ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 4, 1, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.004, 0.030, 0.057, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.014, 0.042, 0.071, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.042 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.004, 0.032, 0.061, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.014, 0.043, 0.073, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.043 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.015, 0.048, 0.082, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.048 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.028, 0.070, 0.111, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.070 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.025, 0.082, 0.139, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.082 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.028, 0.090, 0.152, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.090 std_dev=0.062
C5 B 0, 0.196, 0.419, 0.641, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.419 std_dev=0.223
N7 B 0, 0.238, 0.482, 0.725, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.482 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.216, 0.479, 0.741, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.479 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.154, 0.429, 0.704, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.429 std_dev=0.275
C8 B 0, 0.244, 0.565, 0.886, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.565 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.223, 0.545, 0.867, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.545 std_dev=0.322
N2 B 0, 0.242, 0.574, 0.906, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.574 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.187, 0.525, 0.863, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.525 std_dev=0.338
N3 B 0, 0.238, 0.655, 1.071, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.655 std_dev=0.417
C2' A 0, 0.028, 0.471, 0.915, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.471 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.020, 0.465, 0.910, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.465 std_dev=0.445
N9 B 0, 0.255, 0.703, 1.152, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.703 std_dev=0.449
O6 B 0, 0.235, 0.821, 1.407, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.821 std_dev=0.586
C1' B 0, 0.306, 0.996, 1.686, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.996 std_dev=0.690
O2' A 0, 0.116, 0.814, 1.512, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.814 std_dev=0.698
C4' A 0, 0.011, 0.782, 1.552, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.782 std_dev=0.771
C3' A 0, 0.016, 0.907, 1.798, 2.521 max_d=2.521 avg_d=0.907 std_dev=0.891
O5' A 0, -0.144, 0.846, 1.836, 5.134 max_d=5.134 avg_d=0.846 std_dev=0.990
O4' B 0, 0.294, 1.311, 2.328, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.311 std_dev=1.017
C5' A 0, -0.043, 1.006, 2.056, 4.048 max_d=4.048 avg_d=1.006 std_dev=1.049
C2' B 0, 0.245, 1.523, 2.801, 4.038 max_d=4.038 avg_d=1.523 std_dev=1.278
OP2 A 0, 0.952, 2.338, 3.725, 7.995 max_d=7.995 avg_d=2.338 std_dev=1.386
