ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.048, 0.142, 0.235, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.142 std_dev=0.093
C4 A 0, 0.041, 0.149, 0.256, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.149 std_dev=0.107
N9 B 0, 0.138, 0.266, 0.395, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.266 std_dev=0.128
N3 A 0, 0.123, 0.279, 0.436, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.279 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.187, 0.362, 0.538, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.362 std_dev=0.176
C5 A 0, 0.082, 0.281, 0.480, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.281 std_dev=0.199
C6 A 0, 0.114, 0.318, 0.521, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.318 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.193, 0.399, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.399 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.225, 0.432, 0.639, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.432 std_dev=0.207
N1 A 0, 0.140, 0.375, 0.610, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.375 std_dev=0.235
C2 A 0, 0.165, 0.402, 0.640, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.402 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.092, 0.358, 0.625, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.358 std_dev=0.267
N9 A 0, -0.002, 0.269, 0.540, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.269 std_dev=0.271
C1' A 0, -0.037, 0.305, 0.646, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.305 std_dev=0.342
N6 A 0, 0.143, 0.488, 0.833, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.488 std_dev=0.345
N7 A 0, 0.107, 0.482, 0.858, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.482 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.113, 0.496, 0.879, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.496 std_dev=0.383
C8 A 0, 0.076, 0.472, 0.868, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.472 std_dev=0.396
C8 B 0, 0.281, 0.679, 1.077, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.679 std_dev=0.398
C6 B 0, 0.137, 0.558, 0.979, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.558 std_dev=0.421
N7 B 0, 0.228, 0.830, 1.432, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.830 std_dev=0.602
N6 B 0, 0.148, 0.873, 1.599, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.873 std_dev=0.725
O4' B 0, 0.531, 1.605, 2.680, 2.814 max_d=2.814 avg_d=1.605 std_dev=1.074
C2' A 0, 0.764, 2.025, 3.287, 3.159 max_d=3.159 avg_d=2.025 std_dev=1.262
O4' A 0, 0.713, 1.996, 3.279, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.996 std_dev=1.283
O2' A 0, 0.792, 2.114, 3.435, 3.290 max_d=3.290 avg_d=2.114 std_dev=1.321
C2' B 0, 0.750, 2.102, 3.454, 3.247 max_d=3.247 avg_d=2.102 std_dev=1.352
C4' B 0, 0.830, 2.245, 3.659, 3.569 max_d=3.569 avg_d=2.245 std_dev=1.415
C3' B 0, 0.993, 2.759, 4.526, 4.309 max_d=4.309 avg_d=2.759 std_dev=1.766
C4' A 0, 1.110, 3.010, 4.911, 4.727 max_d=4.727 avg_d=3.010 std_dev=1.900
