ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51055

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 3, 2, 5, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.026, 0.042, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.015, 0.035, 0.054, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.034, 0.057, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.057 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.028, 0.056, 0.084, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.056 std_dev=0.028
C5 A 0, 0.021, 0.049, 0.078, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.049 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.040, 0.077, 0.114, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.077 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.022, 0.061, 0.099, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.061 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.036, 0.087, 0.137, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.087 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.047, 0.098, 0.149, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.098 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.043, 0.098, 0.153, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.098 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.072, 0.147, 0.222, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.147 std_dev=0.075
C5 B 0, 0.245, 0.442, 0.640, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.442 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.343, 0.555, 0.766, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.555 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.224, 0.446, 0.668, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.446 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.139, 0.372, 0.605, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.372 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.314, 0.567, 0.821, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.567 std_dev=0.253
C8 B 0, 0.312, 0.566, 0.820, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.566 std_dev=0.254
N7 B 0, 0.310, 0.567, 0.824, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.567 std_dev=0.257
N3 B 0, 0.260, 0.525, 0.790, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.525 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.365, 0.642, 0.919, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.642 std_dev=0.277
N6 B 0, 0.399, 0.686, 0.974, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.686 std_dev=0.287
C2 B 0, 0.339, 0.639, 0.939, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.639 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.264, 0.608, 0.952, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.608 std_dev=0.344
C2' A 0, 0.157, 0.518, 0.878, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.518 std_dev=0.361
O4' A 0, 0.013, 0.414, 0.814, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.414 std_dev=0.400
C3' A 0, 0.233, 0.755, 1.277, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.755 std_dev=0.522
O2' B 0, 0.320, 0.842, 1.364, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.842 std_dev=0.522
C4' A 0, 0.116, 0.664, 1.212, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.664 std_dev=0.548
