ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51012

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.003, 0.024, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C4' A 0, 0.008, 0.043, 0.078, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.043 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.012, 0.051, 0.090, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.051 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.009, 0.052, 0.095, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.016, 0.059, 0.103, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.059 std_dev=0.044
C6 B 0, 0.061, 0.117, 0.173, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.117 std_dev=0.056
C4 B 0, 0.057, 0.113, 0.169, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.113 std_dev=0.056
C5' A 0, 0.034, 0.091, 0.147, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.091 std_dev=0.057
C5 B 0, 0.057, 0.114, 0.171, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.114 std_dev=0.057
N1 B 0, 0.050, 0.113, 0.176, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.113 std_dev=0.063
N3 B 0, 0.052, 0.117, 0.181, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.117 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.023, 0.090, 0.156, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.090 std_dev=0.066
O3' B 0, 0.063, 0.134, 0.206, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.134 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.045, 0.116, 0.188, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.116 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.020, 0.095, 0.169, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.095 std_dev=0.075
C3' B 0, 0.049, 0.124, 0.199, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.124 std_dev=0.075
C2' B 0, 0.047, 0.124, 0.201, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.124 std_dev=0.077
O2' B 0, 0.070, 0.147, 0.224, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.147 std_dev=0.077
C1' B 0, 0.052, 0.132, 0.212, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.132 std_dev=0.080
O2 B 0, 0.067, 0.151, 0.235, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.151 std_dev=0.084
C4' B 0, 0.057, 0.146, 0.234, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.146 std_dev=0.088
O4' B 0, 0.051, 0.146, 0.241, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.146 std_dev=0.095
O4 B 0, 0.047, 0.149, 0.252, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.149 std_dev=0.102
C5' B 0, 0.046, 0.165, 0.284, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.165 std_dev=0.119
P B 0, 0.048, 0.173, 0.299, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.173 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.030, 0.171, 0.313, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.171 std_dev=0.142
O5' B 0, 0.019, 0.172, 0.326, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.172 std_dev=0.154
P A 0, 0.068, 0.223, 0.378, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.223 std_dev=0.155
OP1 A 0, 0.083, 0.241, 0.399, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.241 std_dev=0.158
OP1 B 0, 0.049, 0.219, 0.390, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.219 std_dev=0.170
OP2 B 0, 0.067, 0.250, 0.434, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.250 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.111, 0.299, 0.487, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.299 std_dev=0.188

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.00 0.11 0.12 0.10
C8 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07
N7 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.12 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03
O5' 0.04 0.08 0.02 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.03 0.04 0.04 0.00 0.10 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.00 0.11 0.13 0.11
OP1 0.06 0.09 0.07 0.04 0.09 0.04 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.03 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.05 0.04 0.03 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.06 0.09 0.03 0.07 0.17 0.08 0.08
C2 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.06 0.11 0.04 0.04 0.08 0.05 0.05
C2' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.08 0.03 0.05 0.09 0.04 0.07 0.17 0.08 0.08
C3' 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.08 0.18 0.09 0.10
C4 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.12 0.04 0.06 0.13 0.06 0.06
C4' 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.10 0.19 0.11 0.10
C5 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.04 0.07 0.13 0.05 0.07 0.12 0.06 0.06
C5' 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.11 0.18 0.11 0.10
C6 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.12 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06
C8 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.09 0.04 0.07 0.11 0.05 0.08 0.15 0.08 0.08
N1 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.12 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06
N2 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.11 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06
N3 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.11 0.03 0.05 0.12 0.04 0.05
N7 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.10 0.05 0.07 0.12 0.05 0.08 0.13 0.07 0.07
N9 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.08 0.03 0.06 0.11 0.04 0.07 0.15 0.07 0.08
O2' 0.05 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.11 0.04 0.06 0.10 0.04 0.06 0.17 0.08 0.09
O3' 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.08 0.19 0.11 0.11
O4' 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.04 0.09 0.17 0.09 0.09
O5' 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.09 0.13 0.07 0.06
O6 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06
OP1 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.15 0.10 0.08
OP2 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.10 0.09
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.15 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.11 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.04 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.10 0.13 0.10 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.14 0.10 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.10 0.12 0.08 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.09 0.12 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.07 0.11 0.06 0.06
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.10 0.02 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.08 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.10 0.15 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.04 0.04
O5' 0.05 0.08 0.03 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.07 0.03 0.07 0.10 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.11 0.10 0.08 0.13 0.10 0.14 0.07 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.08 0.15 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.04 0.04 0.10 0.03 0.10 0.03 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00