O2' B 0, 1.065, 3.000, 4.934, 4.581 max_d=4.581 avg_d=3.000 std_dev=1.934
C3' A 0, 1.202, 3.240, 5.278, 5.061 max_d=5.061 avg_d=3.240 std_dev=2.038
O3' B 0, 1.042, 3.419, 5.796, 6.247 max_d=6.247 avg_d=3.419 std_dev=2.377
C5' B 0, 1.405, 4.070, 6.734, 6.564 max_d=6.564 avg_d=4.070 std_dev=2.665
O3' A 0, 1.700, 4.561, 7.423, 6.972 max_d=6.972 avg_d=4.561 std_dev=2.861
C5' A 0, 1.830, 4.937, 8.044, 7.505 max_d=7.505 avg_d=4.937 std_dev=3.107
O5' B 0, 1.579, 4.716, 7.852, 7.844 max_d=7.844 avg_d=4.716 std_dev=3.137
O5' A 0, 2.117, 5.829, 9.540, 8.534 max_d=8.534 avg_d=5.829 std_dev=3.712
P B 0, 2.034, 6.269, 10.504, 10.343 max_d=10.343 avg_d=6.269 std_dev=4.235
OP1 B 0, 1.998, 6.339, 10.679, 10.924 max_d=10.924 avg_d=6.339 std_dev=4.340
P A 0, 2.418, 7.238, 12.058, 10.902 max_d=10.902 avg_d=7.238 std_dev=4.820
OP2 A 0, 2.499, 7.413, 12.326, 12.046 max_d=12.046 avg_d=7.413 std_dev=4.914
OP2 B 0, 2.480, 7.712, 12.944, 12.552 max_d=12.552 avg_d=7.712 std_dev=5.232
OP1 A 0, 2.837, 8.510, 14.183, 13.289 max_d=13.289 avg_d=8.510 std_dev=5.673

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.22 0.37 0.79 0.30
C2 0.03 0.00 0.20 0.49 0.01 0.72 0.01 1.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.42 0.47 0.54 1.30 2.09 1.22 1.47
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.02 0.05 0.02 0.09 0.11 0.16 0.20 0.05 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.31 0.15 0.87 0.41
C3' 0.01 0.49 0.00 0.00 0.27 0.01 0.17 0.02 0.26 0.23 0.40 0.46 0.21 0.15 0.08 0.01 0.01 0.02 0.41 0.16 0.82 0.45
C4 0.02 0.01 0.11 0.27 0.00 0.36 0.01 0.62 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.23 0.28 0.60 0.93 0.96 0.54
C4' 0.01 0.72 0.02 0.01 0.36 0.00 0.21 0.01 0.36 0.31 0.57 0.68 0.28 0.18 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.27 0.36 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.21 0.00 0.42 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.10 0.48 0.61 1.36 0.50
C5' 0.05 1.27 0.02 0.02 0.62 0.01 0.42 0.00 0.67 0.49 1.04 1.14 0.56 0.34 0.18 0.06 0.08 0.02 0.01 0.30 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.26 0.01 0.36 0.00 0.67 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.26 0.22 0.67 0.99 1.32 0.65
C8 0.01 0.01 0.11 0.23 0.00 0.31 0.00 0.49 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.21 0.29 0.82 0.81 1.95 1.15
N1 0.04 0.00 0.16 0.40 0.01 0.57 0.01 1.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.39 0.40 1.05 1.69 1.26 1.15
N3 0.03 0.01 0.20 0.46 0.00 0.68 0.01 1.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.39 0.42 0.56 1.14 1.77 0.92 1.21
N6 0.02 0.02 0.05 0.21 0.01 0.28 0.01 0.56 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.16 0.22 0.14 0.58 0.75 1.50 0.58
N7 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.18 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.09 0.16 0.17 0.68 0.67 1.93 1.00
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.02 0.37 0.41 1.18 0.48
