ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 9, 14, 14, 8, 8, 12, 18, 17, 10, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.012, 0.020, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.043, 0.063, 0.083, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.063 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.029, 0.051, 0.074, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.051 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.079, 0.225, 0.372, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.225 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.114, 0.267, 0.421, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.267 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.347, 0.566, 0.784, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.566 std_dev=0.219
O2' A 0, 0.145, 0.367, 0.590, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.367 std_dev=0.222
C4' A 0, 0.114, 0.346, 0.578, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.346 std_dev=0.232
C3' A 0, 0.140, 0.380, 0.620, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.380 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.414, 0.679, 0.944, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.679 std_dev=0.265
N3 B 0, 0.430, 0.708, 0.986, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.708 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.456, 0.738, 1.021, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.738 std_dev=0.282
N1 B 0, 0.451, 0.734, 1.018, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.734 std_dev=0.284
O2 B 0, 0.398, 0.711, 1.024, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.711 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.287, 0.606, 0.926, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.606 std_dev=0.319
C4 B 0, 0.473, 0.801, 1.129, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.801 std_dev=0.328
O3' A 0, 0.163, 0.495, 0.827, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.495 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.480, 0.821, 1.161, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.821 std_dev=0.341
N4 B 0, 0.490, 0.854, 1.218, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.854 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.511, 0.902, 1.293, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.902 std_dev=0.391
C5' A 0, 0.250, 0.664, 1.079, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.664 std_dev=0.414
O3' B 0, 0.514, 0.933, 1.352, 2.824 max_d=2.824 avg_d=0.933 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.516, 0.941, 1.367, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.941 std_dev=0.426
C4' B 0, 0.543, 1.006, 1.470, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.006 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.541, 1.009, 1.476, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.009 std_dev=0.468
O5' A 0, 0.244, 0.811, 1.377, 3.682 max_d=3.682 avg_d=0.811 std_dev=0.567
P A 0, 0.203, 0.837, 1.472, 4.777 max_d=4.777 avg_d=0.837 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.691, 1.438, 2.186, 3.298 max_d=3.298 avg_d=1.438 std_dev=0.748
OP2 A 0, 0.143, 0.916, 1.688, 5.931 max_d=5.931 avg_d=0.916 std_dev=0.773
O5' B 0, 0.755, 1.626, 2.498, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.626 std_dev=0.872
OP1 A 0, 0.065, 1.137, 2.208, 6.888 max_d=6.888 avg_d=1.137 std_dev=1.072
P B 0, 1.042, 2.515, 3.989, 4.691 max_d=4.691 avg_d=2.515 std_dev=1.474
OP2 B 0, 1.111, 2.723, 4.335, 5.140 max_d=5.140 avg_d=2.723 std_dev=1.612
OP1 B 0, 1.131, 2.859, 4.586, 5.442 max_d=5.442 avg_d=2.859 std_dev=1.728

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.17 0.32 0.39 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.04 0.38 0.46 0.37 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.04 0.10 0.02 0.06 0.05 0.15 0.00 0.03 0.01 0.32 0.45 0.22 0.22
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.12 0.06 0.11 0.11 0.14 0.01 0.01 0.01 0.40 0.54 0.13 0.30
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.02 0.53 0.52 0.44 0.31
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.20 0.38 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04 0.54 0.49 0.45 0.31
C5' 0.03 0.09 0.04 0.03 0.15 0.00 0.16 0.00 0.13 0.09 0.13 0.17 0.08 0.04 0.08 0.01 0.01 0.17 0.44 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.05 0.48 0.44 0.43 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.36 0.42 0.39 0.18
N3 0.02 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.46 0.51 0.40 0.26
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.02 0.56 0.53 0.47 0.34
O2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.07 0.31 0.45 0.35 0.17
