ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 0, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.023, 0.058, 0.094, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.058 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.037, 0.077, 0.117, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.077 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.057, 0.113, 0.169, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.113 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.038, 0.099, 0.161, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.099 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.059, 0.126, 0.194, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.126 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.081, 0.169, 0.257, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.169 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.061, 0.196, 0.332, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.196 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.103, 0.275, 0.446, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.275 std_dev=0.171
C5 B 0, 0.123, 0.329, 0.534, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.329 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.131, 0.337, 0.543, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.337 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.085, 0.297, 0.508, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.297 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.178, 0.412, 0.646, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.412 std_dev=0.234
N3 B 0, 0.170, 0.407, 0.644, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.407 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.207, 0.459, 0.710, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.459 std_dev=0.252
P A 0, 0.090, 0.404, 0.717, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.404 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.072, 0.388, 0.705, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.388 std_dev=0.316
N6 B 0, 0.197, 0.537, 0.877, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.537 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.042, 0.426, 0.810, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.426 std_dev=0.384
N7 B 0, 0.190, 0.578, 0.966, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.578 std_dev=0.388
N9 B 0, 0.077, 0.467, 0.858, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.467 std_dev=0.391
OP2 A 0, 0.126, 0.520, 0.913, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.520 std_dev=0.393
O3' B 0, 0.079, 0.480, 0.881, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.480 std_dev=0.401
C8 B 0, 0.161, 0.623, 1.084, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.623 std_dev=0.462
C3' B 0, 0.069, 0.531, 0.993, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.531 std_dev=0.462
O2' B 0, 0.057, 0.562, 1.068, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.562 std_dev=0.506
C1' B 0, 0.072, 0.602, 1.132, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.602 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.088, 0.788, 1.488, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.788 std_dev=0.700
O4' B 0, 0.114, 0.851, 1.588, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.851 std_dev=0.737
C5' B 0, 0.124, 0.973, 1.822, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.973 std_dev=0.849
O5' B 0, 0.190, 1.105, 2.021, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.105 std_dev=0.915
OP1 B 0, 0.231, 1.233, 2.235, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.233 std_dev=1.002
P B 0, 0.185, 1.247, 2.309, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.247 std_dev=1.062
OP2 B 0, 0.188, 1.502, 2.817, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.502 std_dev=1.314

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.14 0.01 0.19 0.21 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.08 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.12 0.09 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.01 0.16 0.16 0.14
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.15 0.01 0.17 0.18 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.16 0.00 0.20 0.22 0.20
C8 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.12 0.08 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.16 0.00 0.20 0.23 0.19
N2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.14 0.01 0.20 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.12 0.01 0.16 0.17 0.14
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.01 0.15 0.14 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.12 0.09 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.11 0.07 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.14 0.12 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.05 0.14 0.04 0.03 0.13 0.01 0.15 0.00 0.16 0.12 0.16 0.14 0.12 0.15 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.17 0.00 0.21 0.24 0.21
