ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 1, 2, 0, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.003, 0.022, 0.048, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.022 std_dev=0.025
N9 A 0, -0.002, 0.025, 0.053, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.025 std_dev=0.027
N3 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.025 std_dev=0.029
C1' A 0, -0.004, 0.028, 0.061, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.028 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.004, 0.037, 0.070, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.037 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.004, 0.039, 0.075, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.039 std_dev=0.036
N2 A 0, -0.010, 0.046, 0.102, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.046 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.005, 0.126, 0.246, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.126 std_dev=0.120
C2' A 0, -0.002, 0.143, 0.288, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.143 std_dev=0.145
O2' A 0, 0.010, 0.196, 0.383, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.196 std_dev=0.186
C4' A 0, 0.017, 0.208, 0.399, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.208 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.002, 0.223, 0.445, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.223 std_dev=0.221
C5' A 0, 0.023, 0.336, 0.650, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.336 std_dev=0.314
C2 B 0, 0.102, 0.427, 0.751, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.427 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.117, 0.441, 0.766, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.441 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.110, 0.443, 0.775, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.443 std_dev=0.333
O2 B 0, 0.109, 0.445, 0.780, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.445 std_dev=0.336
N1 B 0, 0.106, 0.442, 0.778, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.442 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.116, 0.452, 0.789, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.452 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.096, 0.434, 0.771, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.434 std_dev=0.338
O3' A 0, 0.001, 0.343, 0.684, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.343 std_dev=0.341
O5' A 0, 0.040, 0.390, 0.739, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.390 std_dev=0.350
C2' B 0, 0.109, 0.461, 0.814, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.461 std_dev=0.352
O4 B 0, 0.140, 0.493, 0.846, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.493 std_dev=0.353
OP2 A 0, 0.131, 0.511, 0.891, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.511 std_dev=0.380
C1' B 0, 0.114, 0.497, 0.879, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.497 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.143, 0.527, 0.912, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.527 std_dev=0.385
C3' B 0, 0.098, 0.498, 0.898, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.498 std_dev=0.400
P A 0, 0.059, 0.474, 0.889, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.474 std_dev=0.415
O3' B 0, 0.086, 0.536, 0.985, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.536 std_dev=0.450
O4' B 0, 0.104, 0.569, 1.035, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.569 std_dev=0.465
C4' B 0, 0.110, 0.597, 1.084, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.597 std_dev=0.487
C5' B 0, 0.132, 0.686, 1.240, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.686 std_dev=0.554
OP1 A 0, 0.040, 0.597, 1.154, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.597 std_dev=0.557
O5' B 0, 0.104, 0.687, 1.269, 2.244 max_d=2.244 avg_d=0.687 std_dev=0.583
P B 0, 0.157, 0.821, 1.485, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.821 std_dev=0.664
OP1 B 0, 0.221, 0.895, 1.569, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.895 std_dev=0.674
OP2 B 0, 0.086, 0.973, 1.859, 3.162 max_d=3.162 avg_d=0.973 std_dev=0.886

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.10 0.07
C2 0.07 0.00 0.17 0.17 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.05 0.14 0.01 0.16 0.23 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.13 0.20 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.02 0.11 0.07 0.15 0.21 0.16 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.10 0.11 0.08
C4 0.04 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.12 0.01 0.14 0.21 0.15
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.12 0.09 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.14 0.01 0.18 0.25 0.18
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.11 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.15 0.00 0.20 0.28 0.20
C8 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.13 0.01 0.15 0.19 0.16
N1 0.05 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.03 0.14 0.01 0.18 0.26 0.18
N2 0.09 0.00 0.20 0.21 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.23 0.27 0.07 0.14 0.02 0.17 0.23 0.17
N3 0.07 0.01 0.16 0.16 0.00 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.19 0.05 0.13 0.01 0.14 0.20 0.15