P A 0, -0.426, 0.984, 2.393, 7.472 max_d=7.472 avg_d=0.984 std_dev=1.410
O2' B 0, 0.171, 1.595, 3.019, 5.348 max_d=5.348 avg_d=1.595 std_dev=1.424
O3' A 0, -0.029, 1.461, 2.951, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.461 std_dev=1.490
C4' B 0, 0.232, 1.775, 3.318, 4.704 max_d=4.704 avg_d=1.775 std_dev=1.543
OP1 A 0, 0.824, 2.446, 4.068, 9.029 max_d=9.029 avg_d=2.446 std_dev=1.622
C3' B 0, 0.188, 1.926, 3.663, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.926 std_dev=1.737
C5' B 0, -0.022, 2.028, 4.077, 6.210 max_d=6.210 avg_d=2.028 std_dev=2.049
O3' B 0, 0.259, 2.380, 4.502, 6.037 max_d=6.037 avg_d=2.380 std_dev=2.121
O5' B 0, -0.291, 1.885, 4.060, 7.022 max_d=7.022 avg_d=1.885 std_dev=2.176
P B 0, -0.568, 2.114, 4.796, 10.111 max_d=10.111 avg_d=2.114 std_dev=2.682
OP2 B 0, -0.654, 2.246, 5.146, 11.129 max_d=11.129 avg_d=2.246 std_dev=2.900
OP1 B 0, -0.585, 2.418, 5.421, 11.662 max_d=11.662 avg_d=2.418 std_dev=3.003

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.05 0.35 0.01 0.20 0.02 0.60 0.20 0.26
C2 0.04 0.00 0.34 0.34 0.02 0.20 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.29 0.27 0.56 0.02 1.29 0.97 0.76
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.22 0.15 0.20 0.27 0.41 0.33 0.12 0.05 0.01 0.07 0.01 0.55 0.12 0.62 0.45 0.61
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.31 0.00 0.40 0.02 0.43 0.34 0.40 0.32 0.28 0.40 0.25 0.03 0.01 0.02 0.23 0.47 0.22 0.22 0.19
C4 0.02 0.02 0.17 0.31 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.14 0.40 0.01 1.05 0.70 0.49
C4' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.17 0.15 0.19 0.23 0.18 0.15 0.10 0.32 0.03 0.00 0.02 0.17 0.22 0.24 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.40 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.07 0.39 0.01 1.16 0.88 0.47
C5' 0.08 0.40 0.22 0.02 0.26 0.01 0.26 0.00 0.32 0.14 0.39 0.44 0.35 0.18 0.13 0.10 0.25 0.02 0.01 0.32 0.25 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.43 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.15 0.12 0.47 0.01 1.31 1.04 0.61
C8 0.02 0.02 0.20 0.34 0.01 0.15 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.37 0.18 0.14 0.19 0.03 0.95 0.68 0.19
N1 0.04 0.01 0.27 0.40 0.02 0.19 0.01 0.39 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.20 0.21 0.55 0.01 1.37 1.06 0.75
N2 0.06 0.01 0.41 0.32 0.02 0.23 0.02 0.44 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.31 0.39 0.32 0.60 0.03 1.32 1.05 0.85
N3 0.04 0.01 0.33 0.28 0.01 0.18 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.32 0.26 0.49 0.01 1.11 0.79 0.64
N7 0.02 0.02 0.12 0.40 0.01 0.15 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.21 0.08 0.28 0.03 1.08 0.91 0.26
N9 0.01 0.02 0.05 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.25 0.09 0.02 0.22 0.02 0.84 0.46 0.27
O2' 0.05 0.29 0.01 0.03 0.28 0.32 0.35 0.10 0.35 0.37 0.32 0.31 0.26 0.40 0.25 0.00 0.10 0.24 0.38 0.38 0.44 0.40 0.49
O3' 0.35 0.29 0.07 0.01 0.14 0.03 0.11 0.25 0.15 0.18 0.20 0.39 0.32 0.21 0.09 0.10 0.00 0.25 0.26 0.21 0.67 0.25 0.31
O4' 0.01 0.27 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.02 0.12 0.14 0.21 0.32 0.26 0.08 0.02 0.24 0.25 0.00 0.12 0.09 0.42 0.21 0.13
