ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51006

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 2, 2, 5, 6, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.029, 0.041, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.041 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.042, 0.057, 0.072, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.057 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.053, 0.069, 0.086, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.069 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.059, 0.075, 0.092, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.075 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.051, 0.068, 0.085, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.068 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.051, 0.072, 0.092, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.072 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.060, 0.081, 0.103, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.081 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.050, 0.072, 0.093, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.072 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.045, 0.069, 0.092, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.069 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.043, 0.073, 0.103, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.073 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.061, 0.093, 0.126, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.093 std_dev=0.033
C4 B 0, 0.396, 0.570, 0.744, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.570 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.287, 0.470, 0.652, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.470 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.226, 0.453, 0.679, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.453 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.434, 0.670, 0.906, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.670 std_dev=0.236
O4 B 0, 0.500, 0.740, 0.981, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.740 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.373, 0.642, 0.911, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.642 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.432, 0.735, 1.037, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.735 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.481, 0.824, 1.168, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.824 std_dev=0.343
C2' A 0, 0.504, 0.923, 1.342, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.923 std_dev=0.419
O4' A 0, 0.642, 1.067, 1.492, 1.558 max_d=1.558 avg_d=1.067 std_dev=0.425
O2 B 0, 0.519, 0.950, 1.382, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.950 std_dev=0.432
C1' B 0, 0.461, 0.900, 1.338, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.900 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.681, 1.222, 1.763, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.222 std_dev=0.541
O5' B 0, 0.491, 1.060, 1.630, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.060 std_dev=0.570
C4' B 0, 0.626, 1.202, 1.777, 2.167 max_d=2.167 avg_d=1.202 std_dev=0.576
C3' B 0, 0.736, 1.334, 1.932, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.334 std_dev=0.598
C5' B 0, 0.667, 1.274, 1.880, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.274 std_dev=0.607
C4' A 0, 0.983, 1.683, 2.383, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.683 std_dev=0.700
C3' A 0, 0.829, 1.535, 2.241, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.535 std_dev=0.706
O2' A 0, 0.997, 1.708, 2.419, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.708 std_dev=0.711
O2' B 0, 0.948, 1.741, 2.534, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.741 std_dev=0.793
P B 0, 0.625, 1.431, 2.237, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.431 std_dev=0.806
