ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

21, 15, 7, 9, 13, 5, 8, 5, 3, 2, 4, 0, 0, 0, 4, 9, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.055, 0.202, 0.350, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.202 std_dev=0.147
N3 A 0, -0.003, 0.230, 0.464, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.230 std_dev=0.234
C4 A 0, -0.050, 0.213, 0.476, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.213 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.054, 0.372, 0.690, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.372 std_dev=0.318
C6 A 0, 0.019, 0.362, 0.705, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.362 std_dev=0.343
C2 A 0, -0.015, 0.333, 0.682, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.333 std_dev=0.348
C5 A 0, -0.053, 0.318, 0.688, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.318 std_dev=0.371
N1 A 0, -0.008, 0.376, 0.759, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.376 std_dev=0.383
C6 B 0, 0.115, 0.532, 0.948, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.532 std_dev=0.416
N9 B 0, 0.097, 0.544, 0.990, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.544 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.040, 0.550, 1.060, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.550 std_dev=0.510
N9 A 0, -0.118, 0.412, 0.943, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.412 std_dev=0.530
N6 A 0, 0.007, 0.549, 1.091, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.549 std_dev=0.542
C5 B 0, 0.075, 0.670, 1.265, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.670 std_dev=0.595
C1' A 0, -0.101, 0.549, 1.200, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.549 std_dev=0.650
N7 A 0, -0.159, 0.524, 1.208, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.524 std_dev=0.684
N3 B 0, 0.005, 0.721, 1.437, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.721 std_dev=0.716
C8 A 0, -0.180, 0.567, 1.315, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.567 std_dev=0.748
O6 B 0, 0.134, 0.923, 1.711, 2.393 max_d=2.393 avg_d=0.923 std_dev=0.788
O4' A 0, 0.131, 0.935, 1.740, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.935 std_dev=0.805
C2 B 0, 0.031, 0.954, 1.877, 3.064 max_d=3.064 avg_d=0.954 std_dev=0.923
C2' B 0, 0.093, 1.054, 2.014, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.054 std_dev=0.960
O4' B 0, 0.032, 0.999, 1.966, 3.643 max_d=3.643 avg_d=0.999 std_dev=0.967
C8 B 0, 0.089, 1.268, 2.448, 3.489 max_d=3.489 avg_d=1.268 std_dev=1.179
O2' B 0, 0.160, 1.361, 2.563, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.361 std_dev=1.201
C4' A 0, 0.041, 1.327, 2.614, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.327 std_dev=1.287
N7 B 0, 0.073, 1.374, 2.674, 3.734 max_d=3.734 avg_d=1.374 std_dev=1.300
C4' B 0, 0.044, 1.372, 2.699, 4.272 max_d=4.272 avg_d=1.372 std_dev=1.328
C2' A 0, 0.003, 1.401, 2.800, 4.544 max_d=4.544 avg_d=1.401 std_dev=1.399
C3' A 0, 0.057, 1.488, 2.919, 4.700 max_d=4.700 avg_d=1.488 std_dev=1.431