O5' 0.20 0.56 0.55 0.23 0.40 0.02 0.39 0.01 0.47 0.19 0.55 0.60 0.49 0.28 0.22 0.38 0.26 0.12 0.00 0.46 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.12 0.47 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.38 0.21 0.09 0.46 0.00 1.33 1.16 0.59
OP1 0.60 1.29 0.62 0.22 1.05 0.22 1.16 0.25 1.31 0.95 1.37 1.32 1.11 1.08 0.84 0.44 0.67 0.42 0.02 1.33 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.97 0.45 0.22 0.70 0.24 0.88 0.40 1.04 0.68 1.06 1.05 0.79 0.91 0.46 0.40 0.25 0.21 0.02 1.16 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.76 0.61 0.19 0.49 0.04 0.47 0.02 0.61 0.19 0.75 0.85 0.64 0.26 0.27 0.49 0.31 0.13 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.45 0.42 0.12 0.64 0.20 1.27 0.26 0.16 0.21 0.10 0.10 0.22 0.11 0.53 0.39 0.51 1.18 0.37 2.40 1.47 1.64
C2 0.16 0.14 0.45 0.42 0.11 0.40 0.16 0.88 0.23 0.15 0.12 0.26 0.17 0.21 0.12 0.42 0.21 0.38 0.78 0.40 1.85 0.93 1.08
C2' 0.24 0.11 0.54 0.41 0.11 0.58 0.18 1.24 0.29 0.12 0.22 0.17 0.17 0.20 0.14 0.72 0.30 0.46 1.24 0.45 2.50 1.66 1.77
C3' 0.60 0.67 0.57 0.86 0.68 1.14 0.75 1.78 0.79 0.72 0.75 0.61 0.63 0.77 0.66 0.58 0.99 1.01 1.78 0.84 3.06 2.16 2.31
C4 0.11 0.08 0.43 0.35 0.09 0.51 0.18 1.07 0.25 0.14 0.16 0.16 0.10 0.21 0.09 0.45 0.21 0.45 0.95 0.38 2.09 1.14 1.32
C4' 0.42 0.43 0.58 0.83 0.43 1.05 0.45 1.68 0.46 0.44 0.45 0.43 0.43 0.46 0.43 0.58 0.99 0.83 1.61 0.47 2.87 1.92 2.11
C5 0.11 0.08 0.40 0.33 0.10 0.48 0.18 1.00 0.25 0.15 0.16 0.19 0.11 0.21 0.10 0.42 0.21 0.44 0.87 0.38 1.94 1.00 1.18
C5' 0.53 0.53 0.75 1.03 0.52 1.17 0.53 1.80 0.54 0.52 0.54 0.54 0.53 0.53 0.52 0.73 1.22 0.90 1.73 0.55 2.98 2.03 2.24
C6 0.14 0.14 0.39 0.35 0.10 0.39 0.16 0.84 0.23 0.15 0.11 0.28 0.15 0.21 0.11 0.36 0.15 0.39 0.70 0.40 1.69 0.77 0.93
C8 0.13 0.15 0.43 0.42 0.15 0.63 0.22 1.23 0.28 0.19 0.25 0.11 0.12 0.24 0.14 0.50 0.46 0.51 1.09 0.37 2.24 1.29 1.48
N1 0.16 0.17 0.43 0.42 0.12 0.36 0.16 0.79 0.22 0.15 0.12 0.29 0.18 0.21 0.13 0.37 0.21 0.36 0.68 0.40 1.68 0.77 0.92
N2 0.19 0.17 0.49 0.49 0.14 0.37 0.18 0.82 0.23 0.17 0.13 0.28 0.19 0.23 0.15 0.42 0.31 0.36 0.75 0.41 1.79 0.88 1.03
N3 0.13 0.09 0.45 0.37 0.09 0.47 0.17 1.01 0.24 0.14 0.14 0.20 0.12 0.21 0.10 0.45 0.16 0.43 0.91 0.39 2.04 1.11 1.27
N7 0.12 0.11 0.40 0.37 0.14 0.57 0.22 1.12 0.28 0.18 0.24 0.12 0.11 0.24 0.13 0.45 0.39 0.49 0.96 0.37 2.04 1.09 1.29
N9 0.11 0.10 0.43 0.39 0.12 0.59 0.20 1.19 0.26 0.16 0.21 0.10 0.09 0.22 0.11 0.49 0.34 0.49 1.08 0.37 2.27 1.32 1.50
O2' 0.67 0.47 1.02 0.79 0.50 0.64 0.37 1.13 0.31 0.45 0.32 0.53 0.57 0.36 0.55 1.15 0.64 0.51 1.15 0.34 2.32 1.60 1.66
O3' 0.68 0.62 0.68 0.99 0.67 1.26 0.68 1.89 0.66 0.71 0.63 0.58 0.64 0.70 0.68 0.71 1.15 1.09 1.91 0.67 3.21 2.33 2.48
O4' 0.27 0.24 0.49 0.64 0.24 0.86 0.25 1.47 0.26 0.24 0.25 0.25 0.24 0.25 0.24 0.53 0.76 0.68 1.34 0.30 2.56 1.59 1.79
O5' 0.56 0.56 0.66 1.00 0.56 1.23 0.59 1.86 0.61 0.57 0.60 0.56 0.56 0.59 0.55 0.65 1.19 0.99 1.79 0.63 3.01 2.12 2.29
O6 0.15 0.19 0.35 0.34 0.12 0.34 0.16 0.72 0.22 0.16 0.12 0.33 0.18 0.21 0.13 0.31 0.16 0.36 0.57 0.40 1.46 0.59 0.72
OP1 0.73 0.81 0.79 0.86 0.80 1.06 0.91 1.70 1.02 0.83 0.96 0.75 0.76 0.92 0.77 0.92 0.89 0.88 1.71 1.12 2.84 2.23 2.30
