ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51010

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 3, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.008, 0.016, 0.040, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.006, 0.021, 0.047, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.021 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.029 std_dev=0.028
O6 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.030 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.003, 0.033, 0.070, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.033 std_dev=0.036
C2' A 0, -0.008, 0.101, 0.209, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.101 std_dev=0.109
O4' A 0, -0.009, 0.114, 0.238, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.114 std_dev=0.123
C4 B 0, 0.095, 0.266, 0.437, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.266 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.066, 0.255, 0.444, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.255 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.081, 0.278, 0.475, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.278 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.080, 0.288, 0.497, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.288 std_dev=0.208
O4 B 0, 0.102, 0.312, 0.521, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.312 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.094, 0.306, 0.518, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.306 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.044, 0.257, 0.470, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.257 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.082, 0.358, 0.634, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.358 std_dev=0.276
O2 B 0, 0.107, 0.388, 0.670, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.388 std_dev=0.282
C5' A 0, -0.029, 0.261, 0.552, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.261 std_dev=0.291
C4' A 0, -0.086, 0.295, 0.675, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.295 std_dev=0.381
O4' B 0, 0.057, 0.473, 0.889, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.473 std_dev=0.416
OP1 A 0, -0.082, 0.518, 1.117, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.518 std_dev=0.600
O2' A 0, -0.118, 0.488, 1.094, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.488 std_dev=0.606
O5' A 0, -0.155, 0.475, 1.106, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.475 std_dev=0.631
C3' A 0, -0.205, 0.531, 1.267, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.531 std_dev=0.736
C4' B 0, -0.089, 0.766, 1.620, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.766 std_dev=0.854
C3' B 0, -0.147, 0.816, 1.778, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.816 std_dev=0.962
C2' B 0, -0.177, 0.795, 1.768, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.795 std_dev=0.973
O5' B 0, -0.157, 0.868, 1.893, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.868 std_dev=1.025
O3' B 0, -0.176, 0.901, 1.978, 3.046 max_d=3.046 avg_d=0.901 std_dev=1.077
C5' B 0, -0.237, 1.047, 2.331, 3.646 max_d=3.646 avg_d=1.047 std_dev=1.284
P A 0, -0.364, 0.929, 2.223, 3.157 max_d=3.157 avg_d=0.929 std_dev=1.294
O2' B 0, -0.300, 1.045, 2.390, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.045 std_dev=1.345
O3' A 0, -0.464, 1.011, 2.487, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.011 std_dev=1.475
P B 0, -0.352, 1.230, 2.813, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.230 std_dev=1.583
OP2 B 0, -0.362, 1.282, 2.925, 4.421 max_d=4.421 avg_d=1.282 std_dev=1.643
OP1 B 0, -0.521, 1.548, 3.616, 5.890 max_d=5.890 avg_d=1.548 std_dev=2.068
OP2 A 0, -0.694, 1.577, 3.848, 5.431 max_d=5.431 avg_d=1.577 std_dev=2.271

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.34 0.01 0.16 0.02 0.17 0.17 0.16
