ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51003

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 7, 7, 9, 7, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.015, 0.040, 0.066, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.010, 0.040, 0.071, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.015, 0.048, 0.081, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.015, 0.057, 0.100, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.057 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.016, 0.062, 0.108, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.062 std_dev=0.046
N9 A 0, 0.014, 0.061, 0.108, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.061 std_dev=0.047
N7 A 0, 0.015, 0.079, 0.144, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.079 std_dev=0.064
C8 A 0, 0.020, 0.102, 0.184, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.102 std_dev=0.082
C6 B 0, 0.145, 0.312, 0.479, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.312 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.141, 0.310, 0.478, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.310 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.179, 0.356, 0.533, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.356 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.117, 0.299, 0.482, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.299 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.167, 0.353, 0.538, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.353 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.187, 0.396, 0.605, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.396 std_dev=0.209
O4 B 0, 0.179, 0.397, 0.614, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.397 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.222, 0.472, 0.722, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.472 std_dev=0.250
O4' B 0, 0.185, 0.448, 0.711, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.448 std_dev=0.263
O4' A 0, 0.071, 0.351, 0.632, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.351 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.253, 0.553, 0.854, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.301
C2' A 0, 0.071, 0.372, 0.674, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.372 std_dev=0.302
O2 B 0, 0.225, 0.532, 0.838, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.532 std_dev=0.307
C5' B 0, 0.282, 0.626, 0.971, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.626 std_dev=0.345
C2' B 0, 0.265, 0.622, 0.980, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.622 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.256, 0.642, 1.028, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.642 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.256, 0.668, 1.081, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.668 std_dev=0.412
O2' B 0, 0.303, 0.801, 1.298, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.801 std_dev=0.497
O5' A 0, 0.252, 0.777, 1.302, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.777 std_dev=0.525
C4' A 0, 0.079, 0.626, 1.174, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.626 std_dev=0.547
O3' B 0, 0.329, 0.881, 1.433, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.881 std_dev=0.552
P B 0, 0.262, 0.841, 1.421, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.841 std_dev=0.580
C3' A 0, -0.027, 0.581, 1.189, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.581 std_dev=0.608
P A 0, 0.286, 0.965, 1.645, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.965 std_dev=0.680
OP1 B 0, 0.303, 0.988, 1.673, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.988 std_dev=0.685
C5' A 0, 0.191, 0.887, 1.583, 2.737 max_d=2.737 avg_d=0.887 std_dev=0.696
