ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51110

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 1, 1, 4, 3, 2, 3, 1, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.025, 0.040, 0.054, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.040 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.038, 0.060, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.017, 0.040, 0.062, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.004, 0.021, 0.045, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.021 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.001, 0.026, 0.052, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.026 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.005, 0.020, 0.046, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.020 std_dev=0.025
N2 A 0, -0.006, 0.049, 0.104, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.049 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.106, 0.426, 0.746, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.426 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.267, 0.609, 0.951, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.609 std_dev=0.342
C2' A 0, 0.102, 0.464, 0.826, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.464 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.380, 0.776, 1.171, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.776 std_dev=0.396
N9 B 0, 0.322, 0.723, 1.123, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.723 std_dev=0.401
N3 B 0, 0.119, 0.532, 0.945, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.532 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.235, 0.648, 1.061, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.648 std_dev=0.413
N1 B 0, 0.340, 0.793, 1.246, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.793 std_dev=0.453
C8 B 0, 0.439, 0.899, 1.359, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.899 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.408, 0.880, 1.351, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.880 std_dev=0.471
N7 B 0, 0.452, 0.943, 1.434, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.943 std_dev=0.491
O5' A 0, 0.346, 0.837, 1.328, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.837 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.305, 0.824, 1.343, 2.068 max_d=2.068 avg_d=0.824 std_dev=0.519
C4' A 0, 0.182, 0.709, 1.235, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.709 std_dev=0.526
N2 B 0, 0.256, 0.783, 1.310, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.783 std_dev=0.527
C5' A 0, 0.398, 0.959, 1.519, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.959 std_dev=0.561
O2' A 0, 0.095, 0.682, 1.269, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.682 std_dev=0.587
O6 B 0, 0.507, 1.121, 1.734, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.121 std_dev=0.613
C3' A 0, 0.160, 0.783, 1.406, 1.918 max_d=1.918 avg_d=0.783 std_dev=0.623
P A 0, 0.418, 1.074, 1.730, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.074 std_dev=0.656
C2' B 0, 0.503, 1.312, 2.121, 3.598 max_d=3.598 avg_d=1.312 std_dev=0.809
O4' B 0, 0.441, 1.254, 2.066, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.254 std_dev=0.812
