ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51064

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.021, 0.045, 0.068, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.045 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.044 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.023, 0.048, 0.074, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.048 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.016, 0.043, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.039 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.025, 0.057, 0.088, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.057 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.045, 0.098, 0.151, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.098 std_dev=0.053
O6 A 0, 0.030, 0.088, 0.146, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.088 std_dev=0.058
N1 B 0, 0.198, 0.430, 0.663, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.430 std_dev=0.233
C3' B 0, 0.109, 0.343, 0.577, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.116, 0.354, 0.591, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.354 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.194, 0.443, 0.691, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.443 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.218, 0.467, 0.716, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.467 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.221, 0.474, 0.728, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.474 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.224, 0.481, 0.739, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.481 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.198, 0.462, 0.726, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.462 std_dev=0.264
C1' B 0, 0.186, 0.456, 0.726, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.456 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.228, 0.511, 0.794, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.511 std_dev=0.283
N6 B 0, 0.280, 0.576, 0.872, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.576 std_dev=0.296
O2' B 0, 0.163, 0.462, 0.761, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.462 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.186, 0.489, 0.792, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.489 std_dev=0.303
O4' A 0, 0.280, 0.593, 0.907, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.593 std_dev=0.314
C2' A 0, 0.241, 0.556, 0.870, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.556 std_dev=0.314
C4' B 0, 0.195, 0.509, 0.823, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.509 std_dev=0.314
O5' B 0, 0.275, 0.594, 0.912, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.594 std_dev=0.318
P A 0, 0.163, 0.488, 0.814, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.488 std_dev=0.325
O3' B 0, 0.092, 0.429, 0.766, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.429 std_dev=0.337
C8 B 0, 0.254, 0.598, 0.942, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.598 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.263, 0.615, 0.967, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.615 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.256, 0.615, 0.975, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.615 std_dev=0.360
N7 B 0, 0.284, 0.649, 1.014, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.649 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.338, 0.813, 1.288, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.813 std_dev=0.475
C4' A 0, 0.447, 0.934, 1.420, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.934 std_dev=0.487
OP1 A 0, 0.373, 0.889, 1.405, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.889 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.415, 0.956, 1.498, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.956 std_dev=0.542
C3' A 0, 0.561, 1.127, 1.694, 1.498 max_d=1.498 avg_d=1.127 std_dev=0.567
O2' A 0, 0.599, 1.220, 1.841, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.220 std_dev=0.621
P B 0, 0.634, 1.462, 2.291, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.462 std_dev=0.829
O3' A 0, 1.027, 2.056, 3.085, 2.621 max_d=2.621 avg_d=2.056 std_dev=1.029
OP1 B 0, 1.141, 2.310, 3.479, 3.096 max_d=3.096 avg_d=2.310 std_dev=1.169
OP2 B 0, 1.194, 2.447, 3.701, 3.521 max_d=3.521 avg_d=2.447 std_dev=1.253

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.13 0.01 0.09 0.02 0.06 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.10 0.11 0.01 0.06 0.19 0.07
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.04 0.09 0.06 0.11 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.03 0.21 0.18 0.15
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.06 0.04 0.03 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.11 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.10 0.06 0.09 0.01 0.06 0.21 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.08 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.05 0.05 0.09 0.01 0.09 0.22 0.10
C5' 0.04 0.10 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.05 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.00 0.10 0.22 0.10
C8 0.03 0.01 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.05 0.06 0.03 0.11 0.23 0.13
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.09 0.11 0.01 0.08 0.21 0.09
N2 0.03 0.00 0.11 0.04 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.23 0.12 0.12 0.01 0.06 0.18 0.07
N3 0.03 0.00 0.09 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.10 0.11 0.01 0.06 0.19 0.08