OP2 A 0, 1.189, 2.004, 2.820, 3.198 max_d=3.198 avg_d=2.004 std_dev=0.815
O5' A 0, 1.254, 2.116, 2.979, 3.152 max_d=3.152 avg_d=2.116 std_dev=0.862
O3' B 0, 1.073, 1.941, 2.808, 3.253 max_d=3.253 avg_d=1.941 std_dev=0.868
P A 0, 1.129, 2.056, 2.982, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.056 std_dev=0.926
C5' A 0, 1.293, 2.228, 3.163, 3.234 max_d=3.234 avg_d=2.228 std_dev=0.935
OP2 B 0, 0.801, 1.747, 2.693, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.747 std_dev=0.946
O3' A 0, 1.110, 2.215, 3.320, 3.711 max_d=3.711 avg_d=2.215 std_dev=1.105
OP1 A 0, 1.186, 2.306, 3.425, 3.745 max_d=3.745 avg_d=2.306 std_dev=1.119
OP1 B 0, 0.970, 2.093, 3.216, 4.169 max_d=4.169 avg_d=2.093 std_dev=1.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.17 0.02 0.17 0.32 0.19
C2 0.02 0.00 0.26 0.20 0.01 0.09 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.37 0.19 0.27 0.02 0.24 0.36 0.23
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.14 0.02 0.08 0.16 0.12 0.13 0.20 0.30 0.25 0.08 0.03 0.01 0.04 0.02 0.35 0.10 0.33 0.57 0.40
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.24 0.01 0.34 0.02 0.34 0.38 0.27 0.17 0.16 0.41 0.24 0.02 0.01 0.03 0.12 0.38 0.16 0.22 0.11
C4 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.21 0.10 0.31 0.01 0.28 0.35 0.26
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.10 0.24 0.05 0.15 0.10 0.23 0.10 0.29 0.03 0.00 0.01 0.14 0.15 0.17 0.05
C5 0.01 0.02 0.08 0.34 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.18 0.05 0.43 0.01 0.40 0.45 0.38
C5' 0.06 0.15 0.16 0.02 0.14 0.01 0.22 0.00 0.22 0.31 0.17 0.18 0.14 0.32 0.15 0.15 0.19 0.02 0.01 0.27 0.21 0.15 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.20 0.08 0.44 0.01 0.41 0.49 0.40
C8 0.02 0.02 0.13 0.38 0.01 0.24 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.36 0.25 0.11 0.48 0.02 0.42 0.40 0.39
N1 0.02 0.01 0.20 0.27 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.14 0.36 0.01 0.33 0.43 0.31
N2 0.03 0.01 0.30 0.17 0.02 0.15 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.49 0.23 0.23 0.03 0.20 0.33 0.20
N3 0.03 0.01 0.25 0.16 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.39 0.19 0.24 0.02 0.21 0.32 0.20
N7 0.02 0.02 0.08 0.41 0.01 0.23 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.28 0.07 0.53 0.02 0.49 0.51 0.47
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.13 0.02 0.30 0.02 0.27 0.32 0.24
O2' 0.03 0.19 0.01 0.02 0.19 0.29 0.31 0.15 0.31 0.36 0.24 0.22 0.17 0.39 0.20 0.00 0.07 0.20 0.24 0.37 0.22 0.59 0.31
O3' 0.29 0.37 0.04 0.01 0.21 0.03 0.18 0.19 0.20 0.25 0.27 0.49 0.39 0.28 0.13 0.07 0.00 0.19 0.26 0.24 0.48 0.34 0.32
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.14 0.23 0.19 0.07 0.02 0.20 0.19 0.00 0.19 0.06 0.24 0.25 0.21
O5' 0.17 0.27 0.35 0.12 0.31 0.01 0.43 0.01 0.44 0.48 0.36 0.23 0.24 0.53 0.30 0.24 0.26 0.19 0.00 0.50 0.02 0.05 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.38 0.01 0.14 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.37 0.24 0.06 0.50 0.00 0.49 0.58 0.48
OP1 0.17 0.24 0.33 0.16 0.28 0.15 0.40 0.21 0.41 0.42 0.33 0.20 0.21 0.49 0.27 0.22 0.48 0.24 0.02 0.49 0.00 0.04 0.01
OP2 0.32 0.36 0.57 0.22 0.35 0.17 0.45 0.15 0.49 0.40 0.43 0.33 0.32 0.51 0.32 0.59 0.34 0.25 0.05 0.58 0.04 0.00 0.01
P 0.19 0.23 0.40 0.11 0.26 0.05 0.38 0.03 0.40 0.39 0.31 0.20 0.20 0.47 0.24 0.31 0.32 0.21 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.35 0.29 0.24 0.23 0.24 0.15 0.22 0.15 0.23 0.33 0.48 0.41 0.29 0.27 0.25 0.34 0.38 0.49 0.32
C2 0.24 0.25 0.24 0.21 0.31 0.20 0.26 0.21 0.20 0.20 0.27 0.34 0.34 0.23 0.41 0.21 0.45 0.60 0.86 0.54
C2' 0.19 0.27 0.22 0.30 0.17 0.27 0.15 0.35 0.17 0.14 0.28 0.44 0.34 0.38 0.23 0.20 0.51 0.61 0.66 0.56
C3' 0.17 0.29 0.15 0.14 0.33 0.12 0.30 0.20 0.25 0.21 0.34 0.36 0.27 0.16 0.39 0.13 0.37 0.41 0.46 0.39
