ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51031

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.034 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N3 B 0, 0.163, 0.439, 0.716, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.439 std_dev=0.277
O4' A 0, 0.095, 0.376, 0.657, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.376 std_dev=0.281
C2' A 0, 0.114, 0.427, 0.739, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.427 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.231, 0.551, 0.871, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.551 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.241, 0.568, 0.896, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.568 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.257, 0.587, 0.916, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.587 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.268, 0.622, 0.976, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.622 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.358, 0.782, 1.207, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.782 std_dev=0.424
N2 B 0, 0.390, 0.873, 1.357, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.873 std_dev=0.484
C1' B 0, 0.276, 0.767, 1.259, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.767 std_dev=0.491
N9 B 0, 0.266, 0.765, 1.263, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.765 std_dev=0.498
C4' A 0, 0.266, 0.787, 1.308, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.787 std_dev=0.521
O2' A 0, 0.272, 0.818, 1.364, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.818 std_dev=0.546
C6 B 0, 0.186, 0.733, 1.279, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.733 std_dev=0.547
C5' A 0, 0.300, 0.852, 1.405, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.852 std_dev=0.553
C5 B 0, 0.218, 0.775, 1.332, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.775 std_dev=0.557
P A 0, 0.453, 1.107, 1.761, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.107 std_dev=0.654
C3' B 0, 0.237, 0.900, 1.563, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.900 std_dev=0.663
O3' B 0, 0.348, 1.012, 1.675, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.012 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.580, 1.248, 1.917, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.248 std_dev=0.668
O5' A 0, 0.448, 1.148, 1.848, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.148 std_dev=0.700
OP2 A 0, 0.488, 1.202, 1.916, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.202 std_dev=0.714
C3' A 0, 0.403, 1.140, 1.877, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.140 std_dev=0.737
O6 B 0, 0.207, 0.959, 1.711, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.959 std_dev=0.752
C8 B 0, 0.368, 1.144, 1.920, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.144 std_dev=0.776
N7 B 0, 0.336, 1.165, 1.995, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.165 std_dev=0.829
O4' B 0, 0.235, 1.079, 1.923, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.079 std_dev=0.844
C4' B 0, 0.194, 1.182, 2.170, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.182 std_dev=0.988
O3' A 0, 0.677, 2.066, 3.454, 3.411 max_d=3.411 avg_d=2.066 std_dev=1.388
C5' B 0, 0.069, 1.513, 2.957, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.513 std_dev=1.444
O5' B 0, 0.029, 1.590, 3.151, 4.291 max_d=4.291 avg_d=1.590 std_dev=1.561
P B 0, -0.050, 2.001, 4.052, 5.701 max_d=5.701 avg_d=2.001 std_dev=2.051
OP2 B 0, -0.090, 2.066, 4.221, 6.016 max_d=6.016 avg_d=2.066 std_dev=2.156
OP1 B 0, -0.056, 2.175, 4.407, 6.378 max_d=6.378 avg_d=2.175 std_dev=2.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.34 0.02 0.23 0.36 0.20
C2 0.03 0.00 0.23 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.43 0.17 0.44 0.00 0.25 0.33 0.24
