ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 18, 16, 5, 7, 9, 11, 9, 6, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.006, 0.036, 0.065, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C2 B 0, 0.274, 0.477, 0.680, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.477 std_dev=0.203
O2 B 0, 0.280, 0.518, 0.757, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.518 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.296, 0.556, 0.817, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.556 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.252, 0.513, 0.775, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.513 std_dev=0.262
O2' B 0, 0.306, 0.573, 0.840, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.573 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.272, 0.541, 0.809, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.541 std_dev=0.269
O4' A 0, -0.087, 0.187, 0.461, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.187 std_dev=0.274
C2' A 0, -0.103, 0.197, 0.497, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.197 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.246, 0.553, 0.861, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.553 std_dev=0.307
C2' B 0, 0.261, 0.581, 0.900, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.581 std_dev=0.320
N4 B 0, 0.299, 0.632, 0.965, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.632 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.271, 0.619, 0.966, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.619 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.253, 0.636, 1.019, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.636 std_dev=0.383
C4' A 0, -0.122, 0.298, 0.719, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.298 std_dev=0.421
C3' A 0, -0.116, 0.305, 0.726, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.305 std_dev=0.421
O2' A 0, -0.210, 0.274, 0.759, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.274 std_dev=0.485
O5' A 0, -0.020, 0.489, 0.997, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.489 std_dev=0.509
O4' B 0, 0.232, 0.762, 1.293, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.762 std_dev=0.530
C5' A 0, -0.086, 0.476, 1.038, 2.729 max_d=2.729 avg_d=0.476 std_dev=0.562
O3' A 0, -0.131, 0.445, 1.021, 2.683 max_d=2.683 avg_d=0.445 std_dev=0.576
C3' B 0, 0.199, 0.795, 1.392, 2.122 max_d=2.122 avg_d=0.795 std_dev=0.597
P A 0, 0.140, 0.738, 1.337, 2.512 max_d=2.512 avg_d=0.738 std_dev=0.598
C4' B 0, 0.219, 0.900, 1.580, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.900 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.177, 0.862, 1.547, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.862 std_dev=0.685
OP1 B 0, 0.390, 1.287, 2.185, 5.514 max_d=5.514 avg_d=1.287 std_dev=0.898
C5' B 0, 0.212, 1.190, 2.168, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.190 std_dev=0.978
O5' B 0, 0.420, 1.542, 2.664, 4.051 max_d=4.051 avg_d=1.542 std_dev=1.122
OP2 A 0, -0.041, 1.120, 2.281, 4.422 max_d=4.422 avg_d=1.120 std_dev=1.161
P B 0, 0.506, 1.880, 3.255, 4.793 max_d=4.793 avg_d=1.880 std_dev=1.375
OP1 A 0, -0.100, 1.337, 2.775, 4.667 max_d=4.667 avg_d=1.337 std_dev=1.438
OP2 B 0, 0.517, 2.927, 5.336, 7.042 max_d=7.042 avg_d=2.927 std_dev=2.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.16 0.01 0.13 0.71 0.25 0.21
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.07 0.21 0.93 0.43 0.28
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.12 0.13 0.02 0.09 0.05 0.21 0.00 0.02 0.01 0.30 0.53 0.26 0.32
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.19 0.00 0.18 0.02 0.15 0.12 0.19 0.21 0.15 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.04 0.19 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.12 0.03 0.27 1.02 0.63 0.33
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.05 0.07 0.06 0.16 0.02 0.00 0.01 0.27 0.25 0.08
C5 0.01 0.01 0.11 0.18 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.13 0.07 0.28 1.01 0.64 0.34
C5' 0.05 0.07 0.12 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.08 0.10 0.10 0.05 0.12 0.01 0.01 0.19 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.10 0.09 0.25 0.95 0.49 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.06 0.02 0.20 0.88 0.38 0.27
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.24 1.00 0.54 0.31
N4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.14 0.03 0.28 1.03 0.71 0.34
O2 0.04 0.01 0.21 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.16 0.13 0.18 0.88 0.36 0.26
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.20 0.16 0.26 0.05 0.24 0.11 0.11 0.22 0.13 0.00 0.04 0.11 0.20 0.48 0.24 0.26
