ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 2, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.041, 0.064, 0.086, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.064 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.037, 0.062, 0.088, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.062 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.053, 0.084, 0.115, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.084 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.034, 0.066, 0.097, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.066 std_dev=0.032
N3 A 0, 0.064, 0.098, 0.132, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.098 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.047, 0.082, 0.118, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.082 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.055, 0.093, 0.131, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.093 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.062, 0.102, 0.142, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.102 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.050, 0.094, 0.137, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.094 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.085, 0.129, 0.174, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.129 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.075, 0.122, 0.169, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.122 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.155, 0.379, 0.602, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.379 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.326, 0.597, 0.868, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.597 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.360, 0.641, 0.921, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.641 std_dev=0.281
O4' A 0, 0.095, 0.388, 0.681, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.388 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.411, 0.705, 0.999, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.705 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.403, 0.698, 0.994, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.698 std_dev=0.296
O2 B 0, 0.400, 0.697, 0.993, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.697 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.257, 0.562, 0.868, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.562 std_dev=0.306
C4' B 0, 0.374, 0.683, 0.991, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.683 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.245, 0.553, 0.862, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.553 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.418, 0.744, 1.069, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.744 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.375, 0.704, 1.032, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.704 std_dev=0.328
C3' B 0, 0.184, 0.526, 0.869, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.526 std_dev=0.343
P A 0, 0.220, 0.566, 0.912, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.566 std_dev=0.346
O3' B 0, 0.189, 0.540, 0.891, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.540 std_dev=0.351
OP1 A 0, 0.250, 0.602, 0.953, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.602 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.230, 0.583, 0.936, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.583 std_dev=0.353
OP2 A 0, 0.280, 0.639, 0.998, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.639 std_dev=0.359
C5 B 0, 0.413, 0.781, 1.149, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.781 std_dev=0.368
O5' B 0, 0.852, 1.232, 1.612, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.232 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.389, 0.779, 1.169, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.779 std_dev=0.390
C5' B 0, 0.602, 1.039, 1.476, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.039 std_dev=0.437
C5' A 0, 0.187, 0.668, 1.149, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.668 std_dev=0.481
