ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 4, 7, 16, 15, 22, 23, 23, 19, 9, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.021, 0.030, 0.040, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.035 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.024, 0.037, 0.051, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.037 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.029, 0.045, 0.061, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.045 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.031, 0.049, 0.066, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.035, 0.054, 0.073, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.054 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.056, 0.081, 0.106, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.081 std_dev=0.025
C4 B 0, 0.514, 0.751, 0.987, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.751 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.506, 0.765, 1.025, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.765 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.522, 0.782, 1.041, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.782 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.447, 0.710, 0.973, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.710 std_dev=0.263
C5 B 0, 0.470, 0.736, 1.002, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.736 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.431, 0.715, 0.999, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.715 std_dev=0.284
N9 B 0, 0.534, 0.823, 1.112, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.823 std_dev=0.289
O4' A 0, 2.139, 2.450, 2.761, 2.688 max_d=2.688 avg_d=2.450 std_dev=0.311
N2 B 0, 0.553, 0.878, 1.203, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.878 std_dev=0.325
C8 B 0, 0.520, 0.853, 1.186, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.853 std_dev=0.333
C2' A 0, 2.276, 2.617, 2.958, 2.794 max_d=2.794 avg_d=2.617 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.470, 0.820, 1.169, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.820 std_dev=0.350
C1' B 0, 0.558, 0.929, 1.300, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.929 std_dev=0.371
O6 B 0, 0.399, 0.772, 1.145, 2.499 max_d=2.499 avg_d=0.772 std_dev=0.373
C4' A 0, 2.642, 3.017, 3.391, 3.443 max_d=3.443 avg_d=3.017 std_dev=0.375
C3' A 0, 3.126, 3.640, 4.154, 3.974 max_d=3.974 avg_d=3.640 std_dev=0.514
O2' A 0, 3.166, 3.681, 4.197, 4.478 max_d=4.478 avg_d=3.681 std_dev=0.515
C2' B 0, 1.514, 2.147, 2.779, 3.571 max_d=3.571 avg_d=2.147 std_dev=0.632
O4' B 0, 1.198, 1.834, 2.471, 2.820 max_d=2.820 avg_d=1.834 std_dev=0.636
C5' A 0, 5.122, 5.849, 6.577, 6.427 max_d=6.427 avg_d=5.849 std_dev=0.727
O2' B 0, 1.593, 2.378, 3.163, 4.251 max_d=4.251 avg_d=2.378 std_dev=0.785
O3' A 0, 4.071, 4.944, 5.817, 5.637 max_d=5.637 avg_d=4.944 std_dev=0.873
C3' B 0, 1.837, 2.786, 3.735, 4.034 max_d=4.034 avg_d=2.786 std_dev=0.949
O5' A 0, 6.221, 7.217, 8.213, 7.870 max_d=7.870 avg_d=7.217 std_dev=0.996
