ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50995

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 19, 7, 11, 5, 4, 2, 3, 4, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.029, 0.053, 0.077, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.053 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.038, 0.075, 0.112, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.075 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.060, 0.155, 0.250, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.155 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.140, 0.240, 0.341, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.240 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.030, 0.134, 0.238, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.134 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.052, 0.193, 0.334, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.193 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.064, 0.214, 0.365, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.214 std_dev=0.150
C2' B 0, 0.173, 0.366, 0.559, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.366 std_dev=0.193
O2' B 0, 0.169, 0.369, 0.569, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.369 std_dev=0.200
O5' A 0, 0.190, 0.394, 0.598, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.394 std_dev=0.204
O3' A 0, 0.094, 0.305, 0.517, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.305 std_dev=0.212
C1' B 0, 0.148, 0.367, 0.586, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.367 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.135, 0.381, 0.628, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.381 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.106, 0.358, 0.611, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.358 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.150, 0.411, 0.672, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.411 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.217, 0.478, 0.740, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.478 std_dev=0.261
P A 0, 0.271, 0.539, 0.807, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.539 std_dev=0.268
O4' B 0, 0.218, 0.489, 0.760, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.489 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.080, 0.372, 0.663, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.372 std_dev=0.291
C4' B 0, 0.214, 0.506, 0.798, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.506 std_dev=0.292
O3' B 0, 0.255, 0.548, 0.842, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.548 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.305, 0.616, 0.927, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.616 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.143, 0.456, 0.769, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.456 std_dev=0.313
C6 B 0, 0.145, 0.473, 0.800, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.473 std_dev=0.327
N1 B 0, 0.120, 0.454, 0.788, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.454 std_dev=0.334
OP1 A 0, 0.278, 0.613, 0.948, 1.853 max_d=1.853 avg_d=0.613 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.042, 0.416, 0.789, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.416 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.249, 0.640, 1.032, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.640 std_dev=0.391
O6 B 0, 0.156, 0.553, 0.949, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.553 std_dev=0.397
C8 B 0, 0.134, 0.535, 0.936, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.535 std_dev=0.401
N7 B 0, 0.116, 0.554, 0.992, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.554 std_dev=0.438
O5' B 0, 0.233, 0.757, 1.281, 3.419 max_d=3.419 avg_d=0.757 std_dev=0.524
N2 B 0, -0.103, 0.462, 1.028, 3.119 max_d=3.119 avg_d=0.462 std_dev=0.566
P B 0, 0.184, 0.788, 1.393, 4.587 max_d=4.587 avg_d=0.788 std_dev=0.604
OP2 B 0, 0.193, 0.810, 1.428, 4.844 max_d=4.844 avg_d=0.810 std_dev=0.618
OP1 B 0, 0.211, 0.881, 1.550, 5.027 max_d=5.027 avg_d=0.881 std_dev=0.669

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.09 0.08 0.18 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.13 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.10 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.14 0.15 0.22 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.16 0.17 0.23 0.18
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.14 0.14 0.21 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.08 0.18 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.12 0.11 0.20 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.16 0.17 0.24 0.19
O2 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.04 0.07 0.07 0.17 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.05 0.03 0.04 0.12 0.11 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.07 0.12 0.05 0.00 0.02 0.10 0.19 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.14 0.09
