ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 6, 12, 9, 13, 14, 6, 7, 7, 2, 0, 4, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.032, 0.042, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.054, 0.069, 0.084, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.069 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.042, 0.058, 0.073, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.058 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.039, 0.056, 0.072, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.059, 0.076, 0.093, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.076 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.069, 0.090, 0.111, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.090 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.077, 0.102, 0.128, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.102 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.093, 0.125, 0.157, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.125 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.081, 0.114, 0.147, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.114 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.046, 0.079, 0.113, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.079 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.136, 0.177, 0.219, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.177 std_dev=0.042
N1 B 0, 0.201, 0.481, 0.761, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.481 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.202, 0.494, 0.785, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.494 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.236, 0.557, 0.877, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.557 std_dev=0.320
N2 B 0, 0.273, 0.598, 0.924, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.598 std_dev=0.326
C6 B 0, 0.306, 0.645, 0.983, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.645 std_dev=0.338
C4 B 0, 0.303, 0.651, 0.999, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.651 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.359, 0.744, 1.128, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.744 std_dev=0.385
O6 B 0, 0.327, 0.744, 1.161, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.744 std_dev=0.417
N9 B 0, 0.357, 0.786, 1.214, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.786 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.321, 0.790, 1.259, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.790 std_dev=0.469
C8 B 0, 0.436, 0.966, 1.495, 2.902 max_d=2.902 avg_d=0.966 std_dev=0.529
N7 B 0, 0.434, 0.966, 1.499, 3.190 max_d=3.190 avg_d=0.966 std_dev=0.532
O4' B 0, 0.515, 1.172, 1.829, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.172 std_dev=0.657
C4' A 0, 1.815, 2.475, 3.135, 3.234 max_d=3.234 avg_d=2.475 std_dev=0.660
O4' A 0, 1.147, 1.871, 2.595, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.871 std_dev=0.724
C2' B 0, 0.644, 1.497, 2.351, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.497 std_dev=0.853
C2' A 0, 1.204, 2.081, 2.958, 2.859 max_d=2.859 avg_d=2.081 std_dev=0.877
C3' B 0, 0.782, 1.713, 2.645, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.713 std_dev=0.931