O4' B 0, 0.274, 0.886, 1.499, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.886 std_dev=0.612
O3' A 0, 0.479, 1.191, 1.903, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.191 std_dev=0.712
C3' B 0, 0.093, 0.874, 1.655, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.874 std_dev=0.781
O2' A 0, 0.225, 1.012, 1.799, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.012 std_dev=0.787
C4' B 0, 0.170, 1.014, 1.857, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.014 std_dev=0.843
O5' B 0, 0.280, 1.250, 2.220, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.250 std_dev=0.970
OP2 A 0, 0.136, 1.174, 2.211, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.174 std_dev=1.038
P B 0, 0.474, 1.524, 2.574, 3.449 max_d=3.449 avg_d=1.524 std_dev=1.050
C5' A 0, -0.054, 1.028, 2.110, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.028 std_dev=1.082
OP1 B 0, 0.964, 2.057, 3.149, 3.876 max_d=3.876 avg_d=2.057 std_dev=1.093
O3' B 0, -0.031, 1.062, 2.155, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.062 std_dev=1.093
C5' B 0, 0.085, 1.227, 2.369, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.227 std_dev=1.142
O5' A 0, -0.175, 1.051, 2.278, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.051 std_dev=1.226
OP2 B 0, 0.803, 2.401, 3.999, 5.391 max_d=5.391 avg_d=2.401 std_dev=1.598
P A 0, -0.397, 1.320, 3.036, 5.185 max_d=5.185 avg_d=1.320 std_dev=1.717
OP1 A 0, -0.550, 1.822, 4.195, 7.084 max_d=7.084 avg_d=1.822 std_dev=2.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.28 0.01 0.23 0.04 0.53 0.37 0.29
C2 0.04 0.00 0.37 0.26 0.01 0.13 0.02 0.36 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.61 0.37 0.15 0.63 0.04 1.63 0.60 0.85
C2' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.12 0.23 0.18 0.20 0.28 0.44 0.36 0.14 0.04 0.01 0.03 0.03 0.50 0.16 0.70 0.58 0.56
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.19 0.01 0.28 0.03 0.27 0.43 0.24 0.33 0.24 0.42 0.22 0.02 0.01 0.04 0.13 0.32 0.18 0.17 0.16
C4 0.02 0.01 0.19 0.19 0.00 0.06 0.02 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.38 0.18 0.08 0.44 0.04 1.24 0.49 0.62
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.11 0.20 0.10 0.18 0.12 0.18 0.08 0.31 0.03 0.01 0.03 0.13 0.17 0.26 0.05
C5 0.02 0.02 0.12 0.28 0.02 0.10 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.17 0.05 0.39 0.03 1.34 0.51 0.62
C5' 0.11 0.36 0.23 0.03 0.25 0.01 0.25 0.00 0.31 0.17 0.35 0.40 0.32 0.20 0.15 0.08 0.20 0.04 0.02 0.32 0.29 0.32 0.02
C6 0.03 0.03 0.18 0.27 0.02 0.11 0.02 0.31 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.46 0.18 0.07 0.49 0.01 1.61 0.58 0.77
C8 0.02 0.02 0.20 0.43 0.01 0.20 0.02 0.17 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.29 0.13 0.23 0.05 0.63 0.33 0.23
N1 0.02 0.01 0.28 0.24 0.01 0.10 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.54 0.24 0.11 0.60 0.03 1.73 0.61 0.87
N2 0.05 0.01 0.44 0.33 0.01 0.18 0.02 0.40 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.71 0.50 0.20 0.70 0.05 1.70 0.63 0.92
N3 0.04 0.01 0.36 0.24 0.01 0.12 0.02 0.32 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.57 0.38 0.16 0.57 0.04 1.39 0.55 0.74
