ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51037

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.015, 0.040, 0.066, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.018, 0.048, 0.079, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.048 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.082, 0.392, 0.703, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.392 std_dev=0.310
C2' A 0, 0.079, 0.404, 0.730, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.404 std_dev=0.325
C2 B 0, 0.281, 0.650, 1.018, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.650 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.353, 0.730, 1.107, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.730 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.302, 0.693, 1.083, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.693 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.270, 0.667, 1.064, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.667 std_dev=0.397
N3 B 0, 0.259, 0.665, 1.070, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.665 std_dev=0.406
N9 B 0, 0.322, 0.743, 1.164, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.743 std_dev=0.421
C8 B 0, 0.362, 0.788, 1.215, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.788 std_dev=0.427
C5 B 0, 0.288, 0.715, 1.142, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.715 std_dev=0.427
C6 B 0, 0.341, 0.778, 1.215, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.778 std_dev=0.437
OP2 A 0, 0.276, 0.732, 1.189, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.732 std_dev=0.456
N7 B 0, 0.323, 0.805, 1.287, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.805 std_dev=0.482
O2' A 0, 0.046, 0.532, 1.018, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.532 std_dev=0.486
O6 B 0, 0.483, 0.981, 1.479, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.981 std_dev=0.498
C1' B 0, 0.353, 0.858, 1.363, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.858 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.263, 0.789, 1.316, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.789 std_dev=0.526
C4' A 0, 0.102, 0.641, 1.179, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.641 std_dev=0.538
O5' A 0, 0.143, 0.695, 1.247, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.695 std_dev=0.552
O4' B 0, 0.476, 1.030, 1.583, 1.606 max_d=1.606 avg_d=1.030 std_dev=0.553
O5' B 0, 0.555, 1.116, 1.677, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.116 std_dev=0.561
P A 0, 0.310, 0.874, 1.437, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.874 std_dev=0.564
C3' B 0, 0.325, 0.892, 1.458, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.892 std_dev=0.567
P B 0, 0.619, 1.198, 1.777, 1.751 max_d=1.751 avg_d=1.198 std_dev=0.579
O3' B 0, 0.361, 0.942, 1.523, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.942 std_dev=0.581
OP2 B 0, 0.668, 1.250, 1.832, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.250 std_dev=0.582
C3' A 0, 0.102, 0.692, 1.283, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.692 std_dev=0.591
O2' B 0, 0.445, 1.060, 1.674, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.060 std_dev=0.614
C5' A 0, 0.276, 0.892, 1.509, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.892 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.480, 1.100, 1.721, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.100 std_dev=0.620
C5' B 0, 0.561, 1.201, 1.841, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.201 std_dev=0.640
OP1 B 0, 0.573, 1.266, 1.960, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.266 std_dev=0.693
OP1 A 0, 0.497, 1.198, 1.898, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.198 std_dev=0.701
O3' A 0, 0.168, 1.064, 1.960, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.064 std_dev=0.896

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.24 0.01 0.27 0.15 0.17
C2 0.01 0.00 0.18 0.13 0.03 0.06 0.03 0.09 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.23 0.13 0.19 0.01 0.15 0.11 0.10