C3' A 0, 1.776, 2.708, 3.640, 3.857 max_d=3.857 avg_d=2.708 std_dev=0.932
C4' B 0, 0.673, 1.647, 2.622, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.647 std_dev=0.975
O3' B 0, 0.889, 1.986, 3.084, 4.937 max_d=4.937 avg_d=1.986 std_dev=1.097
O2' B 0, 0.621, 1.805, 2.990, 4.413 max_d=4.413 avg_d=1.805 std_dev=1.184
O3' A 0, 1.915, 3.152, 4.389, 4.776 max_d=4.776 avg_d=3.152 std_dev=1.237
O2' A 0, 2.039, 3.312, 4.586, 4.737 max_d=4.737 avg_d=3.312 std_dev=1.273
C5' B 0, 0.779, 2.287, 3.794, 5.076 max_d=5.076 avg_d=2.287 std_dev=1.507
C5' A 0, 2.902, 4.606, 6.310, 6.279 max_d=6.279 avg_d=4.606 std_dev=1.704
O5' B 0, 1.041, 2.769, 4.497, 6.311 max_d=6.311 avg_d=2.769 std_dev=1.728
P B 0, 1.069, 3.239, 5.409, 7.846 max_d=7.846 avg_d=3.239 std_dev=2.170
OP2 B 0, 1.204, 3.443, 5.681, 8.731 max_d=8.731 avg_d=3.443 std_dev=2.238
OP1 B 0, 1.073, 3.582, 6.091, 8.549 max_d=8.549 avg_d=3.582 std_dev=2.509
O5' A 0, 1.878, 4.861, 7.844, 7.904 max_d=7.904 avg_d=4.861 std_dev=2.983
P A 0, 2.413, 6.798, 11.184, 10.942 max_d=10.942 avg_d=6.798 std_dev=4.385
OP1 A 0, 2.784, 7.657, 12.530, 12.376 max_d=12.376 avg_d=7.657 std_dev=4.873
OP2 A 0, 2.376, 7.292, 12.207, 12.495 max_d=12.495 avg_d=7.292 std_dev=4.915

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.30 0.03 0.65 0.31 0.28
C2 0.06 0.00 0.35 0.65 0.01 0.91 0.02 1.59 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.67 0.42 0.69 1.50 0.02 1.56 2.54 1.91
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.03 0.09 0.20 0.15 0.19 0.27 0.43 0.34 0.12 0.04 0.00 0.03 0.02 0.50 0.12 0.83 0.35 0.55
C3' 0.02 0.65 0.01 0.00 0.45 0.01 0.43 0.02 0.52 0.29 0.61 0.71 0.60 0.34 0.25 0.02 0.01 0.02 0.38 0.51 0.58 0.21 0.35
C4 0.03 0.01 0.17 0.45 0.00 0.45 0.01 0.69 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.24 0.35 0.55 0.02 0.65 1.05 0.59
C4' 0.01 0.91 0.03 0.01 0.45 0.00 0.24 0.01 0.41 0.40 0.70 1.12 0.88 0.25 0.09 0.30 0.03 0.00 0.04 0.32 0.24 0.26 0.05
C5 0.02 0.02 0.09 0.43 0.01 0.24 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.25 0.12 0.49 0.02 0.90 0.84 0.42
C5' 0.09 1.59 0.20 0.02 0.69 0.01 0.37 0.00 0.67 0.71 1.22 2.04 1.45 0.48 0.15 0.12 0.21 0.02 0.02 0.51 0.26 0.41 0.03
C6 0.03 0.01 0.15 0.52 0.01 0.41 0.01 0.67 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.42 0.33 0.25 0.54 0.01 0.75 1.19 0.57
C8 0.02 0.02 0.19 0.29 0.01 0.40 0.01 0.71 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.16 0.41 1.27 0.03 1.81 1.26 1.37
N1 0.05 0.01 0.27 0.61 0.02 0.70 0.01 1.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.56 0.40 0.50 1.04 0.02 1.08 2.00 1.34
N2 0.08 0.01 0.43 0.71 0.02 1.12 0.02 2.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.81 0.49 0.84 2.09 0.04 2.38 3.50 2.75
N3 0.06 0.01 0.34 0.60 0.01 0.88 0.01 1.45 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.62 0.36 0.71 1.35 0.02 1.29 2.11 1.61
N7 0.02 0.02 0.12 0.34 0.01 0.25 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.21 0.25 1.09 0.04 1.71 1.21 1.21
N9 0.01 0.02 0.04 0.25 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.10 0.03 0.49 0.03 0.91 0.52 0.45
O2' 0.02 0.67 0.00 0.02 0.38 0.30 0.33 0.12 0.42 0.32 0.56 0.81 0.62 0.31 0.19 0.00 0.06 0.21 0.25 0.40 0.58 0.27 0.34
