ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 3, 2, 2, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.010, 0.041, 0.071, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.011, 0.047, 0.083, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.047 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.007, 0.113, 0.220, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.113 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.014, 0.132, 0.249, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.132 std_dev=0.118
O2' A 0, 0.021, 0.185, 0.350, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.185 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.036, 0.216, 0.396, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.216 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.034, 0.231, 0.429, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.231 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.165, 0.413, 0.661, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.413 std_dev=0.248
C4 B 0, 0.137, 0.391, 0.645, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.391 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.229, 0.489, 0.749, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.489 std_dev=0.260
N4 B 0, 0.152, 0.413, 0.675, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.413 std_dev=0.261
C6 B 0, 0.193, 0.458, 0.724, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.458 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.090, 0.361, 0.631, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.361 std_dev=0.271
C5' A 0, 0.062, 0.337, 0.612, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.337 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.164, 0.458, 0.753, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.458 std_dev=0.294
C3' B 0, 0.223, 0.525, 0.827, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.525 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.126, 0.430, 0.734, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.430 std_dev=0.304
O3' B 0, 0.250, 0.557, 0.864, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.557 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.266, 0.575, 0.884, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.575 std_dev=0.309
O3' A 0, 0.064, 0.381, 0.697, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.381 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.118, 0.447, 0.777, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.447 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.201, 0.541, 0.881, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.541 std_dev=0.340
P A 0, 0.168, 0.516, 0.864, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.516 std_dev=0.348
OP2 A 0, 0.207, 0.597, 0.987, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.597 std_dev=0.390
O2 B 0, 0.119, 0.519, 0.919, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.519 std_dev=0.400
C4' B 0, 0.225, 0.644, 1.063, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.644 std_dev=0.419
OP1 A 0, 0.207, 0.639, 1.070, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.639 std_dev=0.431
O4' B 0, 0.202, 0.636, 1.070, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.636 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.148, 0.688, 1.229, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.688 std_dev=0.541
C5' B 0, 0.178, 0.727, 1.277, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.727 std_dev=0.550
O5' B 0, 0.113, 0.673, 1.233, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.673 std_dev=0.560
P B 0, 0.120, 0.769, 1.418, 2.886 max_d=2.886 avg_d=0.769 std_dev=0.649
OP1 B 0, 0.051, 0.978, 1.905, 4.128 max_d=4.128 avg_d=0.978 std_dev=0.927

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.14 0.06 0.14 0.01 0.18 0.30 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.11 0.14 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.11 0.06
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.12 0.10 0.12 0.12 0.09 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.13 0.12 0.11 0.08
C4 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.09 0.03 0.14 0.01 0.17 0.26 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.03 0.19 0.01 0.24 0.32 0.25
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.15 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.20 0.00 0.28 0.37 0.28
C8 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.17 0.01 0.20 0.23 0.20
N1 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.15 0.05 0.18 0.00 0.24 0.35 0.26
N2 0.03 0.00 0.14 0.12 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.06 0.13 0.01 0.17 0.30 0.21
N3 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.12 0.05 0.12 0.01 0.14 0.25 0.18
N7 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.03 0.21 0.01 0.27 0.31 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.01 0.13 0.20 0.15