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.20 0.09 0.08 0.15 0.19 0.16 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.34 0.08 0.48 0.32 0.34
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.19 0.00 0.29 0.02 0.28 0.33 0.21 0.07 0.09 0.36 0.20 0.01 0.01 0.03 0.10 0.34 0.13 0.18 0.07
C4 0.01 0.03 0.09 0.19 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.20 0.08 0.07 0.19 0.01 0.16 0.11 0.11
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.06 0.17 0.02 0.13 0.07 0.16 0.06 0.21 0.02 0.00 0.02 0.10 0.15 0.04 0.04
C5 0.00 0.03 0.06 0.29 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.28 0.11 0.04 0.13 0.01 0.11 0.14 0.09
C5' 0.09 0.09 0.20 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.12 0.06 0.14 0.11 0.13 0.05 0.04 0.17 0.03 0.01 0.11 0.16 0.03 0.06
C6 0.00 0.01 0.09 0.28 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.09 0.07 0.13 0.00 0.10 0.17 0.09
C8 0.02 0.03 0.08 0.33 0.01 0.17 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.31 0.25 0.06 0.12 0.03 0.12 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.15 0.21 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.20 0.10 0.10 0.15 0.01 0.10 0.14 0.07
N2 0.02 0.01 0.19 0.07 0.04 0.13 0.03 0.14 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.37 0.17 0.22 0.01 0.19 0.12 0.13
N3 0.00 0.01 0.16 0.09 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.26 0.13 0.22 0.02 0.20 0.12 0.14
N7 0.01 0.03 0.03 0.36 0.02 0.16 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.34 0.27 0.04 0.13 0.03 0.13 0.17 0.13
N9 0.01 0.04 0.01 0.20 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.22 0.02 0.01 0.19 0.02 0.18 0.11 0.11
O2' 0.04 0.12 0.00 0.01 0.20 0.21 0.28 0.04 0.28 0.31 0.20 0.07 0.10 0.34 0.22 0.00 0.05 0.12 0.23 0.31 0.35 0.33 0.25
O3' 0.20 0.23 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.17 0.09 0.25 0.10 0.37 0.26 0.27 0.02 0.05 0.00 0.14 0.29 0.17 0.17 0.37 0.26
O4' 0.01 0.13 0.03 0.03 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.10 0.17 0.13 0.04 0.01 0.12 0.14 0.00 0.18 0.05 0.20 0.09 0.13
O5' 0.24 0.19 0.34 0.10 0.19 0.02 0.13 0.01 0.13 0.12 0.15 0.22 0.22 0.13 0.19 0.23 0.29 0.18 0.00 0.12 0.04 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.08 0.34 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.31 0.17 0.05 0.12 0.00 0.14 0.23 0.14
OP1 0.27 0.15 0.48 0.13 0.16 0.15 0.11 0.16 0.10 0.12 0.10 0.19 0.20 0.13 0.18 0.35 0.17 0.20 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.11 0.32 0.18 0.11 0.04 0.14 0.03 0.17 0.11 0.14 0.12 0.12 0.17 0.11 0.33 0.37 0.09 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.10 0.34 0.07 0.11 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.13 0.14 0.13 0.11 0.25 0.26 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.22 0.10 0.08 0.13 0.09 0.10 0.08 0.13 0.07 0.18 0.29 0.21 0.09 0.08 0.22 0.13 0.09 0.09 0.13 0.16 0.29 0.13
C2 0.19 0.11 0.21 0.16 0.14 0.18 0.16 0.15 0.17 0.18 0.14 0.14 0.11 0.18 0.17 0.32 0.15 0.19 0.14 0.19 0.20 0.17 0.15
C2' 0.04 0.25 0.06 0.13 0.12 0.14 0.11 0.18 0.13 0.14 0.19 0.34 0.20 0.15 0.08 0.15 0.22 0.07 0.28 0.13 0.32 0.48 0.32
C3' 0.09 0.23 0.08 0.10 0.17 0.06 0.18 0.08 0.19 0.17 0.21 0.27 0.20 0.18 0.15 0.09 0.08 0.07 0.08 0.19 0.22 0.23 0.13
C4 0.16 0.14 0.18 0.15 0.08 0.16 0.07 0.14 0.09 0.11 0.13 0.18 0.10 0.09 0.11 0.27 0.13 0.15 0.10 0.10 0.17 0.16 0.09
C4' 0.13 0.20 0.12 0.08 0.19 0.12 0.20 0.13 0.20 0.20 0.20 0.21 0.19 0.21 0.18 0.13 0.09 0.12 0.21 0.21 0.22 0.36 0.23
C5 0.19 0.13 0.20 0.19 0.10 0.21 0.10 0.23 0.12 0.17 0.15 0.17 0.09 0.13 0.16 0.23 0.13 0.20 0.21 0.14 0.26 0.19 0.20
C5' 0.19 0.23 0.19 0.15 0.25 0.16 0.28 0.18 0.29 0.29 0.26 0.21 0.23 0.30 0.25 0.15 0.12 0.18 0.29 0.31 0.26 0.46 0.31
C6 0.19 0.11 0.20 0.19 0.11 0.21 0.13 0.26 0.09 0.22 0.13 0.20 0.04 0.20 0.18 0.23 0.13 0.21 0.28 0.11 0.33 0.27 0.29
C8 0.22 0.20 0.24 0.22 0.17 0.23 0.15 0.22 0.19 0.14 0.20 0.22 0.21 0.14 0.18 0.26 0.16 0.21 0.13 0.21 0.17 0.20 0.09
N1 0.20 0.08 0.20 0.17 0.14 0.19 0.17 0.20 0.14 0.22 0.06 0.18 0.09 0.21 0.19 0.29 0.13 0.20 0.22 0.18 0.29 0.24 0.24
