ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 5, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.022, 0.072, 0.122, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.072 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.039, 0.098, 0.157, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.098 std_dev=0.059
N1 B 0, 0.186, 0.300, 0.415, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.300 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.185, 0.302, 0.418, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.302 std_dev=0.116
C5 B 0, 0.109, 0.230, 0.351, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.230 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.110, 0.245, 0.380, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.245 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.158, 0.311, 0.464, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.311 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.272, 0.447, 0.622, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.447 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.286, 0.467, 0.647, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.467 std_dev=0.181
O2 B 0, 0.195, 0.413, 0.630, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.413 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.390, 0.638, 0.885, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.638 std_dev=0.248
N4 B 0, 0.495, 0.747, 0.999, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.747 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.533, 0.846, 1.159, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.846 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.544, 0.892, 1.239, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.892 std_dev=0.348
C2' B 0, 0.533, 0.893, 1.253, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.893 std_dev=0.360
O2' A 0, 0.783, 1.151, 1.518, 1.357 max_d=1.357 avg_d=1.151 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.692, 1.064, 1.436, 1.474 max_d=1.474 avg_d=1.064 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.701, 1.090, 1.478, 1.558 max_d=1.558 avg_d=1.090 std_dev=0.389
C3' A 0, 0.928, 1.359, 1.790, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.359 std_dev=0.431
O2' B 0, 0.922, 1.591, 2.259, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.591 std_dev=0.668
O3' B 0, 1.420, 2.143, 2.866, 2.818 max_d=2.818 avg_d=2.143 std_dev=0.723
C5' B 0, 1.623, 2.399, 3.175, 3.010 max_d=3.010 avg_d=2.399 std_dev=0.776
O5' A 0, 1.811, 2.660, 3.510, 3.112 max_d=3.112 avg_d=2.660 std_dev=0.849
O3' A 0, 1.909, 2.795, 3.680, 3.162 max_d=3.162 avg_d=2.795 std_dev=0.886
P A 0, 2.201, 3.227, 4.253, 3.735 max_d=3.735 avg_d=3.227 std_dev=1.026
OP1 A 0, 2.548, 3.735, 4.923, 4.287 max_d=4.287 avg_d=3.735 std_dev=1.187
OP2 A 0, 2.775, 4.073, 5.370, 4.813 max_d=4.813 avg_d=4.073 std_dev=1.297
O5' B 0, 3.201, 4.687, 6.174, 5.402 max_d=5.402 avg_d=4.687 std_dev=1.486
OP2 B 0, 4.703, 6.901, 9.099, 7.992 max_d=7.992 avg_d=6.901 std_dev=2.198
P B 0, 4.750, 6.956, 9.162, 8.000 max_d=8.000 avg_d=6.956 std_dev=2.206
OP1 B 0, 5.318, 7.789, 10.259, 8.994 max_d=8.994 avg_d=7.789 std_dev=2.471

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.06 0.17 0.01 0.18 0.25 0.18
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.09 0.06 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.15 0.01 0.19 0.21 0.16
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.17 0.01 0.24 0.26 0.20
C5' 0.02 0.08 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.11 0.07 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.18 0.00 0.25 0.29 0.22
C8 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.16 0.01 0.26 0.23 0.20
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.18 0.01 0.22 0.28 0.21
N2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.07 0.18 0.01 0.17 0.25 0.19
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.06 0.16 0.01 0.16 0.21 0.16
N7 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.17 0.01 0.29 0.27 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.12 0.01 0.19 0.17 0.14
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.06 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.09 0.06 0.06
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.15 0.12 0.06 0.04 0.04 0.00 0.05 0.07 0.04 0.16 0.11 0.10
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.04 0.05 0.00 0.08 0.02 0.10 0.08 0.07
O5' 0.06 0.17 0.05 0.04 0.15 0.01 0.17 0.01 0.18 0.16 0.18 0.18 0.16 0.17 0.12 0.05 0.07 0.08 0.00 0.20 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.20 0.00 0.28 0.31 0.24
