ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.047 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.033, 0.131, 0.230, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.131 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.079, 0.228, 0.376, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.228 std_dev=0.148
C4' A 0, 0.085, 0.249, 0.413, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.249 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.173, 0.361, 0.549, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.361 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.126, 0.338, 0.549, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.338 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.136, 0.349, 0.561, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.349 std_dev=0.213
N3 B 0, 0.311, 0.526, 0.741, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.526 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.279, 0.497, 0.714, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.497 std_dev=0.217
O3' B 0, 0.321, 0.550, 0.778, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.550 std_dev=0.229
P A 0, 0.286, 0.528, 0.769, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.528 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.296, 0.553, 0.811, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.553 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.241, 0.499, 0.757, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.499 std_dev=0.258
C5' A 0, 0.164, 0.430, 0.695, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.430 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.256, 0.529, 0.801, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.529 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.235, 0.514, 0.792, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.514 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.251, 0.536, 0.821, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.536 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.224, 0.526, 0.828, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.526 std_dev=0.302
O2' B 0, 0.326, 0.628, 0.931, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.628 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.240, 0.546, 0.852, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.546 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.261, 0.574, 0.887, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.574 std_dev=0.313
OP2 A 0, 0.344, 0.662, 0.981, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.662 std_dev=0.318
OP1 A 0, 0.346, 0.667, 0.988, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.667 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.241, 0.566, 0.890, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.566 std_dev=0.324
O3' A 0, 0.259, 0.591, 0.923, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.591 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.214, 0.551, 0.888, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.551 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.275, 0.628, 0.980, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.628 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.234, 0.613, 0.992, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.613 std_dev=0.379
OP2 B 0, 0.621, 1.011, 1.401, 1.297 max_d=1.297 avg_d=1.011 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.338, 0.748, 1.158, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.748 std_dev=0.410
P B 0, 0.497, 0.913, 1.330, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.913 std_dev=0.417
N6 B 0, 0.207, 0.631, 1.054, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.631 std_dev=0.424
C5' B 0, 0.358, 0.784, 1.211, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.784 std_dev=0.427
OP1 B 0, 0.789, 1.352, 1.915, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.352 std_dev=0.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.12 0.09
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.04 0.13 0.01 0.14 0.24 0.15
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.09 0.13 0.10 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.08 0.08 0.04
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.13 0.01 0.15 0.22 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.15 0.01 0.18 0.26 0.18
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.05 0.11 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.15 0.00 0.19 0.28 0.18
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.02 0.15 0.01 0.17 0.22 0.17
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04 0.14 0.01 0.17 0.26 0.16
N2 0.03 0.01 0.13 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.16 0.04 0.13 0.01 0.14 0.24 0.14
N3 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.03 0.12 0.01 0.13 0.21 0.13
N7 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.01 0.16 0.01 0.21 0.27 0.20
N9 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.13 0.19 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.09 0.14 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.15 0.14 0.14 0.16 0.12 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.11 0.16 0.16 0.12 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.03 0.12 0.11 0.10
