ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O2' B 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2' B 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.000, 0.074, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O5' B 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
N9 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C3' B 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C1' B 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C4 B 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C5 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C6 B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C8 B 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O4' B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C5' B 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O3' B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
N1 B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C4' B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
N6 B 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C2 B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
P A 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
OP2 A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
OP1 A 0, 0.000, 0.128, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C5' A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O5' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
P B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
OP1 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
OP2 B 0, 0.000, 0.255, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.08 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.08 0.07
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.08 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.07
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.08 0.07
OP1 0.08 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.07 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.06 0.03 0.08 0.04 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.11 0.06
C2' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01
C3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03
C4' 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.01 0.04 0.03
C5 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03
C5' 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.11 0.03 0.11 0.03 0.03 0.05 0.08 0.02 0.01 0.05 0.06 0.10 0.10 0.10 0.02 0.03 0.04
C6 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.09 0.04
C8 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00
N1 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.11 0.05
N2 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.14 0.07
N3 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05
N7 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02
N9 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01
O2' 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01
O3' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05 0.05 0.01 0.03 0.03
O5' 0.08 0.08 0.10 0.12 0.06 0.12 0.03 0.12 0.03 0.02 0.06 0.09 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.10 0.11 0.02 0.05 0.04
O6 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.09 0.04
OP1 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.09 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02
OP2 0.08 0.13 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.04 0.11 0.12 0.07 0.04 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.03 0.03 0.02
P 0.09 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.05 0.11 0.12 0.07 0.05 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.01 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.03
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02
O5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.06 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.10 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00