ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
O4' A 0, 0.000, 0.221, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N3 B 0, 0.000, 0.299, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C3' A 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C4' A 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.000, 0.399, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C4 B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C6 B 0, 0.000, 0.515, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.515 std_dev=0.515
O3' A 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C5 B 0, 0.000, 0.575, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.575 std_dev=0.575
C5' A 0, 0.000, 0.615, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.615 std_dev=0.615
O2 B 0, 0.000, 0.669, 1.337, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.669 std_dev=0.669
O5' A 0, 0.000, 0.723, 1.446, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.723 std_dev=0.723
C1' B 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
O4 B 0, 0.000, 0.743, 1.487, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.743 std_dev=0.743
O4' B 0, 0.000, 0.829, 1.659, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.829 std_dev=0.829
C2' B 0, 0.000, 0.967, 1.935, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.967 std_dev=0.967
OP2 B 0, 0.000, 1.040, 2.081, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.040 std_dev=1.040
O5' B 0, 0.000, 1.045, 2.090, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.045 std_dev=1.045
C4' B 0, 0.000, 1.083, 2.165, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.083 std_dev=1.083
C3' B 0, 0.000, 1.120, 2.240, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.120 std_dev=1.120
C5' B 0, 0.000, 1.121, 2.243, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.121 std_dev=1.121
O2' B 0, 0.000, 1.197, 2.394, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.197 std_dev=1.197
P B 0, 0.000, 1.210, 2.419, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.210 std_dev=1.210
O3' B 0, 0.000, 1.401, 2.802, 2.802 max_d=2.802 avg_d=1.401 std_dev=1.401
OP1 B 0, 0.000, 1.539, 3.078, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.539 std_dev=1.539
P A 0, 0.000, 1.613, 3.226, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.613 std_dev=1.613
OP2 A 0, 0.000, 2.309, 4.618, 4.618 max_d=4.618 avg_d=2.309 std_dev=2.309
OP1 A 0, 0.000, 2.486, 4.972, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.486 std_dev=2.486

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.44 0.60 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.05 0.06 0.00 0.27 0.96 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.55 0.42 0.01
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.13 0.05 0.14 0.13 0.11 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.45 0.31 0.02
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.01 0.00 0.13 1.00 0.32
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.08 0.52 0.18 0.09
C5 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.03 0.01 0.15 1.23 0.51
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.12 0.11 0.09 0.03 0.04 0.13 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.15 0.14 0.13 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.16 0.02 0.02 0.00 0.17 1.28 0.53
C8 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.24 1.20 0.56
N1 0.02 0.00 0.06 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.17 0.04 0.02 0.01 0.05 1.14 0.39
N2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.07 0.09 0.00 0.42 0.86 0.14
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.06 0.06 0.00 0.36 0.86 0.18
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.03 0.38 1.35 0.65
N9 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.93 0.32
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.74 0.26 0.10
O3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.16 0.07 0.17 0.14 0.12 0.11 0.06 0.02 0.00 0.00 0.03 0.18 0.59 0.06 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.41 0.47 0.06
O5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.09 0.06 0.08 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.18 0.01 0.06 0.00 0.35 1.40 0.64