O5' 0.05 0.09 0.04 0.07 0.14 0.01 0.16 0.01 0.14 0.09 0.12 0.16 0.07 0.04 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.10 0.13 0.15 0.08 0.17 0.08 0.14 0.08 0.11 0.17 0.07 0.12 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.18 0.13 0.10 0.22 0.07 0.23 0.03 0.21 0.18 0.20 0.24 0.17 0.11 0.11 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.06 0.08 0.17 0.03 0.18 0.01 0.15 0.11 0.14 0.19 0.10 0.06 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.18 0.11 0.16 0.12 0.10 0.15 0.15 0.17 0.15 0.21 0.23 0.17
C2 0.11 0.14 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.14 0.15 0.13 0.19 0.12 0.16 0.12 0.09 0.14 0.13 0.12 0.15 0.18 0.19 0.12
C2' 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.12 0.15 0.14 0.13 0.15 0.18 0.22 0.15 0.25 0.26 0.23
C3' 0.14 0.14 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.17 0.14 0.15 0.15 0.17 0.12 0.15 0.14 0.14 0.16 0.18 0.23 0.15 0.27 0.25 0.24
C4 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.15 0.12 0.15 0.16 0.15 0.14 0.15 0.16 0.18 0.13
C4' 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.15 0.18 0.11 0.15 0.12 0.11 0.15 0.16 0.19 0.17 0.24 0.24 0.20
C5 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.17 0.13 0.16 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.18 0.16 0.20 0.15
C5' 0.13 0.17 0.11 0.11 0.14 0.13 0.17 0.13 0.19 0.16 0.19 0.21 0.14 0.17 0.14 0.11 0.14 0.16 0.19 0.21 0.22 0.23 0.20
C6 0.11 0.14 0.09 0.10 0.12 0.11 0.14 0.12 0.15 0.14 0.15 0.16 0.11 0.15 0.12 0.10 0.14 0.15 0.15 0.17 0.17 0.20 0.15
N1 0.11 0.13 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.17 0.11 0.15 0.12 0.09 0.14 0.14 0.14 0.15 0.18 0.20 0.14
N3 0.10 0.13 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.14 0.13 0.18 0.12 0.15 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.16 0.17 0.10
N4 0.17 0.15 0.17 0.17 0.15 0.17 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.16 0.16 0.19 0.19 0.19 0.16 0.16 0.17 0.18 0.15
O2 0.14 0.17 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.13 0.15 0.18 0.15 0.22 0.15 0.19 0.15 0.12 0.15 0.15 0.14 0.16 0.21 0.21 0.14
O2' 0.16 0.14 0.14 0.14 0.14 0.16 0.15 0.17 0.15 0.18 0.14 0.16 0.13 0.18 0.16 0.14 0.16 0.19 0.24 0.16 0.26 0.29 0.25
O3' 0.17 0.15 0.15 0.15 0.14 0.18 0.15 0.20 0.15 0.18 0.15 0.18 0.13 0.16 0.16 0.16 0.16 0.21 0.27 0.16 0.31 0.28 0.28
O4' 0.11 0.14 0.09 0.11 0.11 0.11 0.14 0.12 0.15 0.16 0.15 0.19 0.11 0.17 0.12 0.09 0.15 0.14 0.16 0.18 0.20 0.23 0.17
O5' 0.13 0.22 0.13 0.12 0.17 0.11 0.19 0.12 0.22 0.16 0.24 0.26 0.18 0.18 0.15 0.12 0.15 0.15 0.18 0.24 0.21 0.23 0.19
OP1 0.16 0.30 0.14 0.13 0.22 0.15 0.25 0.17 0.29 0.19 0.32 0.35 0.24 0.22 0.19 0.14 0.14 0.19 0.22 0.32 0.23 0.26 0.23
OP2 0.24 0.38 0.21 0.20 0.30 0.21 0.32 0.23 0.36 0.27 0.39 0.42 0.33 0.29 0.27 0.18 0.18 0.25 0.29 0.37 0.28 0.34 0.31
P 0.18 0.30 0.16 0.14 0.24 0.15 0.26 0.16 0.30 0.22 0.32 0.33 0.25 0.24 0.21 0.14 0.14 0.19 0.23 0.32 0.24 0.28 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.10 0.13 0.06
C2 0.03 0.00 0.16 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.21 0.10 0.21 0.01 0.19 0.20 0.17
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.13 0.20 0.16 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.06 0.16 0.16 0.09
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.09 0.14 0.19 0.14 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.15 0.09 0.20 0.18 0.14
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.05 0.21 0.01 0.17 0.16 0.14
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.25 0.01 0.20 0.19 0.18
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.11 0.08 0.08 0.06 0.11 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.11 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.13 0.05 0.26 0.01 0.22 0.23 0.21
C8 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.06 0.25 0.02 0.16 0.13 0.16
N1 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.08 0.24 0.01 0.21 0.22 0.19
N2 0.04 0.00 0.20 0.19 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.12 0.20 0.01 0.19 0.20 0.17
N3 0.03 0.00 0.16 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.10 0.19 0.01 0.17 0.17 0.14
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.28 0.03 0.20 0.19 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.19 0.02 0.14 0.13 0.11
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.07 0.11 0.18 0.14 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.13 0.18 0.06
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.01 0.08 0.04 0.13 0.11 0.18 0.26 0.18 0.08 0.04 0.04 0.00 0.01 0.14 0.12 0.25 0.25 0.17
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.12 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.04 0.11 0.18 0.10
O5' 0.11 0.21 0.11 0.15 0.21 0.01 0.25 0.01 0.26 0.25 0.24 0.20 0.19 0.28 0.19 0.05 0.14 0.11 0.00 0.29 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.12 0.04 0.29 0.00 0.25 0.26 0.24
OP1 0.10 0.19 0.16 0.20 0.17 0.10 0.20 0.11 0.22 0.16 0.21 0.19 0.17 0.20 0.14 0.13 0.25 0.11 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.20 0.16 0.18 0.16 0.16 0.19 0.15 0.23 0.13 0.22 0.20 0.17 0.19 0.13 0.18 0.25 0.18 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.09 0.14 0.14 0.03 0.18 0.01 0.21 0.16 0.19 0.17 0.14 0.20 0.11 0.06 0.17 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00