ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51099

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C5' B 0, 0.000, 0.179, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C4' A 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
C5 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.000, 0.356, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.356 std_dev=0.356
N4 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C5' A 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C2 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
O3' A 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
N1 B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
P A 0, 0.000, 0.431, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.431 std_dev=0.431
O4' B 0, 0.000, 0.433, 0.866, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.433 std_dev=0.433
O2 B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C1' B 0, 0.000, 0.526, 1.051, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.526 std_dev=0.526
O3' B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O5' A 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
C2' B 0, 0.000, 0.580, 1.159, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.580 std_dev=0.580
OP1 A 0, 0.000, 0.646, 1.291, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.646 std_dev=0.646
P B 0, 0.000, 0.725, 1.451, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.725 std_dev=0.725
O5' B 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
O2' B 0, 0.000, 0.784, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.784 std_dev=0.784
OP2 A 0, 0.000, 0.827, 1.654, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.827 std_dev=0.827
OP1 B 0, 0.000, 0.870, 1.741, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.870 std_dev=0.870
OP2 B 0, 0.000, 0.952, 1.905, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.952 std_dev=0.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.31 0.21 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.04 0.15 0.02 0.24 0.34 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.27 0.19 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.03 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.21 0.17 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.19 0.00 0.22 0.32 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.27 0.15 0.04
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.23 0.01 0.16 0.36 0.01
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.16 0.14 0.00
C6 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.22 0.00 0.15 0.38 0.00
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.26 0.01 0.15 0.33 0.04
N1 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.19 0.02 0.19 0.37 0.00
N2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.05 0.12 0.03 0.25 0.33 0.00
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.04 0.14 0.01 0.26 0.31 0.02
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.26 0.01 0.11 0.37 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.20 0.01 0.23 0.29 0.05
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.30 0.17 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.12 0.01 0.08 0.05 0.11 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.18 0.13 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.03 0.32 0.18 0.08
O5' 0.14 0.15 0.08 0.06 0.19 0.01 0.23 0.00 0.22 0.26 0.19 0.12 0.14 0.26 0.20 0.02 0.03 0.13 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.23 0.00 0.10 0.41 0.02
OP1 0.31 0.24 0.27 0.21 0.22 0.27 0.16 0.16 0.15 0.15 0.19 0.25 0.26 0.11 0.23 0.30 0.18 0.32 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.34 0.19 0.17 0.32 0.15 0.36 0.14 0.38 0.33 0.37 0.33 0.31 0.37 0.29 0.17 0.13 0.18 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.14 0.22 0.10 0.11 0.10 0.17 0.00 0.21 0.20 0.09 0.05 0.11 0.26 0.08 0.16 0.24 0.18 0.39 0.15
C2 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.11 0.12 0.10 0.05 0.03 0.00 0.43 0.06 0.01 0.10