O2' 0.02 0.42 0.00 0.01 0.21 0.06 0.12 0.06 0.21 0.16 0.34 0.39 0.16 0.09 0.03 0.00 0.06 0.08 0.10 0.21 0.52 0.18
O3' 0.03 0.47 0.03 0.01 0.23 0.02 0.17 0.08 0.26 0.21 0.39 0.42 0.22 0.16 0.07 0.06 0.00 0.01 0.35 0.32 0.61 0.37
O4' 0.01 0.54 0.01 0.02 0.28 0.01 0.10 0.02 0.22 0.29 0.40 0.56 0.14 0.17 0.02 0.08 0.01 0.00 0.13 0.48 0.50 0.15
O5' 0.22 1.30 0.31 0.41 0.60 0.02 0.48 0.01 0.67 0.82 1.05 1.14 0.58 0.68 0.37 0.10 0.35 0.13 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.37 2.09 0.15 0.16 0.93 0.27 0.61 0.30 0.99 0.81 1.69 1.77 0.75 0.67 0.41 0.21 0.32 0.48 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.79 1.22 0.87 0.82 0.96 0.36 1.36 0.20 1.32 1.95 1.26 0.92 1.50 1.93 1.18 0.52 0.61 0.50 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.30 1.47 0.41 0.45 0.54 0.08 0.50 0.02 0.65 1.15 1.15 1.21 0.58 1.00 0.48 0.18 0.37 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.43 0.80 1.22 0.40 1.01 0.48 1.50 0.55 0.42 0.54 0.37 0.62 0.48 0.37 0.65 1.22 0.84 1.17 1.50 1.62 1.45
C2 0.18 0.12 0.46 0.60 0.24 0.47 0.39 0.82 0.44 0.39 0.28 0.10 0.60 0.48 0.26 0.44 0.51 0.61 0.78 1.32 0.76 0.85
C2' 0.22 0.43 0.61 1.05 0.34 0.93 0.39 1.47 0.46 0.31 0.49 0.35 0.49 0.37 0.29 0.61 1.08 0.79 1.20 1.55 1.77 1.51
C3' 0.46 0.48 1.07 1.63 0.41 1.38 0.35 1.96 0.39 0.34 0.44 0.50 0.41 0.32 0.42 0.89 1.71 1.01 1.62 1.96 2.21 1.95
C4 0.17 0.24 0.57 0.84 0.30 0.69 0.44 1.09 0.51 0.38 0.43 0.18 0.63 0.47 0.28 0.50 0.77 0.70 0.86 1.30 1.05 1.04
C4' 0.85 0.66 1.52 2.09 0.68 1.76 0.54 2.29 0.51 0.62 0.54 0.77 0.53 0.53 0.73 1.29 2.21 1.31 1.88 2.16 2.37 2.16
C5 0.16 0.18 0.49 0.68 0.27 0.57 0.42 0.94 0.51 0.37 0.41 0.13 0.63 0.47 0.26 0.46 0.57 0.64 0.79 1.26 0.89 0.93
C5' 1.40 0.95 2.08 2.74 1.04 2.38 0.77 2.90 0.64 0.96 0.67 1.18 0.62 0.76 1.15 1.86 2.95 1.83 2.44 2.67 2.84 2.66
C6 0.22 0.15 0.40 0.48 0.24 0.38 0.38 0.70 0.43 0.37 0.26 0.16 0.61 0.46 0.26 0.42 0.32 0.56 0.78 1.28 0.68 0.79
C8 0.23 0.45 0.68 1.05 0.39 0.88 0.49 1.34 0.57 0.41 0.57 0.35 0.62 0.48 0.35 0.57 0.99 0.78 1.05 1.40 1.44 1.32
N1 0.23 0.17 0.40 0.47 0.24 0.36 0.38 0.68 0.41 0.39 0.24 0.17 0.58 0.47 0.27 0.41 0.34 0.56 0.80 1.34 0.71 0.80
N3 0.16 0.18 0.55 0.78 0.27 0.63 0.42 1.02 0.48 0.39 0.37 0.14 0.62 0.48 0.27 0.49 0.72 0.68 0.82 1.31 0.95 0.97
N6 0.30 0.32 0.39 0.37 0.26 0.28 0.35 0.54 0.37 0.37 0.21 0.30 0.57 0.44 0.29 0.44 0.21 0.51 0.84 1.32 0.68 0.76
N7 0.17 0.33 0.54 0.81 0.33 0.68 0.46 1.08 0.55 0.38 0.53 0.23 0.63 0.47 0.29 0.50 0.70 0.69 0.87 1.27 1.10 1.08
N9 0.23 0.39 0.69 1.06 0.37 0.88 0.47 1.33 0.55 0.41 0.52 0.31 0.63 0.48 0.34 0.57 1.02 0.79 1.02 1.40 1.38 1.28
O2' 0.31 0.45 0.49 0.87 0.37 0.80 0.42 1.33 0.49 0.34 0.51 0.38 0.52 0.39 0.33 0.67 0.91 0.75 1.09 1.41 1.71 1.40
O3' 0.39 0.44 1.00 1.59 0.35 1.36 0.28 1.99 0.33 0.25 0.40 0.45 0.36 0.23 0.34 0.85 1.71 0.97 1.70 2.06 2.38 2.04
O4' 0.74 0.60 1.40 1.89 0.63 1.55 0.55 2.02 0.53 0.60 0.53 0.69 0.57 0.55 0.67 1.17 1.95 1.18 1.58 1.85 1.99 1.84
O5' 1.84 1.21 2.61 3.21 1.36 2.72 0.96 3.20 0.65 1.27 0.73 1.55 0.39 0.95 1.52 2.43 3.32 2.06 2.67 2.77 3.08 2.91
