ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 4, 0, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.018, 0.043, 0.069, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.087, 0.210, 0.332, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.210 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.105, 0.230, 0.354, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.230 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.150, 0.331, 0.512, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.195, 0.378, 0.561, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.378 std_dev=0.183
C3' A 0, 0.179, 0.371, 0.564, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.371 std_dev=0.192
O3' A 0, 0.290, 0.558, 0.826, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.558 std_dev=0.268
C5' A 0, 0.276, 0.583, 0.889, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.583 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.318, 0.696, 1.074, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.696 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.275, 0.665, 1.054, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.665 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.345, 0.738, 1.130, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.738 std_dev=0.392
C1' B 0, 0.309, 0.706, 1.102, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.706 std_dev=0.396
C2' B 0, 0.353, 0.763, 1.172, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.763 std_dev=0.409
C2 B 0, 0.320, 0.730, 1.141, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.730 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.341, 0.759, 1.176, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.759 std_dev=0.417
N3 B 0, 0.333, 0.754, 1.175, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.754 std_dev=0.421
C4' B 0, 0.364, 0.790, 1.215, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.790 std_dev=0.426
C5 B 0, 0.345, 0.774, 1.203, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.774 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.381, 0.819, 1.256, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.819 std_dev=0.437
N4 B 0, 0.377, 0.822, 1.267, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.822 std_dev=0.445
O2 B 0, 0.350, 0.795, 1.240, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.795 std_dev=0.445
O4' B 0, 0.266, 0.776, 1.287, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.776 std_dev=0.510
O3' B 0, 0.473, 1.009, 1.545, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.009 std_dev=0.536
O2' B 0, 0.380, 0.937, 1.494, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.937 std_dev=0.557
P A 0, 0.482, 1.066, 1.650, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.066 std_dev=0.584
C5' B 0, 0.434, 1.065, 1.696, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.065 std_dev=0.631
OP1 A 0, 0.593, 1.283, 1.973, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.283 std_dev=0.690
OP2 A 0, 0.627, 1.325, 2.022, 2.105 max_d=2.105 avg_d=1.325 std_dev=0.697
O5' B 0, 0.406, 1.265, 2.124, 2.845 max_d=2.845 avg_d=1.265 std_dev=0.859
OP1 B 0, 0.801, 1.830, 2.859, 3.337 max_d=3.337 avg_d=1.830 std_dev=1.029
P B 0, 0.514, 1.915, 3.315, 4.410 max_d=4.410 avg_d=1.915 std_dev=1.400
OP2 B 0, 0.280, 2.815, 5.349, 7.018 max_d=7.018 avg_d=2.815 std_dev=2.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.20 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.03 0.12 0.17 0.38 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.12 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.21 0.34 0.52 0.35
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.09 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.05 0.23 0.36 0.51 0.36
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.20 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.13 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.06 0.19 0.25 0.39 0.28
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.12 0.15 0.32 0.21
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.16 0.26 0.46 0.29
N4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.03 0.23 0.41 0.57 0.39
O2 0.03 0.00 0.12 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.13 0.07 0.08 0.10 0.33 0.19
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.11 0.07 0.19 0.00 0.05 0.07 0.06 0.10 0.12 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.13 0.03 0.17 0.04 0.15 0.06 0.10 0.15 0.13 0.05 0.00 0.03 0.15 0.21 0.15 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.03 0.00 0.09 0.14 0.15 0.12
