ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50994

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C2' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2 B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C4' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O3' A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O2' A 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
N4 B 0, 0.000, 0.398, 0.795, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.398 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.000, 0.399, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.399 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.000, 0.418, 0.835, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.000, 0.443, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.443 std_dev=0.443
P A 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
OP2 A 0, 0.000, 0.522, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C5 B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C6 B 0, 0.000, 0.532, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.532 std_dev=0.532
O4' B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP1 A 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
C3' B 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C4' B 0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673
O3' B 0, 0.000, 0.686, 1.371, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.686 std_dev=0.686
C5' B 0, 0.000, 0.821, 1.642, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.821 std_dev=0.821
O5' B 0, 0.000, 0.844, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.844 std_dev=0.844
P B 0, 0.000, 1.013, 2.025, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.013 std_dev=1.013
OP2 B 0, 0.000, 1.025, 2.049, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.025 std_dev=1.025
OP1 B 0, 0.000, 1.160, 2.319, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.160 std_dev=1.160

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.11 0.13 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.13 0.14 0.14 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.12 0.12 0.11 0.11
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.11 0.10 0.07 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.15 0.14 0.12
N4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.14 0.16 0.16 0.14
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.13 0.11 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.03
O5' 0.06 0.11 0.01 0.04 0.13 0.01 0.12 0.00 0.11 0.09 0.12 0.14 0.09 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.13 0.07 0.07 0.14 0.07 0.12 0.06 0.10 0.11 0.15 0.16 0.13 0.07 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.11 0.00 0.07 0.08 0.14 0.16 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.01 0.08 0.07 0.12 0.14 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.13 0.16 0.07 0.17 0.09 0.19 0.10 0.10 0.06 0.06 0.07 0.13 0.18 0.12 0.17 0.25 0.15 0.18
C2 0.10 0.08 0.13 0.16 0.08 0.15 0.10 0.17 0.10 0.10 0.08 0.08 0.07 0.13 0.18 0.09 0.15 0.23 0.14 0.17
C2' 0.14 0.10 0.15 0.19 0.10 0.21 0.12 0.24 0.14 0.13 0.09 0.09 0.09 0.15 0.21 0.15 0.21 0.30 0.20 0.23
C3' 0.12 0.08 0.13 0.17 0.08 0.19 0.11 0.22 0.12 0.11 0.07 0.07 0.07 0.14 0.19 0.13 0.19 0.28 0.17 0.21
C4 0.14 0.10 0.16 0.17 0.10 0.18 0.12 0.18 0.13 0.13 0.08 0.09 0.08 0.16 0.17 0.13 0.16 0.21 0.13 0.15
C4' 0.11 0.07 0.13 0.16 0.07 0.18 0.09 0.20 0.10 0.10 0.06 0.05 0.06 0.13 0.18 0.12 0.17 0.26 0.14 0.18
C5 0.15 0.09 0.15 0.17 0.09 0.19 0.11 0.19 0.13 0.13 0.07 0.07 0.08 0.16 0.17 0.15 0.17 0.22 0.12 0.16
C5' 0.09 0.04 0.10 0.13 0.04 0.15 0.06 0.17 0.07 0.07 0.03 0.02 0.04 0.11 0.15 0.09 0.14 0.22 0.10 0.15
C6 0.14 0.09 0.14 0.16 0.08 0.19 0.10 0.20 0.12 0.12 0.07 0.06 0.07 0.15 0.17 0.15 0.17 0.23 0.13 0.17
N1 0.12 0.08 0.13 0.16 0.08 0.17 0.10 0.19 0.11 0.10 0.07 0.07 0.07 0.14 0.18 0.12 0.16 0.24 0.14 0.17
N3 0.11 0.09 0.15 0.17 0.09 0.15 0.11 0.16 0.11 0.11 0.08 0.09 0.07 0.15 0.18 0.10 0.15 0.21 0.14 0.16
N4 0.15 0.12 0.16 0.17 0.11 0.17 0.14 0.17 0.15 0.15 0.10 0.10 0.09 0.16 0.16 0.14 0.16 0.19 0.12 0.14
O2 0.07 0.07 0.11 0.14 0.08 0.12 0.08 0.15 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.17 0.06 0.14 0.23 0.15 0.16
O2' 0.17 0.12 0.18 0.22 0.12 0.25 0.15 0.29 0.16 0.15 0.11 0.11 0.10 0.17 0.25 0.19 0.26 0.37 0.25 0.29
O3' 0.14 0.09 0.15 0.19 0.10 0.21 0.12 0.25 0.13 0.12 0.08 0.09 0.08 0.15 0.22 0.15 0.22 0.32 0.21 0.24
O4' 0.11 0.07 0.12 0.15 0.06 0.16 0.08 0.18 0.09 0.09 0.06 0.05 0.07 0.12 0.17 0.11 0.15 0.23 0.12 0.16
O5' 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.09 0.05 0.08 0.16 0.03 0.08
OP1 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.12 0.00 0.04
OP2 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.09 0.02 0.03
P 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.03 0.06 0.13 0.01 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.10 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.11 0.15 0.12
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.12 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.07 0.09 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.08 0.13 0.10
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.13 0.16 0.13
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.07
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.00 0.05 0.03 0.04 0.11 0.03 0.12 0.03 0.09 0.05 0.08 0.13 0.03 0.06 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.10 0.01 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.11 0.08 0.13 0.16 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.00 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.07 0.10 0.13 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00