ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51106

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 19, 17, 17, 14, 5, 12, 9, 8, 6, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O4' A 0, -0.046, 0.168, 0.381, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.168 std_dev=0.214
C2' A 0, -0.016, 0.210, 0.436, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.210 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.129, 0.384, 0.639, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.384 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.078, 0.337, 0.596, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.337 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.145, 0.407, 0.669, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.407 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.071, 0.359, 0.646, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.359 std_dev=0.288
C5 B 0, 0.140, 0.444, 0.747, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.444 std_dev=0.304
C4' A 0, -0.042, 0.274, 0.590, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.274 std_dev=0.316
N2 B 0, 0.094, 0.412, 0.731, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.412 std_dev=0.319
O2' A 0, -0.032, 0.300, 0.632, 2.625 max_d=2.625 avg_d=0.300 std_dev=0.332
C3' A 0, -0.021, 0.324, 0.669, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.324 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.080, 0.425, 0.770, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.425 std_dev=0.345
N9 B 0, 0.148, 0.501, 0.854, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.501 std_dev=0.353
C1' B 0, 0.199, 0.610, 1.021, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.610 std_dev=0.411
N7 B 0, 0.146, 0.559, 0.972, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.559 std_dev=0.413
C8 B 0, 0.161, 0.576, 0.991, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.576 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.037, 0.493, 0.949, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.493 std_dev=0.456
C5' A 0, -0.010, 0.456, 0.923, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.456 std_dev=0.467
O6 B 0, 0.023, 0.518, 1.012, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.518 std_dev=0.494
O3' A 0, -0.010, 0.489, 0.989, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.489 std_dev=0.499
P A 0, 0.031, 0.635, 1.238, 2.928 max_d=2.928 avg_d=0.635 std_dev=0.604
O4' B 0, 0.126, 0.776, 1.425, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.776 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.187, 0.892, 1.596, 2.942 max_d=2.942 avg_d=0.892 std_dev=0.705
O2' B 0, 0.311, 1.020, 1.730, 3.519 max_d=3.519 avg_d=1.020 std_dev=0.710
OP1 A 0, 0.058, 0.975, 1.892, 3.859 max_d=3.859 avg_d=0.975 std_dev=0.917
OP2 A 0, -0.038, 0.892, 1.822, 4.970 max_d=4.970 avg_d=0.892 std_dev=0.930
C4' B 0, 0.082, 1.033, 1.984, 4.810 max_d=4.810 avg_d=1.033 std_dev=0.951
C3' B 0, 0.156, 1.108, 2.060, 4.498 max_d=4.498 avg_d=1.108 std_dev=0.952
O3' B 0, 0.138, 1.293, 2.449, 4.839 max_d=4.839 avg_d=1.293 std_dev=1.156
C5' B 0, -0.038, 1.197, 2.433, 6.342 max_d=6.342 avg_d=1.197 std_dev=1.235
O5' B 0, 0.088, 1.894, 3.700, 8.132 max_d=8.132 avg_d=1.894 std_dev=1.806
OP2 B 0, 0.185, 2.449, 4.713, 8.680 max_d=8.680 avg_d=2.449 std_dev=2.264
P B 0, 0.143, 2.528, 4.914, 9.974 max_d=9.974 avg_d=2.528 std_dev=2.385
OP1 B 0, 0.305, 3.181, 6.057, 11.585 max_d=11.585 avg_d=3.181 std_dev=2.876

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.17 0.02 0.27 0.26 0.18
C2 0.03 0.00 0.18 0.20 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.23 0.06 0.24 0.01 0.40 0.46 0.26
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.08 0.08 0.08 0.14 0.22 0.18 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.20 0.07 0.24 0.29 0.23