OP1 0.11 0.18 0.09 0.11 0.19 0.06 0.24 0.07 0.25 0.26 0.22 0.17 0.16 0.29 0.19 0.09 0.16 0.10 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.25 0.06 0.07 0.21 0.02 0.26 0.04 0.29 0.23 0.28 0.25 0.21 0.27 0.17 0.06 0.11 0.08 0.02 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.05 0.06 0.16 0.02 0.20 0.01 0.22 0.20 0.21 0.19 0.16 0.23 0.14 0.06 0.10 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.09 0.23 0.14 0.15 0.13 0.13 0.21 0.10 0.07 0.14 0.19 0.09 0.44 0.20 0.12 0.36 0.48 0.41 0.47
C2 0.12 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.08 0.10 0.12 0.14 0.11 0.10 0.20 0.22 0.23 0.21
C2' 0.13 0.09 0.24 0.16 0.16 0.15 0.13 0.24 0.10 0.07 0.14 0.20 0.09 0.45 0.22 0.14 0.41 0.59 0.49 0.56
C3' 0.16 0.08 0.28 0.18 0.16 0.23 0.13 0.33 0.10 0.09 0.13 0.22 0.08 0.45 0.19 0.20 0.47 0.71 0.56 0.65
C4 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.14 0.13 0.07 0.13 0.13 0.13 0.32 0.14 0.08 0.26 0.33 0.31 0.33
C4' 0.19 0.08 0.33 0.22 0.15 0.23 0.14 0.29 0.09 0.10 0.11 0.21 0.09 0.46 0.22 0.21 0.37 0.60 0.39 0.49
C5 0.08 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.11 0.13 0.12 0.07 0.17 0.15 0.17 0.27 0.13 0.07 0.24 0.32 0.29 0.31
C5' 0.23 0.10 0.37 0.28 0.15 0.27 0.14 0.28 0.11 0.14 0.11 0.22 0.12 0.45 0.26 0.25 0.27 0.52 0.28 0.37
C6 0.09 0.14 0.09 0.10 0.09 0.08 0.12 0.11 0.11 0.08 0.16 0.11 0.20 0.19 0.11 0.07 0.21 0.27 0.25 0.25
C8 0.09 0.13 0.18 0.12 0.18 0.10 0.12 0.18 0.11 0.08 0.19 0.23 0.15 0.37 0.17 0.10 0.30 0.44 0.36 0.41
N1 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.10 0.11 0.18 0.13 0.10 0.09 0.19 0.22 0.22 0.21
N2 0.14 0.11 0.16 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.11 0.11 0.10 0.14 0.20 0.21 0.20 0.17
N3 0.12 0.07 0.11 0.10 0.08 0.10 0.12 0.13 0.14 0.09 0.08 0.09 0.09 0.27 0.13 0.10 0.24 0.27 0.28 0.28
N7 0.08 0.15 0.14 0.11 0.17 0.08 0.11 0.15 0.11 0.08 0.20 0.22 0.17 0.32 0.15 0.08 0.27 0.39 0.32 0.36
N9 0.10 0.11 0.18 0.12 0.15 0.10 0.12 0.17 0.11 0.07 0.16 0.18 0.12 0.39 0.17 0.10 0.31 0.42 0.36 0.40
O2' 0.14 0.09 0.25 0.20 0.15 0.13 0.13 0.17 0.10 0.08 0.13 0.19 0.09 0.47 0.30 0.11 0.36 0.53 0.47 0.52
O3' 0.21 0.14 0.30 0.23 0.17 0.32 0.13 0.43 0.11 0.14 0.16 0.23 0.16 0.45 0.20 0.27 0.60 0.82 0.72 0.80
O4' 0.16 0.08 0.30 0.18 0.15 0.17 0.14 0.21 0.09 0.09 0.12 0.19 0.08 0.45 0.20 0.16 0.32 0.46 0.32 0.40
O5' 0.26 0.21 0.37 0.27 0.27 0.26 0.25 0.28 0.24 0.23 0.24 0.32 0.21 0.46 0.26 0.25 0.26 0.57 0.33 0.40
O6 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.11 0.10 0.08 0.17 0.11 0.22 0.16 0.11 0.07 0.20 0.27 0.24 0.25
OP1 0.24 0.20 0.36 0.27 0.27 0.31 0.24 0.38 0.22 0.21 0.24 0.35 0.19 0.45 0.24 0.28 0.35 0.70 0.43 0.50
OP2 0.26 0.29 0.35 0.25 0.35 0.25 0.31 0.28 0.28 0.27 0.33 0.42 0.28 0.43 0.24 0.26 0.24 0.53 0.29 0.35
P 0.26 0.22 0.37 0.27 0.28 0.29 0.24 0.34 0.23 0.23 0.25 0.35 0.22 0.44 0.24 0.28 0.30 0.60 0.34 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.25 0.07 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.07 0.05 0.06 0.23 0.05 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.11 0.00 0.03 0.02 0.12 0.22 0.12 0.13
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.09 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02 0.12 0.24 0.13 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.10 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.08
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.06 0.05 0.20 0.30 0.20 0.23
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.04 0.04 0.08 0.10 0.09 0.04 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.06 0.20 0.29 0.17 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.09 0.24 0.08 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.06 0.22 0.07 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.02 0.14 0.25 0.16 0.17
O2 0.02 0.00 0.11 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.10 0.13 0.28 0.11 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.10 0.16 0.09 0.15 0.06 0.08 0.12 0.18 0.00 0.04 0.05 0.14 0.26 0.12 0.15
O3' 0.05 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.11 0.04 0.00 0.03 0.04 0.21 0.14 0.12
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.10 0.05 0.03 0.00 0.07 0.21 0.08 0.10
O5' 0.06 0.06 0.12 0.08 0.12 0.01 0.20 0.01 0.20 0.09 0.06 0.14 0.13 0.14 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.25 0.23 0.22 0.17 0.24 0.17 0.30 0.07 0.29 0.24 0.22 0.25 0.28 0.26 0.21 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.05 0.12 0.09 0.13 0.08 0.20 0.07 0.17 0.08 0.07 0.16 0.11 0.12 0.14 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.05 0.13 0.09 0.15 0.08 0.23 0.01 0.22 0.11 0.06 0.17 0.12 0.15 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00