O3' 0.27 0.42 0.03 0.01 0.24 0.03 0.25 0.21 0.33 0.16 0.40 0.49 0.36 0.21 0.10 0.06 0.00 0.21 0.31 0.36 0.64 0.39 0.37
O4' 0.01 0.69 0.02 0.02 0.35 0.00 0.12 0.02 0.25 0.41 0.50 0.84 0.71 0.25 0.03 0.21 0.21 0.00 0.25 0.16 0.42 0.35 0.20
O5' 0.30 1.50 0.50 0.38 0.55 0.04 0.49 0.02 0.54 1.27 1.04 2.09 1.35 1.09 0.49 0.25 0.31 0.25 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.51 0.02 0.32 0.02 0.51 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.40 0.36 0.16 0.52 0.00 0.90 1.08 0.48
OP1 0.65 1.56 0.83 0.58 0.65 0.24 0.90 0.26 0.75 1.81 1.08 2.38 1.29 1.71 0.91 0.58 0.64 0.42 0.02 0.90 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 2.54 0.35 0.21 1.05 0.26 0.84 0.41 1.19 1.26 2.00 3.50 2.11 1.21 0.52 0.27 0.39 0.35 0.02 1.08 0.02 0.00 0.01
P 0.28 1.91 0.55 0.35 0.59 0.05 0.42 0.03 0.57 1.37 1.34 2.75 1.61 1.21 0.45 0.34 0.37 0.20 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.18 0.72 0.50 0.18 0.46 0.23 0.64 0.29 0.20 0.25 0.19 0.17 0.25 0.17 0.74 0.66 0.51 0.44 0.36 0.55 0.69 0.47
C2 0.15 0.15 0.52 0.45 0.15 0.31 0.22 0.45 0.25 0.22 0.17 0.22 0.14 0.27 0.16 0.44 0.41 0.43 0.55 0.35 0.65 0.87 0.62
C2' 0.51 0.43 1.03 0.77 0.42 0.46 0.38 0.54 0.37 0.40 0.38 0.47 0.46 0.38 0.44 1.05 0.72 0.38 0.57 0.39 0.61 0.89 0.63
C3' 0.38 0.37 0.61 0.54 0.39 0.65 0.46 0.79 0.50 0.43 0.46 0.32 0.35 0.48 0.39 0.60 0.86 0.65 0.62 0.58 0.78 0.88 0.66
C4 0.15 0.14 0.60 0.45 0.15 0.37 0.22 0.52 0.27 0.20 0.21 0.17 0.13 0.25 0.15 0.54 0.51 0.47 0.47 0.36 0.55 0.75 0.51
C4' 0.58 0.34 0.59 0.65 0.37 0.96 0.26 1.07 0.26 0.34 0.24 0.42 0.45 0.26 0.43 0.73 1.10 0.96 0.74 0.37 0.94 0.80 0.76
C5 0.14 0.14 0.57 0.46 0.15 0.33 0.22 0.47 0.27 0.20 0.20 0.19 0.13 0.24 0.15 0.49 0.47 0.45 0.49 0.35 0.58 0.78 0.54
C5' 1.21 0.77 1.14 1.28 0.82 1.58 0.54 1.62 0.39 0.74 0.45 0.93 0.98 0.53 0.93 1.38 1.78 1.52 1.23 0.43 1.43 1.06 1.20
C6 0.15 0.15 0.50 0.47 0.16 0.27 0.22 0.39 0.25 0.21 0.17 0.24 0.14 0.26 0.16 0.40 0.39 0.40 0.57 0.35 0.67 0.89 0.65
C8 0.17 0.19 0.69 0.49 0.18 0.43 0.23 0.58 0.29 0.19 0.27 0.19 0.16 0.24 0.17 0.67 0.62 0.50 0.44 0.35 0.55 0.70 0.48
N1 0.16 0.16 0.48 0.46 0.16 0.27 0.22 0.40 0.24 0.23 0.16 0.24 0.15 0.27 0.17 0.39 0.38 0.39 0.59 0.34 0.71 0.93 0.69
N2 0.16 0.16 0.49 0.45 0.16 0.30 0.22 0.45 0.24 0.23 0.16 0.24 0.15 0.28 0.17 0.42 0.39 0.42 0.58 0.33 0.69 0.92 0.66
N3 0.15 0.14 0.57 0.44 0.15 0.36 0.22 0.51 0.26 0.21 0.19 0.19 0.14 0.26 0.16 0.51 0.48 0.46 0.49 0.36 0.58 0.79 0.54
N7 0.16 0.17 0.63 0.48 0.17 0.37 0.23 0.51 0.29 0.19 0.26 0.17 0.15 0.24 0.16 0.56 0.54 0.47 0.46 0.35 0.55 0.72 0.50
N9 0.16 0.16 0.66 0.47 0.17 0.43 0.23 0.59 0.28 0.19 0.24 0.17 0.15 0.24 0.16 0.65 0.60 0.51 0.44 0.36 0.54 0.70 0.47
O2' 0.71 0.59 1.28 0.97 0.59 0.57 0.54 0.56 0.53 0.57 0.53 0.64 0.64 0.54 0.62 1.34 0.87 0.44 0.66 0.56 0.64 0.99 0.71
O3' 0.46 0.41 0.71 0.59 0.44 0.61 0.48 0.73 0.50 0.48 0.46 0.38 0.41 0.50 0.45 0.69 0.85 0.59 0.63 0.55 0.77 0.96 0.71
O4' 0.61 0.41 0.55 0.57 0.44 0.97 0.33 1.11 0.30 0.41 0.30 0.48 0.51 0.34 0.49 0.67 0.96 1.04 0.76 0.36 0.91 0.75 0.77
O5' 2.00 1.50 1.77 2.00 1.56 2.37 1.22 2.38 0.96 1.47 1.09 1.66 1.75 1.20 1.70 2.05 2.50 2.34 1.96 0.70 2.14 1.59 1.87
O6 0.17 0.18 0.47 0.50 0.17 0.24 0.23 0.34 0.25 0.23 0.17 0.26 0.16 0.26 0.18 0.36 0.36 0.36 0.64 0.34 0.76 0.96 0.74