O3' A 0, 0.139, 1.646, 3.153, 4.991 max_d=4.991 avg_d=1.646 std_dev=1.507
C3' B 0, 0.063, 1.585, 3.107, 4.578 max_d=4.578 avg_d=1.585 std_dev=1.522
N2 B 0, 0.050, 1.687, 3.323, 5.256 max_d=5.256 avg_d=1.687 std_dev=1.636
O2' A 0, 0.188, 2.068, 3.948, 5.718 max_d=5.718 avg_d=2.068 std_dev=1.880
C5' A 0, 0.188, 2.140, 4.091, 5.750 max_d=5.750 avg_d=2.140 std_dev=1.951
O5' A 0, 0.344, 2.354, 4.364, 6.029 max_d=6.029 avg_d=2.354 std_dev=2.010
O3' B 0, 0.064, 2.194, 4.324, 6.426 max_d=6.426 avg_d=2.194 std_dev=2.130
C5' B 0, 0.028, 2.262, 4.497, 6.914 max_d=6.914 avg_d=2.262 std_dev=2.234
O5' B 0, 0.182, 2.730, 5.278, 7.765 max_d=7.765 avg_d=2.730 std_dev=2.548
P A 0, 0.408, 3.145, 5.882, 8.553 max_d=8.553 avg_d=3.145 std_dev=2.737
OP2 A 0, 0.453, 3.244, 6.035, 9.360 max_d=9.360 avg_d=3.244 std_dev=2.791
OP1 A 0, 0.296, 3.480, 6.665, 10.443 max_d=10.443 avg_d=3.480 std_dev=3.185
P B 0, 0.278, 3.716, 7.155, 10.549 max_d=10.549 avg_d=3.716 std_dev=3.439
OP2 B 0, 0.478, 4.134, 7.791, 10.895 max_d=10.895 avg_d=4.134 std_dev=3.657
OP1 B 0, 0.238, 4.118, 7.998, 12.090 max_d=12.090 avg_d=4.118 std_dev=3.880

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.49 0.44 0.65 0.51
C2 0.04 0.00 0.43 0.29 0.01 0.39 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.28 0.52 0.87 1.01 1.34 1.18
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.22 0.02 0.09 0.28 0.18 0.27 0.33 0.43 0.12 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.61 0.62 0.85 0.64
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.22 0.01 0.26 0.04 0.28 0.27 0.29 0.26 0.30 0.29 0.17 0.03 0.01 0.02 0.12 0.33 0.33 0.17
C4 0.02 0.01 0.22 0.22 0.00 0.19 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.27 0.82 0.86 1.28 1.06
C4' 0.02 0.39 0.02 0.01 0.19 0.00 0.13 0.01 0.20 0.22 0.31 0.36 0.17 0.16 0.07 0.32 0.03 0.01 0.03 0.23 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.13 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.12 0.92 1.03 1.60 1.26
C5' 0.18 0.74 0.28 0.04 0.52 0.01 0.51 0.00 0.60 0.40 0.70 0.67 0.59 0.45 0.35 0.09 0.26 0.02 0.02 0.26 0.37 0.03
C6 0.02 0.01 0.18 0.28 0.01 0.20 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.16 0.23 0.94 1.12 1.69 1.35
C8 0.01 0.01 0.27 0.27 0.01 0.22 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.53 0.16 0.28 0.89 0.91 1.47 1.09
N1 0.03 0.00 0.33 0.29 0.01 0.31 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.22 0.40 0.92 1.10 1.55 1.30
N3 0.04 0.00 0.43 0.26 0.01 0.36 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.29 0.52 0.80 0.87 1.17 1.03
N6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.01 0.17 0.01 0.59 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.17 0.16 0.97 1.23 1.87 1.45
N7 0.01 0.01 0.16 0.29 0.01 0.16 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.17 0.14 0.95 1.07 1.75 1.30
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.02 0.75 0.70 1.12 0.89
O2' 0.03 0.49 0.01 0.03 0.16 0.32 0.17 0.09 0.15 0.53 0.31 0.49 0.19 0.45 0.17 0.00 0.06 0.20 0.44 0.49 0.83 0.52
