ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50991

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 7, 0, 3, 3, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.025, 0.059, 0.094, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.059 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.047, 0.139, 0.230, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.139 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.047, 0.146, 0.245, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.146 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.058, 0.177, 0.296, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.177 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.078, 0.202, 0.325, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.202 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.093, 0.239, 0.385, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.239 std_dev=0.146
O2 B 0, 0.074, 0.259, 0.444, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.259 std_dev=0.185
O3' A 0, 0.138, 0.345, 0.553, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.345 std_dev=0.207
C5' A 0, 0.117, 0.340, 0.563, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.340 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.049, 0.284, 0.518, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.284 std_dev=0.235
C2 B 0, 0.044, 0.281, 0.517, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.281 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.180, 0.447, 0.714, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.447 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.039, 0.343, 0.646, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.343 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.075, 0.384, 0.692, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.384 std_dev=0.308
N4 B 0, 0.085, 0.395, 0.705, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.395 std_dev=0.310
P A 0, 0.340, 0.662, 0.985, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.662 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.079, 0.403, 0.727, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.403 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.052, 0.383, 0.714, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.383 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.407, 0.738, 1.069, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.738 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.080, 0.420, 0.760, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.420 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.179, 0.564, 0.948, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.564 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.161, 0.547, 0.934, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.547 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.470, 0.871, 1.271, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.871 std_dev=0.400
C3' B 0, 0.116, 0.543, 0.969, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.543 std_dev=0.427
O4' B 0, 0.135, 0.569, 1.003, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.569 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.134, 0.587, 1.039, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.587 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.143, 0.617, 1.091, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.617 std_dev=0.474
C5' B 0, 0.231, 0.802, 1.372, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.802 std_dev=0.571
O5' B 0, 0.221, 0.795, 1.369, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.795 std_dev=0.574
OP2 B 0, 0.299, 0.968, 1.637, 3.260 max_d=3.260 avg_d=0.968 std_dev=0.669
P B 0, 0.290, 0.963, 1.635, 3.325 max_d=3.325 avg_d=0.963 std_dev=0.673
OP1 B 0, 0.308, 1.044, 1.780, 3.708 max_d=3.708 avg_d=1.044 std_dev=0.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.03 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.18 0.05 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.06 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.17 0.06 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.09 0.17 0.07 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.18 0.05 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.18 0.03 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.18 0.06 0.08
N4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.17 0.08 0.09
O2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.19 0.07 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.12 0.07 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.05 0.08 0.09 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.13 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.16 0.05 0.07
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.18 0.12 0.08 0.17 0.09 0.17 0.03 0.18 0.18 0.18 0.17 0.19 0.12 0.05 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07 0.07 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.03 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09
C2 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08
C2' 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.06 0.07 0.11 0.08 0.08
C3' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06
C4 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
C4' 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07
C5 0.05 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.09 0.10 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
C5' 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.10 0.07 0.07
C6 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
N1 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07
N3 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
N4 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07
O2 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.16 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10
O2' 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.09 0.11 0.14 0.11 0.11
O3' 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.07 0.11 0.07 0.08
O4' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09
O5' 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.09 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06
OP1 0.16 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.17 0.18 0.17 0.15 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15
OP2 0.04 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05
P 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.09 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.09 0.10 0.09
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.03 0.09 0.03 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00