C4' A 0, 0.116, 0.604, 1.093, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.604 std_dev=0.488
N4 B 0, 0.379, 0.881, 1.382, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.881 std_dev=0.501
C3' A 0, 0.163, 0.728, 1.293, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.728 std_dev=0.565
OP2 B 0, 0.994, 1.709, 2.424, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.709 std_dev=0.715
O2' A 0, 0.230, 0.955, 1.681, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.955 std_dev=0.726
P B 0, 0.692, 1.460, 2.227, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.460 std_dev=0.768
O3' A 0, 0.332, 1.357, 2.381, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.357 std_dev=1.025
OP1 B 0, 2.043, 3.300, 4.558, 4.883 max_d=4.883 avg_d=3.300 std_dev=1.258

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.21 0.04 0.20 0.38 0.25
C2 0.05 0.00 0.17 0.16 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.45 0.18 0.16 0.01 0.16 0.27 0.17
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.23 0.08 0.15 0.12 0.22 0.18 0.12 0.04 0.00 0.07 0.02 0.49 0.09 0.52 0.67 0.55
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.24 0.00 0.36 0.02 0.35 0.42 0.26 0.12 0.12 0.45 0.25 0.02 0.01 0.01 0.09 0.40 0.15 0.11 0.10
C4 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.29 0.10 0.15 0.03 0.15 0.28 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.10 0.25 0.04 0.15 0.09 0.23 0.10 0.33 0.06 0.01 0.01 0.14 0.08 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.36 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.29 0.05 0.20 0.03 0.17 0.24 0.16
C5' 0.09 0.13 0.23 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.21 0.13 0.17 0.14 0.23 0.09 0.09 0.21 0.01 0.01 0.20 0.09 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.35 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.32 0.08 0.22 0.01 0.18 0.24 0.17
C8 0.01 0.01 0.15 0.42 0.01 0.25 0.01 0.21 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.39 0.33 0.10 0.20 0.05 0.15 0.28 0.15
N1 0.04 0.01 0.12 0.26 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.36 0.14 0.18 0.01 0.16 0.24 0.16
N2 0.06 0.00 0.22 0.12 0.01 0.15 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.57 0.23 0.17 0.03 0.17 0.27 0.19
N3 0.05 0.00 0.18 0.12 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.45 0.18 0.16 0.02 0.17 0.29 0.20
N7 0.01 0.01 0.12 0.45 0.01 0.23 0.00 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.38 0.07 0.27 0.05 0.19 0.24 0.18
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.24 0.20 0.01 0.13 0.04 0.16 0.32 0.19
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.24 0.33 0.37 0.09 0.38 0.39 0.29 0.21 0.18 0.44 0.24 0.00 0.12 0.25 0.36 0.44 0.39 0.74 0.46
O3' 0.34 0.45 0.07 0.01 0.29 0.06 0.29 0.21 0.32 0.33 0.36 0.57 0.45 0.38 0.20 0.12 0.00 0.26 0.27 0.36 0.44 0.33 0.31
O4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.14 0.23 0.18 0.07 0.01 0.25 0.26 0.00 0.09 0.07 0.07 0.23 0.14
O5' 0.21 0.16 0.49 0.09 0.15 0.01 0.20 0.01 0.22 0.20 0.18 0.17 0.16 0.27 0.13 0.36 0.27 0.09 0.00 0.28 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.09 0.40 0.03 0.14 0.03 0.20 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.44 0.36 0.07 0.28 0.00 0.22 0.25 0.21
OP1 0.20 0.16 0.52 0.15 0.15 0.08 0.17 0.09 0.18 0.15 0.16 0.17 0.17 0.19 0.16 0.39 0.44 0.07 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.27 0.67 0.11 0.28 0.07 0.24 0.02 0.24 0.28 0.24 0.27 0.29 0.24 0.32 0.74 0.33 0.23 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.17 0.55 0.10 0.17 0.03 0.16 0.02 0.17 0.15 0.16 0.19 0.20 0.18 0.19 0.46 0.31 0.14 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.13 0.24 0.21 0.19 0.19 0.23 0.47 0.24 0.15 0.19 0.26 0.24 0.52 0.21 0.08 0.14 0.54 0.93 0.32
C2 0.14 0.15 0.16 0.17 0.24 0.20 0.29 0.46 0.21 0.11 0.14 0.36 0.28 0.33 0.17 0.12 0.17 0.76 1.32 0.50
C2' 0.15 0.13 0.19 0.38 0.17 0.39 0.24 0.72 0.24 0.12 0.17 0.22 0.26 0.43 0.43 0.21 0.27 0.84 1.09 0.55
C3' 0.25 0.16 0.28 0.14 0.22 0.11 0.36 0.31 0.39 0.22 0.22 0.26 0.32 0.49 0.11 0.14 0.42 0.43 0.43 0.27
