ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 5, 7, 3, 3, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.005, 0.027, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.012, 0.036, 0.059, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.015, 0.040, 0.066, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.014, 0.049, 0.083, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.400, 0.621, 0.843, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.621 std_dev=0.222
C2 B 0, 0.377, 0.610, 0.843, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.610 std_dev=0.233
C6 B 0, 0.439, 0.673, 0.907, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.673 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.359, 0.607, 0.854, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.607 std_dev=0.247
N2 B 0, 0.568, 0.825, 1.082, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.825 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.433, 0.691, 0.949, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.691 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.282, 0.559, 0.836, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.559 std_dev=0.277
O6 B 0, 0.546, 0.826, 1.105, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.826 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.413, 0.759, 1.106, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.759 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.492, 0.901, 1.309, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.901 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.508, 0.937, 1.365, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.937 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.680, 1.118, 1.555, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.118 std_dev=0.438
C1' B 0, 0.327, 0.803, 1.278, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.803 std_dev=0.476
O4' B 0, 0.776, 1.345, 1.914, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.345 std_dev=0.569
O2' B 0, 0.866, 1.464, 2.063, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.464 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.985, 1.772, 2.559, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.772 std_dev=0.787
C3' B 0, 0.859, 1.693, 2.527, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.693 std_dev=0.834
O4' A 0, 0.379, 1.306, 2.233, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.306 std_dev=0.927
C5' B 0, 1.142, 2.135, 3.128, 4.033 max_d=4.033 avg_d=2.135 std_dev=0.993
C2' A 0, 0.355, 1.386, 2.417, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.386 std_dev=1.031
O3' B 0, 1.280, 2.312, 3.343, 4.095 max_d=4.095 avg_d=2.312 std_dev=1.032
O2' A 0, 0.446, 1.673, 2.900, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.673 std_dev=1.227
C4' A 0, 0.615, 1.926, 3.238, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.926 std_dev=1.311
O5' B 0, 2.303, 3.830, 5.358, 6.312 max_d=6.312 avg_d=3.830 std_dev=1.528
C3' A 0, 0.644, 2.181, 3.717, 4.328 max_d=4.328 avg_d=2.181 std_dev=1.537
O3' A 0, 1.016, 3.115, 5.213, 6.065 max_d=6.065 avg_d=3.115 std_dev=2.099