O3' 0.28 0.28 0.04 0.01 0.16 0.03 0.12 0.26 0.16 0.16 0.22 0.29 0.17 0.17 0.11 0.06 0.00 0.27 0.38 0.48 0.76 0.54
O4' 0.01 0.52 0.02 0.02 0.27 0.01 0.12 0.02 0.23 0.28 0.40 0.52 0.16 0.14 0.02 0.20 0.27 0.00 0.23 0.35 0.30 0.25
O5' 0.49 0.87 0.61 0.12 0.82 0.03 0.92 0.02 0.94 0.89 0.92 0.80 0.97 0.95 0.75 0.44 0.38 0.23 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.44 1.01 0.62 0.33 0.86 0.23 1.03 0.26 1.12 0.91 1.10 0.87 1.23 1.07 0.70 0.49 0.48 0.35 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.65 1.34 0.85 0.33 1.28 0.29 1.60 0.37 1.69 1.47 1.55 1.17 1.87 1.75 1.12 0.83 0.76 0.30 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.51 1.18 0.64 0.17 1.06 0.07 1.26 0.03 1.35 1.09 1.30 1.03 1.45 1.30 0.89 0.52 0.54 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.87 1.29 0.94 0.76 0.81 0.80 0.49 0.93 0.54 0.39 1.00 1.70 1.18 0.30 0.68 1.16 0.86 0.91 1.20 0.34 1.38 1.30 1.31
C2 0.22 0.31 0.32 0.38 0.23 0.28 0.28 0.46 0.30 0.31 0.26 0.45 0.27 0.37 0.23 0.32 0.46 0.33 0.68 0.43 1.03 1.02 0.87
C2' 1.32 1.60 1.51 1.39 1.17 1.35 0.81 1.42 0.77 0.78 1.22 2.02 1.55 0.62 1.09 1.72 1.56 1.35 1.71 0.48 1.89 1.73 1.78
C3' 1.03 1.53 1.21 0.95 0.92 0.96 0.49 1.05 0.54 0.39 1.12 2.07 1.41 0.32 0.76 1.53 1.13 1.04 1.26 0.32 1.53 1.35 1.40
C4 0.45 0.80 0.49 0.39 0.45 0.39 0.30 0.57 0.37 0.22 0.65 1.06 0.69 0.24 0.35 0.62 0.45 0.50 0.87 0.36 1.10 1.05 0.99
C4' 0.91 1.53 1.04 0.68 0.86 0.74 0.46 0.90 0.55 0.33 1.14 2.08 1.37 0.28 0.67 1.38 0.79 0.87 1.06 0.30 1.32 1.23 1.23
C5 0.36 0.71 0.44 0.36 0.39 0.28 0.29 0.45 0.36 0.23 0.61 0.94 0.60 0.27 0.30 0.54 0.42 0.36 0.76 0.37 1.01 0.96 0.87
C5' 1.03 1.76 1.24 0.83 1.00 0.76 0.59 0.91 0.71 0.43 1.35 2.38 1.57 0.40 0.78 1.61 0.93 0.85 1.03 0.48 1.32 1.32 1.26
C6 0.23 0.31 0.38 0.43 0.26 0.26 0.32 0.39 0.33 0.35 0.30 0.43 0.27 0.40 0.27 0.36 0.50 0.25 0.63 0.45 0.96 0.94 0.78
C8 0.82 1.40 0.93 0.71 0.83 0.67 0.51 0.76 0.60 0.35 1.13 1.80 1.23 0.28 0.66 1.12 0.80 0.76 1.06 0.35 1.20 1.14 1.13
N1 0.28 0.31 0.43 0.49 0.29 0.33 0.36 0.43 0.35 0.40 0.28 0.41 0.29 0.45 0.31 0.39 0.58 0.31 0.61 0.47 0.99 0.99 0.80
N3 0.34 0.57 0.35 0.32 0.32 0.34 0.26 0.55 0.31 0.23 0.45 0.78 0.49 0.27 0.26 0.45 0.39 0.45 0.82 0.37 1.10 1.06 0.98
N6 0.37 0.35 0.52 0.59 0.38 0.42 0.45 0.45 0.43 0.49 0.36 0.39 0.34 0.53 0.41 0.47 0.67 0.35 0.61 0.53 0.96 0.95 0.75
N7 0.60 1.15 0.71 0.52 0.65 0.45 0.41 0.54 0.52 0.25 0.99 1.45 0.97 0.23 0.49 0.85 0.59 0.52 0.87 0.35 1.04 0.98 0.94
N9 0.72 1.18 0.79 0.61 0.70 0.63 0.43 0.76 0.50 0.30 0.94 1.54 1.05 0.25 0.56 0.98 0.69 0.73 1.05 0.34 1.23 1.17 1.15
O2' 1.86 1.89 2.05 2.04 1.63 1.99 1.30 2.04 1.17 1.36 1.50 2.21 1.93 1.17 1.62 2.21 2.24 1.92 2.33 0.87 2.50 2.35 2.39
O3' 1.15 1.59 1.32 1.07 0.99 1.08 0.55 1.12 0.57 0.46 1.15 2.14 1.50 0.34 0.85 1.67 1.28 1.17 1.31 0.31 1.59 1.40 1.44
O4' 0.82 1.35 0.80 0.48 0.78 0.67 0.47 0.87 0.52 0.41 1.04 1.82 1.20 0.37 0.64 1.10 0.49 0.85 0.98 0.32 1.20 1.11 1.14
O5' 1.17 1.95 1.46 1.07 1.20 0.88 0.89 0.97 1.00 0.75 1.56 2.58 1.74 0.78 0.99 1.79 1.18 0.90 1.14 0.87 1.33 1.46 1.31