C4 0.25 0.26 0.26 0.23 0.24 0.22 0.20 0.22 0.19 0.21 0.27 0.34 0.33 0.26 0.29 0.22 0.41 0.52 0.73 0.46
C4' 0.16 0.23 0.15 0.14 0.23 0.14 0.21 0.16 0.19 0.16 0.26 0.31 0.29 0.21 0.27 0.13 0.30 0.32 0.35 0.26
C5 0.23 0.22 0.26 0.27 0.18 0.24 0.20 0.27 0.21 0.20 0.20 0.28 0.30 0.31 0.23 0.22 0.46 0.64 0.85 0.55
C5' 0.30 0.34 0.29 0.22 0.37 0.20 0.37 0.20 0.36 0.33 0.36 0.36 0.31 0.19 0.38 0.24 0.34 0.37 0.39 0.31
C6 0.22 0.23 0.23 0.26 0.21 0.24 0.25 0.30 0.22 0.20 0.21 0.30 0.27 0.30 0.26 0.21 0.52 0.76 1.00 0.65
C8 0.30 0.25 0.36 0.32 0.14 0.29 0.15 0.27 0.19 0.22 0.20 0.32 0.42 0.37 0.18 0.27 0.39 0.48 0.64 0.41
N1 0.23 0.25 0.23 0.22 0.27 0.20 0.27 0.26 0.22 0.20 0.23 0.34 0.30 0.25 0.37 0.20 0.50 0.71 0.98 0.63
N2 0.24 0.24 0.25 0.21 0.34 0.20 0.28 0.20 0.20 0.20 0.28 0.34 0.37 0.24 0.47 0.21 0.45 0.60 0.87 0.54
N3 0.25 0.27 0.26 0.22 0.30 0.21 0.23 0.20 0.18 0.21 0.31 0.35 0.35 0.25 0.38 0.22 0.41 0.51 0.74 0.45
N7 0.26 0.19 0.32 0.34 0.14 0.30 0.18 0.32 0.21 0.20 0.16 0.24 0.35 0.40 0.19 0.25 0.46 0.63 0.80 0.53
N9 0.28 0.29 0.30 0.25 0.20 0.24 0.15 0.22 0.17 0.22 0.27 0.39 0.38 0.28 0.24 0.24 0.37 0.43 0.61 0.38
O2' 0.30 0.36 0.28 0.23 0.19 0.22 0.22 0.29 0.19 0.22 0.30 0.58 0.50 0.29 0.22 0.23 0.48 0.64 0.74 0.57
O3' 0.16 0.19 0.16 0.16 0.18 0.14 0.23 0.24 0.22 0.14 0.19 0.32 0.30 0.19 0.23 0.12 0.39 0.48 0.50 0.44
O4' 0.23 0.24 0.25 0.26 0.19 0.25 0.14 0.25 0.13 0.16 0.24 0.34 0.39 0.32 0.23 0.22 0.30 0.33 0.36 0.25
O5' 0.33 0.34 0.35 0.18 0.35 0.18 0.35 0.15 0.35 0.32 0.35 0.36 0.42 0.09 0.36 0.25 0.28 0.33 0.32 0.26
O6 0.21 0.23 0.23 0.30 0.20 0.28 0.27 0.38 0.24 0.20 0.24 0.30 0.25 0.36 0.24 0.22 0.58 0.89 1.12 0.75
OP1 0.13 0.16 0.17 0.10 0.22 0.15 0.27 0.25 0.24 0.14 0.18 0.21 0.22 0.11 0.26 0.12 0.32 0.67 0.45 0.38
OP2 0.21 0.25 0.22 0.16 0.36 0.22 0.39 0.31 0.35 0.26 0.30 0.24 0.20 0.11 0.39 0.22 0.36 0.55 0.47 0.41
P 0.15 0.18 0.19 0.08 0.24 0.10 0.27 0.16 0.25 0.16 0.20 0.21 0.22 0.02 0.26 0.11 0.27 0.45 0.33 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.22 0.27 0.12
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.01 0.03 0.26 0.39 0.55 0.30
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.15 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.18 0.19 0.08
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.14 0.06 0.09 0.13 0.02 0.01 0.12 0.03 0.19 0.18 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.03 0.38 0.67 0.86 0.53
C4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.00 0.01 0.26 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.01 0.03 0.40 0.69 0.86 0.56
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.04 0.06 0.17 0.01 0.01 0.24 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.04 0.36 0.51 0.66 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.26 0.34 0.50 0.29
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01 0.03 0.33 0.53 0.72 0.42
O2 0.02 0.01 0.15 0.13 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.17 0.01 0.05 0.21 0.33 0.46 0.22
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.08 0.15 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.36 0.12 0.11
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.12 0.05 0.16 0.06 0.15 0.05 0.11 0.17 0.05 0.00 0.14 0.05 0.21 0.36 0.21 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.03 0.40 0.75 0.95 0.59
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.11 0.21 0.24 0.12
O5' 0.13 0.26 0.14 0.19 0.38 0.01 0.40 0.01 0.36 0.26 0.33 0.21 0.05 0.21 0.40 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.39 0.18 0.18 0.67 0.26 0.69 0.24 0.51 0.34 0.53 0.33 0.36 0.36 0.75 0.21 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.55 0.19 0.17 0.86 0.15 0.86 0.23 0.66 0.50 0.72 0.46 0.12 0.21 0.95 0.24 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.30 0.08 0.13 0.53 0.07 0.56 0.02 0.44 0.29 0.42 0.22 0.11 0.17 0.59 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00