O2' B 0, 0.853, 1.799, 2.745, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.799 std_dev=0.946
OP1 A 0, 0.685, 1.694, 2.703, 3.154 max_d=3.154 avg_d=1.694 std_dev=1.009
O3' A 0, 0.194, 1.218, 2.243, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.218 std_dev=1.024
P B 0, 0.762, 1.838, 2.915, 5.014 max_d=5.014 avg_d=1.838 std_dev=1.077
O5' B 0, 0.637, 1.840, 3.043, 5.054 max_d=5.054 avg_d=1.840 std_dev=1.203
C3' B 0, 0.240, 1.493, 2.745, 5.143 max_d=5.143 avg_d=1.493 std_dev=1.252
OP1 B 0, 0.885, 2.138, 3.390, 5.676 max_d=5.676 avg_d=2.138 std_dev=1.252
C4' B 0, 0.209, 1.473, 2.738, 5.159 max_d=5.159 avg_d=1.473 std_dev=1.265
OP2 A 0, 0.497, 1.791, 3.084, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.791 std_dev=1.294
O3' B 0, 0.582, 1.980, 3.378, 6.133 max_d=6.133 avg_d=1.980 std_dev=1.398
OP2 B 0, 0.681, 2.149, 3.618, 4.471 max_d=4.471 avg_d=2.149 std_dev=1.469
C5' B 0, 0.310, 1.945, 3.580, 6.240 max_d=6.240 avg_d=1.945 std_dev=1.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.18 0.01 0.52 0.12 0.22
C2 0.05 0.00 0.38 0.35 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.22 0.19 0.19 0.02 0.78 0.56 0.20
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.01 0.10 0.23 0.17 0.17 0.30 0.46 0.37 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.48 0.13 0.58 0.37 0.55
C3' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.31 0.00 0.37 0.01 0.41 0.29 0.39 0.35 0.30 0.36 0.23 0.02 0.01 0.01 0.08 0.43 0.24 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.20 0.31 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.12 0.10 0.19 0.01 0.78 0.52 0.20
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.16 0.07 0.12 0.08 0.16 0.08 0.29 0.02 0.00 0.01 0.12 0.16 0.22 0.01
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.13 0.06 0.23 0.01 0.92 0.76 0.24
C5' 0.09 0.11 0.23 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.10 0.14 0.11 0.16 0.08 0.07 0.21 0.01 0.01 0.15 0.25 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.41 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.10 0.25 0.00 0.96 0.85 0.27
C8 0.03 0.02 0.17 0.29 0.01 0.16 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.37 0.16 0.11 0.24 0.02 0.89 0.61 0.24
N1 0.03 0.01 0.30 0.39 0.02 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.17 0.15 0.22 0.01 0.88 0.74 0.23
N2 0.08 0.00 0.46 0.35 0.02 0.12 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.28 0.30 0.22 0.20 0.03 0.73 0.52 0.19
N3 0.05 0.01 0.37 0.30 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.24 0.18 0.18 0.02 0.71 0.44 0.18
N7 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.16 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.20 0.06 0.27 0.02 1.00 0.85 0.28
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.10 0.01 0.17 0.02 0.72 0.39 0.20
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.15 0.29 0.27 0.07 0.24 0.37 0.18 0.28 0.19 0.38 0.20 0.00 0.03 0.22 0.37 0.29 0.46 0.36 0.49
O3' 0.32 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.21 0.16 0.16 0.17 0.30 0.24 0.20 0.10 0.03 0.00 0.24 0.22 0.21 0.67 0.30 0.31
