Doublet Group distance statistics: 51016

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O6	A	0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.048 std_dev=0.030
N1	A	0, 0.009, 0.045, 0.080, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C5	A	0, 0.018, 0.062, 0.106, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.044
N3	A	0, 0.042, 0.105, 0.167, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.105 std_dev=0.062
N9	A	0, 0.036, 0.105, 0.174, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.105 std_dev=0.069
N7	A	0, 0.091, 0.244, 0.396, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.244 std_dev=0.153
C8	A	0, 0.091, 0.246, 0.401, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.246 std_dev=0.155
N2	A	0, 0.119, 0.282, 0.444, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.282 std_dev=0.163
O4'	A	0, 0.075, 0.240, 0.406, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.240 std_dev=0.165
C2'	A	0, 0.092, 0.271, 0.449, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.271 std_dev=0.179
C2'	B	0, 0.101, 0.310, 0.518, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.310 std_dev=0.208
C4	B	0, 0.132, 0.360, 0.589, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.360 std_dev=0.228
C5	B	0, 0.100, 0.330, 0.560, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.330 std_dev=0.230
N3	B	0, 0.101, 0.333, 0.565, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.333 std_dev=0.232
C4'	A	0, 0.090, 0.339, 0.587, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.339 std_dev=0.248
C3'	A	0, 0.077, 0.327, 0.578, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.327 std_dev=0.251
C2	B	0, 0.077, 0.332, 0.588, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.332 std_dev=0.256
N1	B	0, 0.072, 0.342, 0.612, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.342 std_dev=0.270
O2	B	0, 0.060, 0.335, 0.610, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.335 std_dev=0.275
C6	B	0, 0.053, 0.329, 0.604, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.329 std_dev=0.275
O4	B	0, 0.171, 0.467, 0.764, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.467 std_dev=0.296
O2'	A	0, 0.188, 0.521, 0.854, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.521 std_dev=0.333
C1'	B	0, 0.106, 0.444, 0.783, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.444 std_dev=0.338
C3'	B	0, 0.068, 0.420, 0.773, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.420 std_dev=0.352
O3'	A	0, 0.156, 0.542, 0.929, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.542 std_dev=0.386
O5'	A	0, 0.111, 0.541, 0.971, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.541 std_dev=0.430
C5'	A	0, 0.147, 0.585, 1.023, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.585 std_dev=0.438
O4'	B	0, 0.182, 0.657, 1.131, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.657 std_dev=0.475
