ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2 A 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O6 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C1' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.000, 0.061, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
N2 A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
P A 0, 0.000, 0.237, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.237 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O6 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP2 A 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
N1 B 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O5' B 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
C5 B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
N3 B 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
C4 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O3' B 0, 0.000, 0.474, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.474 std_dev=0.474
N2 B 0, 0.000, 0.481, 0.962, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C3' B 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O4' B 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C5' B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
C1' B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
N9 B 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
N7 B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.000, 0.544, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C2' B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C8 B 0, 0.000, 0.582, 1.163, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.582 std_dev=0.582
OP1 B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
P B 0, 0.000, 0.694, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.694 std_dev=0.694
OP2 B 0, 0.000, 0.807, 1.613, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.807 std_dev=0.807

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.07 0.01
C2 0.07 0.00 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.10 0.01 0.09 0.03 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01
C4 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00
C5 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05
C5' 0.03 0.12 0.03 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.10 0.15 0.11 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05
C8 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02
N1 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.07 0.01 0.08 0.03 0.07
N2 0.09 0.00 0.07 0.10 0.03 0.12 0.02 0.15 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.09 0.13 0.12 0.01 0.11 0.04 0.11
N3 0.06 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.09 0.10 0.01 0.09 0.02 0.09
N7 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03
N9 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.11 0.00
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.13 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00
O5' 0.06 0.10 0.09 0.07 0.07 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.10 0.04 0.07 0.10 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03
OP1 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.11 0.09 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02
OP2 0.07 0.03 0.10 0.10 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.11 0.10 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.11 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.06 0.01 0.09 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.14 0.09 0.03 0.12 0.07 0.08 0.10 0.00
C2 0.11 0.16 0.12 0.18 0.16 0.15 0.16 0.17 0.13 0.16 0.14 0.17 0.17 0.16 0.16 0.00 0.17 0.13 0.18 0.10 0.05 0.03 0.10
C2' 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.17 0.05 0.00 0.10 0.03 0.12 0.16 0.05
C3' 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.12 0.07 0.02 0.11 0.05 0.13 0.15 0.04
C4 0.04 0.05 0.04 0.13 0.08 0.10 0.09 0.13 0.07 0.10 0.05 0.04 0.06 0.11 0.09 0.11 0.12 0.07 0.15 0.07 0.01 0.03 0.06
C4' 0.05 0.06 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.06 0.05 0.08 0.10 0.09 0.08 0.11 0.05 0.13 0.08 0.08 0.08 0.01
C5 0.03 0.03 0.03 0.08 0.00 0.06 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.15 0.08 0.03 0.12 0.03 0.01 0.04 0.04
C5' 0.04 0.05 0.07 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.10 0.06 0.02 0.06 0.11 0.09 0.09 0.13 0.05 0.14 0.10 0.07 0.05 0.03
C6 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.07 0.05 0.10 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.12 0.08 0.04 0.12 0.04 0.03 0.01 0.05
C8 0.10 0.06 0.12 0.02 0.06 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.04 0.07 0.08 0.00 0.05 0.25 0.04 0.03 0.10 0.00 0.06 0.11 0.02
N1 0.07 0.11 0.07 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.04 0.13 0.10 0.15 0.08 0.05 0.02 0.09
N2 0.16 0.22 0.16 0.21 0.20 0.19 0.18 0.19 0.15 0.19 0.18 0.26 0.22 0.18 0.20 0.05 0.20 0.17 0.19 0.11 0.07 0.04 0.12
N3 0.10 0.13 0.11 0.18 0.15 0.15 0.14 0.17 0.11 0.15 0.11 0.13 0.15 0.15 0.15 0.03 0.17 0.12 0.18 0.09 0.03 0.01 0.09
N7 0.11 0.10 0.13 0.02 0.10 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.10 0.12 0.02 0.07 0.23 0.03 0.04 0.09 0.02 0.03 0.09 0.00
N9 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05 0.16 0.09 0.03 0.13 0.05 0.04 0.07 0.02
O2' 0.04 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.18 0.04 0.01 0.09 0.01 0.13 0.19 0.07
O3' 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.11 0.06 0.12 0.14 0.03
O4' 0.04 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.05 0.12 0.08 0.07 0.07 0.01
O5' 0.12 0.06 0.13 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.07 0.01 0.05 0.31 0.01 0.09 0.06 0.02 0.12 0.12 0.05
O6 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.14 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03
OP1 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.13 0.06 0.10 0.10 0.01
OP2 0.06 0.04 0.13 0.01 0.03 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.06 0.05 0.02 0.03 0.20 0.01 0.02 0.19 0.03 0.03 0.09 0.03
P 0.06 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.19 0.00 0.02 0.11 0.04 0.11 0.12 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.08 0.07 0.04
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.18 0.18 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.16 0.11
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.05 0.03
C5 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C8 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.08 0.09 0.06
N1 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02
N2 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.02 0.07 0.06 0.00 0.10 0.08 0.06
N3 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.01 0.11 0.10 0.06
N7 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.10 0.10 0.07
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.14 0.13 0.05
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.20 0.17 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00
O5' 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04
OP1 0.11 0.08 0.18 0.19 0.09 0.10 0.05 0.05 0.02 0.08 0.04 0.10 0.11 0.03 0.10 0.14 0.20 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.07 0.18 0.16 0.09 0.05 0.06 0.01 0.02 0.09 0.04 0.08 0.10 0.06 0.10 0.13 0.17 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.04 0.11 0.11 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00