P B 0, 2.314, 4.436, 6.558, 7.768 max_d=7.768 avg_d=4.436 std_dev=2.122
OP2 B 0, 2.306, 4.718, 7.129, 8.321 max_d=8.321 avg_d=4.718 std_dev=2.412
OP1 B 0, 2.255, 4.685, 7.114, 8.421 max_d=8.421 avg_d=4.685 std_dev=2.430
C5' A 0, 0.794, 3.251, 5.709, 6.651 max_d=6.651 avg_d=3.251 std_dev=2.457
O5' A 0, 0.523, 3.628, 6.732, 8.079 max_d=8.079 avg_d=3.628 std_dev=3.105
P A 0, 0.362, 4.804, 9.247, 10.984 max_d=10.984 avg_d=4.804 std_dev=4.443
OP2 A 0, 0.882, 5.354, 9.826, 11.646 max_d=11.646 avg_d=5.354 std_dev=4.472
OP1 A 0, 0.733, 5.651, 10.570, 12.674 max_d=12.674 avg_d=5.651 std_dev=4.918

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.23 0.03 0.45 0.37 0.19
C2 0.06 0.00 0.46 0.63 0.02 0.89 0.01 1.57 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.71 0.34 0.74 1.45 0.02 1.54 2.50 1.93
C2' 0.00 0.46 0.00 0.00 0.23 0.02 0.10 0.18 0.20 0.23 0.35 0.57 0.46 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.15 0.70 0.27 0.42
C3' 0.02 0.63 0.00 0.00 0.44 0.01 0.42 0.02 0.52 0.15 0.61 0.68 0.57 0.25 0.22 0.02 0.01 0.02 0.37 0.52 0.48 0.15 0.31
C4 0.02 0.02 0.23 0.44 0.00 0.45 0.01 0.69 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.37 0.21 0.38 0.51 0.02 0.40 1.02 0.61
C4' 0.01 0.89 0.02 0.01 0.45 0.00 0.25 0.01 0.42 0.35 0.70 1.09 0.85 0.19 0.08 0.27 0.02 0.00 0.03 0.35 0.19 0.33 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.42 0.01 0.25 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.25 0.14 0.47 0.02 0.60 0.74 0.40
C5' 0.10 1.57 0.18 0.02 0.69 0.01 0.38 0.00 0.69 0.65 1.22 2.00 1.41 0.42 0.15 0.11 0.20 0.02 0.01 0.55 0.25 0.42 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.52 0.01 0.42 0.01 0.69 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.34 0.29 0.54 0.01 0.46 1.12 0.63
C8 0.02 0.02 0.23 0.15 0.01 0.35 0.01 0.65 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.33 0.08 0.40 1.20 0.04 1.59 1.16 1.25
N1 0.04 0.01 0.35 0.61 0.02 0.70 0.01 1.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.58 0.37 0.54 1.02 0.01 1.02 1.95 1.40
N2 0.07 0.01 0.57 0.68 0.02 1.09 0.02 2.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.88 0.38 0.89 2.03 0.02 2.39 3.44 2.77
N3 0.06 0.01 0.46 0.57 0.01 0.85 0.01 1.41 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.66 0.27 0.75 1.28 0.02 1.23 2.06 1.62
N7 0.02 0.01 0.13 0.25 0.01 0.19 0.00 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.17 0.23 1.03 0.04 1.45 1.05 1.08
N9 0.01 0.03 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.08 0.02 0.46 0.03 0.68 0.49 0.37
O2' 0.02 0.71 0.01 0.02 0.37 0.27 0.29 0.11 0.39 0.33 0.58 0.88 0.66 0.28 0.16 0.00 0.04 0.18 0.16 0.34 0.46 0.27 0.22
O3' 0.24 0.34 0.02 0.01 0.21 0.02 0.25 0.20 0.34 0.08 0.37 0.38 0.27 0.17 0.08 0.04 0.00 0.19 0.20 0.38 0.51 0.23 0.23
O4' 0.01 0.74 0.02 0.02 0.38 0.00 0.14 0.02 0.29 0.40 0.54 0.89 0.75 0.23 0.02 0.18 0.19 0.00 0.27 0.20 0.28 0.46 0.28
O5' 0.23 1.45 0.42 0.37 0.51 0.03 0.47 0.01 0.54 1.20 1.02 2.03 1.28 1.03 0.46 0.16 0.20 0.27 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.52 0.02 0.35 0.02 0.55 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.34 0.38 0.20 0.53 0.00 0.55 0.98 0.53