C4 0.13 0.12 0.20 0.18 0.18 0.24 0.25 0.52 0.21 0.10 0.14 0.24 0.26 0.38 0.17 0.13 0.15 0.66 1.20 0.45
C4' 0.23 0.30 0.23 0.14 0.25 0.11 0.24 0.26 0.28 0.20 0.34 0.29 0.46 0.48 0.13 0.14 0.28 0.38 0.49 0.16
C5 0.13 0.16 0.22 0.15 0.15 0.29 0.27 0.58 0.24 0.13 0.14 0.17 0.26 0.33 0.14 0.23 0.19 0.74 1.29 0.53
C5' 0.28 0.32 0.29 0.16 0.24 0.15 0.28 0.22 0.33 0.26 0.33 0.25 0.47 0.46 0.12 0.21 0.32 0.44 0.39 0.20
C6 0.12 0.16 0.20 0.14 0.15 0.28 0.28 0.54 0.23 0.12 0.16 0.17 0.25 0.28 0.14 0.24 0.21 0.82 1.40 0.60
C8 0.19 0.17 0.29 0.19 0.15 0.32 0.26 0.64 0.27 0.17 0.15 0.15 0.29 0.43 0.16 0.24 0.19 0.66 1.04 0.44
N1 0.10 0.15 0.16 0.15 0.18 0.23 0.28 0.48 0.21 0.10 0.13 0.26 0.27 0.29 0.14 0.17 0.19 0.83 1.39 0.57
N2 0.17 0.17 0.16 0.19 0.29 0.19 0.31 0.42 0.22 0.14 0.18 0.44 0.30 0.34 0.18 0.13 0.18 0.79 1.33 0.50
N3 0.16 0.13 0.18 0.19 0.24 0.20 0.26 0.47 0.20 0.11 0.16 0.34 0.27 0.38 0.19 0.10 0.15 0.67 1.22 0.44
N7 0.19 0.19 0.28 0.18 0.17 0.36 0.29 0.66 0.28 0.18 0.16 0.17 0.27 0.36 0.16 0.31 0.23 0.73 1.21 0.54
N9 0.17 0.12 0.24 0.19 0.16 0.24 0.24 0.54 0.24 0.13 0.15 0.21 0.25 0.45 0.18 0.12 0.15 0.61 1.05 0.40
O2' 0.25 0.17 0.29 0.25 0.25 0.26 0.27 0.69 0.22 0.14 0.21 0.36 0.32 0.68 0.24 0.11 0.29 0.95 1.30 0.68
O3' 0.20 0.42 0.20 0.17 0.40 0.13 0.31 0.32 0.30 0.21 0.52 0.49 0.61 0.46 0.20 0.13 0.48 0.43 0.48 0.35
O4' 0.22 0.26 0.22 0.21 0.28 0.15 0.25 0.34 0.25 0.17 0.34 0.34 0.36 0.51 0.21 0.13 0.20 0.39 0.71 0.20
O5' 0.27 0.19 0.34 0.07 0.16 0.05 0.32 0.23 0.38 0.23 0.18 0.14 0.35 0.45 0.01 0.13 0.38 0.45 0.37 0.23
O6 0.16 0.19 0.22 0.15 0.18 0.31 0.28 0.55 0.24 0.15 0.20 0.22 0.25 0.26 0.16 0.30 0.24 0.88 1.47 0.66
OP1 0.04 0.20 0.11 0.02 0.09 0.14 0.21 0.28 0.23 0.06 0.19 0.10 0.37 0.15 0.02 0.09 0.19 0.69 0.56 0.23
OP2 0.04 0.24 0.13 0.05 0.15 0.27 0.23 0.50 0.24 0.07 0.24 0.17 0.39 0.14 0.02 0.19 0.28 0.64 0.44 0.19
P 0.07 0.20 0.15 0.01 0.10 0.13 0.23 0.30 0.26 0.08 0.19 0.11 0.37 0.20 0.00 0.06 0.28 0.54 0.43 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.68 0.54 0.22
C2 0.01 0.00 0.16 0.21 0.03 0.09 0.03 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.23 0.04 0.19 0.82 0.88 0.26
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.12 0.05 0.30 0.00 0.02 0.01 0.24 0.50 0.33 0.21
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.08 0.00 0.15 0.02 0.19 0.05 0.19 0.08 0.36 0.01 0.01 0.01 0.34 0.39 0.23 0.24
C4 0.02 0.03 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03 0.31 0.93 1.05 0.28
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.08 0.06 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.30 0.26 0.10
C5 0.02 0.03 0.11 0.15 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.16 0.03 0.36 0.95 0.98 0.29
C5' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.07 0.15 0.12 0.18 0.05 0.04 0.02 0.01 0.14 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.19 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.20 0.04 0.32 0.91 0.82 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.20 0.81 0.76 0.24
N3 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.21 0.03 0.24 0.89 1.01 0.27
N4 0.03 0.03 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.09 0.03 0.33 0.95 1.12 0.29
O2 0.02 0.01 0.30 0.36 0.03 0.14 0.03 0.18 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.16 0.40 0.06 0.14 0.76 0.83 0.25
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.06 0.16 0.00 0.03 0.04 0.10 0.44 0.29 0.15
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.08 0.01 0.16 0.04 0.20 0.04 0.21 0.09 0.40 0.03 0.00 0.01 0.32 0.48 0.36 0.29
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.11 0.64 0.51 0.25
O5' 0.08 0.19 0.24 0.34 0.31 0.01 0.36 0.01 0.32 0.20 0.24 0.33 0.14 0.10 0.32 0.11 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.68 0.82 0.50 0.39 0.93 0.30 0.95 0.14 0.91 0.81 0.89 0.95 0.76 0.44 0.48 0.64 0.03 0.00 0.03 0.03
OP2 0.54 0.88 0.33 0.23 1.05 0.26 0.98 0.29 0.82 0.76 1.01 1.12 0.83 0.29 0.36 0.51 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.22 0.26 0.21 0.24 0.28 0.10 0.29 0.01 0.27 0.24 0.27 0.29 0.25 0.15 0.29 0.25 0.00 0.03 0.01 0.00