ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 22, 49, 38, 17, 4, 2, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.017, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.021, 0.031, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.027, 0.038, 0.050, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.024, 0.040, 0.056, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.040 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.030, 0.049, 0.068, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.049 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.019, 0.043, 0.067, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.043 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.019, 0.043, 0.067, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.043 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.034, 0.060, 0.086, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.060 std_dev=0.026
O2' A 0, 0.183, 0.257, 0.330, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.257 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.118, 0.204, 0.291, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.038, 0.170, 0.302, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.170 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.299, 0.434, 0.569, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.434 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.293, 0.431, 0.570, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.431 std_dev=0.139
O2 B 0, 0.282, 0.429, 0.575, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.429 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.335, 0.494, 0.654, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.494 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.321, 0.494, 0.668, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.494 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.126, 0.307, 0.489, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.307 std_dev=0.182
O4 B 0, 0.365, 0.552, 0.738, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.552 std_dev=0.187
C4' A 0, 0.092, 0.282, 0.473, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.282 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.340, 0.536, 0.732, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.536 std_dev=0.196
C6 B 0, 0.335, 0.539, 0.743, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.539 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.357, 0.564, 0.771, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.564 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.359, 0.580, 0.801, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.580 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.382, 0.634, 0.886, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.634 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.161, 0.431, 0.702, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.431 std_dev=0.270
O4' B 0, 0.390, 0.676, 0.962, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.676 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.169, 0.458, 0.748, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.458 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.331, 0.624, 0.918, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.624 std_dev=0.293
C3' B 0, 0.364, 0.665, 0.966, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.665 std_dev=0.301
P B 0, 0.376, 0.702, 1.028, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.702 std_dev=0.326
C4' B 0, 0.411, 0.742, 1.074, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.742 std_dev=0.331
OP2 B 0, 0.328, 0.667, 1.006, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.667 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.413, 0.804, 1.195, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.804 std_dev=0.391
C5' B 0, 0.398, 0.821, 1.245, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.821 std_dev=0.423
OP1 B 0, 0.412, 0.855, 1.298, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.855 std_dev=0.443
O5' A 0, 0.201, 0.835, 1.469, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.835 std_dev=0.634
OP2 A 0, 0.430, 1.265, 2.099, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.265 std_dev=0.834
P A 0, 0.344, 1.237, 2.130, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.237 std_dev=0.893
OP1 A 0, 0.419, 1.483, 2.547, 4.161 max_d=4.161 avg_d=1.483 std_dev=1.064

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.24 0.02 0.24 0.17 0.21
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.18 0.04 0.24 0.02 0.18 0.16 0.20
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.12 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.19 0.29 0.16
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.09 0.10 0.13 0.18 0.14 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.32 0.08 0.34 0.44 0.37
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.28 0.01 0.23 0.18 0.24
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.05 0.12 0.11 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.32 0.01 0.26 0.22 0.28
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.11 0.09 0.12 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.13 0.19 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.32 0.01 0.24 0.21 0.27
C8 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.36 0.02 0.32 0.27 0.33
N1 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.03 0.28 0.01 0.21 0.18 0.24
N2 0.04 0.01 0.14 0.18 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.23 0.05 0.22 0.02 0.16 0.15 0.18