C2 0.05 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.39 0.07 0.07 0.01 0.17 0.39 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.21 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.47 0.06 0.40 0.76 0.62
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.22 0.01 0.36 0.02 0.34 0.43 0.23 0.10 0.09 0.46 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.40 0.16 0.49 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.32 0.18 0.03 0.03 0.01 0.14 0.46 0.08
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.12 0.01 0.10 0.17 0.05 0.08 0.05 0.17 0.08 0.32 0.02 0.00 0.02 0.14 0.13 0.34 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.36 0.01 0.12 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.08 0.02 0.12 0.01 0.10 0.85 0.23
C5' 0.08 0.06 0.21 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.09 0.08 0.11 0.03 0.10 0.24 0.01 0.02 0.10 0.12 0.32 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.34 0.01 0.10 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.40 0.07 0.04 0.13 0.01 0.10 0.94 0.25
C8 0.01 0.02 0.02 0.43 0.01 0.17 0.02 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.24 0.03 0.16 0.04 0.10 0.79 0.25
N1 0.04 0.01 0.09 0.23 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.43 0.21 0.06 0.05 0.01 0.13 0.69 0.14
N2 0.06 0.01 0.12 0.10 0.02 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.42 0.55 0.09 0.11 0.02 0.19 0.26 0.12
N3 0.05 0.01 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.43 0.07 0.10 0.01 0.18 0.25 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.46 0.01 0.17 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.27 0.02 0.22 0.04 0.10 1.10 0.36
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.08 0.01 0.04 0.02 0.14 0.35 0.06
O2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.32 0.32 0.35 0.10 0.40 0.19 0.43 0.42 0.37 0.28 0.20 0.00 0.04 0.23 0.34 0.41 0.26 0.87 0.57
O3' 0.34 0.39 0.03 0.00 0.18 0.02 0.08 0.24 0.07 0.24 0.21 0.55 0.43 0.27 0.08 0.04 0.00 0.26 0.24 0.14 0.61 0.29 0.19
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.23 0.26 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.10
O5' 0.16 0.07 0.47 0.02 0.03 0.02 0.12 0.02 0.13 0.16 0.05 0.11 0.10 0.22 0.04 0.34 0.24 0.05 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.14 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.41 0.14 0.04 0.20 0.00 0.09 1.18 0.36
OP1 0.17 0.17 0.40 0.16 0.14 0.13 0.10 0.12 0.10 0.10 0.13 0.19 0.18 0.10 0.14 0.26 0.61 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.39 0.76 0.49 0.46 0.34 0.85 0.32 0.94 0.79 0.69 0.26 0.25 1.10 0.35 0.87 0.29 0.07 0.02 1.18 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.07 0.62 0.16 0.08 0.03 0.23 0.03 0.25 0.25 0.14 0.12 0.10 0.36 0.06 0.57 0.19 0.10 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.23 0.31 0.88 0.23 0.61 0.14 0.85 0.09 0.12 0.28 0.26 0.44 0.77 0.24 0.18 0.52 0.79 0.74 0.62
C2 0.20 0.20 0.24 0.46 0.21 0.32 0.23 0.56 0.23 0.20 0.21 0.21 0.82 0.46 0.19 0.07 0.25 0.37 0.40 0.28
C2' 0.09 0.25 0.31 0.90 0.22 0.64 0.13 0.92 0.10 0.14 0.28 0.31 0.49 0.84 0.23 0.17 0.61 0.98 0.92 0.77
C3' 0.07 0.41 0.62 1.24 0.37 0.91 0.12 1.22 0.07 0.13 0.53 0.56 0.19 1.22 0.45 0.31 0.98 1.42 1.41 1.19
C4 0.18 0.23 0.18 0.60 0.20 0.48 0.17 0.76 0.17 0.19 0.23 0.25 0.84 0.58 0.17 0.13 0.42 0.66 0.62 0.53
C4' 0.07 0.42 0.61 1.08 0.35 0.73 0.17 0.96 0.10 0.18 0.49 0.55 0.16 0.99 0.38 0.18 0.70 1.06 1.02 0.84
C5 0.25 0.25 0.40 0.46 0.17 0.46 0.17 0.78 0.21 0.24 0.22 0.26 1.05 0.52 0.13 0.16 0.46 0.75 0.68 0.63
C5' 0.14 0.27 0.74 1.24 0.21 0.97 0.08 1.19 0.11 0.06 0.32 0.41 0.18 1.23 0.24 0.42 0.91 1.33 1.19 1.07
C6 0.28 0.24 0.51 0.33 0.18 0.35 0.20 0.64 0.25 0.25 0.21 0.25 1.09 0.42 0.14 0.13 0.35 0.58 0.51 0.48
