ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C1' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
O5' A 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.000, 0.233, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.233 std_dev=0.233
P B 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O3' A 0, 0.000, 0.320, 0.639, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.320 std_dev=0.320
P A 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O5' B 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C3' B 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
N9 B 0, 0.000, 0.371, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.371 std_dev=0.371
OP2 A 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
OP1 A 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C4 B 0, 0.000, 0.430, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2' B 0, 0.000, 0.482, 0.964, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.482 std_dev=0.482
C2 B 0, 0.000, 0.582, 1.163, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C5 B 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
C8 B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
N1 B 0, 0.000, 0.669, 1.338, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C5' B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
C6 B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
N7 B 0, 0.000, 0.715, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.715 std_dev=0.715
O3' B 0, 0.000, 0.738, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.738 std_dev=0.738
O2' B 0, 0.000, 0.750, 1.500, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.750 std_dev=0.750
N6 B 0, 0.000, 0.824, 1.647, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.824 std_dev=0.824
OP2 B 0, 0.000, 1.182, 2.365, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.182 std_dev=1.182
OP1 B 0, 0.000, 1.424, 2.847, 2.847 max_d=2.847 avg_d=1.424 std_dev=1.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.13 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.03 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.13 0.03 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.13 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.07
C5' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.00 0.05 0.16 0.08
C8 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.08
N1 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.14 0.06
N2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.11 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.11 0.03
N7 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.09 0.05 0.01
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.10 0.07 0.09 0.05 0.04 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.09 0.12 0.15 0.03 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.11 0.05
O5' 0.01 0.03 0.07 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.09
OP1 0.04 0.02 0.12 0.13 0.00 0.05 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.15 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.13 0.03 0.03 0.13 0.07 0.16 0.05 0.16 0.15 0.14 0.11 0.11 0.18 0.11 0.05 0.03 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.05 0.06 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.03 0.03 0.10 0.04 0.01 0.07 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.09 0.10 0.41 0.06 0.16 0.03 0.11 0.11 0.17 0.07 0.07 0.34 0.10 0.11 0.20 0.07 0.10
C2 0.09 0.31 0.14 0.08 0.04 0.07 0.20 0.18 0.06 0.38 0.20 0.21 0.16 0.41 0.18 0.09 0.17 0.08 0.15 0.63 0.37 0.02
C2' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.06 0.08 0.15 0.40 0.12 0.22 0.01 0.09 0.19 0.24 0.10 0.07 0.36 0.10 0.15 0.30 0.11 0.07
C3' 0.02 0.10 0.03 0.08 0.03 0.08 0.13 0.42 0.10 0.19 0.01 0.10 0.17 0.22 0.08 0.14 0.43 0.13 0.15 0.17 0.28 0.05
C4 0.04 0.27 0.06 0.03 0.03 0.11 0.07 0.28 0.02 0.25 0.17 0.22 0.04 0.23 0.10 0.03 0.26 0.13 0.10 0.39 0.19 0.08
C4' 0.09 0.11 0.10 0.14 0.02 0.04 0.06 0.40 0.04 0.09 0.03 0.12 0.09 0.11 0.00 0.20 0.47 0.07 0.14 0.02 0.41 0.04
C5 0.03 0.33 0.01 0.00 0.13 0.12 0.05 0.24 0.16 0.20 0.28 0.28 0.09 0.13 0.04 0.09 0.27 0.15 0.06 0.33 0.21 0.08