N3 0.03 0.01 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.04 0.23 0.02 0.18 0.15 0.19
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.36 0.02 0.32 0.28 0.33
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.30 0.02 0.26 0.20 0.26
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.13 0.05 0.21 0.28 0.16
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.11 0.11 0.15 0.23 0.16 0.10 0.05 0.04 0.00 0.02 0.63 0.10 0.70 0.73 0.70
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.40 0.03 0.42 0.30 0.37
O5' 0.24 0.24 0.11 0.32 0.28 0.02 0.32 0.01 0.32 0.36 0.28 0.22 0.23 0.36 0.30 0.13 0.63 0.40 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.03 0.33 0.00 0.26 0.24 0.29
OP1 0.24 0.18 0.19 0.34 0.23 0.12 0.26 0.19 0.24 0.32 0.21 0.16 0.18 0.32 0.26 0.21 0.70 0.42 0.02 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.16 0.29 0.44 0.18 0.11 0.22 0.09 0.21 0.27 0.18 0.15 0.15 0.28 0.20 0.28 0.73 0.30 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.20 0.16 0.37 0.24 0.03 0.28 0.01 0.27 0.33 0.24 0.18 0.19 0.33 0.26 0.16 0.70 0.37 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.12 0.20 0.21 0.12 0.16 0.11 0.16 0.11 0.12 0.12 0.14 0.22 0.25 0.15 0.15 0.23 0.20 0.22 0.15
C2 0.13 0.12 0.20 0.21 0.15 0.14 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.13 0.20 0.27 0.19 0.11 0.21 0.19 0.29 0.17
C2' 0.26 0.17 0.34 0.36 0.13 0.30 0.15 0.29 0.18 0.20 0.13 0.20 0.38 0.43 0.16 0.25 0.33 0.32 0.27 0.26
C3' 0.36 0.23 0.43 0.44 0.17 0.41 0.20 0.39 0.25 0.27 0.17 0.26 0.50 0.51 0.19 0.36 0.41 0.41 0.29 0.33
C4 0.13 0.11 0.20 0.21 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.20 0.26 0.16 0.12 0.22 0.19 0.26 0.16
C4' 0.27 0.16 0.28 0.28 0.14 0.29 0.15 0.27 0.18 0.20 0.14 0.20 0.34 0.31 0.18 0.28 0.30 0.29 0.21 0.22
C5 0.13 0.12 0.20 0.21 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12 0.12 0.12 0.14 0.19 0.26 0.16 0.12 0.21 0.19 0.28 0.17
C5' 0.32 0.17 0.29 0.27 0.17 0.33 0.18 0.31 0.21 0.22 0.15 0.20 0.39 0.30 0.21 0.34 0.30 0.31 0.21 0.23
C6 0.14 0.14 0.20 0.21 0.17 0.15 0.16 0.16 0.15 0.14 0.15 0.15 0.19 0.26 0.19 0.13 0.21 0.20 0.31 0.19
C8 0.13 0.11 0.20 0.21 0.12 0.14 0.11 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.20 0.25 0.15 0.12 0.22 0.19 0.24 0.15
N1 0.13 0.13 0.20 0.22 0.17 0.15 0.16 0.16 0.15 0.13 0.14 0.14 0.20 0.26 0.20 0.12 0.21 0.20 0.31 0.19
N2 0.12 0.12 0.20 0.21 0.16 0.14 0.16 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.20 0.27 0.20 0.11 0.21 0.20 0.30 0.17
N3 0.13 0.11 0.20 0.21 0.14 0.14 0.13 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.21 0.27 0.17 0.12 0.21 0.19 0.27 0.16
N7 0.13 0.12 0.20 0.21 0.12 0.14 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.14 0.19 0.25 0.14 0.12 0.21 0.18 0.26 0.16
N9 0.14 0.11 0.20 0.21 0.12 0.15 0.11 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.21 0.25 0.15 0.13 0.22 0.19 0.24 0.15
O2' 0.24 0.15 0.30 0.32 0.13 0.27 0.14 0.26 0.16 0.18 0.13 0.18 0.34 0.39 0.16 0.23 0.31 0.30 0.24 0.23
O3' 0.44 0.26 0.53 0.54 0.20 0.52 0.25 0.50 0.31 0.33 0.19 0.29 0.62 0.64 0.21 0.45 0.51 0.52 0.36 0.43
O4' 0.17 0.14 0.17 0.17 0.14 0.16 0.13 0.15 0.13 0.14 0.15 0.16 0.19 0.20 0.17 0.18 0.22 0.20 0.19 0.14
O5' 0.40 0.45 0.27 0.22 0.42 0.31 0.40 0.29 0.40 0.41 0.45 0.49 0.29 0.22 0.43 0.40 0.27 0.30 0.31 0.25
O6 0.15 0.16 0.20 0.22 0.19 0.17 0.19 0.18 0.17 0.16 0.17 0.16 0.19 0.26 0.21 0.16 0.21 0.23 0.33 0.21
OP1 0.61 0.55 0.49 0.41 0.44 0.53 0.45 0.48 0.50 0.55 0.49 0.61 0.58 0.37 0.42 0.61 0.41 0.42 0.43 0.41
OP2 0.66 0.59 0.53 0.41 0.45 0.52 0.46 0.47 0.52 0.59 0.50 0.67 0.61 0.33 0.41 0.63 0.40 0.38 0.40 0.38
P 0.54 0.53 0.38 0.29 0.43 0.42 0.42 0.38 0.45 0.51 0.48 0.60 0.45 0.26 0.42 0.53 0.32 0.34 0.35 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.06 0.28 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.04 0.15 0.10 0.26 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.14 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.12 0.19 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.07 0.10 0.02 0.01 0.10 0.01 0.17 0.17 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.03 0.25 0.15 0.22 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.21 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.03 0.27 0.15 0.22 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.10 0.02 0.01 0.10 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.02 0.04 0.23 0.12 0.24 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.15 0.09 0.26 0.10
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.20 0.12 0.24 0.12
O2 0.04 0.01 0.14 0.10 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.14 0.02 0.06 0.12 0.10 0.27 0.11
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.15 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.14 0.20 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.04 0.13 0.05 0.09 0.14 0.04 0.00 0.13 0.02 0.17 0.25 0.16 0.16
O4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.13 0.00 0.03 0.27 0.16 0.21 0.16
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.07 0.32 0.14
O5' 0.07 0.15 0.11 0.17 0.25 0.02 0.27 0.01 0.23 0.15 0.20 0.12 0.06 0.17 0.27 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.10 0.12 0.17 0.15 0.09 0.15 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.14 0.25 0.16 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.26 0.19 0.14 0.22 0.21 0.22 0.18 0.24 0.26 0.24 0.27 0.20 0.16 0.21 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.06 0.10 0.14 0.05 0.14 0.02 0.11 0.10 0.12 0.11 0.06 0.16 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00