N7 0.02 0.02 0.14 0.42 0.02 0.18 0.01 0.20 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.31 0.10 0.27 0.05 0.98 0.43 0.40
N9 0.00 0.02 0.04 0.22 0.01 0.08 0.02 0.15 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.04 0.25 0.04 0.82 0.39 0.38
O2' 0.04 0.61 0.01 0.02 0.38 0.31 0.39 0.08 0.46 0.34 0.54 0.71 0.57 0.37 0.21 0.00 0.07 0.21 0.39 0.47 0.63 0.61 0.48
O3' 0.28 0.37 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.20 0.18 0.29 0.24 0.50 0.38 0.31 0.11 0.07 0.00 0.22 0.24 0.23 0.49 0.30 0.33
O4' 0.01 0.15 0.03 0.04 0.08 0.01 0.05 0.04 0.07 0.13 0.11 0.20 0.16 0.10 0.04 0.21 0.22 0.00 0.13 0.09 0.30 0.33 0.17
O5' 0.23 0.63 0.50 0.13 0.44 0.03 0.39 0.02 0.49 0.23 0.60 0.70 0.57 0.27 0.25 0.39 0.24 0.13 0.00 0.47 0.04 0.02 0.01
O6 0.04 0.04 0.16 0.32 0.04 0.13 0.03 0.32 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.47 0.23 0.09 0.47 0.00 1.64 0.60 0.77
OP1 0.53 1.63 0.70 0.18 1.24 0.17 1.34 0.29 1.61 0.63 1.73 1.70 1.39 0.98 0.82 0.63 0.49 0.30 0.04 1.64 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.60 0.58 0.17 0.49 0.26 0.51 0.32 0.58 0.33 0.61 0.63 0.55 0.43 0.39 0.61 0.30 0.33 0.02 0.60 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.85 0.56 0.16 0.62 0.05 0.62 0.02 0.77 0.23 0.87 0.92 0.74 0.40 0.38 0.48 0.33 0.17 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.45 0.42 0.56 0.18 0.35 0.11 0.43 0.13 0.24 0.30 0.41 0.15 0.23 0.18 0.41 0.39 0.17 0.45 0.51 0.78 0.49
C2 0.16 0.44 0.34 0.64 0.17 0.40 0.22 0.51 0.21 0.33 0.39 0.31 0.28 0.38 0.19 0.28 0.45 0.23 0.56 0.88 1.11 0.74
C2' 0.14 0.56 0.52 0.81 0.17 0.58 0.11 0.74 0.20 0.28 0.44 0.43 0.15 0.25 0.13 0.22 0.72 0.23 0.64 0.60 1.02 0.69
C3' 0.28 0.41 0.74 0.99 0.17 0.78 0.19 0.91 0.15 0.41 0.30 0.32 0.16 0.37 0.27 0.30 0.91 0.40 0.79 0.52 1.09 0.77
C4 0.18 0.49 0.35 0.68 0.19 0.45 0.14 0.55 0.17 0.29 0.40 0.39 0.14 0.30 0.17 0.39 0.53 0.23 0.58 0.73 1.05 0.70
C4' 0.41 0.46 0.81 0.97 0.36 0.84 0.34 0.88 0.34 0.43 0.40 0.43 0.32 0.40 0.38 0.37 0.91 0.54 0.69 0.34 0.93 0.60
C5 0.21 0.46 0.32 0.76 0.22 0.58 0.17 0.70 0.26 0.32 0.43 0.36 0.23 0.30 0.21 0.47 0.66 0.36 0.70 0.80 1.21 0.83
C5' 0.84 0.54 1.21 1.53 0.56 1.45 0.45 1.45 0.37 0.64 0.43 0.61 0.32 0.51 0.67 0.74 1.66 1.08 1.11 0.65 1.29 0.95
C6 0.24 0.44 0.32 0.76 0.21 0.60 0.19 0.72 0.28 0.37 0.45 0.32 0.27 0.36 0.24 0.43 0.66 0.41 0.74 0.92 1.32 0.91
C8 0.23 0.43 0.37 0.78 0.24 0.60 0.17 0.70 0.23 0.29 0.36 0.39 0.21 0.27 0.20 0.60 0.73 0.33 0.65 0.58 1.02 0.68
N1 0.20 0.43 0.32 0.69 0.19 0.50 0.21 0.61 0.22 0.37 0.42 0.30 0.21 0.39 0.22 0.35 0.55 0.32 0.65 0.94 1.23 0.84
N2 0.15 0.39 0.34 0.59 0.17 0.34 0.26 0.44 0.26 0.34 0.33 0.28 0.39 0.40 0.19 0.22 0.38 0.20 0.52 0.91 1.08 0.71
N3 0.16 0.48 0.36 0.61 0.17 0.36 0.19 0.47 0.20 0.29 0.38 0.36 0.25 0.34 0.17 0.29 0.42 0.18 0.53 0.78 1.02 0.67
N7 0.25 0.44 0.34 0.82 0.25 0.68 0.21 0.80 0.30 0.30 0.41 0.37 0.30 0.28 0.22 0.58 0.79 0.44 0.77 0.71 1.21 0.85
N9 0.20 0.46 0.38 0.67 0.19 0.46 0.10 0.55 0.14 0.26 0.34 0.40 0.12 0.25 0.17 0.46 0.54 0.21 0.55 0.60 0.94 0.61
O2' 0.31 0.88 0.49 0.63 0.43 0.35 0.34 0.54 0.47 0.28 0.74 0.73 0.43 0.31 0.27 0.48 0.51 0.19 0.52 0.64 0.96 0.62
O3' 0.20 0.72 0.40 0.59 0.35 0.37 0.31 0.54 0.43 0.26 0.61 0.60 0.43 0.30 0.20 0.22 0.52 0.15 0.47 0.38 0.78 0.50
