ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.024, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.024 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.024, 0.041, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.039, 0.064, 0.088, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.064 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.033, 0.058, 0.083, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.058 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.049, 0.078, 0.107, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.078 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.045, 0.074, 0.103, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.074 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.026, 0.057, 0.088, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.057 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.046, 0.078, 0.110, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.078 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.055, 0.088, 0.120, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.088 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.043, 0.079, 0.115, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.079 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.069, 0.113, 0.156, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.113 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.134, 0.245, 0.357, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.245 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.236, 0.371, 0.506, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.371 std_dev=0.135
O4' A 0, 0.116, 0.257, 0.398, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.257 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.209, 0.376, 0.544, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.376 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.256, 0.474, 0.692, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.474 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.353, 0.591, 0.828, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.591 std_dev=0.237
O3' A 0, 0.300, 0.542, 0.785, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.542 std_dev=0.243
O2 B 0, 0.399, 0.648, 0.897, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.648 std_dev=0.249
N1 B 0, 0.439, 0.699, 0.958, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.699 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.499, 0.773, 1.046, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.773 std_dev=0.273
N3 B 0, 0.275, 0.556, 0.837, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.556 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.495, 0.785, 1.074, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.785 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.372, 0.677, 0.981, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.677 std_dev=0.304
C1' B 0, 0.466, 0.809, 1.152, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.809 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.564, 0.937, 1.310, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.937 std_dev=0.373
N4 B 0, 0.434, 0.811, 1.189, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.811 std_dev=0.377
O5' A 0, 0.336, 0.718, 1.101, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.718 std_dev=0.383
C5' A 0, 0.403, 0.829, 1.255, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.829 std_dev=0.426
O4' B 0, 0.423, 0.851, 1.279, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.851 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.579, 1.007, 1.436, 1.736 max_d=1.736 avg_d=1.007 std_dev=0.429
O2' B 0, 0.635, 1.072, 1.510, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.072 std_dev=0.437
O5' B 0, 0.715, 1.172, 1.629, 1.790 max_d=1.790 avg_d=1.172 std_dev=0.457
P B 0, 0.794, 1.273, 1.752, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.273 std_dev=0.479