O5' 0.06 0.12 0.04 0.07 0.21 0.01 0.23 0.01 0.19 0.12 0.16 0.23 0.08 0.06 0.15 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.09 0.12 0.34 0.11 0.36 0.13 0.25 0.15 0.26 0.41 0.10 0.10 0.21 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.38 0.12 0.09 0.52 0.06 0.51 0.04 0.39 0.32 0.46 0.57 0.33 0.12 0.15 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.23 0.06 0.07 0.35 0.02 0.36 0.02 0.28 0.21 0.29 0.39 0.19 0.06 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.31 0.34 0.24 0.28 0.24 0.33 0.26 0.24 0.25 0.25 0.27 0.30 0.56 0.40 0.22 0.38 1.32 0.45
C2 0.31 0.28 0.28 0.30 0.28 0.28 0.27 0.31 0.28 0.27 0.30 0.29 0.31 0.23 0.49 0.43 0.25 0.22 0.98 0.27
C2' 0.22 0.20 0.31 0.30 0.20 0.29 0.22 0.39 0.24 0.20 0.21 0.20 0.25 0.36 0.52 0.39 0.22 0.48 1.44 0.52
C3' 0.25 0.22 0.29 0.27 0.22 0.34 0.26 0.48 0.28 0.23 0.23 0.22 0.26 0.36 0.48 0.46 0.24 0.46 1.27 0.41
C4 0.35 0.20 0.24 0.21 0.22 0.33 0.25 0.38 0.29 0.26 0.22 0.22 0.20 0.26 0.36 0.51 0.44 0.19 0.29 0.26
C4' 0.27 0.23 0.29 0.31 0.24 0.31 0.27 0.41 0.28 0.25 0.25 0.25 0.26 0.32 0.54 0.45 0.23 0.42 1.29 0.42
C5 0.35 0.21 0.27 0.23 0.21 0.36 0.27 0.44 0.31 0.28 0.20 0.20 0.21 0.30 0.38 0.54 0.42 0.14 0.36 0.25
C5' 0.32 0.29 0.29 0.30 0.30 0.36 0.32 0.47 0.33 0.30 0.31 0.31 0.32 0.32 0.52 0.51 0.28 0.39 1.09 0.33
C6 0.32 0.21 0.27 0.25 0.21 0.34 0.26 0.42 0.29 0.26 0.21 0.21 0.21 0.30 0.44 0.51 0.32 0.15 0.68 0.14
N1 0.29 0.23 0.28 0.29 0.24 0.30 0.25 0.35 0.27 0.25 0.25 0.24 0.25 0.28 0.49 0.45 0.24 0.23 0.98 0.25
N3 0.33 0.27 0.23 0.24 0.27 0.29 0.27 0.31 0.28 0.27 0.30 0.29 0.30 0.18 0.41 0.46 0.33 0.17 0.59 0.12
N4 0.40 0.19 0.29 0.25 0.20 0.37 0.26 0.40 0.31 0.30 0.19 0.21 0.18 0.32 0.34 0.54 0.59 0.36 0.23 0.50
O2 0.33 0.35 0.33 0.39 0.34 0.30 0.31 0.31 0.31 0.31 0.37 0.35 0.38 0.26 0.58 0.39 0.28 0.35 1.31 0.49
O2' 0.20 0.20 0.33 0.35 0.19 0.25 0.21 0.31 0.22 0.19 0.22 0.20 0.25 0.35 0.57 0.32 0.30 0.60 1.78 0.73
O3' 0.23 0.21 0.29 0.27 0.22 0.34 0.27 0.51 0.28 0.22 0.22 0.22 0.26 0.38 0.47 0.44 0.26 0.57 1.42 0.51
O4' 0.29 0.23 0.29 0.33 0.24 0.29 0.26 0.35 0.28 0.25 0.25 0.25 0.24 0.28 0.57 0.44 0.22 0.35 1.23 0.39
O5' 0.32 0.29 0.28 0.27 0.30 0.40 0.33 0.54 0.34 0.30 0.31 0.31 0.33 0.35 0.48 0.55 0.36 0.37 0.83 0.28
OP1 0.38 0.39 0.32 0.32 0.43 0.48 0.44 0.66 0.43 0.39 0.43 0.45 0.42 0.39 0.48 0.63 0.51 0.49 0.74 0.45
OP2 0.42 0.46 0.41 0.39 0.47 0.50 0.47 0.65 0.46 0.44 0.49 0.49 0.49 0.47 0.54 0.65 0.57 0.50 0.54 0.50
P 0.35 0.35 0.31 0.30 0.37 0.43 0.39 0.58 0.38 0.34 0.38 0.39 0.38 0.38 0.50 0.59 0.46 0.43 0.68 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.23 0.10 0.13 0.21
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.51 0.43 0.81 0.65
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.06 0.04 0.20 0.00 0.03 0.01 0.30 0.26 0.24 0.14
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.05 0.09 0.11 0.20 0.01 0.01 0.01 0.38 0.48 0.27 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.03 0.76 0.82 1.66 1.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.60 0.14
C5 0.02 0.01 0.09 0.17 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.05 0.81 0.88 1.78 1.22
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.11 0.15 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.40 0.40 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.05 0.71 0.67 1.29 0.96
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.51 0.41 0.73 0.63
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.64 0.63 1.24 0.90
N4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.14 0.03 0.81 0.94 1.94 1.28
O2 0.02 0.01 0.20 0.20 0.02 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.26 0.04 0.39 0.27 0.45 0.44
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.04 0.18 0.00 0.05 0.03 0.09 0.08 0.75 0.20
O3' 0.03 0.12 0.03 0.01 0.12 0.02 0.21 0.02 0.20 0.06 0.10 0.14 0.26 0.05 0.00 0.02 0.27 0.48 0.72 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.19 0.08
O5' 0.23 0.51 0.30 0.38 0.76 0.01 0.81 0.01 0.71 0.51 0.64 0.81 0.39 0.09 0.27 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.43 0.26 0.48 0.82 0.11 0.88 0.40 0.67 0.41 0.63 0.94 0.27 0.08 0.48 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.81 0.24 0.27 1.66 0.60 1.78 0.40 1.29 0.73 1.24 1.94 0.45 0.75 0.72 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.65 0.14 0.17 1.13 0.14 1.22 0.01 0.96 0.63 0.90 1.28 0.44 0.20 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00