O3'	B	0, 0.083, 0.566, 1.049, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.566 std_dev=0.483
O2'	B	0, 0.234, 0.746, 1.258, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.746 std_dev=0.512
C4'	B	0, 0.180, 0.710, 1.239, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.710 std_dev=0.530
P	A	0, 0.083, 0.644, 1.205, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.644 std_dev=0.561
OP2	A	0, 0.134, 0.713, 1.292, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.713 std_dev=0.579
OP1	A	0, 0.092, 0.812, 1.532, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.812 std_dev=0.720
O5'	B	0, 0.293, 1.044, 1.795, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.044 std_dev=0.751
C5'	B	0, 0.310, 1.067, 1.823, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.067 std_dev=0.757
OP2	B	0, 0.285, 1.092, 1.898, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.092 std_dev=0.807
P	B	0, 0.254, 1.150, 2.045, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.150 std_dev=0.895
OP1	B	0, 0.396, 1.504, 2.611, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.504 std_dev=1.108

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.08	0.01	0.08	0.08	0.08
C2	0.03	0.00	0.08	0.14	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.15	0.16	0.02	0.22	0.01	0.25	0.34	0.25
C2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.06	0.03	0.05	0.02	0.05	0.03	0.06	0.11	0.09	0.05	0.03	0.01	0.01	0.02	0.04	0.05	0.04	0.10	0.05
C3'	0.02	0.14	0.01	0.00	0.11	0.00	0.10	0.01	0.11	0.07	0.13	0.18	0.13	0.08	0.08	0.03	0.01	0.01	0.09	0.10	0.08	0.12	0.09
C4	0.02	0.01	0.06	0.11	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.11	0.12	0.01	0.21	0.01	0.23	0.29	0.23
C4'	0.01	0.06	0.03	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.08	0.10	0.07	0.08	0.05	0.09	0.05	0.09	0.03	0.01	0.01	0.09	0.03	0.01	0.01
C5	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.07	0.00	0.16	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.12	0.02	0.26	0.01	0.31	0.38	0.30
C5'	0.03	0.11	0.02	0.01	0.11	0.00	0.16	0.00	0.17	0.17	0.14	0.12	0.09	0.18	0.10	0.09	0.03	0.02	0.01	0.19	0.06	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.11	0.01	0.08	0.01	0.17	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.13	0.14	0.03	0.28	0.00	0.35	0.43	0.33
C8	0.00	0.02	0.03	0.07	0.02	0.10	0.03	0.17	0.03	0.00	0.03	0.02	0.02	0.03	0.01	0.03	0.10	0.05	0.25	0.02	0.27	0.29	0.26
N1	0.03	0.01	0.06	0.13	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.14	0.16	0.02	0.26	0.01	0.31	0.40	0.30
N2	0.04	0.01	0.11	0.18	0.02	0.08	0.02	0.12	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.13	0.22	0.02	0.22	0.02	0.24	0.34	0.25
N3	0.02	0.01	0.09	0.13	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.14	0.14	0.01	0.19	0.01	0.20	0.28	0.21
N7	0.01	0.02	0.05	0.08	0.00	0.09	0.01	0.18	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.07	0.11	0.03	0.28	0.02	0.34	0.39	0.32