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.23 0.11 0.13 0.18 0.28 0.23 0.08 0.03 0.00 0.05 0.02 0.56 0.09 0.54 0.54 0.42
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.20 0.00 0.30 0.02 0.30 0.36 0.23 0.14 0.13 0.38 0.21 0.01 0.01 0.03 0.33 0.35 0.39 0.34 0.21
C4 0.01 0.01 0.12 0.20 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.24 0.08 0.48 0.01 0.28 0.36 0.28
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.04 0.11 0.07 0.16 0.07 0.29 0.02 0.00 0.02 0.09 0.22 0.37 0.14
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.11 0.04 0.54 0.01 0.32 0.40 0.35
C5' 0.09 0.14 0.23 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.15 0.18 0.14 0.16 0.14 0.19 0.11 0.08 0.23 0.01 0.00 0.16 0.32 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.14 0.07 0.54 0.01 0.32 0.39 0.34
C8 0.01 0.01 0.13 0.36 0.00 0.17 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.18 0.12 0.55 0.01 0.35 0.44 0.38
N1 0.03 0.00 0.18 0.23 0.01 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.29 0.13 0.49 0.01 0.28 0.35 0.29
N2 0.03 0.01 0.28 0.14 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.57 0.20 0.41 0.01 0.23 0.31 0.21
N3 0.03 0.00 0.23 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.46 0.17 0.42 0.01 0.24 0.33 0.22
N7 0.01 0.01 0.08 0.38 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.19 0.08 0.58 0.01 0.37 0.46 0.41
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.15 0.01 0.47 0.01 0.28 0.38 0.28
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.21 0.29 0.29 0.08 0.30 0.32 0.26 0.27 0.21 0.36 0.20 0.00 0.06 0.19 0.44 0.34 0.46 0.59 0.40
O3' 0.35 0.43 0.05 0.01 0.24 0.02 0.11 0.23 0.14 0.18 0.29 0.57 0.46 0.19 0.15 0.06 0.00 0.24 0.29 0.12 0.37 0.38 0.23
O4' 0.00 0.17 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.13 0.20 0.17 0.08 0.01 0.19 0.24 0.00 0.17 0.05 0.23 0.42 0.25
O5' 0.34 0.44 0.56 0.33 0.48 0.02 0.54 0.00 0.54 0.55 0.49 0.41 0.42 0.58 0.47 0.44 0.29 0.17 0.00 0.56 0.04 0.02 0.01
O6 0.02 0.00 0.09 0.35 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.12 0.05 0.56 0.00 0.34 0.41 0.37
OP1 0.23 0.25 0.54 0.39 0.28 0.22 0.32 0.32 0.32 0.35 0.28 0.23 0.24 0.37 0.28 0.46 0.37 0.23 0.04 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.33 0.54 0.34 0.36 0.37 0.40 0.36 0.39 0.44 0.35 0.31 0.33 0.46 0.38 0.59 0.38 0.42 0.02 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.24 0.42 0.21 0.28 0.14 0.35 0.01 0.34 0.38 0.29 0.21 0.22 0.41 0.28 0.40 0.23 0.25 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.23 0.28 0.40 0.23 0.34 0.23 0.42 0.21 0.26 0.19 0.28 0.26 0.27 0.23 0.44 0.41 0.28 0.52 0.23 0.70 0.66 0.59
C2 0.21 0.21 0.23 0.40 0.33 0.34 0.55 0.51 0.56 0.56 0.30 0.45 0.18 0.67 0.36 0.29 0.35 0.29 0.74 0.68 0.87 0.94 0.82
C2' 0.20 0.34 0.21 0.34 0.25 0.28 0.26 0.41 0.27 0.28 0.28 0.42 0.32 0.31 0.23 0.38 0.31 0.23 0.60 0.30 0.82 0.79 0.70
C3' 0.12 0.24 0.12 0.23 0.15 0.13 0.22 0.30 0.23 0.26 0.19 0.35 0.24 0.31 0.13 0.44 0.20 0.08 0.50 0.30 0.80 0.77 0.64
C4 0.24 0.20 0.24 0.46 0.27 0.42 0.38 0.60 0.29 0.50 0.14 0.35 0.18 0.52 0.34 0.28 0.40 0.36 0.80 0.33 0.94 0.97 0.88
C4' 0.27 0.39 0.24 0.13 0.28 0.14 0.21 0.17 0.23 0.13 0.32 0.47 0.39 0.14 0.21 0.50 0.21 0.18 0.20 0.20 0.48 0.38 0.30
C5 0.33 0.24 0.26 0.53 0.26 0.57 0.37 0.79 0.18 0.62 0.15 0.41 0.15 0.61 0.42 0.22 0.44 0.51 1.01 0.21 1.16 1.21 1.12
C5' 0.40 0.45 0.43 0.24 0.37 0.25 0.28 0.23 0.28 0.24 0.36 0.51 0.48 0.22 0.34 0.59 0.20 0.31 0.27 0.23 0.53 0.40 0.35
C6 0.35 0.28 0.25 0.51 0.28 0.57 0.47 0.81 0.25 0.70 0.18 0.50 0.14 0.75 0.45 0.20 0.42 0.53 1.04 0.34 1.20 1.29 1.17
C8 0.31 0.20 0.26 0.56 0.19 0.59 0.18 0.80 0.08 0.42 0.15 0.29 0.17 0.34 0.32 0.24 0.49 0.49 0.95 0.08 1.13 1.09 1.05
