ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50987

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.007, 0.066, 0.125, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.066 std_dev=0.059
O4' A 0, -0.055, 0.236, 0.527, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.236 std_dev=0.291
C2' A 0, -0.017, 0.282, 0.581, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.282 std_dev=0.299
O2' A 0, 0.021, 0.321, 0.621, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.321 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.154, 0.526, 0.898, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.526 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.152, 0.539, 0.925, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.539 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.169, 0.590, 1.011, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.590 std_dev=0.421
C6 B 0, 0.168, 0.619, 1.071, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.619 std_dev=0.452
C4' A 0, -0.077, 0.379, 0.836, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.379 std_dev=0.456
N9 B 0, 0.162, 0.631, 1.100, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.631 std_dev=0.469
N6 B 0, 0.177, 0.646, 1.116, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.646 std_dev=0.470
C3' A 0, -0.082, 0.412, 0.905, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.412 std_dev=0.494
N3 B 0, 0.178, 0.689, 1.201, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.689 std_dev=0.511
C2' B 0, -0.066, 0.459, 0.984, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.459 std_dev=0.525
C1' B 0, 0.183, 0.731, 1.279, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.731 std_dev=0.548
N7 B 0, 0.117, 0.713, 1.309, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.713 std_dev=0.596
N1 B 0, 0.164, 0.858, 1.552, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.858 std_dev=0.694
O3' A 0, -0.131, 0.563, 1.257, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.563 std_dev=0.694
C8 B 0, 0.108, 0.806, 1.505, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.806 std_dev=0.699
OP1 A 0, 0.052, 0.751, 1.450, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.751 std_dev=0.699
C2 B 0, 0.157, 0.887, 1.616, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.887 std_dev=0.729
C5' A 0, -0.091, 0.658, 1.406, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.658 std_dev=0.749
O5' A 0, -0.126, 0.731, 1.588, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.731 std_dev=0.857
C3' B 0, 0.126, 1.015, 1.904, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.015 std_dev=0.889
O4' B 0, 0.315, 1.244, 2.173, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.244 std_dev=0.929
C4' B 0, 0.212, 1.278, 2.345, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.278 std_dev=1.067
O3' B 0, 0.229, 1.317, 2.406, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.317 std_dev=1.088
P A 0, -0.104, 0.992, 2.089, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.992 std_dev=1.096
C5' B 0, 0.470, 1.923, 3.376, 3.511 max_d=3.511 avg_d=1.923 std_dev=1.453
O5' B 0, 0.516, 2.013, 3.510, 3.586 max_d=3.586 avg_d=2.013 std_dev=1.497
OP1 B 0, 0.345, 1.955, 3.565, 3.944 max_d=3.944 avg_d=1.955 std_dev=1.610
OP2 A 0, -0.293, 1.378, 3.050, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.378 std_dev=1.672
P B 0, 0.733, 2.626, 4.519, 4.391 max_d=4.391 avg_d=2.626 std_dev=1.893
OP2 B 0, 1.275, 4.386, 7.498, 6.884 max_d=6.884 avg_d=4.386 std_dev=3.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.19 0.28 0.05
C2 0.00 0.00 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.18 0.02 0.03 0.36 0.54 0.02
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.19 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.16 0.05
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.14 0.07 0.23 0.03 0.01 0.01 0.02 0.25 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.06 0.48 0.90 0.06
C4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.15 0.47 0.99 0.15
C5' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.12 0.32 0.00
C6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.18 0.38 0.79 0.15
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.32 0.54 0.06
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.03 0.03 0.43 0.71 0.03
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.03 0.05 0.53 0.99 0.06
O2 0.00 0.00 0.19 0.23 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.27 0.02 0.07 0.31 0.38 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.10 0.06 0.03
O3' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.09 0.02 0.04 0.01 0.09 0.03 0.19 0.12 0.27 0.03 0.00 0.01 0.06 0.46 0.26 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.23 0.14 0.05
O5' 0.07 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.15 0.00 0.18 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.06 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.19 0.36 0.08 0.25 0.48 0.07 0.47 0.12 0.38 0.32 0.43 0.53 0.31 0.10 0.46 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.54 0.16 0.04 0.90 0.15 0.99 0.32 0.79 0.54 0.71 0.99 0.38 0.06 0.26 0.14 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.15 0.00 0.15 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.13 0.08 0.11 0.11 0.11 0.12 0.05 0.01 0.29 0.11 0.03 0.01 0.22 0.24 0.10 0.32 0.33 0.07 0.04 0.26 0.11