O4' 0.31 0.46 0.63 0.73 0.31 0.59 0.33 0.60 0.37 0.35 0.42 0.41 0.38 0.36 0.29 0.34 0.56 0.37 0.49 0.36 0.75 0.45
O5' 0.97 0.35 1.36 1.93 0.48 1.78 0.36 1.85 0.22 0.76 0.29 0.45 0.23 0.54 0.74 0.77 2.12 1.30 1.51 0.98 1.71 1.36
O6 0.30 0.41 0.32 0.80 0.22 0.69 0.21 0.84 0.32 0.41 0.45 0.29 0.37 0.36 0.28 0.46 0.74 0.53 0.82 0.98 1.46 1.03
OP1 1.00 0.57 1.36 2.15 0.25 2.15 0.42 2.22 0.77 0.47 0.82 0.34 1.03 0.39 0.51 1.08 2.70 1.49 1.64 1.17 1.82 1.45
OP2 0.85 0.37 0.94 1.83 0.47 1.90 0.48 2.15 0.45 0.79 0.42 0.38 0.52 0.65 0.69 0.27 2.10 1.40 1.79 1.23 2.06 1.63
P 1.20 0.23 1.49 2.31 0.49 2.28 0.32 2.37 0.19 0.83 0.24 0.42 0.33 0.53 0.84 0.94 2.72 1.69 1.90 1.31 2.06 1.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.07 0.24 0.00 0.18 0.56 0.27 0.19
C2 0.06 0.00 0.35 0.27 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.23 0.20 0.25 0.80 0.71 0.34
C2' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.19 0.16 0.19 0.27 0.35 0.13 0.12 0.05 0.01 0.05 0.02 0.45 0.67 0.37 0.51
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.23 0.01 0.30 0.01 0.31 0.32 0.29 0.24 0.35 0.34 0.20 0.02 0.02 0.03 0.24 0.18 0.25 0.23
C4 0.02 0.01 0.19 0.23 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.18 0.09 0.11 0.24 0.80 0.66 0.32
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.05 0.07 0.11 0.15 0.07 0.24 0.04 0.01 0.02 0.26 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.21 0.13 0.05 0.29 0.92 0.86 0.40
C5' 0.08 0.14 0.19 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.15 0.13 0.19 0.19 0.11 0.07 0.20 0.01 0.01 0.33 0.37 0.02
C6 0.01 0.02 0.16 0.31 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.09 0.29 0.94 0.94 0.42
C8 0.03 0.02 0.19 0.32 0.01 0.17 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.32 0.28 0.12 0.29 0.90 0.72 0.35
N1 0.05 0.00 0.27 0.29 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.14 0.16 0.28 0.88 0.86 0.40
N3 0.06 0.01 0.35 0.24 0.00 0.07 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.31 0.26 0.19 0.23 0.74 0.59 0.30
N6 0.03 0.02 0.13 0.35 0.02 0.11 0.03 0.19 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.23 0.21 0.08 0.30 0.98 1.07 0.44
N7 0.01 0.01 0.12 0.34 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.31 0.29 0.06 0.32 0.99 0.94 0.43
N9 0.00 0.02 0.05 0.20 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.22 0.76 0.53 0.28
O2' 0.07 0.30 0.01 0.02 0.18 0.24 0.21 0.07 0.20 0.32 0.22 0.31 0.23 0.31 0.17 0.00 0.10 0.17 0.33 0.63 0.29 0.45
O3' 0.24 0.23 0.05 0.02 0.09 0.04 0.13 0.20 0.13 0.28 0.14 0.26 0.21 0.29 0.09 0.10 0.00 0.18 0.30 0.45 0.46 0.28
O4' 0.00 0.20 0.02 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.12 0.16 0.19 0.08 0.06 0.01 0.17 0.18 0.00 0.14 0.52 0.20 0.20
O5' 0.18 0.25 0.45 0.24 0.24 0.02 0.29 0.01 0.29 0.29 0.28 0.23 0.30 0.32 0.22 0.33 0.30 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.56 0.80 0.67 0.18 0.80 0.26 0.92 0.33 0.94 0.90 0.88 0.74 0.98 0.99 0.76 0.63 0.45 0.52 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.27 0.71 0.37 0.25 0.66 0.18 0.86 0.37 0.94 0.72 0.86 0.59 1.07 0.94 0.53 0.29 0.46 0.20 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.19 0.34 0.51 0.23 0.32 0.04 0.40 0.02 0.42 0.35 0.40 0.30 0.44 0.43 0.28 0.45 0.28 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00