N7 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.15 0.01 0.19 0.25 0.19
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.16 0.13
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.04 0.11 0.03 0.15 0.23 0.17 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.10 0.09 0.08 0.06
O3' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.12 0.02 0.11 0.04 0.14 0.08 0.19 0.27 0.19 0.07 0.06 0.05 0.00 0.02 0.10 0.14 0.14 0.18 0.11
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.04 0.11 0.07
O5' 0.05 0.14 0.06 0.07 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.10 0.06 0.10 0.05 0.00 0.16 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.03 0.16 0.00 0.23 0.31 0.22
OP1 0.06 0.16 0.08 0.10 0.14 0.06 0.18 0.05 0.20 0.15 0.18 0.17 0.14 0.19 0.11 0.09 0.14 0.04 0.02 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.23 0.09 0.11 0.21 0.03 0.25 0.02 0.28 0.19 0.26 0.23 0.20 0.25 0.16 0.08 0.18 0.11 0.02 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.17 0.07 0.08 0.15 0.02 0.18 0.01 0.20 0.16 0.18 0.17 0.15 0.19 0.13 0.06 0.11 0.07 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.13 0.13 0.20 0.11 0.18 0.15 0.13 0.10 0.16 0.15 0.22 0.13 0.27 0.10 0.18 0.15 0.18 0.20
C2 0.20 0.23 0.19 0.15 0.22 0.16 0.22 0.18 0.19 0.19 0.24 0.28 0.25 0.15 0.25 0.17 0.20 0.20 0.22 0.22
C2' 0.12 0.11 0.12 0.10 0.19 0.09 0.16 0.13 0.12 0.09 0.16 0.14 0.22 0.10 0.26 0.09 0.18 0.19 0.23 0.21
C3' 0.13 0.10 0.14 0.08 0.18 0.08 0.16 0.12 0.13 0.10 0.14 0.12 0.25 0.08 0.24 0.09 0.17 0.23 0.27 0.20
C4 0.18 0.17 0.19 0.16 0.17 0.16 0.16 0.18 0.14 0.15 0.16 0.22 0.25 0.16 0.25 0.15 0.20 0.18 0.19 0.22
C4' 0.11 0.12 0.11 0.07 0.21 0.05 0.20 0.10 0.16 0.12 0.17 0.11 0.23 0.09 0.26 0.07 0.15 0.20 0.21 0.17
C5 0.20 0.18 0.22 0.18 0.13 0.19 0.14 0.21 0.16 0.17 0.16 0.22 0.25 0.17 0.22 0.19 0.22 0.21 0.21 0.24
C5' 0.15 0.13 0.15 0.06 0.20 0.06 0.20 0.09 0.18 0.15 0.16 0.11 0.28 0.08 0.23 0.10 0.14 0.25 0.22 0.16
C6 0.21 0.22 0.22 0.18 0.18 0.20 0.19 0.22 0.20 0.20 0.22 0.24 0.25 0.18 0.20 0.20 0.23 0.24 0.23 0.24
C8 0.21 0.13 0.23 0.19 0.16 0.20 0.14 0.22 0.13 0.15 0.14 0.17 0.27 0.18 0.26 0.20 0.24 0.19 0.23 0.25
N1 0.21 0.24 0.21 0.17 0.22 0.18 0.22 0.20 0.21 0.21 0.25 0.27 0.25 0.16 0.22 0.19 0.22 0.23 0.24 0.23
N2 0.20 0.24 0.19 0.15 0.25 0.16 0.24 0.18 0.21 0.20 0.25 0.29 0.26 0.15 0.27 0.18 0.19 0.20 0.23 0.21
N3 0.18 0.20 0.18 0.14 0.21 0.15 0.20 0.17 0.16 0.16 0.20 0.25 0.26 0.15 0.27 0.15 0.19 0.18 0.20 0.21
N7 0.21 0.15 0.24 0.20 0.13 0.22 0.11 0.24 0.15 0.17 0.14 0.18 0.26 0.19 0.25 0.21 0.25 0.21 0.22 0.26
N9 0.17 0.12 0.20 0.16 0.17 0.16 0.15 0.18 0.12 0.12 0.13 0.17 0.26 0.15 0.26 0.15 0.21 0.17 0.20 0.23
O2' 0.09 0.13 0.08 0.11 0.21 0.09 0.17 0.13 0.13 0.10 0.18 0.15 0.18 0.11 0.27 0.08 0.17 0.18 0.21 0.20
O3' 0.12 0.10 0.13 0.07 0.17 0.06 0.15 0.10 0.13 0.10 0.14 0.11 0.24 0.07 0.24 0.08 0.17 0.27 0.30 0.21
O4' 0.11 0.12 0.11 0.13 0.23 0.10 0.21 0.14 0.16 0.12 0.18 0.11 0.22 0.14 0.27 0.09 0.18 0.17 0.18 0.19
O5' 0.16 0.12 0.20 0.06 0.18 0.04 0.20 0.07 0.18 0.14 0.14 0.11 0.28 0.02 0.22 0.09 0.15 0.24 0.27 0.18
O6 0.23 0.22 0.23 0.21 0.20 0.23 0.20 0.25 0.23 0.22 0.23 0.24 0.25 0.20 0.22 0.23 0.26 0.28 0.27 0.27
OP1 0.09 0.07 0.13 0.02 0.15 0.05 0.16 0.17 0.12 0.07 0.10 0.08 0.22 0.02 0.19 0.02 0.24 0.45 0.44 0.32
OP2 0.08 0.13 0.06 0.07 0.23 0.15 0.23 0.26 0.18 0.12 0.18 0.10 0.09 0.02 0.28 0.15 0.35 0.41 0.56 0.41
P 0.05 0.06 0.10 0.01 0.16 0.05 0.17 0.15 0.13 0.07 0.11 0.05 0.16 0.00 0.20 0.02 0.22 0.35 0.38 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.20 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.11 0.16 0.31 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.09 0.12 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.08 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.13 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.13 0.26 0.39 0.24
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.10 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.15 0.27 0.42 0.25
C5' 0.03 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.03 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.15 0.22 0.36 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.16 0.29 0.18
N3 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.02 0.12 0.21 0.35 0.22
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.09 0.13 0.28 0.17
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.13 0.08 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.09 0.04 0.09 0.08 0.04 0.00 0.13 0.01 0.10 0.23 0.19 0.13
O4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.00 0.02 0.13 0.28 0.39 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.13 0.17 0.10
O5' 0.08 0.11 0.06 0.06 0.13 0.01 0.15 0.01 0.15 0.12 0.12 0.09 0.03 0.10 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.16 0.09 0.13 0.26 0.10 0.27 0.10 0.22 0.16 0.21 0.13 0.13 0.23 0.28 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.31 0.12 0.09 0.39 0.04 0.42 0.02 0.36 0.29 0.35 0.28 0.08 0.19 0.39 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.19 0.08 0.07 0.24 0.02 0.25 0.02 0.22 0.18 0.22 0.17 0.04 0.13 0.25 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00