ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50996

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O2' A 0, 0.006, 0.040, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.040 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.012, 0.047, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.017, 0.056, 0.096, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.040
C4' A 0, 0.020, 0.082, 0.143, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.082 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.022, 0.084, 0.147, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.084 std_dev=0.062
O2' B 0, 0.038, 0.119, 0.201, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.119 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.032, 0.120, 0.208, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.120 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.033, 0.136, 0.240, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.136 std_dev=0.103
C2' B 0, 0.033, 0.156, 0.280, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.156 std_dev=0.124
O3' B 0, 0.023, 0.164, 0.304, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.164 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.071, 0.220, 0.368, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.220 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.026, 0.177, 0.329, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.177 std_dev=0.152
N2 B 0, 0.070, 0.229, 0.388, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.229 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.036, 0.199, 0.361, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.199 std_dev=0.162
C4' B 0, 0.030, 0.195, 0.360, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.195 std_dev=0.165
N3 B 0, 0.040, 0.215, 0.389, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.215 std_dev=0.174
C2 B 0, 0.050, 0.232, 0.414, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.232 std_dev=0.182
O4' B 0, 0.037, 0.225, 0.412, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.225 std_dev=0.187
N9 B 0, 0.032, 0.219, 0.407, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.219 std_dev=0.188
OP2 A 0, 0.053, 0.247, 0.441, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.247 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.028, 0.223, 0.419, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.223 std_dev=0.196
P A 0, 0.054, 0.251, 0.449, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.251 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.039, 0.245, 0.450, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.245 std_dev=0.205
OP1 A 0, 0.046, 0.257, 0.468, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.257 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.041, 0.255, 0.469, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.255 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.022, 0.237, 0.452, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.237 std_dev=0.215
C5 B 0, 0.021, 0.245, 0.469, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.245 std_dev=0.224
N7 B 0, 0.029, 0.259, 0.488, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.259 std_dev=0.230
C6 B 0, 0.022, 0.259, 0.496, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.259 std_dev=0.237
O5' B 0, 0.023, 0.271, 0.520, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.271 std_dev=0.248
O6 B 0, 0.013, 0.276, 0.540, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.276 std_dev=0.263
P B 0, 0.009, 0.339, 0.669, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.339 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.013, 0.355, 0.697, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.355 std_dev=0.342
OP1 B 0, 0.038, 0.389, 0.739, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.389 std_dev=0.351

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
C2' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01
C4' 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04
C5' 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04
C6 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04
N1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02
N3 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01
N4 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
O2 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
O2' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03
O4' 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05
OP1 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01
OP2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00