OP1 0.44 0.27 0.55 0.45 0.13 0.52 0.15 0.14 0.17 0.24 0.05 0.42 0.36 0.38 0.12 0.74 0.59 0.41 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.60 0.96 0.42 0.31 1.00 0.18 1.23 0.13 1.28 1.20 1.14 0.86 0.86 1.35 0.93 0.26 0.06 0.47 0.00 1.40 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.24 0.01 0.02 0.32 0.09 0.51 0.02 0.53 0.56 0.39 0.14 0.18 0.65 0.32 0.10 0.15 0.06 0.01 0.64 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.29 0.19 0.07 0.19 0.13 0.11 0.02 0.15 0.10 0.33 0.34 0.20 0.13 0.21 0.02 0.08 0.23 0.09
C2 0.14 0.05 0.19 0.24 0.15 0.22 0.26 0.22 0.24 0.15 0.03 0.02 0.15 0.25 0.14 0.18 0.20 0.15 0.00 0.05
C2' 0.19 0.24 0.22 0.12 0.00 0.13 0.10 0.05 0.03 0.14 0.16 0.37 0.28 0.12 0.04 0.16 0.02 0.08 0.22 0.09
C3' 0.13 0.16 0.18 0.07 0.09 0.07 0.20 0.02 0.13 0.06 0.08 0.31 0.27 0.08 0.13 0.10 0.08 0.09 0.23 0.10
C4 0.25 0.14 0.32 0.33 0.02 0.30 0.09 0.26 0.18 0.21 0.04 0.15 0.31 0.35 0.14 0.27 0.21 0.20 0.04 0.07
C4' 0.05 0.06 0.12 0.01 0.23 0.01 0.35 0.11 0.27 0.06 0.04 0.23 0.26 0.03 0.25 0.01 0.19 0.01 0.35 0.21
C5 0.31 0.12 0.41 0.46 0.08 0.41 0.11 0.38 0.25 0.24 0.03 0.13 0.40 0.49 0.29 0.35 0.34 0.34 0.09 0.21
C5' 0.02 0.00 0.11 0.03 0.30 0.04 0.43 0.17 0.35 0.11 0.11 0.17 0.28 0.06 0.33 0.04 0.25 0.01 0.37 0.23
C6 0.28 0.07 0.38 0.45 0.03 0.41 0.22 0.41 0.31 0.23 0.06 0.04 0.35 0.49 0.23 0.34 0.39 0.37 0.19 0.26
C8 0.38 0.19 0.51 0.51 0.17 0.44 0.12 0.36 0.11 0.25 0.00 0.27 0.53 0.55 0.32 0.39 0.28 0.33 0.02 0.16
N1 0.20 0.04 0.28 0.34 0.09 0.31 0.29 0.33 0.29 0.19 0.03 0.03 0.23 0.37 0.01 0.26 0.31 0.26 0.12 0.17
N2 0.06 0.01 0.10 0.16 0.23 0.14 0.29 0.16 0.22 0.11 0.06 0.09 0.04 0.16 0.30 0.11 0.15 0.09 0.02 0.00
N3 0.15 0.10 0.19 0.21 0.10 0.19 0.16 0.18 0.17 0.15 0.07 0.08 0.17 0.21 0.06 0.18 0.14 0.11 0.08 0.01
N7 0.39 0.15 0.51 0.56 0.18 0.50 0.03 0.45 0.20 0.26 0.04 0.19 0.52 0.61 0.38 0.42 0.39 0.43 0.12 0.28
N9 0.30 0.20 0.39 0.35 0.09 0.31 0.06 0.24 0.09 0.22 0.06 0.27 0.40 0.37 0.20 0.29 0.16 0.19 0.11 0.03
O2' 0.18 0.25 0.17 0.08 0.02 0.12 0.08 0.04 0.03 0.13 0.18 0.39 0.25 0.06 0.00 0.15 0.03 0.06 0.23 0.11
O3' 0.06 0.13 0.08 0.02 0.08 0.02 0.21 0.10 0.16 0.01 0.07 0.27 0.16 0.03 0.10 0.02 0.13 0.08 0.24 0.12
O4' 0.15 0.09 0.25 0.12 0.24 0.11 0.33 0.00 0.23 0.00 0.05 0.25 0.37 0.17 0.28 0.11 0.12 0.01 0.35 0.20
O5' 0.10 0.13 0.02 0.15 0.44 0.15 0.58 0.29 0.51 0.25 0.25 0.05 0.28 0.02 0.46 0.15 0.40 0.15 0.52 0.37
O6 0.31 0.06 0.42 0.52 0.06 0.48 0.23 0.50 0.33 0.24 0.09 0.02 0.40 0.58 0.29 0.38 0.49 0.48 0.32 0.38
OP1 0.38 0.47 0.45 0.14 0.46 0.02 0.41 0.20 0.39 0.42 0.49 0.48 0.51 0.01 0.46 0.18 0.23 0.80 0.27 0.41
OP2 0.36 0.52 0.30 0.29 0.55 0.23 0.51 0.26 0.47 0.47 0.55 0.50 0.12 0.01 0.57 0.33 0.50 0.78 0.71 0.67
P 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.03 0.12 0.07 0.12 0.05 0.04 0.03 0.05 0.00 0.08 0.01 0.13 0.48 0.17 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.15 0.23 0.22
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.14 0.32 0.43 0.39
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.09
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.13 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.20 0.40 0.51 0.44
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.00 0.00 0.19 0.33 0.44 0.37
C5' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.08 0.05 0.08 0.03 0.03 0.03 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.16 0.25 0.33 0.31
N1 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.25 0.34 0.32
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.18 0.38 0.50 0.44
O2 0.02 0.01 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01 0.02 0.12 0.30 0.41 0.38
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.06
O3' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.03 0.09 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.06 0.29 0.07 0.13
O4 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.21 0.44 0.55 0.46
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.19 0.18 0.21
O5' 0.06 0.14 0.01 0.02 0.20 0.00 0.19 0.01 0.16 0.13 0.18 0.12 0.01 0.06 0.21 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.32 0.03 0.13 0.40 0.02 0.33 0.02 0.25 0.25 0.38 0.30 0.07 0.29 0.44 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.43 0.12 0.03 0.51 0.06 0.44 0.00 0.33 0.34 0.50 0.41 0.10 0.07 0.55 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.39 0.09 0.01 0.44 0.06 0.37 0.00 0.31 0.32 0.44 0.38 0.06 0.13 0.46 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00