C4' B 0, 0.486, 0.987, 1.488, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.987 std_dev=0.501
P A 0, 0.481, 0.993, 1.506, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.993 std_dev=0.513
O3' B 0, 0.597, 1.111, 1.626, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.111 std_dev=0.514
C5' B 0, 0.622, 1.141, 1.660, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.141 std_dev=0.519
OP2 B 0, 0.801, 1.326, 1.851, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.326 std_dev=0.525
OP2 A 0, 0.596, 1.173, 1.750, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.173 std_dev=0.577
OP1 A 0, 0.555, 1.166, 1.777, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.166 std_dev=0.611
OP1 B 0, 0.642, 1.520, 2.397, 3.481 max_d=3.481 avg_d=1.520 std_dev=0.877

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.03 0.13 0.31 0.16
C2 0.05 0.00 0.17 0.21 0.01 0.09 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.26 0.05 0.27 0.02 0.19 0.33 0.19
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.10 0.07 0.13 0.20 0.16 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.20 0.09 0.21 0.27 0.14
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.15 0.00 0.14 0.03 0.16 0.11 0.20 0.24 0.19 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.28 0.16 0.32 0.26 0.21
C4 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.28 0.02 0.19 0.32 0.19
C4' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.11 0.15 0.25 0.08
C5 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.35 0.02 0.25 0.35 0.25
C5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.20 0.16 0.12 0.11 0.23 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.23 0.18 0.26 0.03
C6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.02 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.21 0.03 0.36 0.01 0.27 0.38 0.28
C8 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.07 0.35 0.03 0.23 0.32 0.23
N1 0.04 0.01 0.13 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.15 0.25 0.04 0.32 0.01 0.23 0.35 0.23
N2 0.06 0.01 0.20 0.24 0.02 0.10 0.03 0.12 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.20 0.31 0.07 0.24 0.03 0.17 0.32 0.18
N3 0.05 0.01 0.16 0.19 0.01 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.23 0.06 0.24 0.02 0.17 0.31 0.17
N7 0.02 0.03 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.14 0.06 0.39 0.03 0.29 0.37 0.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.02 0.26 0.03 0.17 0.31 0.18
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.08 0.04 0.08 0.05 0.12 0.06 0.15 0.20 0.14 0.06 0.03 0.00 0.04 0.06 0.09 0.12 0.17 0.25 0.10
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.16 0.03 0.17 0.04 0.21 0.13 0.25 0.31 0.23 0.14 0.08 0.04 0.00 0.02 0.28 0.21 0.42 0.27 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.05 0.18 0.35 0.22
O5' 0.15 0.27 0.20 0.28 0.28 0.05 0.35 0.01 0.36 0.35 0.32 0.24 0.24 0.39 0.26 0.09 0.28 0.14 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.16 0.02 0.11 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.12 0.21 0.05 0.40 0.00 0.33 0.41 0.32
OP1 0.13 0.19 0.21 0.32 0.19 0.15 0.25 0.18 0.27 0.23 0.23 0.17 0.17 0.29 0.17 0.17 0.42 0.18 0.02 0.33 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.33 0.27 0.26 0.32 0.25 0.35 0.26 0.38 0.32 0.35 0.32 0.31 0.37 0.31 0.25 0.27 0.35 0.02 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.19 0.14 0.21 0.19 0.08 0.25 0.03 0.28 0.23 0.23 0.18 0.17 0.29 0.18 0.10 0.26 0.22 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.26 0.29 0.23 0.25 0.22 0.33 0.20 0.19 0.24 0.28 0.26 0.38 0.31 0.22 0.44 0.45 0.42 0.43
C2 0.22 0.21 0.23 0.25 0.34 0.24 0.35 0.38 0.30 0.23 0.24 0.41 0.23 0.32 0.24 0.22 0.62 0.80 0.73 0.69
C2' 0.19 0.22 0.21 0.21 0.25 0.18 0.23 0.29 0.19 0.17 0.26 0.30 0.28 0.38 0.24 0.16 0.43 0.48 0.46 0.44
C3' 0.20 0.18 0.24 0.19 0.25 0.18 0.23 0.27 0.20 0.16 0.24 0.31 0.23 0.42 0.24 0.16 0.43 0.54 0.44 0.43
