ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50990

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 6, 6, 6, 4, 1, 3, 1, 2, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.014 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.013, 0.033, 0.052, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.020, 0.046, 0.072, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.046 std_dev=0.026
O4' A 0, -0.078, 0.230, 0.538, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.230 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.231, 0.550, 0.869, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.550 std_dev=0.319
N1 B 0, 0.245, 0.566, 0.887, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.566 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.292, 0.625, 0.959, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.625 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.214, 0.552, 0.891, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.552 std_dev=0.339
N3 B 0, 0.241, 0.583, 0.925, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.583 std_dev=0.342
N4 B 0, 0.317, 0.674, 1.031, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.674 std_dev=0.357
C2' A 0, -0.096, 0.274, 0.643, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.274 std_dev=0.370
C2' B 0, 0.165, 0.545, 0.926, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.545 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.139, 0.520, 0.901, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.520 std_dev=0.381
O2 B 0, 0.229, 0.624, 1.019, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.624 std_dev=0.395
C5 B 0, 0.347, 0.745, 1.143, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.745 std_dev=0.398
C6 B 0, 0.305, 0.714, 1.123, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.714 std_dev=0.409
O4' B 0, 0.282, 0.701, 1.120, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.701 std_dev=0.419
P A 0, 0.169, 0.602, 1.036, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.602 std_dev=0.433
C3' B 0, 0.247, 0.708, 1.170, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.708 std_dev=0.461
C4' A 0, -0.119, 0.369, 0.856, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.369 std_dev=0.488
C4' B 0, 0.285, 0.774, 1.262, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.774 std_dev=0.488
O5' A 0, -0.028, 0.464, 0.955, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.464 std_dev=0.492
C3' A 0, -0.113, 0.389, 0.892, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.389 std_dev=0.503
O3' B 0, 0.250, 0.806, 1.361, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.806 std_dev=0.556
C5' A 0, -0.080, 0.516, 1.112, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.516 std_dev=0.596
C5' B 0, 0.359, 0.984, 1.610, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.984 std_dev=0.625
O2' A 0, -0.219, 0.424, 1.067, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.424 std_dev=0.643
O3' A 0, -0.178, 0.572, 1.322, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.572 std_dev=0.750
O5' B 0, 0.294, 1.151, 2.009, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.151 std_dev=0.858
OP1 A 0, 0.005, 0.920, 1.834, 3.945 max_d=3.945 avg_d=0.920 std_dev=0.915
OP2 A 0, 0.072, 1.245, 2.419, 3.613 max_d=3.613 avg_d=1.245 std_dev=1.173
P B 0, 0.294, 1.477, 2.659, 5.519 max_d=5.519 avg_d=1.477 std_dev=1.183
OP1 B 0, 0.249, 1.667, 3.085, 6.348 max_d=6.348 avg_d=1.667 std_dev=1.418
OP2 B 0, -0.002, 1.707, 3.417, 7.816 max_d=7.816 avg_d=1.707 std_dev=1.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.00 0.15 0.37 0.28 0.15
C2 0.01 0.00 0.14 0.22 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.11 0.07 0.11 0.47 0.49 0.13
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.16 0.18 0.19 0.03 0.10 0.06 0.29 0.00 0.02 0.01 0.37 0.57 0.35 0.43
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.25 0.00 0.21 0.01 0.16 0.15 0.25 0.26 0.21 0.02 0.01 0.01 0.04 0.14 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.25 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.10 0.01 0.14 0.57 0.69 0.16
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.09 0.05 0.23 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.16 0.21 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.11 0.05 0.14 0.61 0.67 0.17
C5' 0.07 0.06 0.18 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07 0.07 0.16 0.01 0.01 0.23 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.19 0.16 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.07 0.08 0.13 0.56 0.52 0.16
N1 0.00 0.01 0.03 0.15 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01 0.11 0.47 0.43 0.13
N3 0.01 0.00 0.10 0.25 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.05 0.13 0.52 0.61 0.15
N4 0.01 0.01 0.06 0.26 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.14 0.01 0.15 0.58 0.76 0.17