N1 0.27 0.23 0.23 0.45 0.31 0.45 0.55 0.66 0.48 0.65 0.13 0.51 0.13 0.75 0.41 0.23 0.37 0.41 0.89 0.63 1.03 1.12 1.00
N2 0.18 0.25 0.23 0.36 0.35 0.27 0.58 0.42 0.66 0.53 0.45 0.44 0.20 0.67 0.34 0.32 0.32 0.23 0.66 0.83 0.77 0.85 0.72
N3 0.19 0.23 0.23 0.39 0.31 0.31 0.47 0.46 0.46 0.48 0.29 0.37 0.22 0.56 0.32 0.33 0.35 0.26 0.68 0.53 0.80 0.85 0.74
N7 0.39 0.24 0.29 0.60 0.21 0.69 0.24 0.94 0.09 0.58 0.21 0.36 0.17 0.48 0.41 0.22 0.51 0.61 1.14 0.09 1.31 1.33 1.26
N9 0.24 0.19 0.24 0.47 0.22 0.43 0.26 0.58 0.18 0.38 0.13 0.29 0.20 0.37 0.28 0.30 0.42 0.35 0.75 0.20 0.91 0.89 0.82
O2' 0.38 0.46 0.43 0.49 0.34 0.44 0.27 0.53 0.24 0.32 0.31 0.61 0.48 0.32 0.32 0.62 0.52 0.39 0.68 0.22 0.93 0.89 0.79
O3' 0.47 0.67 0.38 0.10 0.43 0.24 0.29 0.17 0.34 0.19 0.52 0.86 0.66 0.20 0.34 0.79 0.21 0.35 0.27 0.28 0.67 0.56 0.43
O4' 0.18 0.36 0.17 0.31 0.25 0.26 0.21 0.33 0.25 0.12 0.32 0.41 0.34 0.15 0.17 0.40 0.43 0.18 0.33 0.24 0.57 0.42 0.39
O5' 0.32 0.45 0.36 0.19 0.45 0.08 0.51 0.15 0.53 0.49 0.50 0.43 0.43 0.54 0.42 0.38 0.02 0.18 0.28 0.57 0.56 0.43 0.37
O6 0.40 0.33 0.27 0.54 0.26 0.66 0.42 0.93 0.17 0.75 0.30 0.53 0.16 0.79 0.47 0.20 0.45 0.62 1.16 0.22 1.35 1.47 1.34
OP1 0.12 0.12 0.07 0.11 0.10 0.30 0.15 0.40 0.16 0.20 0.13 0.15 0.11 0.21 0.12 0.08 0.01 0.25 0.35 0.20 0.38 0.30 0.32
OP2 0.17 0.28 0.28 0.06 0.23 0.22 0.27 0.44 0.28 0.27 0.27 0.31 0.26 0.31 0.21 0.31 0.02 0.12 0.41 0.31 0.84 0.50 0.57
P 0.07 0.14 0.14 0.01 0.14 0.14 0.21 0.24 0.21 0.24 0.17 0.16 0.13 0.27 0.14 0.16 0.01 0.07 0.20 0.25 0.47 0.25 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.09 0.16 0.07
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.23 0.01 0.21 0.17 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.19 0.11 0.07
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.13 0.16 0.12 0.12 0.10 0.16 0.08 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.22 0.07 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.03 0.25 0.01 0.22 0.16 0.15
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.04 0.06 0.04 0.12 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.35 0.01 0.31 0.25 0.25
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.19 0.24 0.14 0.04 0.05 0.26 0.12 0.05 0.05 0.02 0.01 0.23 0.12 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.36 0.00 0.34 0.29 0.28
C8 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.05 0.35 0.02 0.29 0.20 0.24
N1 0.02 0.00 0.06 0.12 0.02 0.04 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.04 0.31 0.01 0.29 0.24 0.23
N2 0.04 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.07 0.19 0.02 0.18 0.14 0.11
N3 0.03 0.00 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.05 0.19 0.01 0.17 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.03 0.40 0.02 0.35 0.30 0.32
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.23 0.02 0.19 0.14 0.12
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.11 0.16 0.13 0.06 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05 0.09 0.17 0.11 0.05
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.11 0.05 0.12 0.16 0.11 0.16 0.12 0.17 0.07 0.05 0.00 0.02 0.13 0.15 0.26 0.08 0.12
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.03 0.08 0.26 0.15
O5' 0.09 0.23 0.06 0.08 0.25 0.01 0.35 0.01 0.36 0.35 0.31 0.19 0.19 0.40 0.23 0.05 0.13 0.06 0.00 0.40 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.15 0.03 0.40 0.00 0.39 0.36 0.34
OP1 0.09 0.21 0.19 0.22 0.22 0.12 0.31 0.12 0.34 0.29 0.29 0.18 0.17 0.35 0.19 0.17 0.26 0.08 0.02 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.17 0.11 0.07 0.16 0.12 0.25 0.04 0.29 0.20 0.24 0.14 0.13 0.30 0.14 0.11 0.08 0.26 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.07 0.08 0.15 0.06 0.25 0.02 0.28 0.24 0.23 0.11 0.10 0.32 0.12 0.05 0.12 0.15 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00