C5' 0.14 0.14 0.18 0.21 0.07 0.04 0.02 0.38 0.03 0.00 0.08 0.15 0.02 0.02 0.06 0.30 0.54 0.07 0.11 0.12 0.50 0.05
C6 0.05 0.39 0.03 0.02 0.15 0.10 0.09 0.17 0.23 0.25 0.36 0.31 0.16 0.17 0.04 0.04 0.21 0.12 0.08 0.43 0.30 0.05
C8 0.03 0.23 0.06 0.06 0.10 0.17 0.05 0.36 0.11 0.07 0.18 0.21 0.06 0.04 0.02 0.18 0.37 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13
N1 0.08 0.39 0.09 0.05 0.07 0.07 0.05 0.15 0.13 0.34 0.34 0.28 0.03 0.34 0.12 0.04 0.18 0.08 0.13 0.57 0.37 0.02
N2 0.11 0.25 0.18 0.11 0.11 0.05 0.29 0.15 0.20 0.42 0.11 0.14 0.32 0.48 0.21 0.15 0.14 0.05 0.17 0.75 0.44 0.00
N3 0.07 0.24 0.12 0.06 0.06 0.07 0.20 0.24 0.10 0.34 0.11 0.18 0.17 0.35 0.17 0.06 0.21 0.09 0.15 0.56 0.28 0.04
N7 0.01 0.29 0.06 0.05 0.16 0.16 0.12 0.29 0.18 0.06 0.26 0.26 0.14 0.00 0.04 0.19 0.32 0.20 0.01 0.15 0.11 0.12
N9 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.14 0.05 0.37 0.01 0.17 0.11 0.17 0.04 0.15 0.07 0.08 0.32 0.17 0.07 0.22 0.06 0.12
O2' 0.03 0.08 0.03 0.01 0.05 0.03 0.15 0.37 0.13 0.19 0.02 0.08 0.19 0.22 0.08 0.05 0.33 0.04 0.21 0.37 0.16 0.03
O3' 0.04 0.11 0.04 0.11 0.04 0.04 0.15 0.37 0.12 0.21 0.00 0.11 0.20 0.25 0.08 0.15 0.45 0.09 0.21 0.26 0.40 0.03
O4' 0.09 0.12 0.07 0.10 0.03 0.06 0.03 0.42 0.01 0.06 0.05 0.12 0.05 0.07 0.01 0.17 0.42 0.07 0.11 0.01 0.28 0.09
O5' 0.01 0.12 0.05 0.04 0.04 0.25 0.02 0.55 0.05 0.04 0.10 0.10 0.02 0.02 0.00 0.19 0.37 0.23 0.09 0.27 0.25 0.22
O6 0.04 0.41 0.00 0.00 0.20 0.10 0.19 0.14 0.32 0.16 0.42 0.32 0.28 0.05 0.01 0.08 0.20 0.12 0.06 0.40 0.31 0.05
OP1 0.00 0.15 0.06 0.06 0.04 0.22 0.00 0.50 0.05 0.07 0.11 0.12 0.01 0.06 0.02 0.20 0.36 0.22 0.04 0.25 0.43 0.14
OP2 0.12 0.06 0.03 0.03 0.05 0.35 0.07 0.57 0.02 0.16 0.04 0.03 0.05 0.13 0.11 0.14 0.28 0.37 0.18 0.29 0.12 0.28
P 0.04 0.10 0.03 0.03 0.01 0.28 0.02 0.54 0.02 0.08 0.07 0.07 0.01 0.06 0.04 0.19 0.34 0.29 0.12 0.31 0.28 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.04 0.23 0.11
C2 0.05 0.00 0.17 0.14 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.16 0.04 0.18 0.00 0.46 0.91 0.22
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03 0.07 0.06 0.12 0.13 0.18 0.04 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.30 0.27 0.39 0.28
C3' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.10 0.10 0.14 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.45 0.15 0.28
C4 0.03 0.01 0.09 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.08 0.05 0.27 0.67 0.20
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.12 0.20 0.00
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.04 0.04 0.33 0.72 0.19
C5' 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.23 0.26 0.00
C6 0.04 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.08 0.00 0.44 0.83 0.18
C8 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.23 0.05 0.06 0.18 0.48 0.15
N1 0.04 0.01 0.13 0.10 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.07 0.14 0.01 0.49 0.92 0.20
N3 0.05 0.01 0.18 0.14 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.04 0.18 0.04 0.32 0.78 0.24
N6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.12 0.05 0.00 0.47 0.85 0.17
N7 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.16 0.21 0.01 0.04 0.27 0.61 0.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.07 0.15 0.47 0.16
O2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.22 0.11 0.16 0.00 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.33 0.33 0.44 0.31
O3' 0.15 0.04 0.04 0.01 0.10 0.03 0.14 0.02 0.12 0.23 0.07 0.04 0.12 0.21 0.16 0.01 0.00 0.11 0.25 0.46 0.02 0.22
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05 0.14 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.12 0.17 0.02 0.04
O5' 0.06 0.00 0.30 0.35 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.07 0.33 0.25 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.04 0.46 0.27 0.45 0.27 0.12 0.33 0.23 0.44 0.18 0.49 0.32 0.47 0.27 0.15 0.33 0.46 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.91 0.39 0.15 0.67 0.20 0.72 0.26 0.83 0.48 0.92 0.78 0.85 0.61 0.47 0.44 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.22 0.28 0.28 0.20 0.00 0.19 0.00 0.18 0.15 0.20 0.24 0.17 0.16 0.16 0.31 0.22 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00