O4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.11 0.15 0.22 0.18 0.06 0.01 0.22 0.24 0.00 0.09 0.08 0.34 0.09 0.10
O5' 0.18 0.19 0.48 0.08 0.19 0.01 0.23 0.01 0.25 0.24 0.22 0.20 0.18 0.27 0.17 0.37 0.22 0.09 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.13 0.43 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.29 0.21 0.08 0.29 0.00 1.02 0.99 0.31
OP1 0.52 0.78 0.58 0.24 0.78 0.16 0.92 0.25 0.96 0.89 0.88 0.73 0.71 1.00 0.72 0.46 0.67 0.34 0.01 1.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.56 0.37 0.13 0.52 0.22 0.76 0.40 0.85 0.61 0.74 0.52 0.44 0.85 0.39 0.36 0.30 0.09 0.01 0.99 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.20 0.55 0.09 0.20 0.01 0.24 0.01 0.27 0.24 0.23 0.19 0.18 0.28 0.20 0.49 0.31 0.10 0.01 0.31 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.23 0.54 0.30 0.19 0.33 0.30 0.50 0.42 0.21 0.37 0.21 0.17 0.31 0.15 0.72 0.66 0.46 0.34 0.54 0.50 0.66 0.30
C2 0.17 0.16 0.54 0.47 0.22 0.26 0.35 0.42 0.42 0.32 0.29 0.22 0.15 0.41 0.22 0.50 0.52 0.36 0.47 0.59 0.52 0.60 0.44
C2' 0.20 0.24 0.69 0.46 0.23 0.27 0.31 0.41 0.39 0.26 0.34 0.23 0.22 0.33 0.22 0.81 0.62 0.38 0.35 0.50 0.46 0.60 0.31
C3' 0.52 0.56 0.23 0.38 0.57 0.74 0.62 0.86 0.65 0.60 0.62 0.54 0.55 0.63 0.56 0.52 0.92 0.89 0.69 0.70 0.88 0.80 0.60
C4 0.10 0.17 0.51 0.33 0.17 0.27 0.31 0.45 0.42 0.23 0.35 0.17 0.13 0.33 0.14 0.61 0.56 0.41 0.36 0.56 0.49 0.61 0.33
C4' 0.35 0.37 0.32 0.34 0.35 0.64 0.39 0.77 0.46 0.35 0.44 0.37 0.35 0.39 0.34 0.63 0.93 0.73 0.56 0.54 0.69 0.72 0.43
C5 0.10 0.17 0.50 0.32 0.17 0.27 0.31 0.45 0.42 0.22 0.36 0.17 0.12 0.32 0.14 0.59 0.55 0.41 0.37 0.56 0.50 0.60 0.34
C5' 0.39 0.44 0.35 0.40 0.41 0.69 0.45 0.82 0.52 0.41 0.51 0.44 0.40 0.44 0.39 0.68 1.00 0.77 0.61 0.59 0.73 0.72 0.46
C6 0.14 0.15 0.50 0.40 0.19 0.26 0.32 0.43 0.42 0.27 0.31 0.23 0.14 0.36 0.18 0.51 0.50 0.37 0.44 0.57 0.51 0.60 0.41
C8 0.16 0.27 0.51 0.28 0.21 0.36 0.31 0.52 0.43 0.21 0.41 0.26 0.19 0.30 0.16 0.74 0.69 0.48 0.36 0.53 0.51 0.67 0.32
N1 0.19 0.17 0.53 0.48 0.23 0.27 0.36 0.43 0.42 0.33 0.28 0.25 0.17 0.42 0.24 0.48 0.51 0.36 0.50 0.59 0.52 0.61 0.47
N2 0.22 0.18 0.58 0.54 0.26 0.28 0.39 0.43 0.43 0.38 0.28 0.24 0.19 0.47 0.28 0.49 0.55 0.35 0.53 0.59 0.54 0.63 0.50
N3 0.12 0.15 0.53 0.40 0.19 0.25 0.33 0.43 0.42 0.27 0.31 0.17 0.13 0.37 0.17 0.56 0.54 0.39 0.40 0.58 0.50 0.59 0.37
N7 0.13 0.25 0.49 0.27 0.19 0.33 0.31 0.50 0.43 0.21 0.41 0.23 0.17 0.30 0.15 0.68 0.63 0.46 0.36 0.53 0.51 0.64 0.32
N9 0.12 0.22 0.52 0.30 0.19 0.32 0.31 0.49 0.42 0.21 0.38 0.21 0.16 0.31 0.14 0.69 0.63 0.45 0.34 0.55 0.50 0.65 0.31
O2' 0.61 0.51 1.19 0.96 0.55 0.52 0.55 0.52 0.54 0.57 0.51 0.50 0.55 0.56 0.58 1.24 0.90 0.38 0.59 0.58 0.50 0.74 0.57
O3' 0.57 0.52 0.24 0.42 0.56 0.78 0.58 0.87 0.58 0.59 0.54 0.50 0.55 0.60 0.57 0.51 0.97 0.92 0.67 0.61 0.88 0.72 0.57
O4' 0.24 0.27 0.43 0.31 0.21 0.52 0.30 0.66 0.43 0.21 0.41 0.27 0.22 0.29 0.19 0.73 0.85 0.60 0.44 0.57 0.56 0.72 0.36
O5' 0.51 0.54 0.36 0.48 0.53 0.78 0.56 0.91 0.60 0.55 0.59 0.54 0.52 0.57 0.53 0.67 1.04 0.89 0.72 0.65 0.87 0.84 0.62
O6 0.17 0.16 0.48 0.41 0.20 0.27 0.32 0.43 0.42 0.28 0.29 0.29 0.16 0.36 0.20 0.47 0.47 0.37 0.48 0.57 0.51 0.60 0.45
