ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51015

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.019, 0.038, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.015, 0.035, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.027, 0.051, 0.076, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.051 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.028, 0.054, 0.079, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.054 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.031, 0.061, 0.090, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.061 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.031, 0.063, 0.095, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.063 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.042, 0.081, 0.120, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.081 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.054, 0.105, 0.157, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.105 std_dev=0.051
C8 A 0, 0.059, 0.117, 0.175, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.117 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.127, 0.281, 0.434, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.281 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.195, 0.388, 0.581, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.388 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.213, 0.416, 0.618, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.416 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.225, 0.452, 0.679, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.452 std_dev=0.227
C2 B 0, 0.259, 0.491, 0.723, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.491 std_dev=0.232
C4' A 0, 0.179, 0.418, 0.658, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.418 std_dev=0.239
O2' A 0, 0.248, 0.490, 0.731, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.490 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.207, 0.454, 0.701, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.454 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.261, 0.533, 0.806, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.533 std_dev=0.272
N3 B 0, 0.208, 0.493, 0.777, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.493 std_dev=0.285
O5' A 0, 0.234, 0.522, 0.810, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.522 std_dev=0.288
C1' B 0, 0.326, 0.620, 0.914, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.620 std_dev=0.294
O2 B 0, 0.297, 0.607, 0.916, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.607 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.336, 0.649, 0.963, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.649 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.187, 0.501, 0.815, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.501 std_dev=0.314
C2' B 0, 0.350, 0.689, 1.028, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.689 std_dev=0.339
O5' B 0, 0.276, 0.615, 0.954, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.615 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.258, 0.607, 0.955, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.607 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.321, 0.670, 1.020, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.670 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.399, 0.762, 1.124, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.762 std_dev=0.362
C5' B 0, 0.287, 0.656, 1.025, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.656 std_dev=0.369
O3' B 0, 0.280, 0.689, 1.099, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.689 std_dev=0.409
P B 0, 0.215, 0.636, 1.056, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.636 std_dev=0.421
OP1 B 0, 0.292, 0.715, 1.137, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.715 std_dev=0.423
O2' B 0, 0.472, 0.897, 1.321, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.897 std_dev=0.424
P A 0, 0.187, 0.617, 1.047, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.617 std_dev=0.430
O4 B 0, 0.166, 0.615, 1.063, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.615 std_dev=0.449
OP2 B 0, 0.201, 0.675, 1.149, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.675 std_dev=0.474
OP2 A 0, 0.229, 0.716, 1.204, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.716 std_dev=0.488
C5' A 0, 0.299, 0.812, 1.325, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.812 std_dev=0.513
OP1 A 0, 0.187, 0.737, 1.286, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.737 std_dev=0.549

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.15 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.12 0.02 0.25 0.02 0.19 0.22 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.05 0.23 0.16 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.09 0.05 0.11 0.14 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.28 0.09 0.28 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.24 0.01 0.17 0.18 0.15
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.08 0.03 0.00 0.02 0.08 0.08 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.27 0.00 0.18 0.19 0.17
C5' 0.04 0.19 0.04 0.06 0.17 0.01 0.20 0.00 0.22 0.14 0.21 0.19 0.16 0.19 0.12 0.06 0.07 0.02 0.01 0.24 0.12 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.03 0.29 0.01 0.20 0.22 0.19
C8 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.24 0.02 0.15 0.14 0.14
N1 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.02 0.28 0.02 0.20 0.23 0.19
