ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51063

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.013, 0.035, 0.056, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N6 B 0, 0.157, 0.407, 0.657, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.407 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.162, 0.444, 0.725, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.444 std_dev=0.281
N1 B 0, 0.179, 0.498, 0.817, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.498 std_dev=0.319
C5 B 0, 0.172, 0.508, 0.844, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.508 std_dev=0.336
C2 B 0, 0.193, 0.557, 0.921, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.557 std_dev=0.364
C4 B 0, 0.191, 0.570, 0.949, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.570 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.198, 0.583, 0.968, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.583 std_dev=0.385
N7 B 0, 0.186, 0.597, 1.007, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.597 std_dev=0.410
N9 B 0, 0.219, 0.676, 1.134, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.676 std_dev=0.458
C8 B 0, 0.217, 0.704, 1.190, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.704 std_dev=0.486
C1' B 0, 0.263, 0.795, 1.328, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.795 std_dev=0.532
O4' A 0, 0.232, 1.001, 1.769, 1.762 max_d=1.762 avg_d=1.001 std_dev=0.769
C2' A 0, 0.249, 1.045, 1.842, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.045 std_dev=0.797
C2' B 0, 0.388, 1.235, 2.082, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.235 std_dev=0.847
O3' B 0, 0.440, 1.434, 2.427, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.434 std_dev=0.993
C3' B 0, 0.431, 1.471, 2.512, 2.549 max_d=2.549 avg_d=1.471 std_dev=1.040
O2' A 0, 0.341, 1.435, 2.529, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.435 std_dev=1.094
C3' A 0, 0.366, 1.503, 2.640, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.503 std_dev=1.137
C4' A 0, 0.368, 1.551, 2.733, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.551 std_dev=1.183
O4' B 0, 0.481, 1.825, 3.168, 3.046 max_d=3.046 avg_d=1.825 std_dev=1.344
O3' A 0, 0.459, 1.837, 3.214, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.837 std_dev=1.378
C4' B 0, 0.529, 1.943, 3.356, 3.138 max_d=3.138 avg_d=1.943 std_dev=1.413
C5' A 0, 0.549, 2.189, 3.828, 3.654 max_d=3.654 avg_d=2.189 std_dev=1.639
O2' B 0, 0.655, 2.384, 4.112, 3.817 max_d=3.817 avg_d=2.384 std_dev=1.728
O5' A 0, 0.712, 3.263, 5.815, 5.473 max_d=5.473 avg_d=3.263 std_dev=2.552
C5' B 0, 0.829, 3.544, 6.258, 5.834 max_d=5.834 avg_d=3.544 std_dev=2.715
O5' B 0, 0.850, 3.675, 6.500, 6.028 max_d=6.028 avg_d=3.675 std_dev=2.825
OP2 A 0, 0.831, 3.689, 6.547, 6.255 max_d=6.255 avg_d=3.689 std_dev=2.858
P A 0, 0.807, 3.767, 6.726, 6.399 max_d=6.399 avg_d=3.767 std_dev=2.960
OP1 A 0, 0.936, 4.175, 7.415, 7.077 max_d=7.077 avg_d=4.175 std_dev=3.240
OP2 B 0, 1.133, 5.169, 9.206, 8.500 max_d=8.500 avg_d=5.169 std_dev=4.037
P B 0, 1.159, 5.298, 9.437, 8.715 max_d=8.715 avg_d=5.298 std_dev=4.139
OP1 B 0, 1.297, 6.078, 10.858, 10.022 max_d=10.022 avg_d=6.078 std_dev=4.781

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.00 0.14 0.00 0.04 0.23 0.07
C2 0.01 0.00 0.42 0.27 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.10 0.30 0.07 0.00 0.15 0.38 0.19
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.23 0.01 0.14 0.22 0.23 0.16 0.35 0.49 0.40 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.13 0.19 0.11 0.24 0.02
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.26 0.00 0.34 0.01 0.37 0.27 0.34 0.24 0.22 0.34 0.21 0.01 0.01 0.02 0.32 0.40 0.18 0.14 0.25
C4 0.00 0.00 0.23 0.26 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.16 0.19 0.00 0.05 0.20 0.06