OP2 1.80 1.70 1.84 2.28 1.74 2.39 1.69 2.89 1.63 1.73 1.61 1.71 1.78 1.70 1.76 1.69 2.53 2.14 2.80 1.58 3.81 2.95 3.15
P 0.61 0.51 0.74 1.15 0.53 1.33 0.54 1.95 0.59 0.53 0.56 0.52 0.55 0.56 0.54 0.77 1.37 1.04 1.87 0.66 3.04 2.20 2.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.30 0.01 0.28 0.02 0.34 0.36 0.28
C2 0.05 0.00 0.35 0.32 0.01 0.45 0.02 0.86 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.32 0.29 0.40 0.70 0.03 1.39 0.61 0.81
C2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.17 0.03 0.08 0.22 0.15 0.22 0.26 0.43 0.35 0.14 0.03 0.01 0.02 0.03 0.43 0.12 0.76 0.64 0.55
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.21 0.00 0.28 0.04 0.29 0.39 0.29 0.40 0.30 0.39 0.20 0.02 0.02 0.02 0.31 0.33 0.59 0.42 0.41
C4 0.02 0.01 0.17 0.21 0.00 0.18 0.01 0.38 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.16 0.21 0.36 0.02 0.64 0.39 0.29
C4' 0.02 0.45 0.03 0.00 0.18 0.00 0.10 0.01 0.17 0.33 0.32 0.58 0.43 0.25 0.08 0.31 0.02 0.01 0.03 0.15 0.25 0.20 0.08
C5 0.01 0.02 0.08 0.28 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.12 0.09 0.44 0.02 0.56 0.69 0.42
C5' 0.07 0.86 0.22 0.04 0.38 0.01 0.18 0.00 0.35 0.41 0.66 1.10 0.80 0.29 0.04 0.10 0.21 0.02 0.01 0.27 0.21 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.29 0.02 0.17 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.29 0.14 0.17 0.43 0.01 0.80 0.60 0.40
C8 0.02 0.02 0.22 0.39 0.01 0.33 0.02 0.41 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.45 0.17 0.23 0.85 0.06 0.62 1.14 0.91
N1 0.05 0.01 0.26 0.29 0.02 0.32 0.01 0.66 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.26 0.20 0.30 0.54 0.03 1.18 0.50 0.59
N2 0.06 0.01 0.43 0.40 0.02 0.58 0.02 1.10 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.43 0.38 0.47 0.94 0.05 1.81 0.92 1.17
N3 0.05 0.01 0.35 0.30 0.01 0.43 0.01 0.80 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.30 0.31 0.40 0.62 0.03 1.15 0.48 0.66
N7 0.01 0.03 0.14 0.39 0.01 0.25 0.01 0.29 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.44 0.19 0.13 0.77 0.06 0.62 1.18 0.86
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.01 0.42 0.03 0.32 0.57 0.40
O2' 0.03 0.32 0.01 0.02 0.20 0.31 0.30 0.10 0.29 0.45 0.26 0.43 0.30 0.44 0.21 0.00 0.05 0.23 0.43 0.34 0.79 0.75 0.58
O3' 0.30 0.29 0.02 0.02 0.16 0.02 0.12 0.21 0.14 0.17 0.20 0.38 0.31 0.19 0.12 0.05 0.00 0.21 0.29 0.18 0.58 0.49 0.41
O4' 0.01 0.40 0.03 0.02 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.23 0.30 0.47 0.40 0.13 0.01 0.23 0.21 0.00 0.15 0.12 0.16 0.26 0.24
O5' 0.28 0.70 0.43 0.31 0.36 0.03 0.44 0.01 0.43 0.85 0.54 0.94 0.62 0.77 0.42 0.43 0.29 0.15 0.00 0.48 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.12 0.33 0.02 0.15 0.02 0.27 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.34 0.18 0.12 0.48 0.00 0.78 0.77 0.48
OP1 0.34 1.39 0.76 0.59 0.64 0.25 0.56 0.21 0.80 0.62 1.18 1.81 1.15 0.62 0.32 0.79 0.58 0.16 0.02 0.78 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.61 0.64 0.42 0.39 0.20 0.69 0.30 0.60 1.14 0.50 0.92 0.48 1.18 0.57 0.75 0.49 0.26 0.02 0.77 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.81 0.55 0.41 0.29 0.08 0.42 0.02 0.40 0.91 0.59 1.17 0.66 0.86 0.40 0.58 0.41 0.24 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00