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.13 0.20 0.15 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.09 0.09 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.02 0.13 0.03 0.15 0.12 0.15 0.17 0.12 0.14 0.06 0.03 0.00 0.02 0.09 0.18 0.19 0.15 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.11 0.08
O5' 0.05 0.14 0.05 0.07 0.14 0.02 0.19 0.01 0.20 0.17 0.18 0.13 0.12 0.21 0.12 0.06 0.09 0.03 0.00 0.23 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.05 0.23 0.00 0.33 0.40 0.31
OP1 0.06 0.18 0.08 0.12 0.17 0.05 0.24 0.05 0.28 0.20 0.24 0.17 0.14 0.27 0.13 0.09 0.19 0.05 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.30 0.11 0.11 0.26 0.05 0.32 0.01 0.37 0.23 0.35 0.30 0.25 0.31 0.20 0.09 0.15 0.11 0.02 0.40 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.22 0.06 0.08 0.19 0.02 0.25 0.01 0.28 0.20 0.26 0.21 0.18 0.26 0.15 0.05 0.12 0.08 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.13 0.12 0.25 0.12 0.29 0.15 0.24 0.13 0.18 0.28 0.17 0.23 0.14 0.11 0.22 0.29 0.30 0.26
C2 0.27 0.31 0.30 0.23 0.17 0.23 0.16 0.19 0.18 0.25 0.27 0.12 0.37 0.35 0.23 0.23 0.17 0.22 0.26 0.18
C2' 0.08 0.13 0.10 0.08 0.26 0.08 0.30 0.14 0.24 0.13 0.19 0.30 0.17 0.22 0.10 0.08 0.23 0.32 0.32 0.27
C3' 0.07 0.12 0.07 0.06 0.25 0.05 0.29 0.12 0.24 0.13 0.18 0.29 0.15 0.20 0.07 0.06 0.21 0.30 0.27 0.24
C4 0.15 0.15 0.22 0.17 0.12 0.15 0.19 0.16 0.12 0.10 0.11 0.19 0.23 0.27 0.19 0.13 0.20 0.29 0.31 0.25
C4' 0.09 0.13 0.08 0.07 0.22 0.06 0.26 0.09 0.23 0.13 0.18 0.25 0.15 0.20 0.10 0.07 0.17 0.22 0.22 0.19
C5 0.17 0.18 0.23 0.20 0.10 0.19 0.16 0.21 0.11 0.14 0.14 0.14 0.24 0.26 0.22 0.17 0.25 0.37 0.36 0.31
C5' 0.14 0.17 0.13 0.06 0.21 0.06 0.24 0.06 0.23 0.16 0.19 0.23 0.19 0.19 0.06 0.10 0.11 0.17 0.16 0.12
C6 0.23 0.26 0.28 0.24 0.16 0.23 0.13 0.23 0.16 0.22 0.23 0.12 0.30 0.30 0.25 0.22 0.25 0.35 0.35 0.29
C8 0.15 0.17 0.15 0.18 0.24 0.20 0.31 0.27 0.26 0.17 0.19 0.25 0.19 0.19 0.18 0.20 0.35 0.45 0.41 0.39
N1 0.28 0.31 0.30 0.25 0.21 0.24 0.17 0.22 0.20 0.26 0.30 0.16 0.36 0.34 0.25 0.24 0.21 0.27 0.29 0.23
N2 0.32 0.37 0.33 0.26 0.24 0.27 0.20 0.22 0.23 0.31 0.35 0.19 0.43 0.38 0.25 0.29 0.18 0.18 0.22 0.16
N3 0.21 0.22 0.25 0.19 0.11 0.18 0.16 0.15 0.14 0.17 0.15 0.17 0.30 0.31 0.20 0.17 0.15 0.22 0.26 0.18
N7 0.15 0.16 0.18 0.19 0.17 0.21 0.24 0.27 0.19 0.14 0.15 0.20 0.20 0.21 0.21 0.21 0.34 0.47 0.43 0.40
N9 0.10 0.13 0.15 0.14 0.22 0.14 0.28 0.18 0.21 0.11 0.15 0.25 0.18 0.22 0.16 0.12 0.24 0.34 0.34 0.29
O2' 0.13 0.15 0.13 0.09 0.27 0.10 0.30 0.12 0.24 0.15 0.20 0.31 0.19 0.25 0.11 0.12 0.20 0.27 0.31 0.24
O3' 0.07 0.12 0.07 0.07 0.24 0.06 0.29 0.11 0.24 0.12 0.18 0.29 0.15 0.21 0.07 0.07 0.20 0.28 0.25 0.22
O4' 0.07 0.12 0.10 0.12 0.22 0.11 0.26 0.14 0.23 0.12 0.17 0.25 0.14 0.22 0.15 0.08 0.20 0.25 0.26 0.22
O5' 0.14 0.16 0.14 0.07 0.21 0.06 0.26 0.09 0.25 0.17 0.18 0.22 0.16 0.16 0.01 0.10 0.14 0.23 0.16 0.15
O6 0.25 0.27 0.28 0.26 0.21 0.26 0.18 0.28 0.20 0.24 0.26 0.19 0.30 0.30 0.27 0.25 0.30 0.40 0.39 0.34
OP1 0.04 0.08 0.07 0.02 0.11 0.08 0.15 0.14 0.14 0.06 0.09 0.13 0.14 0.10 0.02 0.05 0.15 0.25 0.25 0.18
OP2 0.08 0.14 0.08 0.06 0.19 0.10 0.22 0.16 0.19 0.13 0.17 0.22 0.16 0.06 0.01 0.10 0.18 0.26 0.20 0.15
P 0.04 0.08 0.06 0.02 0.12 0.04 0.16 0.09 0.15 0.07 0.09 0.14 0.12 0.07 0.01 0.03 0.10 0.19 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.03 0.08 0.08 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.09 0.03 0.04 0.05 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.12 0.12 0.18 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.13 0.13 0.18 0.12
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.09 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.12 0.11 0.15 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.08 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.10 0.10 0.16 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.13 0.14 0.20 0.12
O2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.05 0.06 0.08 0.13 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.13 0.00 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.10 0.03 0.10 0.03 0.05 0.07 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.11 0.14 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.06 0.07 0.14 0.10
O5' 0.05 0.08 0.04 0.03 0.12 0.02 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.13 0.06 0.03 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.07 0.08 0.12 0.06 0.13 0.07 0.11 0.08 0.10 0.14 0.08 0.07 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.14 0.05 0.06 0.18 0.03 0.18 0.02 0.15 0.13 0.16 0.20 0.13 0.05 0.14 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.04 0.03 0.11 0.02 0.12 0.01 0.10 0.07 0.09 0.12 0.07 0.04 0.05 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00