ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51100

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.227, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.000, 0.246, 0.492, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.000, 0.263, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C2' B 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O2 B 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
C2' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
N1 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C6 B 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
N3 B 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C3' B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C5 B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C4 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.000, 0.406, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O3' B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
N4 B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5' A 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O5' A 0, 0.000, 0.497, 0.995, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.497 std_dev=0.497
C4' A 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.000, 0.522, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.522 std_dev=0.522
P A 0, 0.000, 0.527, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.527 std_dev=0.527
OP2 A 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559
C3' A 0, 0.000, 0.681, 1.363, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.681 std_dev=0.681
OP2 B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
OP1 A 0, 0.000, 0.718, 1.435, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.718 std_dev=0.718
O2' A 0, 0.000, 0.768, 1.537, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.768 std_dev=0.768
O5' B 0, 0.000, 0.783, 1.565, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.783 std_dev=0.783
P B 0, 0.000, 0.836, 1.673, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.836 std_dev=0.836
OP1 B 0, 0.000, 0.932, 1.865, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.932 std_dev=0.932
O3' A 0, 0.000, 1.250, 2.499, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.250 std_dev=1.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.17 0.00 0.17 0.18 0.13
C2 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.38 0.07 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.01 0.08 0.05 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.01 0.43 0.42 0.38
C3' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.16 0.27 0.09 0.05 0.01 0.27 0.13 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.06 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.22 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.07 0.18 0.01 0.09 0.05 0.16 0.08 0.17 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.09 0.10
C5' 0.04 0.01 0.17 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.09 0.15 0.04 0.05 0.03 0.17 0.05 0.01 0.15 0.01 0.00 0.13 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.16 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.13 0.02 0.06 0.00 0.12 0.13 0.13
C8 0.00 0.00 0.08 0.27 0.00 0.18 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.11 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06
N1 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.27 0.05 0.01 0.00 0.07 0.10 0.09
N2 0.00 0.00 0.10 0.05 0.00 0.09 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.49 0.10 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.39 0.07 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.06 0.27 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.09 0.05 0.12 0.01 0.13 0.11 0.14
N9 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03
O2' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.16 0.17 0.25 0.01 0.24 0.29 0.17 0.01 0.06 0.31 0.18 0.00 0.03 0.12 0.31 0.29 0.41 0.52 0.37
O3' 0.25 0.38 0.00 0.00 0.22 0.00 0.08 0.15 0.13 0.11 0.27 0.49 0.39 0.09 0.11 0.03 0.00 0.18 0.20 0.06 0.23 0.19 0.21
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.10 0.07 0.05 0.01 0.12 0.18 0.00 0.09 0.00 0.04 0.06 0.03
O5' 0.17 0.05 0.36 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.01 0.08 0.08 0.12 0.05 0.31 0.20 0.09 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.06 0.00 0.10 0.00 0.17 0.19 0.18
OP1 0.17 0.00 0.43 0.06 0.01 0.03 0.08 0.02 0.12 0.04 0.07 0.03 0.05 0.13 0.05 0.41 0.23 0.04 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.03 0.42 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.10 0.02 0.02 0.11 0.07 0.52 0.19 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.03 0.38 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.13 0.06 0.09 0.01 0.01 0.14 0.03 0.37 0.21 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.02 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.10 0.08 0.11 0.11 0.01 0.00 0.20 0.19 0.10 0.16
C2 0.12 0.08 0.14 0.15 0.10 0.15 0.14 0.16 0.15 0.12 0.06 0.07 0.02 0.14 0.14 0.14 0.06 0.06 0.12 0.08
C2' 0.15 0.16 0.16 0.21 0.14 0.20 0.14 0.22 0.14 0.15 0.16 0.14 0.18 0.04 0.21 0.18 0.44 0.45 0.31 0.40
C3' 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.04 0.09 0.09 0.09 0.00 0.06 0.02 0.18 0.01 0.07 0.02 0.10 0.04 0.11 0.02
C4 0.08 0.03 0.12 0.12 0.02 0.11 0.05 0.12 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.15 0.13 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01
C4' 0.07 0.16 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.15 0.09 0.24 0.02 0.05 0.04 0.15 0.08 0.02 0.08
C5 0.09 0.05 0.15 0.17 0.05 0.15 0.04 0.17 0.08 0.04 0.11 0.10 0.09 0.17 0.18 0.11 0.00 0.02 0.07 0.03
C5' 0.07 0.14 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.13 0.07 0.22 0.05 0.04 0.04 0.16 0.08 0.03 0.08
C6 0.12 0.01 0.17 0.20 0.02 0.19 0.11 0.21 0.14 0.10 0.05 0.04 0.04 0.17 0.20 0.15 0.09 0.10 0.15 0.12
C8 0.00 0.14 0.08 0.09 0.14 0.07 0.07 0.07 0.03 0.06 0.18 0.16 0.17 0.15 0.14 0.02 0.17 0.13 0.07 0.13
N1 0.13 0.07 0.16 0.19 0.10 0.18 0.15 0.20 0.17 0.13 0.04 0.06 0.01 0.16 0.18 0.16 0.10 0.11 0.16 0.13
N2 0.13 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.17 0.16 0.17 0.14 0.11 0.12 0.07 0.13 0.12 0.14 0.08 0.07 0.14 0.10
N3 0.10 0.03 0.11 0.12 0.05 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.01 0.02 0.02 0.14 0.11 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02
N7 0.04 0.13 0.13 0.17 0.14 0.14 0.05 0.15 0.01 0.03 0.18 0.17 0.15 0.17 0.20 0.07 0.08 0.03 0.01 0.03
N9 0.02 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.10 0.13 0.14 0.09 0.03 0.15 0.12 0.05 0.11
O2' 0.05 0.13 0.06 0.15 0.23 0.11 0.22 0.19 0.17 0.13 0.19 0.27 0.08 0.15 0.13 0.09 0.47 0.52 0.45 0.48
O3' 0.11 0.31 0.06 0.09 0.21 0.07 0.08 0.16 0.05 0.16 0.33 0.24 0.44 0.05 0.18 0.03 0.06 0.10 0.15 0.05
O4' 0.03 0.15 0.00 0.03 0.11 0.02 0.05 0.03 0.02 0.07 0.16 0.13 0.21 0.09 0.08 0.01 0.15 0.10 0.03 0.10
O5' 0.11 0.19 0.11 0.04 0.10 0.02 0.03 0.03 0.02 0.11 0.17 0.10 0.26 0.08 0.01 0.06 0.20 0.10 0.01 0.10
O6 0.12 0.01 0.18 0.23 0.01 0.22 0.12 0.25 0.15 0.10 0.06 0.07 0.04 0.17 0.23 0.16 0.14 0.16 0.20 0.17
OP1 0.01 0.07 0.03 0.02 0.01 0.09 0.08 0.14 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01
OP2 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.12 0.07 0.02 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.03 0.16 0.08 0.06 0.06
P 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05 0.03 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.16 0.08 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.01 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.06 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.05 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
N4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.05 0.07
O2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04
O2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.10 0.07 0.00 0.08
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.17 0.12 0.00 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00
O5' 0.02 0.01 0.10 0.15 0.06 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.02 0.07 0.03 0.10 0.17 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.07 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.05 0.07 0.12 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.03 0.01 0.06 0.09 0.05 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.04 0.08 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00