ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51066

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.048 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.131, 0.311, 0.491, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.311 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.137, 0.324, 0.512, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.324 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.134, 0.323, 0.513, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.323 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.167, 0.413, 0.659, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.413 std_dev=0.246
C4 B 0, 0.206, 0.490, 0.773, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.490 std_dev=0.283
C4' A 0, 0.208, 0.493, 0.777, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.493 std_dev=0.285
C3' A 0, 0.213, 0.504, 0.796, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.504 std_dev=0.291
C8 B 0, 0.197, 0.504, 0.811, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.504 std_dev=0.307
N9 B 0, 0.223, 0.530, 0.838, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.530 std_dev=0.308
N7 B 0, 0.207, 0.543, 0.879, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.543 std_dev=0.336
O4' B 0, 0.275, 0.653, 1.030, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.653 std_dev=0.378
C4' B 0, 0.305, 0.722, 1.139, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.722 std_dev=0.417
O3' A 0, 0.312, 0.740, 1.167, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.740 std_dev=0.428
C5' A 0, 0.328, 0.779, 1.229, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.779 std_dev=0.450
C6 B 0, 0.316, 0.770, 1.224, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.770 std_dev=0.454
N3 B 0, 0.390, 0.924, 1.458, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.924 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.407, 0.979, 1.551, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.979 std_dev=0.572
C2 B 0, 0.426, 1.013, 1.599, 1.415 max_d=1.415 avg_d=1.013 std_dev=0.587
N6 B 0, 0.437, 1.069, 1.701, 1.614 max_d=1.614 avg_d=1.069 std_dev=0.632
C1' B 0, 0.462, 1.100, 1.739, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.100 std_dev=0.639
OP2 A 0, 0.749, 1.774, 2.800, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.774 std_dev=1.026
O5' A 0, 0.749, 1.778, 2.806, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.778 std_dev=1.028
C5' B 0, 0.788, 1.877, 2.967, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.877 std_dev=1.090
P A 0, 0.808, 1.920, 3.031, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.920 std_dev=1.111
C3' B 0, 0.864, 2.045, 3.226, 2.753 max_d=2.753 avg_d=2.045 std_dev=1.181
C2' B 0, 0.880, 2.084, 3.289, 2.846 max_d=2.846 avg_d=2.084 std_dev=1.205
O5' B 0, 1.255, 2.971, 4.687, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.971 std_dev=1.716
O2' B 0, 1.306, 3.094, 4.881, 4.208 max_d=4.208 avg_d=3.094 std_dev=1.787
OP1 A 0, 1.483, 3.512, 5.540, 4.782 max_d=4.782 avg_d=3.512 std_dev=2.028
O3' B 0, 1.489, 3.523, 5.557, 4.728 max_d=4.728 avg_d=3.523 std_dev=2.034
P B 0, 1.936, 4.581, 7.227, 6.173 max_d=6.173 avg_d=4.581 std_dev=2.645
OP2 B 0, 2.063, 4.883, 7.704, 6.627 max_d=6.627 avg_d=4.883 std_dev=2.820
