ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51072

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
OP1 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O5' B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C4' B 0, 0.000, 0.183, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C5' B 0, 0.000, 0.194, 0.388, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.194 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.000, 0.195, 0.391, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O3' B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C3' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
P B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C3' A 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.000, 0.208, 0.417, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C8 B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
N6 B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O5' A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
C5' A 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.000, 0.335, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.335 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
P A 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
OP1 A 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04
C4 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.11 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.14 0.10
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01
C6 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.00 0.08 0.14 0.11
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.10 0.14 0.11
N1 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.07 0.01 0.05 0.12 0.09
N2 0.05 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.10 0.06
N3 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.10 0.06
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.02 0.11 0.15 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.10 0.07
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.00
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
O5' 0.02 0.05 0.05 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.16 0.13
OP1 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.10 0.05 0.02 0.03 0.11 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.09 0.06 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.14 0.12 0.10 0.10 0.15 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.05 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.09 0.06 0.06 0.12 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02
C2 0.11 0.13 0.08 0.09 0.13 0.10 0.13 0.09 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.11 0.12 0.09 0.07 0.10 0.08 0.04 0.09 0.07
C2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.06 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.11 0.04 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03
C4 0.08 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.08 0.07 0.04 0.07 0.04 0.01 0.05 0.04
C4' 0.09 0.02 0.09 0.07 0.04 0.06 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.06 0.15 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.07 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.06 0.05
C5' 0.11 0.05 0.12 0.09 0.07 0.06 0.05 0.02 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.04 0.08 0.17 0.10 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04
C6 0.08 0.05 0.04 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.04 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.07 0.06
C8 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02
N1 0.10 0.10 0.06 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10 0.08 0.06 0.09 0.07 0.04 0.09 0.07
N2 0.13 0.19 0.10 0.12 0.16 0.12 0.15 0.12 0.17 0.12 0.19 0.17 0.16 0.13 0.14 0.11 0.10 0.13 0.11 0.07 0.12 0.10
N3 0.11 0.11 0.08 0.08 0.12 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.07 0.10 0.07 0.02 0.07 0.06
N7 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03
N9 0.06 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03
O2' 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.08 0.02 0.03 0.02 0.07 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04
O3' 0.08 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.15 0.06 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02
O4' 0.11 0.05 0.10 0.10 0.06 0.10 0.02 0.07 0.00 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.08 0.14 0.10 0.10 0.06 0.01 0.05 0.04
O5' 0.09 0.05 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.13 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01
O6 0.08 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.03 0.05 0.04 0.08 0.08 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06
OP1 0.09 0.05 0.10 0.07 0.06 0.04 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.05 0.07 0.15 0.08 0.05 0.03 0.11 0.06 0.06
OP2 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.05 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.10 0.13 0.10 0.08 0.03 0.02 0.03 0.02
P 0.09 0.06 0.10 0.08 0.07 0.05 0.07 0.02 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.14 0.09 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.05 0.10 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02
C4 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04
C8 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03
N1 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.04 0.04 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05
N6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04
N7 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.08 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00