ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51018

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' B 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 B 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 B 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2 B 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C6 B 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O3' B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
N3 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C3' B 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C4' B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C5 B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O4 B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.000, 0.132, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O4' B 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2 B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
OP1 B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O3' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
OP1 A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C5' B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C5' A 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.000, 0.265, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.265 std_dev=0.265
P B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
P A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
OP2 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
O5' A 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.02 0.12 0.04 0.06
C2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.06 0.27 0.01 0.12 0.17 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.10 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.15 0.06 0.16 0.09 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.19 0.08 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.04 0.24 0.00 0.13 0.14 0.13
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.26 0.00 0.13 0.17 0.16
C5' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.12 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.18 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04 0.28 0.00 0.13 0.20 0.17
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.13 0.12 0.12
N1 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.09 0.05 0.29 0.01 0.13 0.20 0.17
N2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.07 0.26 0.00 0.11 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.09 0.07 0.25 0.01 0.12 0.14 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.22 0.01 0.13 0.15 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.20 0.01 0.14 0.11 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.11 0.15 0.12 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.08 0.12 0.05 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.15 0.03 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.11 0.03 0.00
O5' 0.12 0.27 0.15 0.15 0.24 0.01 0.26 0.00 0.28 0.18 0.29 0.26 0.25 0.22 0.20 0.08 0.07 0.05 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.28 0.00 0.13 0.21 0.18
OP1 0.12 0.12 0.16 0.19 0.13 0.12 0.13 0.18 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.17 0.09 0.08 0.14 0.06 0.17 0.09 0.20 0.12 0.20 0.17 0.14 0.15 0.11 0.05 0.03 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.10 0.10 0.13 0.01 0.16 0.01 0.17 0.12 0.17 0.13 0.12 0.15 0.11 0.06 0.06 0.00 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.16 0.10
C2 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.21 0.10
C2' 0.05 0.02 0.12 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.18 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.18 0.13
C3' 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.03 0.04 0.00 0.14 0.04 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.20 0.11
C4' 0.05 0.05 0.00 0.04 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.13 0.10 0.12 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.21 0.11
C5' 0.14 0.11 0.11 0.14 0.13 0.19 0.16 0.21 0.16 0.13 0.11 0.09 0.03 0.11 0.11 0.22 0.23 0.23 0.05 0.13
C6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.18 0.11
N1 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.22 0.10
N2 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.05 0.07 0.03 0.21 0.08
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.20 0.10
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.12
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.17 0.10
O2' 0.14 0.09 0.22 0.18 0.04 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12 0.05 0.09 0.27 0.19 0.01 0.07 0.16 0.11 0.26 0.24
O3' 0.05 0.04 0.14 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.23 0.11 0.05 0.06 0.03 0.06 0.12 0.07
O4' 0.06 0.06 0.03 0.05 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.12 0.09 0.10 0.07 0.01
O5' 0.21 0.24 0.23 0.19 0.19 0.13 0.14 0.08 0.15 0.21 0.23 0.28 0.33 0.25 0.17 0.11 0.05 0.01 0.23 0.13
O6 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.22 0.11
OP1 0.11 0.13 0.12 0.09 0.10 0.05 0.06 0.02 0.07 0.11 0.12 0.15 0.19 0.14 0.09 0.03 0.00 0.02 0.19 0.09
OP2 0.11 0.16 0.13 0.09 0.10 0.02 0.03 0.05 0.04 0.11 0.15 0.21 0.25 0.16 0.09 0.00 0.09 0.13 0.12 0.00
P 0.10 0.14 0.11 0.08 0.09 0.02 0.04 0.03 0.04 0.10 0.13 0.17 0.21 0.14 0.09 0.00 0.06 0.09 0.15 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.23 0.14
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.14
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.32 0.19
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.27 0.13
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.15 0.10
C5' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.17 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.14
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.21 0.13
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.26 0.15
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.16 0.38 0.22
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.25 0.12
O4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.17 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06
O5' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.12 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.16 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.23 0.32 0.27 0.18 0.13 0.15 0.00 0.17 0.22 0.21 0.26 0.38 0.25 0.17 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.14 0.19 0.13 0.11 0.07 0.10 0.00 0.12 0.14 0.13 0.15 0.22 0.12 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00