C2 0.29 0.12 0.05 0.11 0.12 0.09 0.13 0.04 0.04 0.29 0.09 0.02 0.05 0.23 0.24 0.05 0.34 0.33 0.05 0.01 0.20 0.09
C2' 0.37 0.05 0.14 0.10 0.24 0.20 0.24 0.17 0.15 0.37 0.06 0.14 0.14 0.31 0.33 0.14 0.27 0.44 0.16 0.16 0.34 0.16
C3' 0.41 0.14 0.17 0.11 0.30 0.24 0.28 0.21 0.20 0.40 0.13 0.23 0.18 0.34 0.38 0.15 0.26 0.48 0.18 0.19 0.28 0.15
C4 0.28 0.19 0.06 0.07 0.11 0.11 0.10 0.09 0.03 0.26 0.15 0.09 0.02 0.19 0.23 0.04 0.24 0.30 0.07 0.05 0.19 0.15
C4' 0.33 0.02 0.10 0.10 0.19 0.15 0.17 0.10 0.07 0.32 0.03 0.09 0.06 0.26 0.29 0.11 0.32 0.39 0.07 0.08 0.24 0.08
C5 0.27 0.21 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.10 0.06 0.25 0.18 0.12 0.06 0.18 0.23 0.08 0.23 0.31 0.08 0.06 0.18 0.14
C5' 0.32 0.03 0.08 0.11 0.17 0.13 0.15 0.08 0.04 0.29 0.05 0.09 0.02 0.22 0.27 0.08 0.33 0.38 0.03 0.05 0.19 0.05
C6 0.28 0.18 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.08 0.04 0.27 0.16 0.09 0.04 0.20 0.23 0.10 0.26 0.32 0.04 0.05 0.13 0.08
N1 0.29 0.14 0.08 0.10 0.11 0.11 0.11 0.06 0.00 0.29 0.12 0.04 0.01 0.22 0.24 0.09 0.30 0.33 0.03 0.03 0.18 0.07
N3 0.29 0.14 0.03 0.10 0.11 0.09 0.12 0.06 0.03 0.28 0.10 0.04 0.04 0.22 0.24 0.01 0.31 0.31 0.00 0.03 0.15 0.10
N4 0.26 0.24 0.04 0.06 0.11 0.10 0.09 0.11 0.05 0.24 0.18 0.15 0.04 0.18 0.22 0.01 0.19 0.27 0.11 0.07 0.30 0.23
O2 0.29 0.10 0.03 0.14 0.14 0.07 0.15 0.01 0.08 0.31 0.07 0.04 0.09 0.25 0.25 0.03 0.41 0.33 0.12 0.02 0.30 0.15
O2' 0.31 0.03 0.10 0.09 0.18 0.15 0.19 0.09 0.10 0.33 0.03 0.08 0.11 0.27 0.28 0.11 0.31 0.38 0.15 0.12 0.46 0.22
O3' 0.47 0.28 0.21 0.14 0.40 0.30 0.39 0.29 0.32 0.47 0.27 0.35 0.30 0.43 0.46 0.18 0.23 0.56 0.26 0.27 0.41 0.26
O4' 0.27 0.17 0.05 0.13 0.09 0.08 0.08 0.01 0.04 0.27 0.16 0.07 0.05 0.19 0.22 0.09 0.35 0.32 0.07 0.01 0.26 0.12
O5' 0.28 0.03 0.06 0.13 0.15 0.10 0.12 0.07 0.02 0.24 0.05 0.09 0.02 0.18 0.24 0.04 0.36 0.34 0.00 0.04 0.17 0.08
OP1 0.62 0.48 0.51 0.45 0.59 0.46 0.58 0.44 0.52 0.65 0.46 0.55 0.49 0.62 0.64 0.45 0.41 0.62 0.47 0.43 0.34 0.39
OP2 0.67 1.02 0.81 0.85 0.85 0.69 0.92 0.70 1.03 0.77 1.08 0.89 1.09 0.87 0.75 0.75 0.96 0.63 0.76 0.79 1.01 0.88
P 0.26 0.03 0.05 0.13 0.14 0.09 0.10 0.08 0.01 0.21 0.06 0.10 0.05 0.14 0.22 0.03 0.34 0.32 0.02 0.05 0.18 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.33 0.37
C2 0.04 0.00 0.31 0.31 0.00 0.13 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.31 0.42 0.03 0.35 0.33 0.80 0.61
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.09 0.20 0.22 0.33 0.03 0.15 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.26 0.21
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 0.34 0.20 0.32 0.06 0.27 0.07 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.17 0.10
C4 0.02 0.00 0.13 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.13 0.03 0.30 0.29 0.70 0.56
C4' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.04 0.23 0.06 0.14 0.10 0.20 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.14 0.11
C5 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.38 0.24 0.84 0.61
C5' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.14 0.32 0.04 0.08 0.23 0.32 0.12 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.23 0.02
C6 0.01 0.02 0.09 0.04 0.00 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.05 0.38 0.25 0.92 0.64
C8 0.03 0.01 0.20 0.34 0.00 0.23 0.00 0.32 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.37 0.04 0.46 0.19 0.66 0.53
N1 0.03 0.01 0.22 0.20 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.28 0.04 0.36 0.29 0.89 0.64
N3 0.05 0.00 0.33 0.32 0.01 0.14 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.30 0.41 0.02 0.32 0.35 0.70 0.57
N6 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.07 0.45 0.23 1.02 0.68
N7 0.03 0.01 0.15 0.27 0.00 0.20 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.31 0.05 0.49 0.20 0.86 0.62
N9 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.27 0.25 0.55 0.49
O2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.12 0.03 0.04 0.03 0.11 0.14 0.23 0.30 0.06 0.10 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13 0.11
O3' 0.01 0.42 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.02 0.07 0.37 0.28 0.41 0.05 0.31 0.07 0.00 0.00 0.01 0.13 0.23 0.05 0.15
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.07 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.16 0.33 0.22 0.36
O5' 0.17 0.35 0.09 0.04 0.30 0.00 0.38 0.01 0.38 0.46 0.36 0.32 0.45 0.49 0.27 0.02 0.13 0.16 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.33 0.07 0.03 0.29 0.10 0.24 0.11 0.25 0.19 0.29 0.35 0.23 0.20 0.25 0.03 0.23 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.80 0.26 0.17 0.70 0.14 0.84 0.23 0.92 0.66 0.89 0.70 1.02 0.86 0.55 0.13 0.05 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.37 0.61 0.21 0.10 0.56 0.11 0.61 0.02 0.64 0.53 0.64 0.57 0.68 0.62 0.49 0.11 0.15 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00