N7 0.03 0.01 0.06 0.14 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.09 0.05 0.08 0.03 0.12 0.23 0.12
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.20 0.11
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.08 0.10 0.11 0.03 0.12 0.17 0.13 0.18 0.13 0.16 0.08 0.00 0.01 0.06 0.14 0.12 0.20 0.21 0.14
O3' 0.13 0.17 0.02 0.00 0.10 0.01 0.05 0.09 0.05 0.09 0.11 0.23 0.18 0.09 0.07 0.01 0.00 0.09 0.12 0.04 0.13 0.14 0.11
O4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.12 0.10 0.05 0.02 0.06 0.09 0.00 0.04 0.07 0.06 0.15 0.10
O5' 0.09 0.11 0.18 0.05 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.06 0.11 0.12 0.11 0.08 0.08 0.14 0.12 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.04 0.07 0.12 0.00 0.14 0.23 0.12
OP1 0.06 0.06 0.21 0.11 0.06 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.06 0.06 0.12 0.07 0.20 0.13 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.19 0.18 0.09 0.21 0.08 0.22 0.02 0.22 0.23 0.21 0.18 0.19 0.23 0.20 0.21 0.14 0.15 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.15 0.05 0.09 0.03 0.10 0.01 0.10 0.13 0.09 0.07 0.08 0.12 0.11 0.14 0.11 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.09 0.14 0.12 0.10 0.12 0.09 0.08 0.06 0.13 0.06 0.10 0.06 0.12 0.11 0.16 0.15 0.11 0.07 0.15 0.28 0.10
C2 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.12 0.22 0.81 0.17
C2' 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.13 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.06 0.12 0.08 0.35 0.18
C3' 0.06 0.04 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.08 0.02 0.09 0.03 0.03 0.04 0.08 0.05 0.08 0.10 0.06 0.06 0.17 0.19 0.11
C4 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.13 0.07 0.09 0.07 0.12 0.09 0.10 0.11 0.06 0.08 0.18 0.59 0.09
C4' 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.12 0.06 0.08 0.15 0.23 0.13
C5 0.10 0.11 0.07 0.07 0.13 0.04 0.14 0.04 0.12 0.15 0.10 0.12 0.11 0.16 0.11 0.08 0.09 0.05 0.09 0.16 0.71 0.10
C5' 0.12 0.18 0.13 0.05 0.14 0.05 0.12 0.06 0.13 0.12 0.15 0.17 0.12 0.12 0.13 0.15 0.05 0.08 0.06 0.14 0.35 0.15
C6 0.05 0.09 0.02 0.04 0.08 0.03 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.12 0.06 0.04 0.08 0.03 0.12 0.17 0.93 0.18
C8 0.20 0.14 0.17 0.16 0.18 0.14 0.17 0.10 0.13 0.22 0.12 0.17 0.11 0.20 0.19 0.16 0.16 0.15 0.10 0.11 0.37 0.15
N1 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.05 0.03 0.09 0.09 0.05 0.03 0.08 0.06 0.13 0.20 0.94 0.20
N2 0.07 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.08 0.12 0.11 0.09 0.06 0.08 0.09 0.14 0.24 0.85 0.21
N3 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.05 0.05 0.07 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.10 0.21 0.64 0.11
N7 0.16 0.14 0.12 0.10 0.18 0.09 0.19 0.06 0.15 0.23 0.13 0.16 0.13 0.22 0.18 0.12 0.11 0.12 0.09 0.13 0.57 0.11
N9 0.15 0.10 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.07 0.08 0.16 0.08 0.12 0.07 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.08 0.15 0.39 0.10
O2' 0.10 0.17 0.10 0.05 0.11 0.04 0.12 0.05 0.12 0.14 0.15 0.16 0.14 0.15 0.09 0.16 0.07 0.05 0.14 0.11 0.41 0.21
O3' 0.12 0.19 0.10 0.08 0.15 0.09 0.15 0.12 0.17 0.14 0.19 0.17 0.17 0.14 0.12 0.14 0.14 0.08 0.09 0.16 0.15 0.10
O4' 0.11 0.09 0.12 0.15 0.04 0.15 0.06 0.14 0.06 0.10 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.15 0.20 0.11 0.11 0.20 0.21 0.13
O5' 0.12 0.16 0.14 0.08 0.14 0.06 0.13 0.07 0.13 0.13 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13 0.15 0.02 0.09 0.08 0.19 0.35 0.15
O6 0.04 0.10 0.01 0.04 0.09 0.06 0.12 0.11 0.14 0.09 0.12 0.09 0.16 0.12 0.06 0.02 0.08 0.06 0.14 0.14 1.09 0.24
OP1 0.04 0.08 0.05 0.04 0.02 0.11 0.06 0.21 0.05 0.13 0.05 0.08 0.08 0.13 0.05 0.14 0.01 0.09 0.24 0.21 0.89 0.41
OP2 0.09 0.12 0.06 0.05 0.16 0.06 0.20 0.10 0.20 0.23 0.16 0.11 0.22 0.25 0.15 0.04 0.02 0.09 0.13 0.23 0.55 0.28
P 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.08 0.09 0.06 0.12 0.03 0.03 0.09 0.13 0.05 0.09 0.01 0.04 0.13 0.19 0.59 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.27 0.17
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.07 0.38 0.66 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.21 0.11 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.12 0.18 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.39 0.63 0.18
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.15 0.07
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.41 0.83 0.22
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.31 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.40 0.90 0.23
C8 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.08 0.41 0.72 0.21
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.39 0.81 0.21
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.38 0.54 0.16
N6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.04 0.10 0.39 1.03 0.26
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.09 0.41 0.91 0.23
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.38 0.53 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.22 0.07 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.13 0.47 0.16
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.32 0.20 0.21
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.02 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.33 0.38 0.21 0.12 0.39 0.15 0.41 0.08 0.40 0.41 0.39 0.38 0.39 0.41 0.38 0.22 0.13 0.32 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.27 0.66 0.11 0.18 0.63 0.15 0.83 0.31 0.90 0.72 0.81 0.54 1.03 0.91 0.53 0.07 0.47 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.18 0.07 0.05 0.18 0.07 0.22 0.02 0.23 0.21 0.21 0.16 0.26 0.23 0.18 0.07 0.16 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00