OP1 0.91 1.11 1.11 0.59 1.06 0.67 1.11 0.75 1.17 1.04 1.17 1.12 1.04 1.10 1.00 1.28 0.42 0.85 0.84 1.20 0.95 0.96 0.90
OP2 1.48 1.42 1.13 1.59 1.46 1.81 1.42 1.90 1.35 1.47 1.34 1.40 1.47 1.43 1.48 1.13 2.15 1.84 1.69 1.30 1.79 1.67 1.52
P 0.55 0.58 0.44 0.53 0.58 0.81 0.61 0.94 0.64 0.60 0.63 0.58 0.56 0.62 0.58 0.74 1.08 0.90 0.76 0.67 0.90 0.81 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.33 0.03 0.49 0.36 0.31
C2 0.07 0.00 0.38 0.22 0.02 0.25 0.01 0.37 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.47 0.36 0.37 0.49 0.02 0.50 0.56 0.47
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.19 0.01 0.10 0.21 0.17 0.20 0.29 0.45 0.37 0.11 0.02 0.00 0.04 0.02 0.56 0.13 1.11 0.79 0.75
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.21 0.00 0.30 0.01 0.31 0.32 0.27 0.22 0.19 0.35 0.20 0.03 0.01 0.02 0.35 0.35 0.98 0.49 0.55
C4 0.03 0.02 0.19 0.21 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.20 0.19 0.49 0.02 0.40 0.52 0.47
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.11 0.25 0.18 0.33 0.24 0.21 0.08 0.26 0.02 0.00 0.02 0.13 0.33 0.32 0.14
C5 0.02 0.01 0.10 0.30 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.10 0.08 0.58 0.02 0.42 0.68 0.61
C5' 0.07 0.37 0.21 0.01 0.19 0.01 0.17 0.00 0.22 0.28 0.31 0.47 0.34 0.25 0.10 0.07 0.20 0.01 0.01 0.23 0.14 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.31 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.14 0.15 0.58 0.01 0.50 0.73 0.65
C8 0.02 0.02 0.20 0.32 0.00 0.25 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.48 0.15 0.22 0.66 0.04 0.31 0.67 0.62
N1 0.05 0.00 0.29 0.27 0.02 0.18 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.34 0.25 0.28 0.53 0.02 0.51 0.65 0.57
N2 0.08 0.00 0.45 0.22 0.02 0.33 0.02 0.47 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.63 0.47 0.44 0.48 0.03 0.55 0.56 0.44
N3 0.07 0.01 0.37 0.19 0.00 0.24 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.46 0.38 0.37 0.46 0.02 0.48 0.50 0.41
N7 0.01 0.02 0.11 0.35 0.01 0.21 0.00 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.44 0.16 0.12 0.68 0.04 0.40 0.81 0.71
N9 0.01 0.03 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.48 0.03 0.35 0.46 0.43
O2' 0.02 0.47 0.00 0.03 0.22 0.26 0.26 0.07 0.26 0.48 0.34 0.63 0.46 0.44 0.20 0.00 0.07 0.19 0.56 0.28 1.24 0.94 0.83
O3' 0.32 0.36 0.04 0.01 0.20 0.02 0.10 0.20 0.14 0.15 0.25 0.47 0.38 0.16 0.12 0.07 0.00 0.22 0.25 0.15 0.90 0.44 0.43
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.00 0.08 0.01 0.15 0.22 0.28 0.44 0.37 0.12 0.01 0.19 0.22 0.00 0.18 0.11 0.16 0.48 0.28
O5' 0.33 0.49 0.56 0.35 0.49 0.02 0.58 0.01 0.58 0.66 0.53 0.48 0.46 0.68 0.48 0.56 0.25 0.18 0.00 0.63 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.35 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.28 0.15 0.11 0.63 0.00 0.57 0.84 0.74
OP1 0.49 0.50 1.11 0.98 0.40 0.33 0.42 0.14 0.50 0.31 0.51 0.55 0.48 0.40 0.35 1.24 0.90 0.16 0.02 0.57 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.56 0.79 0.49 0.52 0.32 0.68 0.21 0.73 0.67 0.65 0.56 0.50 0.81 0.46 0.94 0.44 0.48 0.02 0.84 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.47 0.75 0.55 0.47 0.14 0.61 0.02 0.65 0.62 0.57 0.44 0.41 0.71 0.43 0.83 0.43 0.28 0.01 0.74 0.00 0.00 0.00