C4' B 0, 1.712, 2.708, 3.705, 4.141 max_d=4.141 avg_d=2.708 std_dev=0.997
O3' B 0, 2.103, 3.276, 4.448, 4.842 max_d=4.842 avg_d=3.276 std_dev=1.173
P A 0, 8.677, 10.076, 11.475, 10.709 max_d=10.709 avg_d=10.076 std_dev=1.399
C5' B 0, 2.516, 3.956, 5.396, 5.864 max_d=5.864 avg_d=3.956 std_dev=1.440
O5' B 0, 2.873, 4.322, 5.771, 6.320 max_d=6.320 avg_d=4.322 std_dev=1.449
OP2 A 0, 9.208, 10.786, 12.364, 11.736 max_d=11.736 avg_d=10.786 std_dev=1.578
OP1 A 0, 9.850, 11.447, 13.045, 12.560 max_d=12.560 avg_d=11.447 std_dev=1.598
P B 0, 3.438, 5.173, 6.908, 8.591 max_d=8.591 avg_d=5.173 std_dev=1.735
OP1 B 0, 4.041, 5.829, 7.617, 10.347 max_d=10.347 avg_d=5.829 std_dev=1.788
OP2 B 0, 3.490, 5.336, 7.183, 9.630 max_d=9.630 avg_d=5.336 std_dev=1.847

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.18 0.02 0.37 0.40 0.17
C2 0.04 0.00 0.28 0.29 0.02 0.21 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.22 0.20 0.55 0.01 0.68 1.00 0.61
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.09 0.14 0.11 0.22 0.33 0.27 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.25 0.12 0.37 0.36 0.24
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.22 0.01 0.26 0.03 0.29 0.21 0.30 0.30 0.25 0.25 0.16 0.02 0.01 0.02 0.23 0.30 0.44 0.26 0.21
C4 0.02 0.02 0.14 0.22 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.10 0.41 0.02 0.54 0.80 0.38
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.14 0.19 0.17 0.26 0.20 0.18 0.08 0.18 0.03 0.00 0.02 0.15 0.19 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.05 0.49 0.01 0.64 0.98 0.49
C5' 0.05 0.39 0.09 0.03 0.23 0.01 0.26 0.00 0.29 0.32 0.34 0.48 0.34 0.33 0.17 0.11 0.11 0.02 0.01 0.31 0.21 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.29 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.08 0.52 0.01 0.68 1.08 0.54
C8 0.01 0.02 0.11 0.21 0.01 0.19 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.12 0.55 0.02 0.71 0.89 0.54
N1 0.04 0.01 0.22 0.30 0.02 0.17 0.01 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.22 0.15 0.53 0.01 0.68 1.07 0.57
N2 0.05 0.01 0.33 0.30 0.02 0.26 0.02 0.48 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.28 0.26 0.24 0.65 0.02 0.81 1.13 0.77
N3 0.04 0.01 0.27 0.25 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.20 0.20 0.49 0.01 0.59 0.84 0.51
N7 0.01 0.02 0.07 0.25 0.01 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.07 0.58 0.02 0.75 1.07 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.35 0.02 0.51 0.65 0.32
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.12 0.18 0.17 0.11 0.17 0.23 0.17 0.28 0.20 0.23 0.11 0.00 0.05 0.13 0.13 0.19 0.29 0.31 0.16
O3' 0.15 0.22 0.03 0.01 0.14 0.03 0.18 0.11 0.21 0.15 0.22 0.26 0.20 0.19 0.09 0.05 0.00 0.09 0.24 0.24 0.67 0.44 0.30
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.12 0.15 0.24 0.20 0.07 0.02 0.13 0.09 0.00 0.14 0.06 0.44 0.33 0.19
O5' 0.18 0.55 0.25 0.23 0.41 0.02 0.49 0.01 0.52 0.55 0.53 0.65 0.49 0.58 0.35 0.13 0.24 0.14 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.30 0.02 0.15 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.24 0.06 0.56 0.00 0.73 1.19 0.60