OP1 2.74 1.72 3.37 4.20 2.00 3.94 1.45 4.51 1.01 1.90 1.10 2.23 0.67 1.45 2.27 3.11 4.40 3.23 3.96 4.08 4.29 4.15
OP2 3.28 2.73 3.99 4.47 2.86 3.90 2.46 4.18 2.14 2.73 2.23 3.06 1.80 2.42 2.99 3.77 4.41 3.33 3.58 3.44 3.78 3.75
P 2.65 1.86 3.40 4.05 2.05 3.57 1.55 3.98 1.14 1.93 1.25 2.29 0.70 1.52 2.26 3.20 4.16 2.90 3.39 3.38 3.65 3.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.32 0.01 0.28 0.45 0.15 0.15
C2 0.05 0.00 0.54 0.59 0.01 0.40 0.01 0.64 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.43 0.37 0.48 0.42 0.77 0.35 0.50
C2' 0.01 0.54 0.00 0.00 0.27 0.01 0.10 0.19 0.21 0.32 0.41 0.54 0.12 0.18 0.01 0.00 0.03 0.03 0.53 0.90 0.32 0.54
C3' 0.03 0.59 0.00 0.00 0.31 0.01 0.28 0.02 0.34 0.39 0.48 0.57 0.31 0.36 0.19 0.02 0.01 0.02 0.34 0.51 0.25 0.27
C4 0.03 0.01 0.27 0.31 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.26 0.40 0.67 0.22 0.20
C4' 0.02 0.40 0.01 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.10 0.34 0.28 0.40 0.04 0.26 0.07 0.27 0.03 0.00 0.01 0.13 0.16 0.06
C5 0.03 0.01 0.10 0.28 0.00 0.02 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.20 0.08 0.13 0.60 0.81 0.65 0.35
C5' 0.07 0.64 0.19 0.02 0.23 0.01 0.13 0.00 0.19 0.53 0.45 0.60 0.15 0.43 0.13 0.10 0.20 0.01 0.01 0.33 0.31 0.01
C6 0.04 0.02 0.21 0.34 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.07 0.23 0.53 0.83 0.48 0.28
C8 0.02 0.01 0.32 0.39 0.01 0.34 0.01 0.53 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.60 0.35 0.26 0.92 0.90 1.16 0.76
N1 0.05 0.01 0.41 0.48 0.02 0.28 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.22 0.24 0.38 0.41 0.79 0.11 0.31
N3 0.04 0.00 0.54 0.57 0.00 0.40 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.44 0.35 0.48 0.40 0.70 0.34 0.47
N6 0.06 0.02 0.12 0.31 0.02 0.04 0.02 0.15 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.21 0.10 0.18 0.66 0.93 0.75 0.42
N7 0.02 0.01 0.18 0.36 0.01 0.26 0.00 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.52 0.30 0.14 0.91 0.98 1.22 0.75
N9 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.21 0.17 0.02 0.50 0.63 0.48 0.26
O2' 0.00 0.43 0.00 0.02 0.07 0.27 0.20 0.10 0.08 0.60 0.22 0.44 0.21 0.52 0.21 0.00 0.06 0.16 0.32 0.78 0.22 0.42
O3' 0.32 0.37 0.03 0.01 0.09 0.03 0.08 0.20 0.07 0.35 0.24 0.35 0.10 0.30 0.17 0.06 0.00 0.21 0.35 0.57 0.41 0.31
O4' 0.01 0.48 0.03 0.02 0.26 0.00 0.13 0.01 0.23 0.26 0.38 0.48 0.18 0.14 0.02 0.16 0.21 0.00 0.13 0.21 0.11 0.18
O5' 0.28 0.42 0.53 0.34 0.40 0.01 0.60 0.01 0.53 0.92 0.41 0.40 0.66 0.91 0.50 0.32 0.35 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.45 0.77 0.90 0.51 0.67 0.13 0.81 0.33 0.83 0.90 0.79 0.70 0.93 0.98 0.63 0.78 0.57 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.35 0.32 0.25 0.22 0.16 0.65 0.31 0.48 1.16 0.11 0.34 0.75 1.22 0.48 0.22 0.41 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.50 0.54 0.27 0.20 0.06 0.35 0.01 0.28 0.76 0.31 0.47 0.42 0.75 0.26 0.42 0.31 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00