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.04 0.18 0.07 0.17 0.12 0.16 0.07 0.25 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.22 0.02
C5 0.00 0.00 0.14 0.34 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.10 0.08 0.36 0.01 0.15 0.07 0.21
C5' 0.11 0.25 0.22 0.01 0.19 0.00 0.18 0.00 0.20 0.18 0.23 0.29 0.24 0.19 0.14 0.07 0.18 0.01 0.00 0.21 0.05 0.27 0.00
C6 0.00 0.00 0.23 0.37 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.15 0.29 0.00 0.12 0.12 0.14
C8 0.00 0.00 0.16 0.27 0.00 0.18 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.40 0.11 0.16 0.64 0.01 0.29 0.23 0.47
N1 0.01 0.00 0.35 0.34 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.25 0.12 0.00 0.10 0.27 0.10
N2 0.01 0.00 0.49 0.24 0.00 0.17 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.45 0.17 0.36 0.18 0.00 0.24 0.49 0.31
N3 0.01 0.00 0.40 0.22 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.15 0.29 0.06 0.00 0.14 0.37 0.17
N7 0.00 0.00 0.05 0.34 0.00 0.16 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.35 0.17 0.07 0.61 0.01 0.30 0.26 0.46
N9 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.05 0.01 0.32 0.01 0.09 0.10 0.17
O2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.06 0.25 0.15 0.07 0.08 0.40 0.15 0.45 0.29 0.35 0.16 0.00 0.03 0.16 0.26 0.14 0.08 0.17 0.12
O3' 0.27 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.18 0.12 0.11 0.06 0.17 0.15 0.17 0.05 0.03 0.00 0.21 0.34 0.18 0.48 0.28 0.38
O4' 0.00 0.30 0.02 0.02 0.16 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.25 0.36 0.29 0.07 0.01 0.16 0.21 0.00 0.08 0.12 0.10 0.32 0.11
O5' 0.14 0.07 0.13 0.32 0.19 0.01 0.36 0.00 0.29 0.64 0.12 0.18 0.06 0.61 0.32 0.26 0.34 0.08 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.19 0.40 0.00 0.06 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.12 0.37 0.00 0.18 0.12 0.22
OP1 0.04 0.15 0.11 0.18 0.05 0.02 0.15 0.05 0.12 0.29 0.10 0.24 0.14 0.30 0.09 0.08 0.48 0.10 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.38 0.24 0.14 0.20 0.22 0.07 0.27 0.12 0.23 0.27 0.49 0.37 0.26 0.10 0.17 0.28 0.32 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.19 0.02 0.25 0.06 0.02 0.21 0.00 0.14 0.47 0.10 0.31 0.17 0.46 0.17 0.12 0.38 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.22 0.45 0.22 0.08 0.52 0.06 0.79 0.07 0.11 0.18 0.16 0.06 0.13 0.05 1.10 0.05 0.51 0.37 1.52 0.10 0.50
C2 0.06 0.06 0.51 0.30 0.12 0.89 0.20 1.42 0.20 0.18 0.14 0.04 0.24 0.22 0.12 1.32 0.05 0.87 1.09 2.25 0.83 1.38
C2' 0.41 0.05 0.11 0.57 0.26 0.96 0.26 1.21 0.09 0.46 0.09 0.13 0.04 0.40 0.39 0.71 0.37 0.99 0.87 1.94 0.47 0.98
C3' 0.09 0.30 0.52 0.15 0.22 0.46 0.29 0.69 0.40 0.17 0.40 0.22 0.50 0.25 0.15 1.07 0.03 0.46 0.35 1.47 0.04 0.47
C4 0.06 0.13 0.44 0.37 0.04 0.79 0.10 1.29 0.10 0.12 0.03 0.11 0.19 0.16 0.06 1.23 0.13 0.68 0.92 2.28 0.66 1.25
C4' 0.57 0.73 0.89 0.26 0.67 0.08 0.71 0.14 0.80 0.60 0.80 0.67 0.87 0.65 0.61 1.42 0.40 0.13 0.23 0.93 0.62 0.12
C5 0.10 0.13 0.39 0.50 0.07 0.93 0.10 1.60 0.11 0.10 0.06 0.13 0.19 0.14 0.07 1.27 0.24 0.71 1.26 2.84 1.16 1.75
C5' 0.79 0.98 1.02 0.36 0.90 0.23 0.94 0.09 1.05 0.81 1.06 0.92 1.12 0.87 0.83 1.58 0.51 0.35 0.28 1.01 0.56 0.09
C6 0.10 0.07 0.38 0.56 0.06 1.07 0.12 1.87 0.15 0.10 0.11 0.09 0.21 0.14 0.07 1.31 0.27 0.79 1.58 3.26 1.58 2.18
C8 0.11 0.22 0.38 0.46 0.10 0.78 0.07 1.33 0.07 0.08 0.14 0.18 0.13 0.11 0.07 1.19 0.23 0.59 0.94 2.45 0.74 1.34
N1 0.06 0.07 0.44 0.47 0.09 1.07 0.16 1.82 0.19 0.13 0.15 0.03 0.23 0.18 0.08 1.35 0.17 0.88 1.54 3.02 1.45 2.05
N2 0.14 0.15 0.60 0.14 0.22 0.84 0.26 1.25 0.24 0.25 0.19 0.15 0.24 0.27 0.21 1.33 0.14 0.98 0.95 1.75 0.60 1.10
N3 0.05 0.06 0.50 0.25 0.07 0.72 0.16 1.13 0.16 0.17 0.05 0.05 0.22 0.22 0.10 1.23 0.04 0.73 0.75 1.89 0.40 0.97
N7 0.13 0.19 0.36 0.54 0.10 0.91 0.08 1.58 0.09 0.08 0.10 0.18 0.16 0.11 0.08 1.23 0.29 0.64 1.22 2.86 1.14 1.74