O2 0.03 0.00 0.29 0.21 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.19 0.11 0.10 0.41 0.43 0.12
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.32 0.23 0.37 0.07 0.33 0.18 0.22 0.35 0.12 0.00 0.04 0.16 0.30 0.61 0.26 0.42
O3' 0.24 0.11 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.16 0.07 0.08 0.10 0.14 0.19 0.04 0.00 0.18 0.18 0.28 0.41 0.18
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.16 0.18 0.00 0.05 0.40 0.19 0.10
O5' 0.15 0.11 0.37 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.13 0.11 0.13 0.15 0.10 0.30 0.18 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.37 0.47 0.57 0.14 0.57 0.19 0.61 0.23 0.56 0.47 0.52 0.58 0.41 0.61 0.28 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.49 0.35 0.12 0.69 0.15 0.67 0.27 0.52 0.43 0.61 0.76 0.43 0.26 0.41 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.13 0.43 0.07 0.16 0.03 0.17 0.01 0.16 0.13 0.15 0.17 0.12 0.42 0.18 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.29 0.14 0.13 0.27 0.12 0.21 0.14 0.18 0.21 0.31 0.29 0.34 0.12 0.18 0.14 0.10 0.22 0.59 0.25
C2 0.16 0.30 0.13 0.10 0.28 0.09 0.22 0.11 0.19 0.22 0.32 0.31 0.36 0.09 0.14 0.12 0.07 0.20 0.43 0.17
C2' 0.15 0.24 0.16 0.22 0.23 0.24 0.16 0.29 0.15 0.17 0.27 0.25 0.29 0.17 0.29 0.17 0.30 0.49 0.87 0.49
C3' 0.20 0.19 0.18 0.19 0.18 0.23 0.18 0.25 0.19 0.18 0.19 0.19 0.20 0.19 0.22 0.24 0.29 0.50 0.87 0.50
C4 0.15 0.24 0.11 0.12 0.26 0.12 0.22 0.12 0.18 0.19 0.28 0.28 0.27 0.15 0.19 0.16 0.15 0.23 0.19 0.11
C4' 0.14 0.26 0.14 0.14 0.27 0.11 0.20 0.13 0.16 0.18 0.31 0.31 0.30 0.11 0.19 0.11 0.14 0.31 0.70 0.34
C5 0.15 0.23 0.12 0.13 0.25 0.11 0.21 0.11 0.18 0.18 0.27 0.28 0.25 0.12 0.21 0.16 0.14 0.23 0.22 0.11
C5' 0.16 0.30 0.17 0.16 0.33 0.09 0.26 0.11 0.21 0.22 0.35 0.37 0.33 0.12 0.20 0.12 0.12 0.31 0.63 0.30
C6 0.15 0.25 0.10 0.12 0.26 0.09 0.21 0.10 0.18 0.19 0.28 0.28 0.28 0.08 0.20 0.14 0.09 0.22 0.34 0.13
N1 0.16 0.28 0.12 0.11 0.27 0.09 0.21 0.11 0.18 0.20 0.31 0.29 0.33 0.09 0.17 0.13 0.06 0.21 0.45 0.17
N3 0.14 0.29 0.10 0.09 0.28 0.09 0.22 0.09 0.18 0.21 0.31 0.30 0.34 0.10 0.15 0.12 0.10 0.21 0.28 0.11
N4 0.17 0.21 0.17 0.17 0.25 0.17 0.22 0.17 0.20 0.19 0.25 0.27 0.20 0.22 0.22 0.21 0.23 0.26 0.17 0.18
O2 0.20 0.33 0.20 0.16 0.31 0.13 0.24 0.15 0.20 0.24 0.35 0.33 0.39 0.17 0.17 0.14 0.12 0.20 0.57 0.24
O2' 0.39 0.50 0.29 0.23 0.47 0.23 0.40 0.23 0.37 0.42 0.52 0.48 0.56 0.29 0.23 0.32 0.28 0.35 0.93 0.47
O3' 0.26 0.32 0.32 0.33 0.33 0.24 0.30 0.23 0.28 0.29 0.34 0.35 0.34 0.31 0.41 0.24 0.36 0.56 1.01 0.59
O4' 0.22 0.35 0.21 0.20 0.35 0.15 0.29 0.16 0.25 0.27 0.39 0.38 0.39 0.18 0.23 0.18 0.15 0.20 0.55 0.24
O5' 0.15 0.24 0.16 0.16 0.26 0.11 0.22 0.12 0.19 0.19 0.28 0.29 0.26 0.12 0.20 0.14 0.12 0.33 0.54 0.26
OP1 0.59 0.66 0.55 0.53 0.67 0.52 0.65 0.52 0.63 0.63 0.67 0.68 0.66 0.51 0.52 0.57 0.52 0.41 0.46 0.43
OP2 0.77 0.95 0.69 0.63 1.02 0.60 0.94 0.59 0.87 0.87 1.02 1.07 0.95 0.61 0.55 0.72 0.67 0.82 0.97 0.78
P 0.21 0.27 0.15 0.14 0.29 0.17 0.26 0.18 0.24 0.24 0.29 0.31 0.27 0.13 0.15 0.22 0.17 0.32 0.43 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.20 0.14 0.18 0.13
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.36 0.13 0.58 0.36
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.15 0.12 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.08 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.10 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.49 0.26 1.02 0.60
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.51 0.28 1.07 0.64
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.08 0.10 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.14 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.46 0.19 0.81 0.51
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.36 0.11 0.53 0.34
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.43 0.19 0.81 0.49
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.52 0.31 1.17 0.67
O2 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.03 0.29 0.12 0.39 0.26
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.05 0.03 0.03 0.18 0.30 0.11
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.10 0.04 0.10 0.11 0.16 0.05 0.00 0.02 0.13 0.26 0.28 0.11
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.21 0.11 0.08
O5' 0.20 0.36 0.15 0.15 0.49 0.01 0.51 0.01 0.46 0.36 0.43 0.52 0.29 0.03 0.13 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.13 0.12 0.21 0.26 0.15 0.28 0.14 0.19 0.11 0.19 0.31 0.12 0.18 0.26 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.58 0.11 0.10 1.02 0.22 1.07 0.15 0.81 0.53 0.81 1.17 0.39 0.30 0.28 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.36 0.09 0.11 0.60 0.07 0.64 0.02 0.51 0.34 0.49 0.67 0.26 0.11 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00