OP1 1.67 2.40 1.86 1.36 1.65 1.23 1.29 1.23 1.34 1.20 1.93 3.07 2.23 1.16 1.46 2.26 1.42 1.33 1.25 1.13 1.52 1.64 1.49
OP2 1.85 2.46 2.02 1.84 1.95 1.76 1.89 2.01 1.92 1.90 2.17 3.01 2.27 2.00 1.85 2.16 1.81 1.75 2.19 1.93 2.29 2.62 2.40
P 1.40 2.21 1.63 1.22 1.47 1.06 1.22 1.19 1.34 1.12 1.84 2.86 1.99 1.17 1.26 1.97 1.27 1.11 1.32 1.26 1.51 1.74 1.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.12 0.01 0.19 0.03 0.39 0.31 0.18
C2 0.06 0.00 0.27 0.26 0.01 0.23 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.33 0.26 0.68 0.02 0.90 0.71 0.74
C2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.07 0.14 0.13 0.22 0.32 0.26 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.23 0.12 0.55 0.37 0.27
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.03 0.18 0.22 0.22 0.32 0.24 0.21 0.10 0.03 0.01 0.03 0.31 0.19 0.65 0.40 0.37
C4 0.03 0.01 0.15 0.15 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.14 0.52 0.01 0.70 0.56 0.53
C4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.18 0.17 0.30 0.22 0.15 0.07 0.12 0.03 0.02 0.03 0.10 0.26 0.33 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.07 0.58 0.01 0.76 0.74 0.62
C5' 0.06 0.43 0.07 0.03 0.23 0.01 0.23 0.00 0.26 0.31 0.35 0.55 0.39 0.30 0.16 0.07 0.08 0.03 0.01 0.26 0.23 0.33 0.03
C6 0.03 0.01 0.14 0.18 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.17 0.21 0.12 0.63 0.01 0.85 0.81 0.70
C8 0.02 0.01 0.13 0.22 0.01 0.18 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.14 0.60 0.03 0.60 0.74 0.57
N1 0.05 0.01 0.22 0.22 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.29 0.20 0.67 0.01 0.91 0.77 0.75
N2 0.07 0.01 0.32 0.32 0.02 0.30 0.02 0.55 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.31 0.41 0.32 0.77 0.03 0.99 0.83 0.86
N3 0.05 0.01 0.26 0.24 0.01 0.22 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.23 0.29 0.26 0.60 0.01 0.79 0.59 0.63
N7 0.02 0.02 0.09 0.21 0.01 0.15 0.00 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.07 0.64 0.03 0.71 0.87 0.67
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.02 0.42 0.02 0.55 0.48 0.39
O2' 0.03 0.25 0.01 0.03 0.14 0.12 0.15 0.07 0.17 0.17 0.21 0.31 0.23 0.17 0.09 0.00 0.08 0.10 0.09 0.18 0.43 0.40 0.18
O3' 0.12 0.33 0.03 0.01 0.17 0.03 0.15 0.08 0.21 0.17 0.29 0.41 0.29 0.16 0.07 0.08 0.00 0.08 0.29 0.22 0.75 0.50 0.42
O4' 0.01 0.26 0.02 0.03 0.14 0.02 0.07 0.03 0.12 0.14 0.20 0.32 0.26 0.07 0.02 0.10 0.08 0.00 0.15 0.09 0.27 0.38 0.20
O5' 0.19 0.68 0.23 0.31 0.52 0.03 0.58 0.01 0.63 0.60 0.67 0.77 0.60 0.64 0.42 0.09 0.29 0.15 0.00 0.65 0.03 0.04 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.19 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.18 0.22 0.09 0.65 0.00 0.88 0.91 0.75
OP1 0.39 0.90 0.55 0.65 0.70 0.26 0.76 0.23 0.85 0.60 0.91 0.99 0.79 0.71 0.55 0.43 0.75 0.27 0.03 0.88 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.71 0.37 0.40 0.56 0.33 0.74 0.33 0.81 0.74 0.77 0.83 0.59 0.87 0.48 0.40 0.50 0.38 0.04 0.91 0.02 0.00 0.02
P 0.18 0.74 0.27 0.37 0.53 0.10 0.62 0.03 0.70 0.57 0.75 0.86 0.63 0.67 0.39 0.18 0.42 0.20 0.01 0.75 0.01 0.02 0.00