OP1 3.22 2.52 3.21 3.32 2.62 3.53 2.16 3.46 1.79 2.51 1.96 2.70 2.85 2.13 2.81 3.57 3.80 3.40 3.07 1.38 3.20 2.61 2.95
OP2 2.77 2.00 2.64 2.88 2.13 3.16 1.66 3.06 1.32 2.01 1.45 2.17 2.38 1.64 2.33 3.07 3.52 3.04 2.58 1.10 2.77 2.05 2.43
P 2.69 1.95 2.57 2.76 2.06 3.07 1.58 3.01 1.19 1.94 1.36 2.14 2.31 1.55 2.26 2.95 3.32 2.98 2.55 0.79 2.72 2.04 2.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.27 0.03 0.46 0.25 0.29
C2 0.05 0.00 0.49 0.38 0.01 0.28 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.41 0.39 0.44 0.47 0.02 0.56 0.59 0.47
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.26 0.03 0.14 0.19 0.23 0.22 0.39 0.58 0.47 0.11 0.04 0.01 0.03 0.02 0.46 0.18 0.84 0.62 0.58
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.33 0.01 0.41 0.02 0.43 0.39 0.41 0.39 0.33 0.44 0.27 0.03 0.01 0.02 0.19 0.46 0.62 0.21 0.29
C4 0.02 0.01 0.26 0.33 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.21 0.23 0.49 0.02 0.57 0.57 0.51
C4' 0.02 0.28 0.03 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.32 0.19 0.38 0.27 0.26 0.11 0.35 0.03 0.01 0.02 0.11 0.27 0.21 0.09
C5 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.12 0.65 0.01 0.75 0.84 0.74
C5' 0.07 0.43 0.19 0.02 0.18 0.01 0.16 0.00 0.19 0.39 0.31 0.57 0.40 0.34 0.11 0.16 0.21 0.02 0.01 0.19 0.25 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.43 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.24 0.20 0.64 0.01 0.76 0.89 0.74
C8 0.02 0.02 0.22 0.39 0.01 0.32 0.01 0.39 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.54 0.22 0.23 0.81 0.03 0.85 0.88 0.89
N1 0.04 0.01 0.39 0.41 0.01 0.19 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.31 0.35 0.54 0.01 0.63 0.74 0.59
N2 0.07 0.01 0.58 0.39 0.02 0.38 0.02 0.57 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.59 0.50 0.52 0.49 0.03 0.59 0.61 0.49
N3 0.05 0.01 0.47 0.33 0.01 0.27 0.01 0.40 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.40 0.38 0.42 0.42 0.02 0.53 0.48 0.41
N7 0.02 0.02 0.11 0.44 0.01 0.26 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.25 0.12 0.84 0.03 0.95 1.06 0.98
N9 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.11 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.50 0.03 0.57 0.51 0.52
O2' 0.03 0.41 0.01 0.03 0.17 0.35 0.27 0.16 0.24 0.54 0.27 0.59 0.40 0.49 0.23 0.00 0.06 0.24 0.33 0.30 0.77 0.67 0.51
O3' 0.33 0.39 0.03 0.01 0.21 0.03 0.19 0.21 0.24 0.22 0.31 0.50 0.38 0.25 0.12 0.06 0.00 0.22 0.22 0.26 0.51 0.25 0.26
O4' 0.01 0.44 0.02 0.02 0.23 0.01 0.12 0.02 0.20 0.23 0.35 0.52 0.42 0.12 0.02 0.24 0.22 0.00 0.24 0.16 0.32 0.26 0.28
O5' 0.27 0.47 0.46 0.19 0.49 0.02 0.65 0.01 0.64 0.81 0.54 0.49 0.42 0.84 0.50 0.33 0.22 0.24 0.00 0.72 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.46 0.02 0.11 0.01 0.19 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.30 0.26 0.16 0.72 0.00 0.88 1.05 0.88
OP1 0.46 0.56 0.84 0.62 0.57 0.27 0.75 0.25 0.76 0.85 0.63 0.59 0.53 0.95 0.57 0.77 0.51 0.32 0.03 0.88 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.59 0.62 0.21 0.57 0.21 0.84 0.31 0.89 0.88 0.74 0.61 0.48 1.06 0.51 0.67 0.25 0.26 0.03 1.05 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.47 0.58 0.29 0.51 0.09 0.74 0.02 0.74 0.89 0.59 0.49 0.41 0.98 0.52 0.51 0.26 0.28 0.01 0.88 0.01 0.01 0.00