OP1 0.08 0.19 0.11 0.12 0.16 0.07 0.17 0.04 0.20 0.12 0.20 0.20 0.16 0.15 0.12 0.11 0.14 0.03 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.21 0.08 0.09 0.16 0.02 0.18 0.01 0.22 0.08 0.23 0.22 0.17 0.14 0.09 0.07 0.12 0.05 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.06 0.07 0.14 0.01 0.17 0.01 0.20 0.11 0.19 0.17 0.14 0.16 0.10 0.05 0.08 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.13 0.06 0.09 0.08 0.17 0.07 0.25 0.11 0.24 0.07 0.31 0.17 0.08 0.26 0.05 0.10 0.12 0.28 0.31 0.08
C2 0.06 0.18 0.05 0.12 0.09 0.11 0.23 0.17 0.25 0.24 0.11 0.15 0.41 0.33 0.11 0.18 0.13 0.10 0.24 0.14 0.31 0.24
C2' 0.13 0.14 0.13 0.03 0.08 0.05 0.17 0.04 0.24 0.10 0.23 0.07 0.31 0.17 0.06 0.27 0.03 0.08 0.14 0.32 0.27 0.09
C3' 0.11 0.15 0.11 0.02 0.07 0.04 0.14 0.05 0.20 0.08 0.21 0.08 0.25 0.13 0.05 0.25 0.02 0.06 0.17 0.39 0.30 0.09
C4 0.05 0.12 0.04 0.11 0.08 0.10 0.21 0.13 0.24 0.20 0.12 0.10 0.34 0.27 0.09 0.15 0.11 0.08 0.19 0.11 0.32 0.18
C4' 0.15 0.19 0.14 0.07 0.08 0.11 0.12 0.08 0.19 0.08 0.23 0.11 0.22 0.10 0.07 0.28 0.06 0.13 0.13 0.43 0.28 0.07
C5 0.09 0.16 0.07 0.18 0.10 0.19 0.22 0.22 0.19 0.27 0.11 0.10 0.28 0.32 0.15 0.08 0.17 0.19 0.27 0.15 0.33 0.24
C5' 0.11 0.21 0.11 0.05 0.09 0.08 0.11 0.06 0.17 0.07 0.22 0.15 0.18 0.07 0.06 0.22 0.05 0.10 0.13 0.48 0.33 0.05
C6 0.12 0.22 0.09 0.21 0.11 0.24 0.23 0.28 0.18 0.33 0.16 0.13 0.30 0.38 0.18 0.07 0.20 0.23 0.33 0.25 0.32 0.32
C8 0.07 0.10 0.06 0.13 0.11 0.13 0.17 0.13 0.16 0.17 0.11 0.09 0.18 0.20 0.11 0.08 0.13 0.13 0.17 0.13 0.34 0.13
N1 0.08 0.22 0.05 0.17 0.09 0.18 0.23 0.24 0.21 0.30 0.13 0.15 0.37 0.36 0.15 0.11 0.17 0.17 0.30 0.23 0.31 0.30
N2 0.08 0.18 0.07 0.11 0.09 0.10 0.23 0.16 0.26 0.24 0.11 0.17 0.43 0.33 0.10 0.21 0.12 0.08 0.23 0.15 0.30 0.25
N3 0.08 0.13 0.07 0.08 0.08 0.07 0.22 0.11 0.26 0.20 0.14 0.14 0.40 0.28 0.09 0.21 0.10 0.06 0.18 0.11 0.31 0.18
N7 0.15 0.14 0.12 0.21 0.13 0.23 0.20 0.24 0.13 0.27 0.11 0.10 0.16 0.29 0.19 0.08 0.19 0.24 0.27 0.12 0.34 0.22
N9 0.05 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.18 0.08 0.22 0.15 0.16 0.06 0.28 0.21 0.07 0.17 0.08 0.04 0.14 0.16 0.32 0.11
O2' 0.16 0.18 0.15 0.06 0.10 0.09 0.19 0.06 0.28 0.10 0.28 0.10 0.35 0.17 0.08 0.30 0.04 0.13 0.13 0.34 0.27 0.07
O3' 0.10 0.17 0.11 0.04 0.08 0.05 0.14 0.06 0.21 0.08 0.22 0.09 0.26 0.13 0.05 0.24 0.03 0.07 0.19 0.45 0.37 0.11
O4' 0.17 0.19 0.17 0.11 0.08 0.13 0.13 0.12 0.20 0.10 0.24 0.10 0.24 0.11 0.10 0.28 0.09 0.16 0.15 0.37 0.31 0.13
O5' 0.09 0.19 0.11 0.04 0.11 0.04 0.11 0.04 0.15 0.07 0.18 0.16 0.15 0.08 0.08 0.17 0.01 0.06 0.16 0.46 0.34 0.07
O6 0.19 0.24 0.13 0.26 0.13 0.31 0.23 0.35 0.15 0.38 0.23 0.13 0.23 0.41 0.23 0.08 0.23 0.32 0.40 0.37 0.33 0.39
OP1 0.03 0.17 0.05 0.01 0.07 0.02 0.05 0.07 0.09 0.07 0.15 0.15 0.09 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.20 0.74 0.58 0.15
OP2 0.04 0.11 0.06 0.03 0.07 0.08 0.08 0.13 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.06 0.07 0.01 0.07 0.27 0.62 0.41 0.16
P 0.03 0.14 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.08 0.07 0.12 0.12 0.07 0.06 0.03 0.08 0.00 0.02 0.20 0.60 0.45 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.27 0.30 0.18
C2 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.01 0.14 0.30 0.65 0.31
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.21 0.28 0.13
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.07 0.09 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.28 0.30 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.16 0.32 0.65 0.32
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.18 0.26 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.21 0.36 0.87 0.41
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.16 0.08 0.04 0.13 0.16 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.20 0.36 0.92 0.42
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.25 0.39 0.80 0.41
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.17 0.33 0.80 0.37
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.01 0.12 0.28 0.54 0.27
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.22 0.39 1.05 0.46
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.26 0.41 0.99 0.46
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.32 0.56 0.30
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.20 0.27 0.08
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.11 0.13 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.47 0.44 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.34 0.17 0.13
O5' 0.10 0.14 0.06 0.08 0.16 0.01 0.21 0.00 0.20 0.25 0.17 0.12 0.22 0.26 0.17 0.03 0.12 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.30 0.21 0.28 0.32 0.18 0.36 0.15 0.36 0.39 0.33 0.28 0.39 0.41 0.32 0.20 0.47 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.65 0.28 0.30 0.65 0.26 0.87 0.34 0.92 0.80 0.80 0.54 1.05 0.99 0.56 0.27 0.44 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.31 0.13 0.08 0.32 0.04 0.41 0.01 0.42 0.41 0.37 0.27 0.46 0.46 0.30 0.08 0.05 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00