ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51040

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.000, 0.231, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.231 std_dev=0.231
N7 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C4' A 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O2' A 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C8 B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C3' A 0, 0.000, 0.330, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O5' B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.000, 0.431, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.431 std_dev=0.431
P B 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
N9 B 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C4 B 0, 0.000, 0.494, 0.989, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.494 std_dev=0.494
OP2 B 0, 0.000, 0.497, 0.993, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.497 std_dev=0.497
C5' A 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
C5' B 0, 0.000, 0.541, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.541 std_dev=0.541
P A 0, 0.000, 0.556, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.556 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.000, 0.556, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.556 std_dev=0.556
C2 B 0, 0.000, 0.602, 1.205, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.602 std_dev=0.602
C1' B 0, 0.000, 0.630, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.630 std_dev=0.630
N3 B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
O5' A 0, 0.000, 0.665, 1.329, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.665 std_dev=0.665
OP1 B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
C3' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
N2 B 0, 0.000, 0.714, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.714 std_dev=0.714
C2' B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
OP2 A 0, 0.000, 0.832, 1.665, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.832 std_dev=0.832
O3' B 0, 0.000, 0.946, 1.892, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.946 std_dev=0.946
O2' B 0, 0.000, 0.955, 1.910, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.955 std_dev=0.955
OP1 A 0, 0.000, 1.230, 2.460, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.230 std_dev=1.230

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.43 0.26 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.22 0.09 0.06
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.06 0.13 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.39 0.06 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.40 0.23 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.18 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.56 0.34 0.11
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.09 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.25 0.31 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.63 0.39 0.13
C8 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.42 0.25 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.55 0.34 0.15
N2 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.01 0.15 0.00 0.40 0.24 0.15
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.34 0.20 0.12
N7 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.60 0.37 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.28 0.16 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.30 0.02 0.06
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.15 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.64 0.02 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02
O5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.12 0.15 0.12 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.71 0.46 0.13
OP1 0.05 0.43 0.22 0.39 0.40 0.26 0.56 0.25 0.63 0.42 0.55 0.40 0.34 0.60 0.28 0.30 0.64 0.02 0.00 0.71 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.26 0.09 0.06 0.23 0.18 0.34 0.31 0.39 0.25 0.34 0.24 0.20 0.37 0.16 0.02 0.02 0.14 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.06 0.10 0.10 0.03 0.11 0.01 0.13 0.05 0.15 0.15 0.12 0.08 0.06 0.06 0.15 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.26 0.11 0.04 0.22 0.04 0.17 0.01 0.18 0.09 0.23 0.27 0.26 0.08 0.16 0.11 0.04 0.08 0.02 0.12 0.11 0.06 0.05
C2 0.06 0.02 0.11 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.15 0.10 0.07 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01
C2' 0.26 0.41 0.24 0.10 0.31 0.10 0.21 0.01 0.22 0.11 0.33 0.46 0.41 0.08 0.24 0.28 0.11 0.15 0.07 0.14 0.22 0.19 0.14
C3' 0.21 0.33 0.27 0.14 0.23 0.08 0.12 0.04 0.14 0.03 0.25 0.39 0.33 0.00 0.17 0.33 0.20 0.09 0.16 0.07 0.32 0.34 0.27
C4 0.01 0.07 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
C4' 0.15 0.22 0.22 0.12 0.16 0.05 0.08 0.06 0.09 0.01 0.16 0.25 0.22 0.02 0.12 0.25 0.19 0.04 0.16 0.04 0.29 0.31 0.26
C5 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.06
C5' 0.03 0.11 0.15 0.09 0.04 0.04 0.02 0.15 0.01 0.11 0.07 0.15 0.11 0.12 0.01 0.19 0.22 0.09 0.28 0.03 0.38 0.48 0.40
C6 0.07 0.08 0.08 0.03 0.08 0.05 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.01 0.08 0.03 0.12 0.05 0.11 0.08
C8 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.02 0.03 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05
N1 0.08 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.15 0.06 0.08 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05
N2 0.07 0.02 0.14 0.13 0.03 0.11 0.03 0.08 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.18 0.14 0.08 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01
N3 0.02 0.10 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.05 0.06 0.03 0.11 0.13 0.07 0.02 0.01 0.10 0.08 0.04 0.03 0.05 0.07 0.01 0.01
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.10 0.03 0.06 0.08 0.08 0.11 0.09
N9 0.05 0.14 0.04 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.13 0.15 0.13 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.00
O2' 0.39 0.53 0.34 0.14 0.43 0.18 0.31 0.07 0.31 0.22 0.42 0.58 0.55 0.18 0.36 0.39 0.09 0.28 0.01 0.22 0.20 0.14 0.10
O3' 0.30 0.41 0.37 0.20 0.29 0.14 0.16 0.02 0.18 0.07 0.30 0.48 0.41 0.03 0.23 0.46 0.28 0.17 0.17 0.09 0.40 0.40 0.32
O4' 0.10 0.15 0.12 0.06 0.13 0.03 0.08 0.01 0.08 0.03 0.12 0.16 0.16 0.01 0.10 0.12 0.09 0.03 0.06 0.05 0.13 0.11 0.09
O5' 0.05 0.06 0.08 0.05 0.03 0.09 0.10 0.18 0.06 0.20 0.02 0.11 0.04 0.22 0.09 0.13 0.19 0.16 0.29 0.09 0.36 0.49 0.41
O6 0.09 0.12 0.08 0.03 0.11 0.05 0.12 0.00 0.14 0.09 0.14 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.01 0.09 0.04 0.16 0.09 0.15 0.10
OP1 0.10 0.36 0.07 0.00 0.27 0.05 0.32 0.12 0.41 0.17 0.41 0.37 0.29 0.26 0.17 0.06 0.02 0.00 0.14 0.46 0.32 0.20 0.22
OP2 0.30 0.00 0.45 0.59 0.06 0.50 0.09 0.52 0.19 0.06 0.13 0.01 0.09 0.11 0.15 0.50 0.77 0.30 0.42 0.33 0.52 0.21 0.36
P 0.03 0.10 0.14 0.14 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.07 0.13 0.09 0.11 0.00 0.18 0.26 0.07 0.16 0.03 0.24 0.38 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.11 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.11 0.10
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.15 0.14
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.17 0.15
C8 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.13
N1 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.15 0.12
N2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.02 0.04 0.00 0.03 0.10 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.13 0.17 0.16
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02
O5' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.04 0.05 0.12 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.19 0.17
OP1 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.08 0.03 0.03 0.13 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.11 0.01 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.17 0.12 0.15 0.10 0.09 0.17 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.01 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.13 0.12 0.08 0.07 0.16 0.08 0.02 0.04 0.02 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00