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.15 0.01 0.16 0.02 0.18 0.15 0.20 0.22 0.18 0.16 0.10 0.02 0.01 0.01 0.08 0.19 0.16 0.27 0.11
C4 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.24 0.01 0.40 0.47 0.25
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.13 0.03 0.01 0.02 0.08 0.11 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.02 0.26 0.01 0.46 0.60 0.29
C5' 0.05 0.11 0.08 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.16 0.13 0.11 0.10 0.18 0.11 0.07 0.08 0.02 0.01 0.17 0.14 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.03 0.27 0.00 0.48 0.64 0.30
C8 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.15 0.06 0.26 0.02 0.44 0.56 0.29
N1 0.03 0.00 0.14 0.20 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.04 0.26 0.01 0.45 0.56 0.28
N2 0.03 0.01 0.22 0.22 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.28 0.07 0.23 0.02 0.39 0.42 0.25
N3 0.03 0.01 0.18 0.18 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.21 0.06 0.22 0.01 0.37 0.40 0.24
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.17 0.04 0.28 0.02 0.49 0.68 0.32
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.22 0.01 0.36 0.41 0.24
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.13 0.12 0.07 0.12 0.13 0.13 0.18 0.13 0.14 0.07 0.00 0.05 0.08 0.13 0.14 0.18 0.31 0.17
O3' 0.07 0.23 0.03 0.01 0.14 0.03 0.16 0.08 0.19 0.15 0.22 0.28 0.21 0.17 0.09 0.05 0.00 0.05 0.18 0.20 0.33 0.46 0.23
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00 0.17 0.03 0.26 0.22 0.18
O5' 0.17 0.24 0.20 0.08 0.24 0.02 0.26 0.01 0.27 0.26 0.26 0.23 0.22 0.28 0.22 0.13 0.18 0.17 0.00 0.27 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.20 0.03 0.27 0.00 0.50 0.72 0.32
OP1 0.27 0.40 0.24 0.16 0.40 0.11 0.46 0.14 0.48 0.44 0.45 0.39 0.37 0.49 0.36 0.18 0.33 0.26 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.46 0.29 0.27 0.47 0.17 0.60 0.22 0.64 0.56 0.56 0.42 0.40 0.68 0.41 0.31 0.46 0.22 0.02 0.72 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.23 0.11 0.25 0.03 0.29 0.02 0.30 0.29 0.28 0.25 0.24 0.32 0.24 0.17 0.23 0.18 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.42 0.31 0.15 0.30 0.21 0.33 0.27 0.17 0.24 0.15 0.14 0.22 0.14 0.47 0.62 0.33 0.46 0.33 0.67 0.56 0.53
C2 0.11 0.11 0.31 0.26 0.12 0.23 0.18 0.27 0.22 0.17 0.15 0.17 0.11 0.21 0.12 0.34 0.41 0.29 0.43 0.30 0.75 0.76 0.54
C2' 0.19 0.18 0.52 0.40 0.17 0.25 0.22 0.28 0.27 0.19 0.24 0.18 0.16 0.22 0.17 0.56 0.60 0.26 0.39 0.34 0.71 0.57 0.48
C3' 0.24 0.21 0.52 0.42 0.21 0.32 0.23 0.35 0.28 0.22 0.26 0.22 0.20 0.24 0.21 0.58 0.68 0.34 0.38 0.34 0.71 0.55 0.45
C4 0.11 0.12 0.36 0.27 0.13 0.25 0.20 0.29 0.25 0.16 0.20 0.12 0.11 0.21 0.12 0.38 0.51 0.31 0.41 0.33 0.67 0.64 0.49
C4' 0.19 0.19 0.48 0.34 0.18 0.30 0.21 0.33 0.26 0.19 0.25 0.19 0.17 0.21 0.17 0.57 0.69 0.32 0.38 0.32 0.61 0.48 0.44
C5 0.11 0.12 0.34 0.27 0.13 0.24 0.20 0.27 0.25 0.16 0.21 0.13 0.10 0.21 0.12 0.36 0.48 0.29 0.39 0.33 0.67 0.64 0.47
C5' 0.29 0.28 0.55 0.40 0.27 0.34 0.29 0.36 0.32 0.28 0.32 0.29 0.27 0.29 0.28 0.66 0.75 0.35 0.37 0.36 0.56 0.46 0.41
C6 0.10 0.12 0.30 0.26 0.12 0.21 0.18 0.24 0.23 0.16 0.17 0.19 0.11 0.21 0.12 0.33 0.40 0.28 0.40 0.33 0.74 0.73 0.51
C8 0.14 0.18 0.42 0.30 0.16 0.28 0.22 0.30 0.28 0.17 0.26 0.17 0.14 0.22 0.15 0.46 0.60 0.31 0.40 0.33 0.62 0.52 0.45
N1 0.11 0.13 0.29 0.27 0.12 0.21 0.18 0.25 0.21 0.17 0.15 0.20 0.12 0.21 0.12 0.34 0.37 0.28 0.42 0.30 0.78 0.79 0.54
N2 0.11 0.12 0.30 0.27 0.12 0.22 0.18 0.27 0.20 0.18 0.14 0.18 0.12 0.22 0.13 0.35 0.38 0.29 0.45 0.29 0.78 0.81 0.57
N3 0.11 0.11 0.34 0.27 0.12 0.25 0.19 0.29 0.23 0.16 0.18 0.13 0.10 0.21 0.12 0.36 0.47 0.31 0.43 0.32 0.70 0.69 0.52
N7 0.13 0.16 0.39 0.28 0.15 0.25 0.21 0.27 0.28 0.17 0.26 0.14 0.12 0.22 0.14 0.40 0.54 0.30 0.37 0.33 0.62 0.56 0.43