O5' 0.08 0.13 0.03 0.05 0.13 0.01 0.15 0.01 0.15 0.15 0.14 0.13 0.12 0.16 0.12 0.04 0.11 0.09 0.00 0.16 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.03 0.16 0.00 0.22 0.30 0.20
OP1 0.10 0.14 0.08 0.10 0.15 0.09 0.18 0.11 0.19 0.17 0.17 0.14 0.13 0.21 0.13 0.09 0.16 0.12 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.24 0.08 0.07 0.22 0.04 0.26 0.03 0.28 0.22 0.26 0.24 0.21 0.27 0.19 0.07 0.12 0.11 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.04 0.05 0.15 0.03 0.18 0.02 0.18 0.17 0.16 0.14 0.13 0.20 0.14 0.04 0.11 0.10 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.26 0.11 0.18 0.13 0.14 0.13 0.24 0.17 0.13 0.22 0.22 0.19 0.15 0.11 0.22 0.18 0.11 0.32 0.38 0.27 0.29
C2 0.11 0.17 0.09 0.18 0.10 0.18 0.20 0.29 0.19 0.24 0.12 0.10 0.31 0.29 0.15 0.11 0.17 0.16 0.41 0.46 0.47 0.42
C2' 0.12 0.26 0.10 0.13 0.14 0.11 0.15 0.23 0.19 0.14 0.23 0.23 0.22 0.17 0.10 0.25 0.13 0.09 0.31 0.38 0.24 0.28
C3' 0.15 0.28 0.15 0.10 0.18 0.10 0.18 0.21 0.21 0.15 0.25 0.25 0.22 0.17 0.14 0.29 0.11 0.09 0.29 0.36 0.16 0.25
C4 0.12 0.22 0.10 0.20 0.08 0.20 0.14 0.31 0.13 0.21 0.19 0.15 0.18 0.23 0.13 0.14 0.17 0.16 0.40 0.45 0.41 0.39
C4' 0.18 0.25 0.16 0.11 0.18 0.11 0.17 0.17 0.19 0.15 0.22 0.24 0.19 0.16 0.15 0.30 0.14 0.13 0.26 0.32 0.13 0.22
C5 0.16 0.22 0.13 0.21 0.08 0.25 0.11 0.38 0.08 0.25 0.20 0.15 0.12 0.25 0.16 0.15 0.18 0.23 0.46 0.51 0.47 0.46
C5' 0.24 0.28 0.24 0.13 0.24 0.14 0.23 0.16 0.24 0.22 0.26 0.28 0.23 0.22 0.23 0.34 0.13 0.18 0.26 0.31 0.11 0.21
C6 0.17 0.21 0.13 0.21 0.10 0.26 0.14 0.39 0.03 0.29 0.20 0.13 0.10 0.30 0.19 0.13 0.17 0.25 0.48 0.54 0.54 0.50
C8 0.17 0.24 0.17 0.23 0.13 0.25 0.12 0.36 0.15 0.19 0.21 0.20 0.15 0.17 0.15 0.22 0.20 0.21 0.40 0.46 0.34 0.38
N1 0.14 0.19 0.10 0.19 0.10 0.22 0.18 0.34 0.11 0.28 0.14 0.11 0.23 0.31 0.17 0.11 0.16 0.21 0.45 0.51 0.52 0.47
N2 0.10 0.13 0.09 0.18 0.11 0.16 0.22 0.27 0.23 0.24 0.12 0.10 0.37 0.29 0.14 0.11 0.16 0.14 0.40 0.45 0.46 0.41
N3 0.10 0.19 0.09 0.19 0.09 0.17 0.18 0.28 0.19 0.21 0.16 0.13 0.27 0.25 0.13 0.13 0.17 0.14 0.39 0.43 0.41 0.38
N7 0.19 0.23 0.17 0.24 0.11 0.29 0.10 0.42 0.14 0.24 0.22 0.17 0.15 0.20 0.17 0.19 0.20 0.26 0.47 0.52 0.44 0.46
N9 0.12 0.25 0.12 0.20 0.11 0.19 0.12 0.30 0.15 0.17 0.21 0.20 0.16 0.17 0.12 0.19 0.18 0.14 0.37 0.42 0.33 0.35
O2' 0.15 0.23 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.20 0.18 0.12 0.21 0.21 0.23 0.16 0.11 0.27 0.15 0.12 0.30 0.37 0.23 0.27
O3' 0.17 0.27 0.18 0.11 0.18 0.12 0.18 0.20 0.21 0.16 0.24 0.24 0.23 0.18 0.15 0.31 0.13 0.12 0.29 0.35 0.15 0.24
O4' 0.14 0.25 0.11 0.17 0.15 0.13 0.14 0.20 0.17 0.12 0.22 0.24 0.17 0.13 0.12 0.24 0.20 0.11 0.28 0.34 0.20 0.25
O5' 0.18 0.27 0.23 0.05 0.21 0.04 0.20 0.15 0.22 0.17 0.25 0.25 0.22 0.19 0.18 0.30 0.02 0.09 0.27 0.36 0.07 0.22
O6 0.21 0.22 0.15 0.22 0.12 0.29 0.14 0.43 0.10 0.32 0.24 0.14 0.11 0.31 0.21 0.15 0.18 0.30 0.52 0.59 0.60 0.56
OP1 0.04 0.18 0.10 0.02 0.14 0.12 0.19 0.24 0.21 0.17 0.21 0.15 0.25 0.22 0.11 0.15 0.02 0.07 0.18 0.27 0.27 0.19
OP2 0.11 0.32 0.11 0.07 0.27 0.19 0.33 0.34 0.37 0.26 0.36 0.27 0.40 0.32 0.21 0.10 0.03 0.16 0.24 0.37 0.18 0.22
P 0.06 0.21 0.11 0.01 0.17 0.10 0.21 0.21 0.23 0.17 0.23 0.18 0.26 0.21 0.12 0.14 0.01 0.05 0.18 0.31 0.14 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.17 0.18 0.18 0.15
C2 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.04 0.34 0.34 0.36 0.33
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.21 0.26 0.09 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.03 0.12 0.10 0.13 0.12 0.12 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.26 0.33 0.04 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.35 0.33 0.32 0.32
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.13 0.23 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.44 0.42 0.41 0.41
C5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.08 0.06 0.12 0.12 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.02 0.46 0.45 0.47 0.45
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.43 0.38 0.31 0.37
N1 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.03 0.41 0.41 0.43 0.40
N3 0.03 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.29 0.29 0.30 0.28
N6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.16 0.02 0.50 0.52 0.54 0.51
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.02 0.48 0.45 0.43 0.45
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.32 0.29 0.24 0.27
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.15 0.12 0.07
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.10 0.03 0.13 0.05 0.14 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.07 0.02 0.00 0.02 0.18 0.33 0.10 0.17
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.11 0.27 0.13
O5' 0.17 0.34 0.21 0.26 0.35 0.02 0.44 0.01 0.46 0.43 0.41 0.29 0.50 0.48 0.32 0.08 0.18 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.34 0.26 0.33 0.33 0.13 0.42 0.15 0.45 0.38 0.41 0.29 0.52 0.45 0.29 0.15 0.33 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.36 0.09 0.04 0.32 0.23 0.41 0.32 0.47 0.31 0.43 0.30 0.54 0.43 0.24 0.12 0.10 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.17 0.20 0.32 0.03 0.41 0.01 0.45 0.37 0.40 0.28 0.51 0.45 0.27 0.07 0.17 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00