N9 0.07 0.20 0.42 0.35 0.07 0.69 0.07 1.12 0.05 0.10 0.13 0.16 0.12 0.13 0.05 1.18 0.13 0.59 0.73 2.07 0.42 1.01
O2' 0.68 0.15 0.12 0.62 0.54 1.07 0.62 1.22 0.42 0.88 0.16 0.31 0.45 0.86 0.71 0.57 0.40 1.23 0.84 1.70 0.32 0.85
O3' 0.46 0.61 0.99 0.38 0.59 0.09 0.67 0.14 0.74 0.57 0.69 0.56 0.83 0.65 0.54 1.46 0.49 0.11 0.21 0.78 0.62 0.17
O4' 0.63 0.73 0.92 0.27 0.67 0.11 0.65 0.20 0.70 0.57 0.74 0.71 0.64 0.56 0.62 1.51 0.43 0.17 0.26 0.98 0.66 0.16
O5' 1.04 1.06 1.15 0.44 1.14 0.37 1.26 0.05 1.34 1.20 1.20 1.04 1.52 1.28 1.12 1.68 0.57 0.60 0.31 1.11 0.46 0.06
O6 0.13 0.08 0.33 0.66 0.07 1.17 0.11 2.08 0.15 0.09 0.13 0.10 0.21 0.12 0.08 1.28 0.36 0.79 1.82 3.64 1.96 2.56
OP1 1.15 1.24 1.22 0.51 1.25 0.47 1.34 0.10 1.42 1.27 1.36 1.20 1.54 1.34 1.22 1.76 0.66 0.72 0.32 1.16 0.37 0.06
OP2 1.45 1.53 1.43 0.64 1.54 0.57 1.61 0.08 1.68 1.53 1.65 1.49 1.74 1.58 1.50 2.05 0.80 0.93 0.26 1.41 0.19 0.24
P 1.27 1.29 1.30 0.57 1.35 0.55 1.45 0.14 1.50 1.39 1.41 1.27 1.62 1.45 1.34 1.85 0.71 0.84 0.38 1.14 0.43 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.00 0.33 0.04 0.49 0.34
C2 0.02 0.00 0.16 0.94 0.00 0.88 0.00 1.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.56 0.67 0.47 0.80 1.90 0.42 1.01
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.18 0.05 0.10 0.12 0.17 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.72 0.49 1.03 0.72
C3' 0.01 0.94 0.00 0.00 0.55 0.00 0.41 0.02 0.58 0.07 0.80 0.89 0.50 0.10 0.18 0.02 0.01 0.01 0.40 0.24 0.55 0.33
C4 0.01 0.00 0.08 0.55 0.00 0.44 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.29 0.24 0.07 0.78 0.35 0.09
C4' 0.01 0.88 0.01 0.00 0.44 0.00 0.24 0.00 0.43 0.32 0.70 0.85 0.32 0.15 0.05 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.41 0.00 0.24 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.36 0.23 0.10 0.25 0.50 0.75 0.30
C5' 0.08 1.33 0.18 0.02 0.55 0.00 0.25 0.00 0.57 0.63 1.04 1.21 0.39 0.38 0.07 0.08 0.22 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.58 0.00 0.43 0.00 0.57 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.40 0.21 0.06 1.00 0.47 0.08
C8 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.32 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.16 0.26 1.02 0.58 1.42 1.19
N1 0.01 0.00 0.12 0.80 0.00 0.70 0.00 1.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.54 0.59 0.36 0.52 1.64 0.10 0.68
N3 0.02 0.00 0.17 0.89 0.00 0.85 0.00 1.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.51 0.57 0.47 0.69 1.54 0.30 0.82
N6 0.00 0.01 0.03 0.50 0.00 0.32 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.43 0.36 0.14 0.13 0.80 0.72 0.17
N7 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.15 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.14 0.83 0.29 1.38 1.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.01 0.44 0.06 0.76 0.48
O2' 0.01 0.56 0.00 0.02 0.38 0.28 0.36 0.08 0.45 0.09 0.54 0.51 0.43 0.21 0.18 0.00 0.01 0.19 0.40 0.36 0.81 0.47
O3' 0.22 0.67 0.01 0.01 0.29 0.01 0.23 0.22 0.40 0.16 0.59 0.57 0.36 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.09 0.02 0.20 0.03
O4' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.24 0.00 0.10 0.01 0.21 0.26 0.36 0.47 0.14 0.14 0.01 0.19 0.17 0.00 0.06 0.22 0.07 0.05
O5' 0.33 0.80 0.72 0.40 0.07 0.01 0.25 0.00 0.06 1.02 0.52 0.69 0.13 0.83 0.44 0.40 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 1.90 0.49 0.24 0.78 0.01 0.50 0.03 1.00 0.58 1.64 1.54 0.80 0.29 0.06 0.36 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.42 1.03 0.55 0.35 0.01 0.75 0.01 0.47 1.42 0.10 0.30 0.72 1.38 0.76 0.81 0.20 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.34 1.01 0.72 0.33 0.09 0.01 0.30 0.01 0.08 1.19 0.68 0.82 0.17 1.03 0.48 0.47 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00