0.10 0.85 0.17 0.96 0.66 0.91 0.63 1.07 0.86 0.53 0.14 0.31 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.98 0.26 0.21 0.78 0.19 0.95 0.36 1.12 0.58 1.12 0.81 1.22 0.85 0.53 0.12 0.20 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.86 0.31 0.34 0.75 0.06 0.92 0.02 1.03 0.69 0.99 0.72 1.12 0.90 0.58 0.12 0.28 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00