N9	0.01	0.02	0.03	0.08	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.00	0.06	0.08	0.01	0.18	0.01	0.18	0.21	0.18
O2'	0.03	0.15	0.01	0.03	0.11	0.09	0.11	0.09	0.13	0.03	0.14	0.13	0.14	0.07	0.06	0.00	0.01	0.08	0.05	0.13	0.07	0.07	0.06
O3'	0.02	0.16	0.01	0.01	0.12	0.03	0.12	0.03	0.14	0.10	0.16	0.22	0.14	0.11	0.08	0.01	0.00	0.02	0.12	0.13	0.14	0.16	0.13
O4'	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.05	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.08	0.02	0.00	0.10	0.04	0.11	0.07	0.10
O5'	0.08	0.22	0.04	0.09	0.21	0.01	0.26	0.01	0.28	0.25	0.26	0.22	0.19	0.28	0.18	0.05	0.12	0.10	0.00	0.30	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.09	0.01	0.19	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.13	0.13	0.04	0.30	0.00	0.40	0.48	0.37
OP1	0.08	0.25	0.04	0.08	0.23	0.03	0.31	0.06	0.35	0.27	0.31	0.24	0.20	0.34	0.18	0.07	0.14	0.11	0.01	0.40	0.00	0.02	0.01
OP2	0.08	0.34	0.10	0.12	0.29	0.01	0.38	0.02	0.43	0.29	0.40	0.34	0.28	0.39	0.21	0.07	0.16	0.07	0.01	0.48	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.25	0.05	0.09	0.23	0.01	0.30	0.01	0.33	0.26	0.30	0.25	0.21	0.32	0.18	0.06	0.13	0.10	0.00	0.37	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.09	0.11	0.04	0.12	0.06	0.16	0.07	0.18	0.13	0.10	0.10	0.30	0.08	0.12	0.11	0.12	0.26	0.25	0.16
C2	0.07	0.08	0.06	0.10	0.12	0.03	0.11	0.11	0.10	0.07	0.11	0.10	0.23	0.17	0.16	0.05	0.19	0.33	0.35	0.24
C2'	0.17	0.10	0.16	0.06	0.13	0.09	0.19	0.04	0.21	0.15	0.10	0.10	0.32	0.02	0.13	0.14	0.06	0.27	0.22	0.14
C3'	0.19	0.11	0.20	0.11	0.09	0.12	0.13	0.04	0.17	0.14	0.11	0.13	0.37	0.08	0.11	0.16	0.04	0.30	0.22	0.16
C4	0.09	0.12	0.06	0.08	0.14	0.01	0.14	0.09	0.14	0.10	0.14	0.14	0.24	0.16	0.16	0.07	0.16	0.32	0.32	0.22
C4'	0.18	0.12	0.16	0.06	0.10	0.09	0.12	0.02	0.15	0.14	0.11	0.14	0.35	0.02	0.11	0.15	0.06	0.29	0.22	0.15
C5	0.05	0.11	0.06	0.13	0.13	0.06	0.12	0.14	0.11	0.07	0.14	0.16	0.18	0.21	0.16	0.03	0.20	0.35	0.35	0.26
C5'	0.19	0.14	0.18	0.09	0.10	0.12	0.07	0.06	0.11	0.13	0.14	0.17	0.34	0.07	0.13	0.16	0.10	0.34	0.26	0.21
C6	0.02	0.10	0.06	0.16	0.11	0.10	0.08	0.18	0.05	0.04	0.13	0.15	0.14	0.24	0.16	0.03	0.24	0.39	0.39	0.30
C8	0.12	0.13	0.10	0.08	0.13	0.03	0.17	0.09	0.18	0.13	0.13	0.17	0.21	0.19	0.13	0.08	0.14	0.31	0.28	0.20
N1	0.02	0.07	0.05	0.14	0.11	0.07	0.08	0.15	0.06	0.03	0.11	0.11	0.18	0.21	0.16	0.00	0.23	0.37	0.38	0.28
N2	0.09	0.08	0.07	0.10	0.11	0.03	0.10	0.10	0.10	0.07	0.10	0.08	0.25	0.17	0.15	0.07	0.19	0.33	0.36	0.24
N3	0.10	0.11	0.06	0.08	0.14	0.02	0.14	0.08	0.13	0.10	0.14	0.13	0.25	0.14	0.17	0.08	0.16	0.31	0.32	0.22
N7	0.09	0.13	0.10	0.14	0.13	0.08	0.15	0.14	0.14	0.09	0.14	0.18	0.18	0.23	0.14	0.06	0.19	0.36	0.33	0.25
N9	0.13	0.11	0.10	0.05	0.13	0.02	0.16	0.07	0.17	0.12	0.12	0.14	0.27	0.13	0.14	0.09	0.14	0.29	0.28	0.19
O2'	0.10	0.07	0.07	0.03	0.13	0.02	0.18	0.05	0.18	0.11	0.09	0.07	0.22	0.09	0.14	0.07	0.10	0.30	0.24	0.17
O3'	0.19	0.10	0.21	0.12	0.08	0.14	0.10	0.06	0.15	0.13	0.10	0.13	0.38	0.11	0.11	0.16	0.07	0.35	0.26	0.20