C8 0.19 0.26 0.23 0.70 0.14 0.67 0.10 1.02 0.12 0.19 0.23 0.30 1.01 0.71 0.12 0.27 0.69 1.05 0.96 0.89
N1 0.26 0.22 0.41 0.36 0.20 0.30 0.23 0.55 0.25 0.24 0.20 0.22 0.97 0.41 0.16 0.09 0.26 0.40 0.41 0.31
N2 0.19 0.19 0.20 0.45 0.21 0.26 0.24 0.49 0.23 0.19 0.19 0.19 0.74 0.44 0.20 0.08 0.19 0.25 0.35 0.19
N3 0.16 0.20 0.12 0.58 0.22 0.40 0.20 0.65 0.18 0.18 0.22 0.22 0.72 0.54 0.20 0.07 0.31 0.49 0.49 0.37
N7 0.27 0.26 0.47 0.49 0.14 0.57 0.12 0.95 0.17 0.24 0.22 0.30 1.17 0.57 0.11 0.24 0.64 1.04 0.95 0.91
N9 0.14 0.25 0.09 0.74 0.19 0.59 0.13 0.88 0.13 0.17 0.25 0.28 0.76 0.69 0.17 0.19 0.53 0.82 0.77 0.67
O2' 0.19 0.12 0.57 1.07 0.18 0.76 0.16 0.92 0.08 0.09 0.11 0.20 0.17 1.04 0.26 0.32 0.54 0.81 0.68 0.59
O3' 0.26 0.89 0.51 1.11 1.01 0.68 0.65 0.95 0.45 0.53 1.14 0.97 0.17 1.21 1.16 0.10 0.73 1.19 1.18 0.91
O4' 0.07 0.33 0.46 0.94 0.29 0.62 0.16 0.83 0.11 0.16 0.39 0.39 0.28 0.78 0.29 0.16 0.52 0.78 0.73 0.60
O5' 0.42 0.10 0.82 1.59 0.07 1.44 0.25 1.72 0.37 0.26 0.14 0.21 0.23 1.67 0.10 0.86 1.41 1.88 1.66 1.60
O6 0.31 0.24 0.65 0.23 0.16 0.32 0.19 0.59 0.25 0.26 0.19 0.25 1.18 0.36 0.15 0.15 0.34 0.61 0.49 0.51
OP1 0.31 0.11 0.62 1.26 0.08 1.37 0.17 1.63 0.26 0.16 0.16 0.22 0.20 1.59 0.12 0.82 1.30 1.93 1.57 1.56
OP2 1.08 0.35 1.34 2.36 0.49 2.56 0.96 3.13 1.17 0.87 0.23 0.11 0.48 2.46 0.37 1.82 2.91 3.70 3.30 3.29
P 0.87 0.30 1.18 2.06 0.28 2.11 0.58 2.41 0.77 0.64 0.15 0.17 0.41 2.36 0.19 1.46 2.06 2.62 2.21 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.32 0.02 0.00 0.27 0.25 0.29 0.29
C2 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.10 0.01 0.13 0.18 0.22 0.24 0.23
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.06 0.01 0.14 0.20 0.20 0.02 0.20 0.44 0.00 0.04 0.08 0.02 0.59 0.52 0.55 0.55
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.37 0.00 0.31 0.05 0.24 0.22 0.35 0.26 0.01 0.01 0.41 0.01 0.23 0.36 0.14 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.37 0.00 0.17 0.01 0.35 0.02 0.02 0.00 0.00 0.30 0.13 0.00 0.04 0.09 0.13 0.29 0.18
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.21 0.10 0.11 0.04 0.25 0.02 0.18 0.00 0.01 0.16 0.23 0.03
C5 0.01 0.01 0.14 0.31 0.01 0.21 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.42 0.14 0.01 0.08 0.09 0.12 0.34 0.18
C5' 0.09 0.21 0.20 0.05 0.35 0.01 0.37 0.00 0.32 0.21 0.29 0.15 0.05 0.21 0.38 0.02 0.02 0.25 0.30 0.03
C6 0.02 0.01 0.20 0.24 0.02 0.21 0.01 0.32 0.00 0.01 0.03 0.02 0.41 0.07 0.02 0.13 0.13 0.15 0.36 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.02 0.10 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.10 0.02 0.01 0.19 0.21 0.28 0.24
N3 0.03 0.01 0.20 0.35 0.00 0.11 0.01 0.29 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.06 0.01 0.12 0.13 0.18 0.25 0.21
O2 0.07 0.00 0.44 0.26 0.00 0.04 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.28 0.20 0.00 0.19 0.20 0.25 0.20 0.23
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.30 0.25 0.42 0.05 0.41 0.19 0.15 0.28 0.00 0.06 0.30 0.20 0.43 0.35 0.60 0.45
O3' 0.32 0.10 0.04 0.01 0.13 0.02 0.14 0.21 0.07 0.10 0.06 0.20 0.06 0.00 0.19 0.22 0.22 0.58 0.56 0.38
O4 0.02 0.01 0.08 0.41 0.00 0.18 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.19 0.00 0.06 0.07 0.12 0.28 0.16
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.13 0.01 0.12 0.19 0.20 0.22 0.06 0.00 0.08 0.13 0.13 0.10
O5' 0.27 0.18 0.59 0.23 0.09 0.01 0.09 0.02 0.13 0.19 0.13 0.20 0.43 0.22 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.25 0.22 0.52 0.36 0.13 0.16 0.12 0.25 0.15 0.21 0.18 0.25 0.35 0.58 0.12 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.29 0.24 0.55 0.14 0.29 0.23 0.34 0.30 0.36 0.28 0.25 0.20 0.60 0.56 0.28 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.23 0.55 0.15 0.18 0.03 0.18 0.03 0.22 0.24 0.21 0.23 0.45 0.38 0.16 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00