C4 0.22 0.19 0.24 0.26 0.28 0.26 0.31 0.39 0.28 0.22 0.22 0.33 0.21 0.32 0.25 0.23 0.58 0.68 0.63 0.62
C4' 0.22 0.21 0.24 0.13 0.22 0.13 0.19 0.18 0.17 0.17 0.23 0.27 0.26 0.44 0.19 0.15 0.36 0.44 0.33 0.33
C5 0.23 0.17 0.25 0.27 0.28 0.30 0.35 0.46 0.32 0.24 0.19 0.31 0.18 0.30 0.26 0.26 0.65 0.78 0.73 0.71
C5' 0.36 0.30 0.41 0.21 0.28 0.23 0.26 0.16 0.26 0.29 0.29 0.31 0.35 0.60 0.23 0.28 0.37 0.54 0.30 0.33
C6 0.23 0.18 0.24 0.28 0.30 0.31 0.39 0.48 0.34 0.25 0.19 0.35 0.19 0.29 0.26 0.28 0.70 0.90 0.84 0.79
C8 0.23 0.16 0.27 0.28 0.22 0.30 0.26 0.44 0.27 0.21 0.19 0.25 0.18 0.32 0.27 0.26 0.56 0.59 0.54 0.56
N1 0.22 0.20 0.23 0.26 0.33 0.27 0.38 0.44 0.33 0.24 0.22 0.41 0.21 0.30 0.24 0.25 0.67 0.89 0.81 0.76
N2 0.22 0.21 0.23 0.24 0.35 0.23 0.35 0.36 0.29 0.23 0.26 0.44 0.24 0.33 0.24 0.21 0.61 0.82 0.73 0.68
N3 0.22 0.20 0.24 0.26 0.31 0.23 0.32 0.36 0.27 0.22 0.25 0.37 0.23 0.34 0.26 0.21 0.57 0.69 0.63 0.61
N7 0.24 0.16 0.27 0.29 0.23 0.33 0.32 0.50 0.32 0.23 0.17 0.26 0.16 0.30 0.28 0.29 0.65 0.73 0.69 0.69
N9 0.22 0.19 0.25 0.27 0.24 0.26 0.26 0.38 0.24 0.20 0.22 0.28 0.22 0.34 0.27 0.22 0.52 0.56 0.52 0.53
O2' 0.25 0.26 0.25 0.24 0.25 0.22 0.23 0.27 0.20 0.21 0.27 0.30 0.33 0.41 0.26 0.23 0.40 0.41 0.41 0.39
O3' 0.22 0.19 0.26 0.19 0.25 0.19 0.23 0.25 0.20 0.17 0.24 0.32 0.24 0.45 0.24 0.18 0.43 0.59 0.44 0.43
O4' 0.18 0.19 0.20 0.25 0.20 0.20 0.16 0.28 0.13 0.13 0.22 0.24 0.25 0.38 0.32 0.15 0.38 0.40 0.34 0.36
O5' 0.30 0.33 0.33 0.14 0.35 0.09 0.36 0.14 0.35 0.33 0.35 0.36 0.33 0.36 0.01 0.19 0.46 0.60 0.40 0.44
O6 0.25 0.17 0.25 0.30 0.27 0.35 0.40 0.54 0.36 0.25 0.17 0.30 0.18 0.28 0.29 0.31 0.74 0.99 0.94 0.87
OP1 0.05 0.14 0.12 0.03 0.16 0.18 0.14 0.29 0.12 0.09 0.16 0.18 0.17 0.16 0.01 0.11 0.19 0.65 0.40 0.22
OP2 0.12 0.21 0.11 0.10 0.22 0.24 0.20 0.37 0.18 0.16 0.23 0.25 0.23 0.09 0.02 0.19 0.40 0.71 0.37 0.43
P 0.07 0.14 0.13 0.02 0.16 0.12 0.16 0.21 0.15 0.10 0.16 0.18 0.16 0.14 0.01 0.06 0.30 0.61 0.29 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.16 0.33 0.15 0.15
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.11 0.05 0.33 0.57 0.40 0.33
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.22 0.28 0.17 0.21
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.09 0.06 0.10 0.09 0.13 0.02 0.01 0.02 0.31 0.40 0.15 0.28
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.44 0.78 0.61 0.49
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.08 0.10 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.12 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.46 0.80 0.60 0.50
C5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.23 0.01 0.24 0.00 0.21 0.14 0.19 0.25 0.12 0.04 0.04 0.02 0.01 0.20 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.04 0.41 0.66 0.43 0.40
N1 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.31 0.53 0.33 0.30
N3 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.11 0.04 0.39 0.68 0.52 0.42
N4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.04 0.46 0.86 0.69 0.54
O2 0.05 0.01 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.15 0.07 0.27 0.48 0.34 0.28
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.07 0.06 0.10 0.00 0.05 0.05 0.07 0.14 0.11 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.05 0.11 0.11 0.15 0.05 0.00 0.02 0.30 0.57 0.20 0.30
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.12 0.30 0.16 0.10
O5' 0.16 0.33 0.22 0.31 0.44 0.02 0.46 0.01 0.41 0.31 0.39 0.46 0.27 0.07 0.30 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.57 0.28 0.40 0.78 0.12 0.80 0.20 0.66 0.53 0.68 0.86 0.48 0.14 0.57 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.40 0.17 0.15 0.61 0.23 0.60 0.40 0.43 0.33 0.52 0.69 0.34 0.11 0.20 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.33 0.21 0.28 0.49 0.02 0.50 0.01 0.40 0.30 0.42 0.54 0.28 0.07 0.30 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00