N2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.14 0.03 0.24 0.02 0.19 0.23 0.16
N3 0.03 0.00 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.02 0.23 0.02 0.17 0.20 0.14
N7 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.27 0.02 0.16 0.17 0.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.22 0.01 0.15 0.15 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.06 0.06 0.02 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.12 0.06 0.17 0.12 0.10
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.03 0.09 0.07 0.11 0.06 0.12 0.14 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.21 0.12 0.29 0.17 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.20 0.06
O5' 0.13 0.25 0.23 0.28 0.24 0.02 0.27 0.01 0.29 0.24 0.28 0.24 0.23 0.27 0.22 0.12 0.21 0.04 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.24 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.12 0.04 0.30 0.00 0.21 0.23 0.20
OP1 0.13 0.19 0.23 0.28 0.17 0.08 0.18 0.12 0.20 0.15 0.20 0.19 0.17 0.16 0.15 0.17 0.29 0.08 0.02 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.22 0.16 0.16 0.18 0.23 0.19 0.33 0.22 0.14 0.23 0.23 0.20 0.17 0.15 0.12 0.17 0.20 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.17 0.21 0.15 0.02 0.17 0.02 0.19 0.14 0.19 0.16 0.14 0.16 0.13 0.10 0.20 0.06 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.14 0.14 0.19 0.13 0.15 0.12 0.12 0.10 0.17 0.10 0.18 0.18 0.25 0.12 0.10 0.19 0.13 0.11
C2 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.12 0.15 0.10 0.07 0.10 0.08 0.25 0.19 0.17 0.26 0.12 0.10 0.19 0.15 0.12
C2' 0.10 0.09 0.11 0.15 0.17 0.13 0.14 0.13 0.11 0.08 0.14 0.09 0.16 0.21 0.22 0.09 0.10 0.23 0.16 0.12
C3' 0.08 0.06 0.12 0.19 0.14 0.17 0.15 0.18 0.13 0.07 0.11 0.09 0.19 0.26 0.18 0.11 0.11 0.26 0.20 0.14
C4 0.15 0.10 0.15 0.14 0.16 0.12 0.15 0.11 0.09 0.10 0.09 0.17 0.18 0.18 0.24 0.11 0.09 0.18 0.12 0.10
C4' 0.05 0.14 0.06 0.08 0.17 0.09 0.15 0.08 0.12 0.08 0.17 0.20 0.18 0.14 0.21 0.06 0.11 0.25 0.25 0.16
C5 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.11 0.13 0.11 0.07 0.09 0.11 0.22 0.17 0.17 0.20 0.08 0.12 0.20 0.15 0.12
C5' 0.15 0.18 0.16 0.15 0.20 0.20 0.18 0.15 0.13 0.10 0.19 0.26 0.32 0.23 0.24 0.17 0.11 0.26 0.35 0.20
C6 0.12 0.18 0.14 0.14 0.12 0.12 0.14 0.12 0.06 0.09 0.15 0.28 0.16 0.17 0.20 0.08 0.16 0.23 0.20 0.17
C8 0.10 0.06 0.13 0.14 0.15 0.11 0.14 0.11 0.11 0.08 0.10 0.08 0.17 0.18 0.18 0.08 0.09 0.18 0.12 0.10
N1 0.14 0.17 0.14 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.05 0.10 0.11 0.29 0.18 0.17 0.23 0.10 0.14 0.22 0.19 0.16
N2 0.18 0.14 0.16 0.14 0.17 0.13 0.16 0.10 0.07 0.11 0.08 0.25 0.20 0.17 0.28 0.14 0.10 0.18 0.15 0.12
N3 0.17 0.11 0.16 0.14 0.17 0.13 0.15 0.11 0.09 0.11 0.10 0.19 0.19 0.18 0.27 0.13 0.09 0.18 0.12 0.10
N7 0.10 0.13 0.14 0.15 0.14 0.12 0.13 0.12 0.07 0.09 0.12 0.16 0.17 0.17 0.17 0.09 0.11 0.19 0.13 0.12
N9 0.14 0.07 0.15 0.15 0.17 0.13 0.15 0.12 0.11 0.10 0.12 0.08 0.18 0.19 0.22 0.11 0.10 0.18 0.12 0.10
O2' 0.14 0.12 0.14 0.15 0.19 0.15 0.14 0.14 0.11 0.10 0.18 0.14 0.18 0.20 0.25 0.14 0.13 0.21 0.15 0.13
O3' 0.06 0.07 0.09 0.16 0.15 0.15 0.17 0.17 0.14 0.07 0.11 0.12 0.18 0.23 0.18 0.09 0.11 0.29 0.25 0.17
O4' 0.08 0.14 0.10 0.12 0.18 0.12 0.14 0.11 0.12 0.08 0.19 0.19 0.17 0.16 0.22 0.09 0.12 0.21 0.17 0.14
O5' 0.09 0.06 0.12 0.02 0.16 0.05 0.19 0.04 0.14 0.04 0.10 0.14 0.30 0.01 0.18 0.07 0.15 0.27 0.21 0.18
O6 0.11 0.20 0.14 0.16 0.11 0.14 0.14 0.16 0.08 0.10 0.20 0.29 0.16 0.18 0.17 0.10 0.21 0.28 0.26 0.23
OP1 0.03 0.05 0.05 0.03 0.18 0.05 0.24 0.10 0.20 0.08 0.10 0.11 0.14 0.02 0.21 0.04 0.27 0.42 0.42 0.35
OP2 0.12 0.16 0.14 0.06 0.28 0.09 0.33 0.17 0.28 0.18 0.21 0.12 0.19 0.02 0.31 0.10 0.27 0.34 0.34 0.29
P 0.06 0.06 0.09 0.02 0.19 0.04 0.24 0.09 0.20 0.10 0.12 0.08 0.18 0.01 0.21 0.04 0.22 0.33 0.32 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.07 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.01 0.16 0.18 0.32 0.23
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.13 0.07 0.06
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.12 0.07 0.08 0.07 0.02 0.01 0.11 0.01 0.11 0.18 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.00 0.01 0.24 0.35 0.49 0.35
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.02 0.25 0.36 0.48 0.36
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.09 0.04 0.06 0.03 0.14 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.03 0.21 0.26 0.35 0.28
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.15 0.16 0.27 0.21
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.01 0.01 0.20 0.26 0.42 0.30
O2 0.04 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.08 0.01 0.03 0.13 0.12 0.28 0.20
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.10 0.16 0.00 0.05 0.08 0.06 0.08 0.17 0.10 0.09
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.14 0.07 0.09 0.08 0.05 0.00 0.14 0.02 0.19 0.31 0.27 0.24
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.01 0.26 0.40 0.54 0.39
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.14 0.14
O5' 0.08 0.16 0.05 0.11 0.24 0.01 0.25 0.01 0.21 0.15 0.20 0.13 0.08 0.19 0.26 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.18 0.13 0.18 0.35 0.08 0.36 0.07 0.26 0.16 0.26 0.12 0.17 0.31 0.40 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.32 0.07 0.14 0.49 0.02 0.48 0.02 0.35 0.27 0.42 0.28 0.10 0.27 0.54 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.23 0.06 0.12 0.35 0.03 0.36 0.02 0.28 0.21 0.30 0.20 0.09 0.24 0.39 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00