ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51034

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.013, 0.055, 0.098, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.055 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.029, 0.078, 0.126, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.078 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.061, 0.129, 0.198, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.129 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.057, 0.127, 0.196, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.127 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.062, 0.135, 0.209, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.135 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.084, 0.178, 0.273, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.178 std_dev=0.095
C5' A 0, 0.084, 0.236, 0.387, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.236 std_dev=0.151
O5' A 0, 0.082, 0.301, 0.520, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.301 std_dev=0.219
P B 0, 0.220, 0.447, 0.674, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.447 std_dev=0.227
C4' B 0, 0.168, 0.414, 0.661, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.414 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.145, 0.422, 0.699, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.422 std_dev=0.277
N2 B 0, 0.112, 0.399, 0.685, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.399 std_dev=0.287
C5' B 0, 0.176, 0.463, 0.750, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.463 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.069, 0.366, 0.662, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.366 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.105, 0.404, 0.704, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.404 std_dev=0.299
N3 B 0, 0.046, 0.347, 0.648, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.347 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.060, 0.366, 0.671, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.366 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.057, 0.364, 0.672, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.364 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.014, 0.334, 0.653, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.334 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.022, 0.342, 0.662, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.342 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.090, 0.413, 0.737, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.413 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.027, 0.354, 0.682, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.354 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.010, 0.342, 0.674, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.342 std_dev=0.332
C8 B 0, 0.027, 0.359, 0.691, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.359 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.031, 0.369, 0.706, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.369 std_dev=0.337
O2' B 0, 0.123, 0.462, 0.800, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.462 std_dev=0.339
N7 B 0, 0.015, 0.358, 0.701, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.358 std_dev=0.343
O3' B 0, 0.180, 0.532, 0.883, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.532 std_dev=0.352
P A 0, 0.013, 0.407, 0.802, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.407 std_dev=0.395
OP1 A 0, 0.059, 0.493, 0.927, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.493 std_dev=0.434
OP2 A 0, 0.017, 0.456, 0.894, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.456 std_dev=0.439
O5' B 0, 0.157, 0.614, 1.072, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.614 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.140, 0.806, 1.473, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.806 std_dev=0.667
OP1 B 0, 0.102, 0.979, 1.856, 2.599 max_d=2.599 avg_d=0.979 std_dev=0.877

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.14 0.09
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.17 0.01 0.15 0.32 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.06 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.19 0.09 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.18 0.00 0.16 0.30 0.23
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.22 0.00 0.24 0.39 0.31
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.13 0.12 0.11 0.06 0.06 0.14 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.23 0.00 0.26 0.43 0.33
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.22 0.01 0.22 0.32 0.28
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.21 0.01 0.21 0.38 0.29
N2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.16 0.01 0.13 0.30 0.20
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.15 0.01 0.12 0.27 0.19
N7 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.24 0.01 0.29 0.41 0.34
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.00 0.13 0.24 0.20
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.19 0.05 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.30 0.16 0.18
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.12 0.10
O5' 0.09 0.17 0.02 0.05 0.18 0.01 0.22 0.00 0.23 0.22 0.21 0.16 0.15 0.24 0.16 0.01 0.09 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.25 0.00 0.32 0.47 0.37