OP1 B 0, 2.543, 6.016, 9.490, 8.078 max_d=8.078 avg_d=6.016 std_dev=3.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.01 0.21 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.29 0.00 0.55 0.19 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.03 0.22 0.11 0.11
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.04 0.22 0.09 0.13
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.32 0.00 0.54 0.21 0.26
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.40 0.00 0.70 0.27 0.36
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.41 0.00 0.76 0.27 0.39
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.40 0.00 0.62 0.27 0.33
N1 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.36 0.00 0.68 0.24 0.34
N2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.02 0.25 0.01 0.50 0.17 0.23
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.25 0.00 0.46 0.17 0.21
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.45 0.01 0.77 0.30 0.41
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.45 0.20 0.22
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.14 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.13 0.02 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.03
O5' 0.14 0.29 0.17 0.20 0.32 0.00 0.40 0.01 0.41 0.40 0.36 0.25 0.25 0.45 0.30 0.03 0.11 0.04 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.45 0.00 0.84 0.30 0.44
OP1 0.21 0.55 0.22 0.22 0.54 0.03 0.70 0.01 0.76 0.62 0.68 0.50 0.46 0.77 0.45 0.05 0.13 0.08 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.19 0.11 0.09 0.21 0.07 0.27 0.06 0.27 0.27 0.24 0.17 0.17 0.30 0.20 0.05 0.02 0.12 0.01 0.30 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.26 0.11 0.13 0.26 0.03 0.36 0.02 0.39 0.33 0.34 0.23 0.21 0.41 0.22 0.00 0.08 0.03 0.01 0.44 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.09 0.13 0.21 0.10 0.10 0.05 0.12 0.02 0.10 0.05 0.11 0.02 0.06 0.12 0.10 0.28 0.15 0.19 0.19 0.53 0.24
C2 0.05 0.09 0.15 0.12 0.04 0.06 0.10 0.08 0.08 0.14 0.05 0.06 0.14 0.16 0.08 0.22 0.18 0.12 0.08 0.18 0.29 0.09
C2' 0.14 0.16 0.20 0.33 0.11 0.14 0.06 0.20 0.05 0.06 0.11 0.16 0.01 0.04 0.10 0.14 0.47 0.14 0.29 0.33 0.66 0.36
C3' 0.14 0.12 0.13 0.38 0.07 0.20 0.03 0.34 0.05 0.04 0.06 0.14 0.10 0.09 0.06 0.09 0.49 0.09 0.51 0.65 0.92 0.63
C4 0.11 0.07 0.09 0.11 0.05 0.09 0.08 0.08 0.04 0.16 0.08 0.02 0.08 0.14 0.11 0.10 0.13 0.13 0.09 0.06 0.43 0.11
C4' 0.14 0.09 0.10 0.37 0.04 0.22 0.09 0.38 0.10 0.08 0.06 0.12 0.15 0.15 0.02 0.15 0.44 0.08 0.56 0.70 0.94 0.68
C5 0.12 0.13 0.09 0.11 0.03 0.10 0.06 0.09 0.09 0.17 0.17 0.06 0.13 0.15 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.46 0.14
C5' 0.15 0.05 0.10 0.32 0.04 0.25 0.17 0.51 0.19 0.15 0.11 0.07 0.26 0.25 0.02 0.36 0.32 0.11 0.76 1.01 1.21 0.95
C6 0.09 0.17 0.08 0.10 0.03 0.09 0.06 0.08 0.09 0.17 0.18 0.09 0.13 0.16 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.08 0.39 0.09
C8 0.18 0.08 0.17 0.13 0.05 0.12 0.03 0.13 0.12 0.17 0.14 0.03 0.18 0.10 0.14 0.20 0.14 0.13 0.21 0.28 0.62 0.31
N1 0.06 0.14 0.10 0.09 0.03 0.07 0.08 0.08 0.07 0.15 0.13 0.09 0.12 0.16 0.07 0.15 0.10 0.10 0.09 0.15 0.32 0.09
N2 0.03 0.06 0.21 0.15 0.04 0.05 0.11 0.10 0.12 0.13 0.05 0.05 0.18 0.16 0.07 0.30 0.24 0.12 0.11 0.27 0.22 0.15
N3 0.07 0.04 0.16 0.14 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.14 0.02 0.02 0.12 0.15 0.09 0.20 0.21 0.13 0.06 0.11 0.33 0.05
N7 0.16 0.13 0.17 0.14 0.03 0.12 0.04 0.11 0.14 0.18 0.19 0.04 0.21 0.13 0.12 0.19 0.18 0.12 0.17 0.22 0.57 0.25