OP1 0.37 0.68 0.37 0.44 0.54 0.19 0.64 0.21 0.68 0.71 0.68 0.81 0.59 0.75 0.51 0.29 0.67 0.44 0.02 0.73 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.00 0.36 0.26 0.80 0.24 0.98 0.30 1.08 0.89 1.07 1.13 0.84 1.07 0.65 0.31 0.44 0.33 0.02 1.19 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.61 0.24 0.21 0.38 0.06 0.49 0.02 0.54 0.54 0.57 0.77 0.51 0.60 0.32 0.16 0.30 0.19 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.46 0.46 0.16 0.54 0.21 0.73 0.26 0.18 0.22 0.16 0.14 0.22 0.15 0.50 0.98 0.54 0.71 0.33 1.21 1.00 0.87
C2 0.17 0.15 0.38 0.36 0.17 0.37 0.23 0.56 0.26 0.23 0.18 0.21 0.15 0.28 0.17 0.37 0.60 0.43 0.76 0.36 1.31 1.16 0.95
C2' 0.18 0.18 0.55 0.50 0.17 0.46 0.22 0.66 0.25 0.21 0.22 0.21 0.17 0.24 0.18 0.61 0.98 0.42 0.75 0.32 1.34 1.13 1.00
C3' 0.34 0.30 0.57 0.59 0.31 0.61 0.34 0.83 0.35 0.35 0.32 0.32 0.29 0.37 0.33 0.53 1.06 0.60 0.90 0.39 1.48 1.23 1.14
C4 0.16 0.14 0.42 0.38 0.16 0.43 0.22 0.62 0.27 0.20 0.21 0.16 0.14 0.24 0.16 0.42 0.77 0.47 0.71 0.35 1.22 1.03 0.87
C4' 0.38 0.27 0.56 0.66 0.28 0.72 0.26 0.90 0.27 0.29 0.26 0.31 0.30 0.27 0.31 0.57 1.21 0.68 0.85 0.29 1.37 1.09 1.03
C5 0.16 0.13 0.41 0.36 0.16 0.39 0.22 0.58 0.27 0.20 0.21 0.18 0.14 0.24 0.16 0.39 0.71 0.44 0.70 0.35 1.19 1.01 0.85
C5' 0.60 0.46 0.74 0.90 0.48 0.92 0.43 1.06 0.39 0.48 0.41 0.51 0.51 0.43 0.52 0.75 1.45 0.85 0.99 0.38 1.48 1.16 1.15
C6 0.17 0.15 0.37 0.35 0.17 0.33 0.23 0.52 0.27 0.22 0.18 0.23 0.15 0.27 0.17 0.34 0.56 0.40 0.74 0.37 1.25 1.09 0.91
C8 0.18 0.16 0.45 0.43 0.16 0.50 0.21 0.68 0.26 0.18 0.24 0.17 0.14 0.21 0.16 0.47 0.93 0.51 0.68 0.32 1.15 0.93 0.83
N1 0.17 0.16 0.36 0.36 0.17 0.33 0.24 0.52 0.26 0.23 0.18 0.23 0.16 0.28 0.18 0.35 0.53 0.39 0.77 0.37 1.32 1.17 0.96
N2 0.17 0.16 0.37 0.37 0.17 0.36 0.24 0.55 0.26 0.24 0.18 0.22 0.16 0.29 0.18 0.36 0.56 0.42 0.79 0.36 1.36 1.22 1.00
N3 0.16 0.14 0.41 0.37 0.16 0.42 0.23 0.61 0.27 0.21 0.20 0.18 0.14 0.26 0.16 0.40 0.72 0.46 0.74 0.36 1.26 1.10 0.91
N7 0.17 0.14 0.43 0.39 0.16 0.43 0.21 0.61 0.26 0.18 0.23 0.17 0.13 0.22 0.15 0.42 0.81 0.47 0.67 0.32 1.13 0.92 0.80
N9 0.17 0.15 0.45 0.42 0.16 0.49 0.21 0.68 0.26 0.18 0.22 0.15 0.14 0.22 0.16 0.46 0.90 0.51 0.70 0.33 1.19 0.98 0.85
O2' 0.37 0.36 0.70 0.64 0.37 0.54 0.38 0.69 0.39 0.39 0.37 0.36 0.36 0.40 0.37 0.82 1.11 0.47 0.74 0.44 1.31 1.14 0.99
O3' 0.37 0.30 0.61 0.64 0.32 0.63 0.34 0.86 0.34 0.37 0.30 0.33 0.30 0.38 0.35 0.57 1.08 0.59 0.97 0.37 1.59 1.33 1.24
O4' 0.29 0.20 0.48 0.55 0.20 0.67 0.21 0.84 0.25 0.20 0.23 0.22 0.21 0.21 0.22 0.51 1.12 0.65 0.75 0.31 1.22 0.96 0.88
O5' 0.81 0.69 0.78 0.95 0.72 1.08 0.68 1.23 0.64 0.73 0.64 0.72 0.73 0.69 0.75 0.77 1.46 1.07 1.17 0.62 1.55 1.30 1.30
O6 0.17 0.17 0.34 0.36 0.17 0.29 0.24 0.47 0.27 0.23 0.17 0.27 0.16 0.28 0.18 0.31 0.46 0.36 0.75 0.38 1.26 1.11 0.93
OP1 1.15 0.94 1.21 1.18 1.01 1.20 0.96 1.33 0.89 1.05 0.87 0.93 1.02 0.99 1.07 1.30 1.50 1.25 1.39 0.86 1.73 1.62 1.55