OP1 0.45 1.54 0.70 0.48 0.40 0.19 0.60 0.25 0.46 1.59 1.02 2.39 1.23 1.45 0.68 0.46 0.51 0.28 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 2.50 0.27 0.15 1.02 0.33 0.74 0.42 1.12 1.16 1.95 3.44 2.06 1.05 0.49 0.27 0.23 0.46 0.02 0.98 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.93 0.42 0.31 0.61 0.06 0.40 0.02 0.63 1.25 1.40 2.77 1.62 1.08 0.37 0.22 0.23 0.28 0.01 0.53 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.20 0.55 0.31 0.19 0.43 0.24 0.56 0.30 0.21 0.27 0.18 0.17 0.25 0.18 0.50 0.54 0.57 0.35 0.36 0.40 0.43 0.36
C2 0.15 0.15 0.49 0.47 0.20 0.18 0.28 0.28 0.32 0.26 0.24 0.15 0.15 0.32 0.20 0.32 0.46 0.31 0.70 0.41 0.77 0.99 0.84
C2' 0.39 0.38 0.88 0.62 0.37 0.27 0.36 0.31 0.37 0.36 0.37 0.40 0.39 0.36 0.38 0.79 0.59 0.30 0.49 0.38 0.48 0.68 0.56
C3' 0.25 0.22 0.40 0.29 0.21 0.50 0.28 0.55 0.35 0.23 0.31 0.22 0.19 0.29 0.20 0.39 0.78 0.58 0.30 0.45 0.35 0.41 0.29
C4 0.16 0.17 0.51 0.38 0.19 0.28 0.26 0.39 0.31 0.23 0.26 0.15 0.16 0.28 0.18 0.37 0.47 0.44 0.49 0.38 0.53 0.70 0.57
C4' 0.73 0.48 0.64 0.70 0.49 1.04 0.34 1.06 0.29 0.44 0.32 0.56 0.59 0.33 0.56 0.82 1.19 1.07 0.68 0.33 0.74 0.41 0.60
C5 0.15 0.16 0.50 0.42 0.19 0.23 0.27 0.33 0.32 0.24 0.26 0.15 0.15 0.29 0.19 0.34 0.46 0.39 0.56 0.38 0.59 0.77 0.65
C5' 1.38 0.93 1.31 1.41 0.96 1.69 0.67 1.63 0.48 0.87 0.58 1.09 1.14 0.64 1.08 1.60 1.92 1.64 1.22 0.43 1.29 0.80 1.10
C6 0.16 0.15 0.48 0.50 0.20 0.16 0.28 0.25 0.32 0.27 0.23 0.18 0.15 0.32 0.20 0.31 0.46 0.28 0.75 0.41 0.80 1.00 0.87
C8 0.19 0.20 0.53 0.32 0.20 0.40 0.25 0.51 0.29 0.22 0.28 0.19 0.18 0.25 0.19 0.46 0.52 0.56 0.36 0.34 0.40 0.45 0.39
N1 0.17 0.15 0.48 0.52 0.21 0.16 0.29 0.25 0.32 0.28 0.23 0.17 0.15 0.33 0.21 0.31 0.47 0.25 0.80 0.41 0.87 1.10 0.95
N2 0.16 0.15 0.48 0.50 0.20 0.17 0.29 0.27 0.32 0.28 0.23 0.15 0.15 0.33 0.20 0.31 0.47 0.28 0.77 0.41 0.85 1.10 0.93
N3 0.15 0.16 0.50 0.41 0.19 0.25 0.27 0.36 0.31 0.24 0.25 0.15 0.15 0.29 0.18 0.35 0.47 0.40 0.55 0.40 0.60 0.80 0.66
N7 0.17 0.18 0.52 0.37 0.19 0.30 0.26 0.41 0.30 0.22 0.28 0.16 0.16 0.26 0.19 0.39 0.48 0.47 0.44 0.34 0.47 0.58 0.50
N9 0.18 0.19 0.53 0.33 0.19 0.38 0.25 0.50 0.30 0.22 0.27 0.17 0.17 0.26 0.19 0.43 0.51 0.53 0.38 0.36 0.42 0.51 0.42
O2' 0.57 0.54 1.11 0.83 0.53 0.37 0.53 0.35 0.55 0.53 0.54 0.56 0.56 0.53 0.54 1.06 0.69 0.32 0.63 0.59 0.62 0.83 0.69
O3' 0.31 0.26 0.43 0.31 0.28 0.46 0.33 0.51 0.37 0.31 0.33 0.24 0.24 0.34 0.28 0.36 0.78 0.54 0.36 0.44 0.37 0.51 0.37
O4' 0.74 0.49 0.53 0.58 0.52 1.05 0.39 1.10 0.32 0.49 0.34 0.55 0.60 0.39 0.59 0.67 1.02 1.14 0.71 0.32 0.76 0.44 0.65
O5' 2.24 1.68 2.06 2.24 1.75 2.58 1.37 2.50 1.06 1.64 1.21 1.85 1.95 1.34 1.90 2.39 2.77 2.54 2.04 0.74 2.10 1.48 1.88
O6 0.18 0.17 0.47 0.55 0.21 0.18 0.29 0.25 0.32 0.29 0.22 0.23 0.17 0.33 0.22 0.33 0.48 0.22 0.88 0.41 0.93 1.13 1.01
OP1 3.41 2.54 3.48 3.58 2.70 3.76 2.17 3.59 1.71 2.59 1.89 2.71 2.95 2.15 2.94 3.91 4.12 3.58 3.15 1.21 3.22 2.48 2.94
OP2 3.00 2.10 2.88 3.06 2.23 3.35 1.66 3.17 1.21 2.07 1.39 2.32 2.54 1.62 2.47 3.38 3.70 3.25 2.64 0.82 2.70 1.89 2.39