N9 0.15 0.05 0.09 0.12 0.07 0.10 0.05 0.10 0.04 0.15 0.08 0.04 0.07 0.11 0.12 0.09 0.14 0.13 0.15 0.17 0.53 0.21
O2' 0.12 0.24 0.30 0.41 0.15 0.15 0.10 0.17 0.12 0.06 0.18 0.23 0.07 0.05 0.10 0.27 0.61 0.18 0.23 0.22 0.55 0.27
O3' 0.12 0.15 0.20 0.49 0.07 0.27 0.03 0.43 0.04 0.06 0.08 0.16 0.08 0.11 0.03 0.07 0.66 0.08 0.60 0.79 1.02 0.74
O4' 0.16 0.06 0.11 0.23 0.03 0.14 0.07 0.23 0.10 0.04 0.08 0.07 0.14 0.10 0.06 0.14 0.26 0.11 0.35 0.41 0.70 0.43
O5' 0.49 0.04 0.55 0.22 0.07 0.26 0.18 0.13 0.29 0.04 0.19 0.16 0.44 0.25 0.19 0.88 0.26 0.33 0.41 0.68 0.96 0.66
O6 0.09 0.20 0.09 0.13 0.03 0.10 0.05 0.09 0.12 0.17 0.22 0.12 0.15 0.15 0.08 0.08 0.16 0.08 0.10 0.09 0.40 0.11
OP1 0.65 0.13 0.98 0.75 0.04 0.65 0.29 0.32 0.49 0.06 0.38 0.12 0.74 0.34 0.26 1.35 1.01 0.51 0.14 0.42 0.73 0.43
OP2 0.12 0.23 0.32 0.08 0.22 0.19 0.42 0.59 0.47 0.33 0.38 0.14 0.59 0.52 0.15 0.70 0.11 0.16 0.97 1.41 1.63 1.34
P 0.51 0.07 0.71 0.38 0.08 0.32 0.18 0.11 0.31 0.03 0.22 0.16 0.48 0.24 0.21 1.05 0.54 0.31 0.42 0.79 1.06 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.11 0.03
C2 0.01 0.00 0.14 0.05 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.03 0.21 0.37 0.62 0.14 0.43
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.10 0.14 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.04
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.07 0.04 0.13 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.07 0.03
C4 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.10 0.19 0.31 0.08 0.19
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.11 0.05 0.14 0.16 0.10 0.03 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.14 0.23 0.17 0.13
C5' 0.01 0.31 0.01 0.01 0.15 0.00 0.11 0.00 0.18 0.13 0.27 0.27 0.16 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.11 0.01 0.18 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.11 0.08 0.23 0.39 0.11 0.26
C8 0.00 0.03 0.14 0.13 0.01 0.05 0.02 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.12 0.21 0.13 0.16 0.17 0.39 0.21
N1 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.20 0.05 0.15 0.33 0.57 0.09 0.39
N3 0.01 0.01 0.14 0.04 0.01 0.16 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.23 0.03 0.21 0.31 0.52 0.10 0.35
N6 0.02 0.01 0.03 0.13 0.01 0.10 0.02 0.16 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.17 0.06 0.20 0.34 0.16 0.22
N7 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.21 0.08 0.08 0.08 0.37 0.13
N9 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.08 0.17 0.02
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.11 0.05 0.05 0.05 0.11 0.12 0.20 0.23 0.06 0.07 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.11 0.21 0.05 0.03 0.17 0.21 0.08 0.06 0.00 0.01 0.06 0.16 0.25 0.08
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.13 0.15 0.21 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.04
O5' 0.02 0.37 0.04 0.04 0.19 0.01 0.14 0.00 0.23 0.16 0.33 0.31 0.20 0.08 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.62 0.08 0.12 0.31 0.03 0.23 0.04 0.39 0.17 0.57 0.52 0.34 0.08 0.08 0.04 0.16 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.14 0.04 0.07 0.08 0.07 0.17 0.11 0.11 0.39 0.09 0.10 0.16 0.37 0.17 0.06 0.25 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.43 0.04 0.03 0.19 0.01 0.13 0.00 0.26 0.21 0.39 0.35 0.22 0.13 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00