OP2 1.53 1.51 1.47 1.76 1.49 1.80 1.44 1.89 1.41 1.46 1.43 1.55 1.54 1.43 1.50 1.42 2.28 1.72 1.83 1.36 2.15 1.83 1.92
P 1.03 0.83 1.04 1.17 0.90 1.23 0.84 1.34 0.76 0.92 0.75 0.84 0.91 0.86 0.95 1.09 1.63 1.21 1.32 0.73 1.68 1.44 1.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.26 0.03 0.42 0.27 0.27
C2 0.05 0.00 0.37 0.31 0.02 0.29 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.38 0.59 0.36 0.66 0.01 0.99 0.84 0.76
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.21 0.16 0.20 0.28 0.45 0.36 0.12 0.03 0.01 0.05 0.03 0.47 0.12 0.62 0.60 0.50
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.23 0.01 0.33 0.02 0.33 0.47 0.29 0.38 0.28 0.46 0.24 0.02 0.02 0.02 0.21 0.38 0.60 0.26 0.30
C4 0.02 0.02 0.19 0.23 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.30 0.19 0.54 0.01 0.83 0.66 0.62
C4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.14 0.28 0.21 0.38 0.27 0.24 0.10 0.31 0.04 0.01 0.02 0.15 0.29 0.16 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.16 0.09 0.65 0.01 1.06 0.89 0.81
C5' 0.08 0.49 0.21 0.02 0.25 0.01 0.26 0.00 0.31 0.36 0.41 0.61 0.44 0.34 0.16 0.13 0.23 0.02 0.01 0.32 0.24 0.27 0.03
C6 0.03 0.01 0.16 0.33 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.22 0.16 0.70 0.01 1.17 1.01 0.88
C8 0.01 0.02 0.20 0.47 0.01 0.28 0.01 0.36 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.46 0.32 0.19 0.64 0.02 0.99 0.78 0.78
N1 0.04 0.01 0.28 0.29 0.02 0.21 0.01 0.41 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.42 0.28 0.69 0.01 1.11 0.96 0.84
N2 0.06 0.01 0.45 0.38 0.02 0.38 0.02 0.61 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.48 0.77 0.43 0.72 0.02 1.07 0.91 0.83
N3 0.04 0.01 0.36 0.28 0.01 0.27 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.36 0.58 0.35 0.57 0.01 0.82 0.67 0.63
N7 0.01 0.02 0.12 0.46 0.01 0.24 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.45 0.28 0.10 0.71 0.02 1.18 0.98 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.15 0.02 0.45 0.02 0.70 0.51 0.52
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.24 0.31 0.32 0.13 0.32 0.46 0.32 0.48 0.36 0.45 0.23 0.00 0.08 0.22 0.40 0.36 0.67 0.70 0.50
O3' 0.34 0.59 0.05 0.02 0.30 0.04 0.16 0.23 0.22 0.32 0.42 0.77 0.58 0.28 0.15 0.08 0.00 0.22 0.27 0.18 0.83 0.38 0.46
O4' 0.01 0.36 0.03 0.02 0.19 0.01 0.09 0.02 0.16 0.19 0.28 0.43 0.35 0.10 0.02 0.22 0.22 0.00 0.21 0.12 0.33 0.25 0.23
O5' 0.26 0.66 0.47 0.21 0.54 0.02 0.65 0.01 0.70 0.64 0.69 0.72 0.57 0.71 0.45 0.40 0.27 0.21 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.12 0.38 0.01 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.36 0.18 0.12 0.75 0.00 1.31 1.14 0.99
OP1 0.42 0.99 0.62 0.60 0.83 0.29 1.06 0.24 1.17 0.99 1.11 1.07 0.82 1.18 0.70 0.67 0.83 0.33 0.02 1.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.84 0.60 0.26 0.66 0.16 0.89 0.27 1.01 0.78 0.96 0.91 0.67 0.98 0.51 0.70 0.38 0.25 0.02 1.14 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.76 0.50 0.30 0.62 0.07 0.81 0.03 0.88 0.78 0.84 0.83 0.63 0.91 0.52 0.50 0.46 0.23 0.01 0.99 0.01 0.01 0.00