O4'	0.17	0.12	0.13	0.06	0.12	0.08	0.16	0.07	0.18	0.15	0.11	0.12	0.33	0.09	0.12	0.14	0.11	0.24	0.23	0.14
O5'	0.06	0.14	0.10	0.03	0.14	0.03	0.08	0.07	0.06	0.05	0.17	0.17	0.22	0.02	0.18	0.04	0.14	0.36	0.30	0.24
O6	0.07	0.14	0.09	0.20	0.12	0.15	0.07	0.24	0.04	0.08	0.15	0.18	0.10	0.28	0.17	0.09	0.29	0.43	0.43	0.35
OP1	0.04	0.17	0.04	0.04	0.24	0.07	0.20	0.14	0.15	0.12	0.22	0.15	0.10	0.03	0.28	0.06	0.23	0.51	0.44	0.39
OP2	0.12	0.33	0.07	0.08	0.38	0.12	0.31	0.21	0.25	0.25	0.38	0.33	0.06	0.04	0.41	0.13	0.28	0.48	0.46	0.40
P	0.03	0.19	0.05	0.03	0.23	0.04	0.18	0.11	0.13	0.12	0.24	0.20	0.10	0.01	0.26	0.04	0.18	0.41	0.35	0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.03	0.02	0.01	0.12	0.13	0.19	0.12
C2	0.03	0.00	0.06	0.12	0.01	0.05	0.02	0.10	0.02	0.02	0.00	0.01	0.06	0.13	0.01	0.05	0.19	0.21	0.30	0.20
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.02	0.05	0.04	0.06	0.02	0.05	0.11	0.01	0.03	0.02	0.02	0.10	0.18	0.17	0.11
C3'	0.03	0.12	0.01	0.00	0.10	0.00	0.07	0.04	0.06	0.08	0.12	0.14	0.06	0.02	0.11	0.02	0.09	0.21	0.17	0.13
C4	0.02	0.01	0.03	0.10	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.14	0.00	0.03	0.21	0.27	0.36	0.26
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.05	0.00	0.06	0.02	0.05	0.04	0.05	0.06	0.12	0.03	0.06	0.01	0.05	0.11	0.08	0.05
C5	0.01	0.02	0.05	0.07	0.01	0.06	0.00	0.15	0.00	0.00	0.02	0.03	0.07	0.11	0.01	0.02	0.21	0.29	0.36	0.26
C5'	0.05	0.10	0.04	0.04	0.13	0.02	0.15	0.00	0.13	0.09	0.11	0.09	0.12	0.03	0.14	0.03	0.02	0.07	0.06	0.03
C6	0.01	0.02	0.06	0.06	0.01	0.05	0.00	0.13	0.00	0.00	0.02	0.03	0.06	0.09	0.01	0.03	0.20	0.25	0.31	0.23
N1	0.01	0.02	0.02	0.08	0.01	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.08	0.01	0.02	0.17	0.20	0.27	0.18
N3	0.02	0.00	0.05	0.12	0.01	0.05	0.02	0.11	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.15	0.01	0.04	0.20	0.24	0.34	0.23
O2	0.06	0.01	0.11	0.14	0.02	0.06	0.03	0.09	0.03	0.03	0.01	0.00	0.06	0.14	0.02	0.08	0.19	0.19	0.29	0.19
O2'	0.01	0.06	0.01	0.06	0.08	0.12	0.07	0.12	0.06	0.05	0.08	0.06	0.00	0.06	0.08	0.09	0.14	0.23	0.19	0.15
O3'	0.03	0.13	0.03	0.02	0.14	0.03	0.11	0.03	0.09	0.08	0.15	0.14	0.06	0.00	0.16	0.03	0.10	0.29	0.22	0.19
O4	0.02	0.01	0.02	0.11	0.00	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.16	0.00	0.03	0.21	0.29	0.38	0.27
O4'	0.01	0.05	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.04	0.08	0.09	0.03	0.03	0.00	0.10	0.09	0.15	0.10
O5'	0.12	0.19	0.10	0.09	0.21	0.05	0.21	0.02	0.20	0.17	0.20	0.19	0.14	0.10	0.21	0.10	0.00	0.03	0.04	0.01
OP1	0.13	0.21	0.18	0.21	0.27	0.11	0.29	0.07	0.25	0.20	0.24	0.19	0.23	0.29	0.29	0.09	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.30	0.17	0.17	0.36	0.08	0.36	0.06	0.31	0.27	0.34	0.29	0.19	0.22	0.38	0.15	0.04	0.02	0.00	0.01
P	0.12	0.20	0.11	0.13	0.26	0.05	0.26	0.03	0.23	0.18	0.23	0.19	0.15	0.19	0.27	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00