O3' 0.16 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.12 0.10 0.06 0.10 0.14 0.16 0.04 0.00 0.12 0.19 0.43 0.23 0.19
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.03 0.13 0.11 0.12 0.00 0.05 0.66 0.26 0.21
O5' 0.13 0.21 0.30 0.20 0.27 0.01 0.28 0.01 0.25 0.20 0.24 0.28 0.18 0.20 0.19 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.71 0.93 0.53 0.25 1.02 0.27 1.01 0.19 0.95 0.88 1.00 1.03 0.88 0.48 0.43 0.66 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.43 0.26 0.17 0.63 0.25 0.64 0.36 0.49 0.38 0.54 0.71 0.36 0.24 0.23 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.28 0.32 0.14 0.33 0.08 0.34 0.01 0.31 0.27 0.31 0.34 0.26 0.26 0.19 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.19 0.15 0.14 0.20 0.25 0.19 0.29 0.19 0.19 0.20 0.21 0.20 0.15 0.22 0.28 0.18 0.44 0.95 0.40
C2 0.21 0.19 0.14 0.12 0.20 0.23 0.19 0.26 0.19 0.19 0.20 0.20 0.21 0.13 0.19 0.28 0.14 0.39 0.64 0.26
C2' 0.22 0.14 0.19 0.21 0.16 0.34 0.19 0.42 0.21 0.18 0.15 0.16 0.15 0.20 0.25 0.33 0.34 0.66 1.24 0.61
C3' 0.27 0.16 0.20 0.21 0.18 0.40 0.23 0.50 0.27 0.23 0.15 0.16 0.15 0.20 0.19 0.41 0.36 0.69 1.17 0.60
C4 0.21 0.15 0.10 0.10 0.16 0.23 0.18 0.25 0.19 0.18 0.16 0.17 0.14 0.11 0.17 0.31 0.32 0.33 0.18 0.18
C4' 0.23 0.18 0.14 0.14 0.19 0.31 0.21 0.39 0.22 0.20 0.19 0.20 0.17 0.15 0.19 0.35 0.21 0.50 1.00 0.43
C5 0.22 0.14 0.10 0.10 0.16 0.26 0.18 0.29 0.20 0.18 0.15 0.17 0.13 0.11 0.18 0.33 0.31 0.36 0.22 0.17
C5' 0.29 0.22 0.16 0.16 0.25 0.37 0.27 0.46 0.28 0.25 0.24 0.25 0.21 0.15 0.18 0.42 0.26 0.49 0.83 0.39
C6 0.22 0.16 0.11 0.11 0.17 0.26 0.18 0.30 0.19 0.18 0.17 0.18 0.15 0.11 0.19 0.33 0.21 0.39 0.44 0.17
N1 0.22 0.18 0.13 0.12 0.19 0.25 0.19 0.29 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19 0.13 0.20 0.30 0.14 0.40 0.66 0.26
N3 0.21 0.18 0.11 0.10 0.19 0.22 0.19 0.23 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.11 0.18 0.28 0.20 0.35 0.33 0.14
N4 0.20 0.13 0.12 0.11 0.15 0.22 0.18 0.23 0.19 0.17 0.14 0.16 0.12 0.14 0.17 0.30 0.45 0.30 0.36 0.32
O2 0.21 0.21 0.16 0.15 0.22 0.23 0.20 0.26 0.20 0.20 0.22 0.22 0.23 0.16 0.21 0.26 0.22 0.41 0.91 0.41
O2' 0.26 0.27 0.19 0.18 0.27 0.30 0.27 0.37 0.26 0.26 0.28 0.28 0.29 0.20 0.21 0.31 0.31 0.55 1.41 0.63
O3' 0.24 0.16 0.20 0.22 0.18 0.38 0.23 0.51 0.25 0.21 0.16 0.17 0.16 0.20 0.22 0.38 0.32 0.67 1.30 0.61
O4' 0.25 0.25 0.20 0.19 0.26 0.27 0.25 0.32 0.24 0.24 0.26 0.27 0.25 0.20 0.26 0.32 0.16 0.39 0.84 0.33
O5' 0.24 0.29 0.29 0.25 0.30 0.26 0.26 0.31 0.25 0.25 0.31 0.32 0.31 0.27 0.32 0.29 0.20 0.58 0.75 0.33
OP1 1.04 1.14 1.01 0.97 1.17 1.00 1.13 1.01 1.09 1.09 1.18 1.19 1.16 0.98 0.90 1.01 0.93 0.62 0.64 0.71
OP2 0.54 0.63 0.59 0.55 0.64 0.48 0.60 0.50 0.58 0.58 0.66 0.67 0.65 0.53 0.58 0.54 0.52 0.96 0.89 0.68
P 0.38 0.38 0.32 0.30 0.40 0.42 0.39 0.47 0.39 0.37 0.40 0.42 0.38 0.33 0.29 0.45 0.35 0.45 0.44 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.42 0.32 0.40 0.26
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.72 0.18 1.16 0.69
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.08 0.09 0.10 0.00 0.02 0.01 0.27 0.15 0.21 0.18
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.11 0.05 0.08 0.10 0.09 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.18 0.20
C4 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.03 0.96 0.35 1.91 1.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.32 0.25 0.12
C5 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.04 1.00 0.37 1.97 1.13
C5' 0.03 0.10 0.01 0.03 0.18 0.01 0.20 0.00 0.18 0.10 0.14 0.20 0.06 0.05 0.07 0.02 0.01 0.11 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.90 0.23 1.51 0.91
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.71 0.17 1.05 0.64
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.85 0.24 1.57 0.90
N4 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 1.01 0.43 2.17 1.21
O2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.11 0.03 0.59 0.22 0.85 0.51
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.09 0.08 0.13 0.00 0.04 0.05 0.04 0.37 0.42 0.19
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.07 0.13 0.06 0.11 0.15 0.11 0.04 0.00 0.02 0.14 0.30 0.38 0.14
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.33 0.49 0.20 0.13
O5' 0.42 0.72 0.27 0.20 0.96 0.01 1.00 0.01 0.90 0.71 0.85 1.01 0.59 0.04 0.14 0.33 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.32 0.18 0.15 0.20 0.35 0.32 0.37 0.11 0.23 0.17 0.24 0.43 0.22 0.37 0.30 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.16 0.21 0.18 1.91 0.25 1.97 0.06 1.51 1.05 1.57 2.17 0.85 0.42 0.38 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.69 0.18 0.20 1.09 0.12 1.13 0.02 0.91 0.64 0.90 1.21 0.51 0.19 0.14 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00