ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51073

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
N1 B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C2' A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O3' A 0, 0.000, 0.276, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C6 B 0, 0.000, 0.310, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.310 std_dev=0.310
OP1 A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
N6 B 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C4 B 0, 0.000, 0.390, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N9 B 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
N7 B 0, 0.000, 0.559, 1.118, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.559 std_dev=0.559
O2' A 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568
P A 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.000, 0.584, 1.168, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.584 std_dev=0.584
C1' B 0, 0.000, 0.585, 1.171, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C3' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C5' A 0, 0.000, 0.595, 1.191, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C8 B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
O2' B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C2' B 0, 0.000, 0.638, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.638 std_dev=0.638
O4' B 0, 0.000, 0.660, 1.320, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.660 std_dev=0.660
C4' B 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
O5' B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C5' B 0, 0.000, 0.707, 1.415, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.707 std_dev=0.707
P B 0, 0.000, 0.716, 1.432, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.716 std_dev=0.716
OP1 B 0, 0.000, 0.722, 1.444, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.722 std_dev=0.722
OP2 B 0, 0.000, 0.734, 1.467, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.734 std_dev=0.734
O5' A 0, 0.000, 0.801, 1.602, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.801 std_dev=0.801
OP2 A 0, 0.000, 0.832, 1.664, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.832 std_dev=0.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.02 0.07 0.51 0.15
C2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.22 0.00 0.05 0.36 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.04 0.10 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.60 0.23
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.45 0.16
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.27 0.01 0.04 0.36 0.04
C4' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.39 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.03 0.36 0.00 0.02 0.25 0.03
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.13 0.22 0.08 0.03 0.01 0.22 0.11 0.09 0.02 0.03 0.01 0.17 0.19 0.16 0.02
C6 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.02 0.03 0.36 0.00 0.02 0.22 0.04
C8 0.01 0.01 0.09 0.08 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.04 0.05 0.41 0.00 0.00 0.26 0.05
N1 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03 0.30 0.00 0.03 0.28 0.01
N2 0.03 0.00 0.10 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.06 0.39 0.10
N3 0.03 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.19 0.00 0.05 0.40 0.09
N7 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.03 0.05 0.43 0.00 0.00 0.17 0.09
N9 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.02 0.28 0.01 0.04 0.39 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.11 0.09 0.17 0.09 0.17 0.19 0.10 0.01 0.02 0.21 0.12 0.00 0.03 0.08 0.04 0.19 0.04 0.55 0.16
O3' 0.05 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.35 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.10 0.04 0.07 0.51 0.17
O5' 0.12 0.22 0.01 0.02 0.27 0.02 0.36 0.01 0.36 0.41 0.30 0.17 0.19 0.43 0.28 0.04 0.03 0.10 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01
O6 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.04 0.40 0.00 0.00 0.14 0.08