C2' 0.23 0.19 0.22 0.07 0.16 0.07 0.18 0.04 0.21 0.22 0.16 0.12 0.18 0.29 0.04 0.15 0.25 0.18 0.36 0.14
C3' 0.19 0.15 0.22 0.04 0.08 0.01 0.10 0.13 0.14 0.17 0.11 0.04 0.16 0.31 0.02 0.10 0.24 0.15 0.37 0.13
C4 0.08 0.01 0.11 0.06 0.02 0.03 0.08 0.04 0.11 0.07 0.05 0.08 0.03 0.14 0.07 0.05 0.37 0.13 0.12 0.00
C4' 0.19 0.12 0.21 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.13 0.15 0.08 0.02 0.14 0.31 0.00 0.10 0.19 0.14 0.46 0.17
C5 0.05 0.04 0.11 0.07 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.03 0.09 0.16 0.06 0.12 0.09 0.02 0.38 0.14 0.00 0.04
C5' 0.10 0.03 0.16 0.04 0.03 0.07 0.02 0.21 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.27 0.03 0.00 0.18 0.10 0.45 0.15
C6 0.00 0.09 0.07 0.05 0.13 0.02 0.04 0.08 0.01 0.02 0.14 0.21 0.10 0.08 0.08 0.02 0.42 0.09 0.15 0.13
C8 0.15 0.04 0.20 0.13 0.01 0.07 0.08 0.03 0.14 0.12 0.01 0.07 0.03 0.22 0.14 0.10 0.27 0.25 0.29 0.14
N1 0.02 0.10 0.04 0.02 0.12 0.03 0.02 0.07 0.00 0.04 0.15 0.20 0.12 0.05 0.04 0.03 0.44 0.05 0.12 0.14
N2 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.11 0.07 0.12 0.02 0.00 0.01 0.44 0.03 0.02 0.12
N3 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.09 0.05 0.10 0.05 0.06 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.39 0.09 0.10 0.03
N7 0.09 0.02 0.15 0.11 0.07 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05 0.07 0.14 0.02 0.17 0.14 0.04 0.32 0.22 0.07 0.04
N9 0.15 0.06 0.18 0.09 0.03 0.06 0.12 0.03 0.16 0.13 0.01 0.03 0.03 0.20 0.09 0.10 0.30 0.18 0.28 0.09
O2' 0.28 0.28 0.22 0.06 0.26 0.10 0.26 0.00 0.27 0.28 0.26 0.23 0.27 0.30 0.01 0.21 0.22 0.17 0.39 0.16
O3' 0.22 0.20 0.23 0.02 0.13 0.01 0.12 0.14 0.16 0.20 0.17 0.10 0.23 0.34 0.01 0.11 0.23 0.14 0.37 0.13
O4' 0.19 0.08 0.21 0.08 0.03 0.07 0.09 0.02 0.15 0.15 0.02 0.02 0.06 0.26 0.06 0.13 0.19 0.17 0.48 0.19
O5' 0.14 0.06 0.14 0.07 0.10 0.06 0.17 0.03 0.19 0.13 0.05 0.09 0.00 0.13 0.00 0.11 0.16 0.40 0.86 0.51
O6 0.03 0.11 0.05 0.05 0.15 0.04 0.08 0.09 0.03 0.05 0.15 0.23 0.11 0.06 0.08 0.05 0.42 0.08 0.29 0.18
OP1 0.41 0.41 0.44 0.15 0.30 0.11 0.26 0.08 0.28 0.37 0.37 0.28 0.47 0.60 0.00 0.25 0.11 0.03 0.54 0.27
OP2 0.16 0.26 0.04 0.20 0.38 0.29 0.40 0.47 0.34 0.26 0.32 0.42 0.18 0.15 0.00 0.27 0.23 0.16 0.14 0.07
P 0.11 0.05 0.16 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.03 0.06 0.02 0.03 0.07 0.26 0.00 0.02 0.06 0.11 0.55 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.20 0.18 0.31 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.37 0.19 0.17 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.54 0.21
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.57 0.30
C4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.50 0.23 0.06 0.24
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.30 0.09
C5 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.51 0.24 0.08 0.26
C5' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.09 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.09 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.44 0.22 0.07 0.17
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.35 0.19 0.20 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.44 0.21 0.06 0.18
N4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.54 0.24 0.16 0.30
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.31 0.18 0.23 0.06
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.56 0.22
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.28 0.22 0.69 0.43
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.19 0.29 0.18 0.07
O5' 0.20 0.37 0.04 0.08 0.50 0.01 0.51 0.00 0.44 0.35 0.44 0.54 0.31 0.05 0.28 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.18 0.19 0.01 0.09 0.23 0.17 0.24 0.24 0.22 0.19 0.21 0.24 0.18 0.01 0.22 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.17 0.54 0.57 0.06 0.30 0.08 0.09 0.07 0.20 0.06 0.16 0.23 0.56 0.69 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.21 0.30 0.24 0.09 0.26 0.00 0.17 0.08 0.18 0.30 0.06 0.22 0.43 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00