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.10 0.07 0.11 0.04 0.11 0.05 0.08 0.11 0.12 0.00 0.05 0.06 0.11 0.33 0.29 0.10
O3' 0.07 0.09 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.08 0.12 0.04 0.08 0.10 0.16 0.05 0.00 0.04 0.31 0.64 0.18 0.34
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.04 0.00 0.08 0.26 0.52 0.21
O5' 0.17 0.38 0.32 0.40 0.53 0.01 0.54 0.01 0.48 0.36 0.46 0.56 0.31 0.11 0.31 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.32 0.46 0.45 0.54 0.52 0.20 0.49 0.17 0.44 0.42 0.51 0.53 0.45 0.33 0.64 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.37 0.22 0.13 0.44 0.38 0.45 0.44 0.43 0.39 0.40 0.47 0.35 0.29 0.18 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.20 0.22 0.30 0.31 0.05 0.31 0.01 0.25 0.18 0.26 0.34 0.17 0.10 0.34 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.19 0.17 0.13 0.19 0.12 0.25 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.18 0.29 0.24 0.15 0.17 0.13 0.18
C2 0.15 0.13 0.17 0.14 0.13 0.20 0.12 0.23 0.13 0.12 0.15 0.14 0.15 0.16 0.23 0.25 0.13 0.16 0.13 0.15
C2' 0.14 0.15 0.19 0.16 0.14 0.25 0.14 0.36 0.15 0.13 0.16 0.15 0.17 0.23 0.27 0.26 0.26 0.22 0.23 0.33
C3' 0.22 0.16 0.19 0.20 0.18 0.38 0.21 0.52 0.23 0.19 0.17 0.18 0.18 0.23 0.26 0.38 0.41 0.41 0.41 0.54
C4 0.22 0.12 0.12 0.10 0.13 0.28 0.16 0.31 0.19 0.16 0.13 0.14 0.12 0.14 0.17 0.36 0.18 0.12 0.13 0.23
C4' 0.18 0.12 0.15 0.13 0.13 0.29 0.16 0.40 0.18 0.15 0.13 0.14 0.13 0.17 0.25 0.34 0.28 0.22 0.24 0.37
C5 0.23 0.12 0.12 0.10 0.15 0.30 0.19 0.35 0.21 0.18 0.13 0.15 0.12 0.14 0.18 0.39 0.22 0.16 0.18 0.30
C5' 0.31 0.20 0.14 0.17 0.23 0.43 0.29 0.56 0.32 0.27 0.19 0.22 0.17 0.17 0.23 0.50 0.43 0.40 0.42 0.56
C6 0.19 0.12 0.13 0.11 0.14 0.27 0.16 0.33 0.18 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.21 0.35 0.20 0.14 0.15 0.27
N1 0.15 0.12 0.16 0.13 0.13 0.22 0.13 0.28 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.16 0.24 0.28 0.16 0.13 0.11 0.19
N3 0.17 0.12 0.14 0.11 0.13 0.23 0.12 0.24 0.13 0.12 0.14 0.14 0.15 0.14 0.19 0.28 0.13 0.13 0.11 0.15
N4 0.27 0.13 0.12 0.12 0.15 0.31 0.19 0.31 0.23 0.20 0.13 0.15 0.12 0.17 0.15 0.40 0.20 0.14 0.17 0.25
O2 0.14 0.16 0.20 0.19 0.15 0.17 0.14 0.20 0.14 0.14 0.17 0.16 0.18 0.19 0.27 0.20 0.15 0.25 0.21 0.16
O2' 0.17 0.19 0.25 0.21 0.19 0.18 0.17 0.26 0.17 0.17 0.20 0.19 0.21 0.26 0.31 0.21 0.20 0.21 0.19 0.24
O3' 0.19 0.16 0.20 0.20 0.17 0.37 0.21 0.54 0.22 0.18 0.17 0.17 0.19 0.26 0.27 0.36 0.44 0.50 0.48 0.61
O4' 0.15 0.13 0.19 0.17 0.13 0.21 0.13 0.27 0.14 0.13 0.14 0.15 0.14 0.17 0.30 0.28 0.16 0.14 0.11 0.19
O5' 0.46 0.56 0.53 0.46 0.58 0.36 0.54 0.38 0.51 0.51 0.59 0.60 0.57 0.50 0.50 0.43 0.41 0.41 0.44 0.42
OP1 0.51 0.56 0.58 0.53 0.58 0.46 0.56 0.49 0.54 0.54 0.58 0.59 0.58 0.57 0.58 0.49 0.48 0.48 0.49 0.53
OP2 0.47 0.49 0.37 0.36 0.53 0.52 0.53 0.60 0.52 0.49 0.51 0.55 0.48 0.37 0.34 0.58 0.53 0.53 0.60 0.66
P 0.32 0.36 0.31 0.27 0.39 0.32 0.39 0.40 0.37 0.35 0.38 0.41 0.35 0.30 0.31 0.39 0.34 0.34 0.36 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.19 0.24 0.22 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.01 0.01 0.08 0.25 0.17 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.04 0.07 0.06 0.12 0.01 0.01 0.01 0.08 0.29 0.20 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.24 0.27 0.28 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.13 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.23 0.24 0.22 0.24
C5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.15 0.10 0.14 0.18 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.04 0.19 0.19 0.15 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.16 0.19 0.15 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.23 0.28 0.28 0.23
N4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.25 0.30 0.31 0.30
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.04 0.17 0.25 0.22 0.16
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.08 0.07 0.12 0.00 0.03 0.04 0.07 0.23 0.14 0.09
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.10 0.04 0.08 0.08 0.14 0.03 0.00 0.01 0.08 0.38 0.27 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.14 0.11
O5' 0.08 0.19 0.08 0.08 0.24 0.02 0.23 0.01 0.19 0.16 0.23 0.25 0.17 0.07 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.24 0.25 0.29 0.27 0.13 0.24 0.07 0.19 0.19 0.28 0.30 0.25 0.23 0.38 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.22 0.17 0.20 0.28 0.03 0.22 0.02 0.15 0.15 0.28 0.31 0.22 0.14 0.27 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.18 0.12 0.16 0.26 0.02 0.24 0.02 0.16 0.13 0.23 0.30 0.16 0.09 0.22 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00