OP2 A 0, 0.333, 1.048, 1.762, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.048 std_dev=0.714
OP2 B 0, 0.256, 0.982, 1.707, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.982 std_dev=0.725
O2' A 0, 0.121, 0.892, 1.664, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.892 std_dev=0.771
OP1 A 0, 0.350, 1.271, 2.191, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.271 std_dev=0.921
O3' A 0, -0.220, 0.908, 2.035, 3.275 max_d=3.275 avg_d=0.908 std_dev=1.127

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.17 0.02 0.15 0.26 0.15
C2 0.04 0.00 0.23 0.15 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.41 0.19 0.24 0.01 0.20 0.45 0.23
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.02 0.06 0.18 0.10 0.13 0.18 0.29 0.23 0.08 0.02 0.00 0.03 0.03 0.45 0.07 0.47 0.50 0.44
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.23 0.01 0.36 0.02 0.34 0.43 0.25 0.10 0.11 0.46 0.26 0.03 0.01 0.02 0.17 0.40 0.21 0.14 0.11
C4 0.02 0.01 0.12 0.23 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.21 0.09 0.29 0.01 0.27 0.43 0.27
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.06 0.00 0.17 0.01 0.14 0.33 0.07 0.21 0.14 0.31 0.13 0.31 0.03 0.01 0.02 0.19 0.09 0.21 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.12 0.03 0.43 0.01 0.47 0.62 0.46
C5' 0.05 0.11 0.18 0.02 0.13 0.01 0.28 0.00 0.26 0.43 0.15 0.18 0.12 0.44 0.18 0.12 0.20 0.02 0.01 0.34 0.11 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.14 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.14 0.05 0.44 0.00 0.51 0.69 0.50
C8 0.01 0.01 0.13 0.43 0.00 0.33 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.26 0.16 0.49 0.01 0.50 0.54 0.47
N1 0.03 0.00 0.18 0.25 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.26 0.13 0.34 0.01 0.36 0.59 0.37
N2 0.05 0.00 0.29 0.10 0.01 0.21 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.54 0.24 0.20 0.02 0.14 0.40 0.17
N3 0.03 0.01 0.23 0.11 0.00 0.14 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.43 0.20 0.21 0.01 0.15 0.36 0.17
N7 0.01 0.01 0.08 0.46 0.01 0.31 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.50 0.27 0.11 0.55 0.02 0.63 0.72 0.59
N9 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.12 0.02 0.28 0.01 0.26 0.36 0.25
O2' 0.02 0.22 0.00 0.03 0.23 0.31 0.39 0.12 0.39 0.45 0.28 0.26 0.20 0.50 0.25 0.00 0.05 0.23 0.28 0.46 0.33 0.54 0.32
O3' 0.33 0.41 0.03 0.01 0.21 0.03 0.12 0.20 0.14 0.26 0.26 0.54 0.43 0.27 0.12 0.05 0.00 0.21 0.22 0.16 0.36 0.30 0.26
O4' 0.01 0.19 0.03 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.05 0.16 0.13 0.24 0.20 0.11 0.02 0.23 0.21 0.00 0.10 0.04 0.11 0.32 0.18
O5' 0.17 0.24 0.45 0.17 0.29 0.02 0.43 0.01 0.44 0.49 0.34 0.20 0.21 0.55 0.28 0.28 0.22 0.10 0.00 0.52 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.40 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.46 0.16 0.04 0.52 0.00 0.64 0.81 0.61
OP1 0.15 0.20 0.47 0.21 0.27 0.09 0.47 0.11 0.51 0.50 0.36 0.14 0.15 0.63 0.26 0.33 0.36 0.11 0.02 0.64 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.45 0.50 0.14 0.43 0.21 0.62 0.19 0.69 0.54 0.59 0.40 0.36 0.72 0.36 0.54 0.30 0.32 0.02 0.81 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.23 0.44 0.11 0.27 0.06 0.46 0.01 0.50 0.47 0.37 0.17 0.17 0.59 0.25 0.32 0.26 0.18 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.24 0.23 0.17 0.16 0.17 0.18 0.31 0.16 0.14 0.21 0.36 0.38 0.19 0.20 0.13 0.43 0.65 0.71 0.58
C2 0.20 0.21 0.21 0.17 0.14 0.18 0.16 0.22 0.16 0.18 0.18 0.26 0.26 0.19 0.15 0.18 0.27 0.37 0.44 0.36
C2' 0.12 0.18 0.12 0.36 0.14 0.37 0.22 0.60 0.23 0.09 0.20 0.32 0.23 0.36 0.20 0.25 0.73 1.03 1.01 0.91
C3' 0.11 0.16 0.13 0.18 0.19 0.18 0.22 0.31 0.20 0.11 0.18 0.26 0.23 0.19 0.23 0.13 0.39 0.60 0.60 0.51