P 2.92 2.06 2.82 2.99 2.20 3.30 1.66 3.15 1.21 2.08 1.40 2.26 2.47 1.64 2.43 3.26 3.58 3.19 2.65 0.72 2.73 1.95 2.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.37 0.05 0.40 0.17 0.35
C2 0.06 0.00 0.38 0.29 0.01 0.21 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.39 0.37 0.58 0.02 0.57 0.60 0.61
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.03 0.12 0.20 0.20 0.18 0.31 0.45 0.37 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.31 0.16 0.52 0.45 0.37
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.31 0.01 0.41 0.01 0.42 0.38 0.37 0.26 0.24 0.44 0.27 0.02 0.01 0.03 0.13 0.47 0.45 0.25 0.23
C4 0.03 0.01 0.21 0.31 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.22 0.20 0.70 0.03 0.66 0.63 0.71
C4' 0.01 0.21 0.03 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.26 0.14 0.29 0.20 0.23 0.10 0.35 0.03 0.01 0.02 0.13 0.26 0.24 0.06
C5 0.03 0.01 0.12 0.41 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.10 0.93 0.02 0.89 0.95 0.98
C5' 0.07 0.32 0.20 0.01 0.16 0.01 0.15 0.00 0.18 0.27 0.25 0.41 0.30 0.25 0.09 0.16 0.22 0.02 0.01 0.19 0.33 0.41 0.02
C6 0.04 0.01 0.20 0.42 0.02 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.27 0.18 0.93 0.01 0.92 1.03 1.01
C8 0.01 0.01 0.18 0.38 0.01 0.26 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.45 0.22 0.19 1.05 0.02 0.94 0.88 1.04
N1 0.05 0.01 0.31 0.37 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.31 0.30 0.76 0.02 0.74 0.84 0.81
N2 0.07 0.01 0.45 0.26 0.02 0.29 0.02 0.41 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.51 0.45 0.48 0.03 0.49 0.49 0.50
N3 0.06 0.01 0.37 0.24 0.00 0.20 0.01 0.30 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.40 0.36 0.51 0.03 0.50 0.46 0.52
N7 0.02 0.01 0.09 0.44 0.01 0.23 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.28 0.09 1.13 0.02 1.08 1.14 1.19
N9 0.01 0.02 0.03 0.27 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.12 0.02 0.71 0.03 0.64 0.52 0.68
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.19 0.35 0.30 0.16 0.29 0.45 0.25 0.39 0.28 0.44 0.22 0.00 0.06 0.24 0.30 0.34 0.48 0.46 0.34
O3' 0.33 0.39 0.03 0.01 0.22 0.03 0.22 0.22 0.27 0.22 0.31 0.51 0.40 0.28 0.12 0.06 0.00 0.22 0.17 0.31 0.45 0.28 0.23
O4' 0.01 0.37 0.02 0.03 0.20 0.01 0.10 0.02 0.18 0.19 0.30 0.45 0.36 0.09 0.02 0.24 0.22 0.00 0.35 0.14 0.44 0.19 0.38
O5' 0.37 0.58 0.31 0.13 0.70 0.02 0.93 0.01 0.93 1.05 0.76 0.48 0.51 1.13 0.71 0.30 0.17 0.35 0.00 1.05 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.16 0.47 0.03 0.13 0.02 0.19 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.34 0.31 0.14 1.05 0.00 1.07 1.22 1.16
OP1 0.40 0.57 0.52 0.45 0.66 0.26 0.89 0.33 0.92 0.94 0.74 0.49 0.50 1.08 0.64 0.48 0.45 0.44 0.02 1.07 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.60 0.45 0.25 0.63 0.24 0.95 0.41 1.03 0.88 0.84 0.49 0.46 1.14 0.52 0.46 0.28 0.19 0.02 1.22 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.61 0.37 0.23 0.71 0.06 0.98 0.02 1.01 1.04 0.81 0.50 0.52 1.19 0.68 0.34 0.23 0.38 0.01 1.16 0.01 0.01 0.00