N9 0.13 0.16 0.40 0.29 0.15 0.28 0.21 0.31 0.27 0.17 0.24 0.14 0.13 0.22 0.14 0.44 0.58 0.32 0.43 0.33 0.65 0.57 0.49
O2' 0.25 0.25 0.58 0.47 0.26 0.31 0.30 0.33 0.34 0.28 0.31 0.24 0.24 0.31 0.26 0.60 0.63 0.29 0.47 0.41 0.75 0.60 0.56
O3' 0.32 0.25 0.59 0.51 0.26 0.38 0.27 0.40 0.30 0.28 0.28 0.26 0.26 0.28 0.28 0.65 0.73 0.37 0.40 0.36 0.78 0.59 0.49
O4' 0.17 0.19 0.42 0.31 0.17 0.34 0.22 0.37 0.27 0.18 0.26 0.19 0.16 0.22 0.16 0.51 0.69 0.36 0.48 0.34 0.65 0.52 0.54
O5' 0.32 0.37 0.55 0.44 0.32 0.42 0.35 0.43 0.39 0.31 0.41 0.40 0.32 0.33 0.31 0.63 0.78 0.41 0.45 0.43 0.61 0.49 0.48
O6 0.11 0.15 0.28 0.27 0.12 0.18 0.18 0.22 0.23 0.17 0.16 0.24 0.13 0.21 0.12 0.33 0.35 0.26 0.40 0.33 0.80 0.78 0.54
OP1 0.61 0.64 0.80 0.59 0.63 0.57 0.64 0.61 0.66 0.63 0.66 0.66 0.62 0.64 0.62 0.90 0.73 0.60 0.58 0.68 0.60 0.67 0.58
OP2 0.90 0.93 0.93 1.07 0.90 1.04 0.87 1.03 0.86 0.86 0.89 0.98 0.93 0.85 0.89 0.97 1.47 1.00 1.11 0.84 1.21 1.04 1.11
P 0.40 0.44 0.61 0.52 0.40 0.49 0.41 0.50 0.44 0.39 0.46 0.47 0.40 0.40 0.39 0.72 0.87 0.48 0.54 0.47 0.66 0.54 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.31 0.02 0.61 0.39 0.41
C2 0.03 0.00 0.26 0.19 0.01 0.18 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.42 0.26 0.36 0.01 0.68 0.63 0.45
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.01 0.07 0.18 0.12 0.14 0.20 0.32 0.26 0.09 0.02 0.00 0.04 0.02 0.51 0.10 0.94 0.58 0.68
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.18 0.01 0.25 0.02 0.25 0.30 0.22 0.21 0.17 0.31 0.17 0.02 0.01 0.02 0.44 0.28 0.80 0.39 0.57
C4 0.01 0.01 0.14 0.18 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.24 0.13 0.42 0.01 0.79 0.68 0.55
C4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.20 0.13 0.24 0.17 0.17 0.07 0.25 0.02 0.01 0.02 0.10 0.25 0.16 0.08
C5 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.12 0.06 0.56 0.01 0.99 0.91 0.74
C5' 0.06 0.22 0.18 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.16 0.27 0.18 0.28 0.20 0.25 0.11 0.08 0.20 0.02 0.02 0.19 0.21 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.17 0.11 0.53 0.00 0.99 0.94 0.72
C8 0.02 0.01 0.14 0.30 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.36 0.16 0.15 0.75 0.02 1.12 0.96 0.91
N1 0.03 0.00 0.20 0.22 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.31 0.20 0.43 0.01 0.83 0.79 0.57
N2 0.04 0.00 0.32 0.21 0.01 0.24 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.53 0.31 0.36 0.02 0.62 0.56 0.41
N3 0.03 0.01 0.26 0.17 0.00 0.17 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.42 0.25 0.33 0.01 0.63 0.54 0.40
N7 0.01 0.01 0.09 0.31 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.14 0.09 0.74 0.02 1.19 1.09 0.95
N9 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.49 0.01 0.82 0.65 0.60
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.18 0.25 0.26 0.08 0.25 0.36 0.24 0.37 0.27 0.36 0.18 0.00 0.06 0.17 0.56 0.29 1.09 0.70 0.78
O3' 0.29 0.42 0.04 0.01 0.24 0.02 0.12 0.20 0.17 0.16 0.31 0.53 0.42 0.14 0.13 0.06 0.00 0.19 0.41 0.13 0.87 0.49 0.60
O4' 0.00 0.26 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.15 0.20 0.31 0.25 0.09 0.01 0.17 0.19 0.00 0.16 0.08 0.29 0.23 0.17
O5' 0.31 0.36 0.51 0.44 0.42 0.02 0.56 0.02 0.53 0.75 0.43 0.36 0.33 0.74 0.49 0.56 0.41 0.16 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.29 0.13 0.08 0.59 0.00 1.10 1.07 0.82
OP1 0.61 0.68 0.94 0.80 0.79 0.25 0.99 0.21 0.99 1.12 0.83 0.62 0.63 1.19 0.82 1.09 0.87 0.29 0.02 1.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.63 0.58 0.39 0.68 0.16 0.91 0.35 0.94 0.96 0.79 0.56 0.54 1.09 0.65 0.70 0.49 0.23 0.02 1.07 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.45 0.68 0.57 0.55 0.08 0.74 0.02 0.72 0.91 0.57 0.41 0.40 0.95 0.60 0.78 0.60 0.17 0.01 0.82 0.01 0.01 0.00