C4 0.17 0.17 0.22 0.16 0.13 0.16 0.18 0.23 0.16 0.14 0.14 0.24 0.29 0.20 0.17 0.16 0.32 0.48 0.59 0.46
C4' 0.11 0.23 0.11 0.16 0.22 0.15 0.21 0.24 0.18 0.15 0.24 0.32 0.23 0.18 0.25 0.12 0.31 0.44 0.50 0.40
C5 0.18 0.18 0.28 0.24 0.16 0.17 0.19 0.20 0.15 0.16 0.16 0.23 0.32 0.33 0.21 0.18 0.26 0.41 0.55 0.42
C5' 0.24 0.31 0.24 0.21 0.26 0.20 0.25 0.22 0.24 0.25 0.29 0.40 0.25 0.18 0.27 0.22 0.26 0.33 0.39 0.30
C6 0.20 0.20 0.27 0.27 0.19 0.20 0.18 0.21 0.17 0.18 0.20 0.23 0.29 0.35 0.23 0.20 0.23 0.33 0.42 0.33
C8 0.20 0.20 0.35 0.23 0.17 0.14 0.23 0.25 0.18 0.15 0.16 0.28 0.43 0.36 0.21 0.15 0.39 0.61 0.79 0.61
N1 0.20 0.22 0.23 0.21 0.17 0.18 0.18 0.21 0.18 0.19 0.22 0.25 0.26 0.25 0.18 0.19 0.24 0.33 0.39 0.32
N2 0.22 0.23 0.23 0.19 0.15 0.20 0.17 0.22 0.17 0.20 0.20 0.29 0.28 0.19 0.19 0.20 0.27 0.36 0.41 0.34
N3 0.19 0.18 0.21 0.18 0.12 0.18 0.16 0.25 0.16 0.16 0.13 0.24 0.26 0.18 0.17 0.18 0.32 0.45 0.52 0.42
N7 0.20 0.18 0.36 0.31 0.18 0.19 0.22 0.21 0.16 0.16 0.16 0.24 0.41 0.44 0.23 0.18 0.28 0.48 0.69 0.51
N9 0.17 0.19 0.25 0.15 0.14 0.15 0.20 0.27 0.16 0.13 0.15 0.28 0.35 0.21 0.18 0.14 0.39 0.59 0.70 0.56
O2' 0.29 0.38 0.30 0.21 0.14 0.25 0.26 0.55 0.23 0.20 0.31 0.63 0.59 0.16 0.18 0.18 0.77 1.19 1.24 1.05
O3' 0.15 0.38 0.12 0.17 0.38 0.16 0.31 0.27 0.25 0.24 0.44 0.48 0.24 0.23 0.43 0.15 0.37 0.57 0.65 0.51
O4' 0.12 0.19 0.17 0.19 0.23 0.17 0.23 0.27 0.18 0.11 0.23 0.28 0.34 0.24 0.27 0.11 0.36 0.50 0.56 0.45
O5' 0.20 0.30 0.21 0.11 0.33 0.09 0.33 0.17 0.30 0.26 0.32 0.32 0.25 0.03 0.35 0.13 0.24 0.36 0.37 0.31
O6 0.22 0.20 0.31 0.34 0.22 0.26 0.19 0.26 0.20 0.20 0.22 0.22 0.32 0.44 0.28 0.24 0.26 0.33 0.37 0.31
OP1 0.05 0.14 0.09 0.03 0.22 0.12 0.26 0.21 0.21 0.10 0.17 0.22 0.13 0.01 0.26 0.08 0.18 0.29 0.27 0.24
OP2 0.14 0.26 0.16 0.09 0.42 0.15 0.43 0.26 0.36 0.25 0.34 0.22 0.12 0.02 0.47 0.12 0.16 0.32 0.26 0.21
P 0.06 0.15 0.09 0.02 0.25 0.08 0.28 0.15 0.23 0.13 0.19 0.17 0.10 0.01 0.28 0.04 0.12 0.22 0.21 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.09 0.15 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.03 0.14 0.16 0.26 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.05 0.12 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.09 0.13 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.02 0.14 0.05 0.06 0.10 0.02 0.01 0.12 0.02 0.08 0.11 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.00 0.03 0.20 0.27 0.35 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.04 0.21 0.28 0.35 0.28
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.10 0.05 0.04 0.03 0.15 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.04 0.19 0.21 0.27 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.14 0.15 0.22 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.03 0.17 0.22 0.31 0.23
O2 0.04 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.13 0.01 0.06 0.12 0.13 0.23 0.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.15 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.09 0.10 0.06
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.13 0.02 0.18 0.03 0.16 0.05 0.08 0.13 0.05 0.00 0.15 0.02 0.13 0.17 0.18 0.14
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.03 0.21 0.30 0.38 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.09 0.13 0.10
O5' 0.09 0.14 0.07 0.08 0.20 0.02 0.21 0.01 0.19 0.14 0.17 0.12 0.06 0.13 0.21 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.16 0.09 0.11 0.27 0.06 0.28 0.06 0.21 0.15 0.22 0.13 0.09 0.17 0.30 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.26 0.13 0.12 0.35 0.04 0.35 0.02 0.27 0.22 0.31 0.23 0.10 0.18 0.38 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.18 0.08 0.09 0.27 0.02 0.28 0.01 0.22 0.16 0.23 0.15 0.06 0.14 0.29 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00