OP1 0.07 0.15 0.16 0.19 0.16 0.08 0.24 0.05 0.26 0.22 0.21 0.13 0.12 0.29 0.13 0.19 0.30 0.06 0.01 0.32 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.32 0.06 0.09 0.30 0.02 0.39 0.01 0.43 0.32 0.38 0.30 0.27 0.41 0.24 0.05 0.16 0.12 0.01 0.47 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.23 0.05 0.10 0.23 0.01 0.31 0.01 0.33 0.28 0.29 0.20 0.19 0.34 0.20 0.05 0.18 0.10 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.21 0.28 0.23 0.08 0.11 0.13 0.05 0.21 0.08 0.24 0.22 0.13 0.09 0.06 0.31 0.32 0.06 0.17 0.24 0.47 0.49 0.16
C2 0.28 0.19 0.35 0.29 0.27 0.22 0.25 0.13 0.19 0.29 0.15 0.14 0.25 0.26 0.29 0.37 0.34 0.20 0.21 0.16 0.21 0.60 0.15
C2' 0.06 0.20 0.24 0.21 0.09 0.08 0.12 0.07 0.19 0.07 0.22 0.22 0.13 0.08 0.05 0.28 0.31 0.10 0.20 0.22 0.47 0.50 0.18
C3' 0.04 0.20 0.23 0.24 0.11 0.11 0.15 0.06 0.22 0.05 0.24 0.22 0.14 0.10 0.04 0.26 0.38 0.07 0.08 0.25 0.55 0.37 0.13
C4 0.23 0.06 0.33 0.29 0.17 0.20 0.13 0.11 0.09 0.24 0.10 0.10 0.12 0.19 0.23 0.33 0.34 0.15 0.13 0.15 0.37 0.51 0.11
C4' 0.07 0.22 0.22 0.25 0.16 0.13 0.20 0.10 0.26 0.09 0.26 0.22 0.17 0.16 0.10 0.26 0.39 0.08 0.07 0.28 0.58 0.30 0.12
C5 0.24 0.08 0.33 0.31 0.20 0.23 0.17 0.15 0.06 0.28 0.05 0.09 0.15 0.24 0.25 0.31 0.35 0.20 0.07 0.10 0.40 0.43 0.11
C5' 0.12 0.25 0.23 0.31 0.21 0.21 0.27 0.20 0.32 0.17 0.31 0.24 0.20 0.24 0.16 0.24 0.48 0.11 0.17 0.36 0.70 0.20 0.13
C6 0.28 0.17 0.34 0.32 0.27 0.26 0.27 0.18 0.19 0.32 0.13 0.13 0.23 0.30 0.30 0.33 0.36 0.24 0.10 0.15 0.32 0.44 0.15
C8 0.15 0.14 0.28 0.29 0.05 0.20 0.05 0.13 0.17 0.15 0.19 0.16 0.08 0.07 0.13 0.26 0.36 0.12 0.07 0.23 0.59 0.36 0.10
N1 0.29 0.22 0.36 0.32 0.30 0.25 0.29 0.16 0.23 0.32 0.19 0.17 0.27 0.31 0.31 0.36 0.35 0.24 0.15 0.20 0.23 0.53 0.16
N2 0.28 0.23 0.35 0.28 0.28 0.21 0.25 0.14 0.22 0.28 0.20 0.20 0.27 0.26 0.29 0.38 0.32 0.20 0.28 0.19 0.18 0.65 0.17
N3 0.25 0.09 0.34 0.28 0.21 0.19 0.17 0.11 0.12 0.24 0.10 0.08 0.18 0.21 0.24 0.36 0.33 0.16 0.22 0.14 0.26 0.59 0.14
N7 0.20 0.08 0.30 0.31 0.12 0.23 0.07 0.17 0.07 0.23 0.11 0.11 0.10 0.17 0.20 0.27 0.36 0.18 0.10 0.16 0.54 0.34 0.09
N9 0.16 0.14 0.31 0.28 0.04 0.17 0.06 0.08 0.17 0.16 0.20 0.16 0.06 0.09 0.14 0.30 0.34 0.10 0.09 0.21 0.48 0.46 0.11
O2' 0.10 0.20 0.19 0.15 0.13 0.11 0.14 0.16 0.19 0.09 0.21 0.22 0.16 0.11 0.10 0.25 0.24 0.19 0.32 0.20 0.42 0.57 0.23
O3' 0.05 0.19 0.18 0.21 0.11 0.07 0.15 0.04 0.21 0.06 0.22 0.21 0.14 0.11 0.06 0.21 0.35 0.10 0.10 0.24 0.54 0.37 0.14
O4' 0.06 0.23 0.27 0.25 0.16 0.14 0.20 0.08 0.25 0.06 0.26 0.23 0.18 0.14 0.07 0.28 0.36 0.07 0.08 0.27 0.56 0.36 0.13
O5' 0.15 0.35 0.18 0.26 0.29 0.16 0.36 0.14 0.43 0.22 0.42 0.34 0.28 0.32 0.21 0.19 0.42 0.13 0.13 0.48 0.87 0.30 0.23
O6 0.28 0.19 0.34 0.33 0.28 0.29 0.29 0.22 0.23 0.33 0.17 0.16 0.24 0.33 0.31 0.31 0.36 0.27 0.13 0.20 0.33 0.39 0.18
OP1 0.18 0.32 0.10 0.15 0.29 0.11 0.39 0.09 0.45 0.31 0.40 0.29 0.26 0.40 0.25 0.14 0.32 0.14 0.09 0.52 1.04 0.31 0.30
OP2 0.15 0.44 0.11 0.21 0.35 0.11 0.46 0.10 0.56 0.27 0.53 0.43 0.34 0.41 0.24 0.12 0.38 0.11 0.10 0.65 1.07 0.36 0.32
P 0.17 0.40 0.07 0.17 0.35 0.08 0.45 0.07 0.53 0.32 0.49 0.37 0.32 0.44 0.27 0.10 0.35 0.12 0.07 0.60 1.05 0.32 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.01 0.38 0.28 0.09
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.08 0.51 0.00 0.18 0.82 0.22
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.64 0.17 0.16
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.69 0.06 0.17
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.35 0.01 0.41 0.63 0.20
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.13 0.10 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.26 0.01 0.52 0.63 0.21
C5' 0.03 0.23 0.02 0.01 0.15 0.00 0.12 0.00 0.14 0.05 0.19 0.27 0.22 0.07 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.12 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.32 0.00 0.41 0.73 0.21
C8 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.08 0.01 0.74 0.31 0.17
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.44 0.00 0.25 0.82 0.21
N2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.05 0.10 0.58 0.01 0.09 0.87 0.23
N3 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.09 0.48 0.00 0.23 0.73 0.21
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.01 0.72 0.42 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.01 0.52 0.42 0.16
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.10 0.07 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.51 0.15 0.12
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.04 0.74 0.07 0.19
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.10 0.09 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.04 0.07 0.18 0.05
O5' 0.13 0.51 0.02 0.10 0.35 0.01 0.26 0.00 0.32 0.08 0.44 0.58 0.48 0.10 0.19 0.02 0.15 0.14 0.00 0.26 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.26 0.00 0.44 0.68 0.20
OP1 0.38 0.18 0.64 0.69 0.41 0.20 0.52 0.06 0.41 0.74 0.25 0.09 0.23 0.72 0.52 0.51 0.74 0.07 0.02 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.82 0.17 0.06 0.63 0.05 0.63 0.02 0.73 0.31 0.82 0.87 0.73 0.42 0.42 0.15 0.07 0.18 0.01 0.68 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.16 0.17 0.20 0.04 0.21 0.01 0.21 0.17 0.21 0.23 0.21 0.19 0.16 0.12 0.19 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00