OP1 0.07 0.05 0.14 0.02 0.04 0.06 0.02 0.19 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.00 0.04 0.04 0.13 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.51 0.36 0.60 0.45 0.36 0.39 0.25 0.16 0.22 0.26 0.28 0.39 0.40 0.17 0.39 0.55 0.35 0.51 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.07 0.23 0.16 0.04 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.10 0.09 0.09 0.05 0.16 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.09 0.04 0.04 0.01 0.08 0.04 0.10 0.03 0.10 0.03 0.11 0.07 0.00 0.24 0.06 0.04 0.10 0.14 0.20 0.13
C2 0.08 0.03 0.10 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.07 0.21 0.01 0.08 0.01 0.05 0.11 0.03
C2' 0.03 0.07 0.05 0.10 0.06 0.06 0.11 0.12 0.13 0.08 0.11 0.03 0.15 0.12 0.04 0.21 0.12 0.01 0.18 0.25 0.29 0.22
C3' 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.09 0.03 0.09 0.05 0.09 0.06 0.02 0.15 0.08 0.00 0.10 0.15 0.17 0.12
C4 0.13 0.05 0.16 0.04 0.05 0.08 0.02 0.05 0.04 0.09 0.08 0.02 0.05 0.05 0.10 0.27 0.03 0.12 0.00 0.05 0.11 0.03
C4' 0.00 0.12 0.01 0.04 0.09 0.03 0.11 0.05 0.12 0.06 0.13 0.09 0.12 0.09 0.05 0.15 0.04 0.01 0.07 0.09 0.14 0.08
C5 0.21 0.00 0.24 0.12 0.13 0.15 0.10 0.12 0.01 0.18 0.05 0.08 0.02 0.14 0.18 0.32 0.10 0.19 0.08 0.01 0.05 0.04
C5' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.08 0.07 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C6 0.21 0.04 0.23 0.12 0.16 0.16 0.16 0.14 0.10 0.21 0.02 0.10 0.08 0.19 0.20 0.31 0.10 0.20 0.10 0.04 0.02 0.06
C8 0.23 0.04 0.29 0.15 0.08 0.17 0.02 0.12 0.08 0.15 0.11 0.06 0.12 0.07 0.17 0.36 0.13 0.20 0.07 0.00 0.07 0.02
N1 0.15 0.02 0.17 0.07 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09 0.15 0.02 0.06 0.09 0.14 0.14 0.26 0.05 0.14 0.05 0.00 0.05 0.02
N2 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03 0.15 0.04 0.03 0.04 0.07 0.13 0.06
N3 0.06 0.07 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.04 0.21 0.02 0.06 0.04 0.08 0.14 0.06
N7 0.26 0.00 0.31 0.18 0.15 0.20 0.10 0.17 0.02 0.22 0.07 0.10 0.07 0.16 0.23 0.37 0.15 0.24 0.12 0.05 0.02 0.07
N9 0.13 0.07 0.17 0.04 0.01 0.07 0.03 0.03 0.09 0.05 0.11 0.00 0.10 0.00 0.07 0.29 0.03 0.11 0.02 0.07 0.14 0.05
O2' 0.13 0.04 0.15 0.00 0.02 0.06 0.09 0.01 0.14 0.03 0.12 0.02 0.19 0.10 0.03 0.35 0.01 0.11 0.10 0.17 0.26 0.15
O3' 0.00 0.14 0.01 0.03 0.09 0.02 0.10 0.04 0.13 0.04 0.16 0.11 0.13 0.07 0.04 0.13 0.02 0.00 0.05 0.07 0.11 0.06
O4' 0.03 0.09 0.06 0.07 0.08 0.03 0.12 0.07 0.13 0.08 0.12 0.06 0.14 0.12 0.04 0.24 0.07 0.01 0.12 0.15 0.22 0.14
O5' 0.15 0.13 0.14 0.10 0.16 0.04 0.17 0.02 0.16 0.20 0.14 0.14 0.17 0.19 0.17 0.10 0.01 0.11 0.08 0.01 0.09 0.07
O6 0.25 0.07 0.27 0.17 0.20 0.21 0.22 0.19 0.16 0.27 0.06 0.14 0.15 0.26 0.25 0.33 0.14 0.25 0.15 0.09 0.04 0.12
OP1 0.04 0.16 0.01 0.05 0.16 0.07 0.22 0.15 0.24 0.18 0.21 0.12 0.28 0.24 0.13 0.07 0.00 0.06 0.20 0.25 0.27 0.23
OP2 0.07 0.36 0.08 0.00 0.25 0.07 0.24 0.17 0.31 0.05 0.37 0.31 0.29 0.13 0.13 0.06 0.02 0.03 0.20 0.29 0.20 0.26
P 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.15 0.04 0.16 0.11 0.15 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00
C2 0.03 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.08 0.04 0.06 0.09 0.16 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00
C4 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.06 0.08 0.13 0.07
C4' 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.09 0.12 0.18 0.11
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.10 0.02 0.10 0.14 0.21 0.13
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.08 0.11 0.07
N1 0.03 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.10 0.03 0.09 0.13 0.19 0.11
N3 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.05 0.04 0.06 0.12 0.05
N6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.02 0.11 0.17 0.23 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.10 0.13 0.18 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.05 0.09 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.08 0.06 0.08 0.09 0.01 0.10 0.11 0.08 0.03 0.03 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.10 0.06 0.10 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.04 0.11 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.00 0.14 0.08 0.13 0.06 0.17 0.13 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.16 0.02 0.04 0.13 0.02 0.18 0.01 0.21 0.11 0.19 0.12 0.23 0.18 0.09 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.07 0.11 0.05 0.15 0.12 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00