N2 0.21 0.16 0.22 0.17 0.18 0.20 0.20 0.15 0.24 0.19 0.22 0.17 0.16 0.20 0.18 0.36 0.18 0.20 0.13 0.29 0.19 0.18 0.14
N3 0.17 0.14 0.20 0.16 0.11 0.17 0.10 0.14 0.12 0.13 0.14 0.18 0.11 0.11 0.13 0.32 0.17 0.17 0.09 0.13 0.16 0.16 0.09
N7 0.24 0.19 0.25 0.26 0.16 0.27 0.16 0.30 0.20 0.19 0.22 0.20 0.17 0.16 0.20 0.23 0.19 0.24 0.25 0.24 0.28 0.20 0.22
N9 0.16 0.20 0.17 0.13 0.13 0.14 0.10 0.12 0.13 0.08 0.17 0.24 0.19 0.09 0.11 0.24 0.12 0.14 0.04 0.13 0.14 0.20 0.05
O2' 0.09 0.22 0.07 0.06 0.11 0.08 0.18 0.09 0.21 0.17 0.19 0.32 0.19 0.23 0.07 0.24 0.12 0.06 0.23 0.26 0.29 0.51 0.30
O3' 0.12 0.30 0.08 0.08 0.18 0.07 0.16 0.10 0.18 0.14 0.25 0.37 0.27 0.15 0.14 0.23 0.12 0.09 0.10 0.16 0.31 0.24 0.18
O4' 0.06 0.19 0.04 0.07 0.16 0.09 0.19 0.10 0.21 0.16 0.20 0.20 0.18 0.19 0.13 0.13 0.14 0.05 0.16 0.22 0.19 0.33 0.18
O5' 0.17 0.31 0.16 0.09 0.29 0.08 0.32 0.07 0.35 0.27 0.34 0.30 0.28 0.31 0.24 0.14 0.05 0.13 0.21 0.37 0.20 0.42 0.23
O6 0.22 0.16 0.21 0.23 0.13 0.26 0.16 0.34 0.13 0.27 0.20 0.25 0.08 0.25 0.21 0.21 0.16 0.25 0.38 0.16 0.44 0.38 0.40
OP1 0.02 0.16 0.03 0.03 0.14 0.10 0.21 0.15 0.26 0.19 0.21 0.15 0.12 0.24 0.11 0.08 0.02 0.07 0.21 0.31 0.31 0.46 0.29
OP2 0.09 0.25 0.07 0.06 0.24 0.09 0.31 0.10 0.36 0.27 0.31 0.23 0.21 0.33 0.20 0.08 0.03 0.08 0.13 0.41 0.20 0.44 0.20
P 0.05 0.18 0.05 0.01 0.18 0.04 0.24 0.07 0.27 0.22 0.23 0.17 0.15 0.26 0.15 0.08 0.01 0.04 0.19 0.32 0.22 0.43 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.14 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.14 0.06 0.05 0.12 0.02 0.13 0.21 0.17
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.20 0.09
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.11 0.06 0.04 0.04 0.11 0.06 0.03 0.02 0.03 0.12 0.13 0.07 0.25 0.13
C4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.03 0.13 0.03 0.14 0.19 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.03 0.05 0.03 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.09 0.04 0.13 0.06
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.02 0.06 0.00 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.19 0.03 0.20 0.25 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.06 0.17 0.08 0.04 0.05 0.01 0.03 0.17 0.06 0.08 0.04
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.02 0.06 0.02 0.13 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.11 0.14 0.05 0.19 0.01 0.21 0.28 0.27
C8 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.15 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.19 0.06 0.18 0.19 0.21
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.13 0.09 0.04 0.16 0.01 0.18 0.26 0.23
N2 0.05 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.16 0.07 0.06 0.10 0.02 0.11 0.20 0.15
N3 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.12 0.05 0.05 0.10 0.03 0.10 0.18 0.14
N7 0.03 0.03 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.17 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.16 0.06 0.22 0.06 0.23 0.26 0.28
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.11 0.05 0.11 0.15 0.14
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.09 0.03 0.09 0.04 0.11 0.06 0.13 0.16 0.12 0.07 0.05 0.00 0.08 0.03 0.07 0.11 0.05 0.19 0.08
O3' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.02 0.13 0.05 0.14 0.15 0.09 0.07 0.05 0.16 0.07 0.08 0.00 0.03 0.21 0.18 0.16 0.36 0.22
O4' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.14 0.06
O5' 0.02 0.12 0.07 0.12 0.13 0.05 0.19 0.03 0.19 0.19 0.16 0.10 0.10 0.22 0.11 0.07 0.21 0.02 0.00 0.23 0.01 0.06 0.01
O6 0.04 0.02 0.07 0.13 0.03 0.09 0.03 0.17 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.11 0.18 0.08 0.23 0.00 0.25 0.33 0.31
OP1 0.03 0.13 0.04 0.07 0.14 0.04 0.20 0.06 0.21 0.18 0.18 0.11 0.10 0.23 0.11 0.05 0.16 0.04 0.01 0.25 0.00 0.00 0.02
OP2 0.14 0.21 0.20 0.25 0.19 0.13 0.25 0.08 0.28 0.19 0.26 0.20 0.18 0.26 0.15 0.19 0.36 0.14 0.06 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.17 0.09 0.13 0.17 0.06 0.24 0.04 0.27 0.21 0.23 0.15 0.14 0.28 0.14 0.08 0.22 0.06 0.01 0.31 0.02 0.00 0.00